delete built files which never should have been in the archive
authorDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Sun, 1 Jun 2014 01:02:43 +0000 (18:02 -0700)
committerDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Sun, 1 Jun 2014 01:02:43 +0000 (18:02 -0700)
33 files changed:
blib/arch/.exists [deleted file]
blib/arch/auto/Reference/.exists [deleted file]
blib/bin/.exists [deleted file]
blib/lib/.exists [deleted file]
blib/lib/Reference.pm [deleted file]
blib/lib/Reference/Field/Author.pm [deleted file]
blib/lib/Reference/Field/Date.pm [deleted file]
blib/lib/Reference/Field/Journal.pm [deleted file]
blib/lib/Reference/Field/Pages.pm [deleted file]
blib/lib/Reference/Output/Bibtex.pm [deleted file]
blib/lib/Reference/Output/Filename.pm [deleted file]
blib/lib/Reference/Retrieve/HTML/Miner.pm [deleted file]
blib/lib/Reference/Retrieve/PubMed.pm [deleted file]
blib/lib/Reference/Type/Article.pm [deleted file]
blib/lib/auto/Reference/.exists [deleted file]
blib/man1/.exists [deleted file]
blib/man1/get_reference.1p [deleted file]
blib/man3/.exists [deleted file]
blib/man3/Reference.3pm [deleted file]
blib/man3/Reference::Field::Author.3pm [deleted file]
blib/man3/Reference::Field::Date.3pm [deleted file]
blib/man3/Reference::Field::Journal.3pm [deleted file]
blib/man3/Reference::Field::Pages.3pm [deleted file]
blib/man3/Reference::Output::Bibtex.3pm [deleted file]
blib/man3/Reference::Output::Filename.3pm [deleted file]
blib/man3/Reference::Retrieve::HTML::Miner.3pm [deleted file]
blib/man3/Reference::Retrieve::PubMed.3pm [deleted file]
blib/man3/Reference::Type::Article.3pm [deleted file]
blib/script/.exists [deleted file]
blib/script/get_reference [deleted file]
build-stamp [deleted file]
install-stamp [deleted file]
pm_to_blib [deleted file]

diff --git a/blib/arch/.exists b/blib/arch/.exists
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/blib/arch/auto/Reference/.exists b/blib/arch/auto/Reference/.exists
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/blib/bin/.exists b/blib/bin/.exists
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/blib/lib/.exists b/blib/lib/.exists
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/blib/lib/Reference.pm b/blib/lib/Reference.pm
deleted file mode 100644 (file)
index a650f1d..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,229 +0,0 @@
-# This module is part of , and is released
-# under the terms of the GPL version 2, or any later version. See the
-# file README and COPYING for more information.
-# Copyright 2003 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
-# $Id: Reference.pm 44 2013-09-10 00:37:13Z don $
-
-package Reference;
-
-=head1 NAME
-
-Reference -- Reference superclass
-
-=head1 SYNOPSIS
-
-
-=head1 DESCRIPTION
-
-
-=head1 BUGS
-
-None known.
-
-=cut
-
-
-use strict;
-use vars qw($VERSION $REVISION $DEBUG);
-use Carp;
-
-
-BEGIN{
-     $REVISION = '0.01';
-     ($REVISION) = q$LastChangedRevision: 44 $ =~ /\$LastChangedRevision:\s+([^\s+])/;
-     $DEBUG = 0 unless defined $DEBUG;
-}
-
-our $AUTOLOAD;
-
-
-=head2 new
-
-     my $reference = new Reference;
-
-
-Creates a new reference object
-
-=cut
-
-sub new{
-     my $class = shift;
-
-     $class = ref $class if ref $class;
-
-     my $self = {};
-
-     bless $self, $class;
-
-     $self->_init;
-
-     return $self;
-}
-
-
-=head2 ref_fields
-
-     @$self->{ref_fields}{$self->ref_fields} = (1) x $self->ref_fields;
-
-Returns the fields that this reference knows how to deal with (or that
-should be dealt with using ref_fields).
-
-This default implementation returns an empty list, and as such should
-be overriden by all Reference::Type subclasses.
-
-=cut
-
-sub ref_fields{
-     my $self = shift;
-
-     return ();
-}
-
-
-=head2 ref_field
-
-     $reference->ref_field('author',['John Q. Smith', 'Randal P. Swag']);
-
-Sets the reference field to the passed value (if any) and returns the
-new value. This function is called through AUTOLOAD using the
-$reference->field() syntax.
-
-Returns the new setting of passed field.
-
-Scalar fieldname, and an optional scalar, arrayref, or hashref to set
-reference field.
-
-=cut
-
-sub ref_field($$;$){
-     my ($self,$field_name,$field_value) = @_;
-
-     if ($self->{ref_fields}->{lc($field_name)}) {
-         # Check to make sure that only 3 arguments are passed to
-         # avoid triggering on the Params::Variable style of calling.
-         # XXX We should check explicitly for this. [See Author.pm]
-         if (defined $field_value and scalar(@_) == 3) {
-              $self->{reference}->{lc($field_name)} = $field_value;
-         }
-         return $self->{reference}->{lc($field_name)};
-     }
-     carp "Invalid field name $field_name";
-}
-
-
-=head2 AUTOLOAD
-
-Dispatches calls to $reference->fieldname to
-$reference->ref_field('fieldname').
-
-XXX I really wish there was a way to tell perl that we don't want to
-XXX handle a call to AUTOLOAD.
-
-=cut
-
-sub AUTOLOAD{
-     my $function = $AUTOLOAD;
-     ($function) = $function =~ /\:?([^\:]+)$/;
-     my $self = shift;
-     if (ref $self and $self->{ref_fields}->{lc($function)}) {
-         # slap $self and $function into @_.
-         unshift @_, ($self,$function);
-         goto &ref_field;
-     }
-     else {
-         croak "Undefined subroutine $function";
-     }
-}
-
-# do nothing
-sub DESTROY {
-
-}
-
-
-=head2 can
-
-     $obj->can('METHOD');
-     Class::Modular->can('METHOD');
-
-Replaces UNIVERSAL's can method so that handled methods are reported
-correctly. Calls UNIVERSAL::can in the places where we don't know
-anything it doesn't.
-
-Returns a coderef to the method if the method is supported, undef
-otherwise.
-
-=cut
-
-sub can{
-     my ($self,$method,$vars) = @_;
-
-     my $universal_can = UNIVERSAL::can($self,$method);
-
-     if ($universal_can){
-         return $universal_can;
-     }
-     elsif (ref $self and exists $self->{ref_fields}->{lc($method)}) {
-         # If there is no other method for dealing with this method,
-         # and we would normally autoload it, create an anonymous sub
-         # to deal with it appropriately.
-         return sub{my $self = shift; return $self->ref_field($method,@_);};
-     }
-     else {
-         return undef;
-     }
-}
-
-
-=head2 _init
-
-     $self->_init
-
-=cut
-
-sub _init($){
-     my $self = shift;
-
-     # ref_fields is used by AUTOLOAD to know when it's ok to set a
-     # particular field
-     my @ref_fields = $self->ref_fields;
-     @{$self->{ref_fields}}{@ref_fields} = (1) x scalar @ref_fields;
-}
-
-
-
-
-
-# From http://www.ecst.csuchico.edu/~jacobsd/bib/formats/
-
-#     * BibTeX
-#     * INSPEC
-#     * MARC [MARC::Record]
-#     * Melvyl [Uses MARC]
-#     * RIS
-#     * MedLine
-#     * ISI Focus On
-#     * EMBL
-#     * BIDS
-#     * ProCite
-#     * EndNote
-#     * Computing Archives
-#     * Uniform Resource Citation
-#     * RFC 1807 (replaces RFC 1357)
-#     * Other formats
-
-
-
-
-
-
-1;
-
-
-__END__
-
-
-
-
-
-
diff --git a/blib/lib/Reference/Field/Author.pm b/blib/lib/Reference/Field/Author.pm
deleted file mode 100644 (file)
index e0ff48c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,330 +0,0 @@
-# This module is part of da_reference, and is released under the terms
-# of the GPL version 2, or any later version, at your option. See the
-# file README and COPYING for more information.
-
-# Copyright 2003, 2004 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
-# $Id: Author.pm 42 2009-03-20 06:29:46Z don $
-
-package Reference::Field::Author;
-
-=head1 NAME
-
-Reference::Field::Author --
-
-=head1 SYNOPSIS
-
-
-=head1 DESCRIPTION
-
-
-=head1 TODO
-
-XXX Allow the corresponding author to be set explicitely
-
-XXX To do this, we need to break away from using the author field as
-an arrayref, and instead use a hashref with the author fields, and a
-specific corresponding author setting. [This should probaly be de
-riguer for other fields as well.]
-
-=head1 BUGS
-
-None known.
-
-=cut
-
-
-use strict;
-use vars qw($REVISION $DEBUG);
-
-use NEXT;
-use Params::Validate qw(:types validate_with);
-
-BEGIN{
-     ($REVISION) = q$LastChangedRevision: 42 $ =~ /\$LastChangedRevision:\s+([^\s+])/;
-     $DEBUG = 0 unless defined $DEBUG;
-}
-
-
-=head2 author
-
-=head3 Usage
-
-
-
-=head3 Function
-
-=head3 Returns
-
-=head3 Args
-
-=cut
-
-sub author{
-     my $self = shift;
-     my %params;
-     if (scalar(@_) == 1) {
-         $params{author} = shift;
-         $params{output} = 'scalar';
-         $params{add_author} = 0;
-         $params{del_author} = 0;
-     }
-     else {
-         %params = validate_with(params => \@_,
-                                 spec   => {author => {type     => ARRAYREF|SCALAR|HASHREF,
-                                                       optional => 1,
-                                                      },
-                                            add_author => {type    => BOOLEAN,
-                                                           default => 0,
-                                                          },
-                                            del_author => {type    => BOOLEAN,
-                                                           default => 0,
-                                                          },
-                                            output => {default => 'scalar',
-                                                       type    => SCALAR,
-                                                      },
-                                           },
-                                );
-     }
-     # Update author according to the passed information
-     if (defined $params{author}) {
-              $self->{reference}->{author} = {authors              => [],
-                                              first_author         => 0,
-                                              corresponding_author => -1,
-                                             } unless $params{add_author};
-         # We can't handle things like Smith, Jones, Paul, Rue; for
-         # obvious reasons. If you must do something so broken, you
-         # have to go Smith, Jones; Paul, Rue; or Smith, Jones and
-         # Paul, Rue.
-         if (not ref($params{author}) and ($params{author} =~ /\sand\,?\s/ or $params{author} =~ /\w\;\s/)) {
-              $params{author} = [grep /\w/, split (/\s*and,?\s*|\;\s*/,$params{author})];
-         }
-         $params{author} = [$params{author}] unless ref($params{author}) eq 'ARRAY';
-         foreach my $author (@{$params{author}}) {
-              my $author_info = _parse_author($author);
-              if (not $params{del_author}) {
-                   push @{$self->{reference}{author}{authors}},$author_info;
-              }
-              else {
-                   _delete_author($author_info,$author->{reference}{author}{authors});
-              }
-         }
-     }
-
-     local $_ = $params{output};
-     if (/bibtex/) {
-         return join(' and ',map {$_->{full}} @{$self->{reference}{author}{authors}});
-     }
-      else {
-          return join(', ',map {$_->{full}} @{$self->{reference}{author}{authors}});
-     }
-
-}
-
-=head2 corresponding_author
-
-     my $corresponding_author = $ref->corresponding_author;
-
-Returns the corresponding author (the last author listed.)
-
-=cut
-
-sub corresponding_author{
-     my $self = shift;
-
-     my %params = validate_with(params => \@_,
-                               spec   => {output => {default => 'scalar',
-                                                     type    => SCALAR,
-                                                    },
-                                         },
-                              );
-     local $_ = $params{output};
-     if (/bibtex/) {
-         return $self->{reference}{author}{authors}[$self->{reference}{author}{corresponding_author}]{full};
-     }
-     elsif (/last/) {
-        return $self->{reference}{author}{authors}[$self->{reference}{author}{corresponding_author}]{last};
-     }
-     else {
-         return $self->{reference}{author}{authors}[$self->{reference}{author}{corresponding_author}]{full};
-     }
-}
-
-=head2 first_author
-
-     my $first_author = $ref->first_author;
-
-Returns the first author (primary author.)
-
-=cut
-
-sub first_author{
-     my $self = shift;
-     my %params = validate_with(params => \@_,
-                               spec   => {output => {default => 'scalar',
-                                                     type    => SCALAR,
-                                                    },
-                                         },
-                              );
-     local $_ = $params{output};
-     if (/bibtex/) {
-         return $self->{reference}{author}{authors}[$self->{reference}{author}{first_author}]{full} || '';
-     }
-     elsif (/last/) {
-        return $self->{reference}{author}{authors}[$self->{reference}{author}{first_author}]{last};
-     }
-     else {
-         return $self->{reference}{author}{authors}[$self->{reference}{author}{first_author}]{full} || '';
-     }
-}
-
-
-=head2 _parse_author
-
-     my $author_info = _parse_author($author);
-
-Parses the author and returns an author record.
-
-Author record
-
-The author can be specified in a few different ways:
-
-=over
-
-=item SCALAR Author Name
-
-=over
-
-=item SMITH John W.
-
-=item Smith JW
-
-=item John W. Smith
-
-=item John Wilkenson Smith
-
-=item HASHREF Author structure
-
-=item ARRAYREF Author Name
-
-=back
-
-In these cases, the author's name should be parsed appropriately. [XXX
-Needs to be extended to handle Smith, John W. appropriately.]
-
-
-=cut
-
-sub _parse_author($){
-     my ($author) = @_;
-
-     warn "Undefined author" and return undef if not defined $author;
-
-     # the author information
-     my %au = ();
-     if (not ref($author)) {
-         # UGH. Try to figure out the author.
-         if ($author =~ /^\s*([A-Z]+)\s+([\w\s]+?)(?:\s*([A-Z])\.)?\s*$/) { # SMITH John W.
-              $au{first} = ucfirst(lc($2)) || '';
-              $au{last} = ucfirst(lc($1)) || '';
-              $au{middle} = $3 || '';
-              $au{initials} = (($au{first} ne '')?uc(substr($au{first},0,1)):'') . 
-                   (($au{middle} ne '')?uc(substr($au{middle},0,1)):'');
-              $au{full} = join(' ',grep /\w/,($au{first},$au{middle},$au{last}));
-         }
-         elsif ($author =~ /^\s*([A-Z][\w\s]*?)\s+([A-Z]+)\s*$/) { # Smith JW
-              $au{first} = $2 || '';
-              $au{middle} = '';
-              if (length $au{first} > 1) {
-                   $au{middle} = substr($au{first},1);
-                   $au{first} = substr($au{first},0,1);
-              }
-              $au{last} = $1;
-              $au{initials} = $2;
-              $au{full} = join(' ',grep /\w/, ($au{first},$au{middle},$au{last}))
-         }
-         elsif ($author =~ /^\s*([A-Z][\w]*?)\s+(?:([A-Z])\.|([A-Z][\w\s]*?)\s+)?\s*([A-Z][\w]*)\s*$/){ # John W. Smith or John Wilkinson Smith
-              $au{first} = $1;
-              $au{middle} = $2 || $3 || '';
-              $au{last} = $4;
-              $au{full} = join(' ',grep /\w/, ($au{first},$au{middle},$au{last}));
-         }
-         # XXX Handle Smith, John Wilkinson; Smith, JW; and Smith, John W.
-         else {
-              warn "Couldn't handle author $author";
-              $au{full} = $author;
-         }
-     }
-     elsif (ref $author eq 'ARRAY') {
-         warn "Author was empty" unless scalar @{$author};
-         $au{full} = join(' ',grep /\w/, @{$author});
-         $au{last} = $author->[-1];
-         $au{first} = $author->[0] if scalar @{$author} > 1;
-         $au{middle} = join(' ',grep /\w/,@{$author}[1..($#{$author}-1)]) if scalar @{$author} > 2;
-         $au{initials} = (($au{first} ne '')?uc(substr($au{first},0,1)):'') .
-              (($au{middle} ne '')?uc(substr($au{middle},0,1)):'');
-     }
-     elsif (ref $author eq 'HASH') {
-         foreach my $key (qw(full last middle first initials)) {
-              $au{$key} = '';
-              $au{$key} = $author->{$key} if exists $author->{$key} and defined $author->{$key};
-         }
-         $au{full} = join(' ',grep /\w/, ($au{first},$au{middle},$au{last})) if $au{full} eq '';
-         $au{initials} = (($au{first} ne '')?uc(substr($au{first},0,1)):'') .
-              (($au{middle} ne '')?uc(substr($au{middle},0,1)):'') if $au{initials} eq '';
-     }
-     else {
-         warn "Unknown reference: $author";
-         return undef;
-     }
-     return \%au;
-}
-
-=head2 _delete_author
-
-     
-
-
-XXX NOT IMPLEMENTED
-
-=cut
-
-sub _delete_author($$){
-     my ($author_info,$author_list) = @_;
-
-     die "NOT IMPLEMENTED";
-}
-
-
-=head2 _init
-
-Called by Reference's new function
-
-Call superclass's _init function [C<$self->NEXT::_init>], sets up the
-author list reference.
-
-=cut
-
-sub _init{
-     my $self = shift;
-
-     $self->{reference}->{author} = {authors => [],
-                                    first_author => 0,
-                                    corresponding_author => -1,
-                                   };
-
-     $self->NEXT::_init;
-
-}
-
-
-
-1;
-
-
-__END__
-
-
-
-
-
-
diff --git a/blib/lib/Reference/Field/Date.pm b/blib/lib/Reference/Field/Date.pm
deleted file mode 100644 (file)
index 7768772..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,178 +0,0 @@
-# This module is part of da_reference, and is released
-# under the terms of the GPL version 2, or any later version. See the
-# file README and COPYING for more information.
-# Copyright 2003 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
-# $Id: Date.pm 42 2009-03-20 06:29:46Z don $
-
-package Reference::Field::Date;
-
-=head1 NAME
-
- --
-
-=head1 SYNOPSIS
-
-
-=head1 DESCRIPTION
-
-
-=head1 BUGS
-
-None known.
-
-=cut
-
-
-use strict;
-use vars qw($REVISION $DEBUG);
-
-use NEXT;
-use Params::Validate qw(:types validate_with);
-use Date::Manip;
-
-
-BEGIN{
-     ($REVISION) = q$LastChangedRevision: 42 $ =~ /\$LastChangedRevision:\s+([^\s+])/;
-     $DEBUG = 0 unless defined $DEBUG;
-}
-
-=head2 date
-
-     
-
-XXX DOCUMENT ME
-
-=cut
-
-
-sub date{
-     my $self = shift;
-     my %params;
-     if (scalar(@_) == 1) {
-         $params{date} = shift;
-         $params{output} = 'scalar';
-     }
-     else {
-         %params = validate_with(params => \@_,
-                                 spec   => {date  => {type     => ARRAYREF|SCALAR|HASHREF|UNDEF,
-                                                      optional => 1,
-                                                     },
-                                            day   => {type => SCALAR|UNDEF,
-                                                      optional => 1,
-                                                     },
-                                            year  => {type => SCALAR|UNDEF,
-                                                      optional => 1,
-                                                     },
-                                            month => {type => SCALAR|UNDEF,
-                                                      optional => 1,
-                                                     },
-                                            output => {default => 'scalar',
-                                                       type    => SCALAR,
-                                                      },
-                                           },
-                                );
-     }
-     # Update author according to the passed information
-     if (defined $params{day} or defined $params{year} or defined $params{month}) {
-         $self->{reference}->{date}->{day}    = $params{day}   if defined $params{day};
-         $self->{reference}->{date}->{year}   = $params{year}  if defined $params{year};
-         $self->{reference}->{date}->{month}  = $params{month} if defined $params{month};
-     }
-     elsif (defined $params{date}) {
-         $self->{reference}->{date} = {day   => undef,
-                                       year  => undef,
-                                       month => undef,
-                                      };
-         my $date = ParseDate($params{date});
-         $self->{reference}->{date}->{unix} = $date;
-         ($self->{reference}->{date}->{day},
-          $self->{reference}->{date}->{year},
-          $self->{reference}->{date}->{month}) = UnixDate($date,qw(%e %Y %m));
-     }
-
-     local $_ = $params{output};
-     if (/bibtex/) {
-         return UnixDate($self->{reference}->{date}->{unix},'%B %e %Y') if defined $self->{reference}->{date}->{unix};
-         return join(' ',$self->{reference}->{date}->{day},$self->{reference}->{date}->{year},$self->{reference}->{date}->{month});
-     }
-     elsif (/year/) {
-        return UnixDate($self->{reference}->{date}->{unix},'%Y') if defined $self->{reference}->{date}->{unix};
-        return $self->{reference}->{date}->{year};
-     }
-     else {
-         return UnixDate($self->{reference}->{date}->{unix},'%B %e %Y') if defined $self->{reference}->{date}->{unix};
-         return join(' ',$self->{reference}->{date}->{day},$self->{reference}->{date}->{year},$self->{reference}->{date}->{month});
-     }
-}
-
-=head2 year
-
-     
-
-Returns the year associated with the date field
-
-
-=cut
-
-
-sub year{
-     my $self = shift;
-
-     return $self->{reference}->{date}->{year};
-}
-
-=head2 day
-
-     
-
-Returns the day associated with the date field
-
-=cut
-
-sub day{
-     my $self = shift;
-
-     return $self->{reference}->{date}->{day};
-}
-
-=head2 month
-
-     
-
-Returns the month associated with the date field
-
-=cut
-
-sub month{
-     my $self = shift;
-
-     return $self->{reference}->{date}->{month};
-}
-
-
-sub _init{
-     my $self = shift;
-
-     $self->{reference}->{date} = {month => undef,
-                                  year  => undef,
-                                  day   => undef,
-                                  unix  => undef,
-                                 };
-
-     $self->NEXT::_init;
-
-}
-
-
-
-
-1;
-
-
-__END__
-
-
-
-
-
-
diff --git a/blib/lib/Reference/Field/Journal.pm b/blib/lib/Reference/Field/Journal.pm
deleted file mode 100644 (file)
index ad5639a..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,110 +0,0 @@
-# This module is part of da_reference, and is released
-# under the terms of the GPL version 2, or any later version. See the
-# file README and COPYING for more information.
-# Copyright 2003 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
-# $Id: Journal.pm 44 2013-09-10 00:37:13Z don $
-
-package Reference::Field::Journal;
-
-=head1 NAME
-
- --
-
-=head1 SYNOPSIS
-
-
-=head1 DESCRIPTION
-
-
-=head1 BUGS
-
-None known.
-
-=cut
-
-
-use strict;
-use vars qw($REVISION $DEBUG @JOURNAL_FIELDS);
-
-use NEXT;
-use Params::Validate qw(:types validate_with);
-
-BEGIN{
-     ($REVISION) = q$LastChangedRevision: 44 $ =~ /\$LastChangedRevision:\s+([^\s+])/;
-     $DEBUG = 0 unless defined $DEBUG;
-     @JOURNAL_FIELDS = qw(title medlineabbr isoabbr nlmid issn eissn publisher pmid);
-}
-
-
-sub _init{
-     my $self = shift;
-
-     $self->{reference}->{journal} = {};
-     @{$self->{reference}->{journal}}{@JOURNAL_FIELDS} = (undef) x scalar @JOURNAL_FIELDS;
-
-     $self->NEXT::_init;
-
-}
-
-sub journal{
-     my $self = shift;
-     my %params;
-     if (scalar(@_) == 1) {
-         $params{journal} = shift;
-         $params{output} = 'scalar';
-     }
-     else {
-         my %spec;
-         @spec{@JOURNAL_FIELDS} = ({type => SCALAR|UNDEF,optional=>1}) x scalar @JOURNAL_FIELDS;
-         %params = validate_with(params => \@_,
-                                 spec   => {journal     => {type     => SCALAR,
-                                                            optional => 1,
-                                                           },
-                                            output      => {type     => SCALAR,
-                                                            default  => 'scalar',
-                                                           },
-                                            %spec,
-                                           },
-                                );
-     }
-     # Were we called using $reference->journal(foo=>bar) {ignoring journal=>bar} ?
-     my $using_param_call = 0;
-     foreach my $key (@JOURNAL_FIELDS) {
-         $using_param_call = 1 and last if exists $params{$key} and defined $params{$key};
-     }
-     if ($using_param_call) {
-         foreach my $key (@JOURNAL_FIELDS) {
-              $self->{reference}->{journal}->{$key} = $params{$key} if exists $params{$key} and defined $params{$key};
-         }
-     }
-     elsif (defined $params{journal}) {
-         $self->{reference}->{journal}->{title} = $params{journal};
-     }
-
-     local $_ = $params{output};
-     if (/bibtex/) {
-         my $title = $self->{reference}->{journal}->{medlineabbr} || $self->{reference}->{journal}->{title};
-         $title =~ s/\s//g;
-         return $title;
-     } elsif (/medline/) {
-         return $self->{reference}->{journal}->{medlineabbr} || $self->{reference}->{journal}->{title};
-     } elsif (/iso/) {
-         return $self->{reference}->{journal}->{isoabbr} || $self->{reference}->{journal}->{title};
-     }
-     else {
-         return $self->{reference}->{journal}->{title};
-     }
-}
-
-
-
-1;
-
-
-__END__
-
-
-
-
-
-
diff --git a/blib/lib/Reference/Field/Pages.pm b/blib/lib/Reference/Field/Pages.pm
deleted file mode 100644 (file)
index 8e1c1c2..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,109 +0,0 @@
-# This module is part of da_reference, and is released
-# under the terms of the GPL version 2, or any later version. See the
-# file README and COPYING for more information.
-# Copyright 2003 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
-# $Id: Pages.pm 45 2013-09-10 18:05:31Z don $
-
-package Reference::Field::Pages;
-
-=head1 NAME
-
- --
-
-=head1 SYNOPSIS
-
-
-=head1 DESCRIPTION
-
-
-=head1 BUGS
-
-None known.
-
-=cut
-
-
-use strict;
-use vars qw($REVISION $DEBUG);
-
-use NEXT;
-use Params::Validate qw(:types validate_with);
-
-BEGIN{
-     ($REVISION) = q$LastChangedRevision: 45 $ =~ /\$LastChangedRevision:\s+([^\s+])/;
-     $DEBUG = 0 unless defined $DEBUG;
-}
-
-
-sub _init{
-     my $self = shift;
-
-     $self->{reference}->{pages} = {start => undef,
-                                   stop  => undef,
-                                  };
-
-     $self->NEXT::_init;
-
-}
-
-sub pages{
-     my $self = shift;
-     my %params;
-     if (scalar(@_) == 1) {
-         $params{pages} = shift;
-         $params{output} = 'scalar';
-     }
-     else {
-         %params = validate_with(params => \@_,
-                                 spec   => {pages => {type     => ARRAYREF|SCALAR|HASHREF,
-                                                      optional => 1,
-                                                     },
-                                            start => {type => SCALAR,
-                                                      optional => 1,
-                                                     },
-                                            stop  => {type => SCALAR,
-                                                      optional => 1,
-                                                     },
-                                            output => {default => 'scalar',
-                                                       type    => SCALAR,
-                                                      },
-                                           },
-                                );
-     }
-     # Update author according to the passed information
-     if (defined $params{start} or defined $params{stop}) {
-         $self->{reference}->{pages}->{start} = $params{start} if defined $params{start};
-         $self->{reference}->{pages}->{stop}  = $params{stop} if defined $params{stop};
-     }
-     elsif (defined $params{pages}) {
-         $self->{reference}->{pages} = {start => undef,
-                                        stop  => undef,
-                                       };
-         ($self->{reference}->{pages}->{start},$self->{reference}->{pages}->{stop}) = split(/\-+/,$params{pages});
-     }
-
-     if (wantarray) {
-         return grep {defined} ($self->{reference}->{pages}->{start},$self->{reference}->{pages}->{stop});
-     }
-     local $_ = $params{output};
-     if (/bibtex/) {
-         return join('--',map {defined $_ ? $_ : ()} ($self->{reference}->{pages}->{start},$self->{reference}->{pages}->{stop}));
-     }
-     else {
-         return join('-',map {defined $_ ? $_ : ()} ($self->{reference}->{pages}->{start},$self->{reference}->{pages}->{stop}));
-     }
-
-}
-
-
-
-1;
-
-
-__END__
-
-
-
-
-
-
diff --git a/blib/lib/Reference/Output/Bibtex.pm b/blib/lib/Reference/Output/Bibtex.pm
deleted file mode 100644 (file)
index 06cd71d..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,379 +0,0 @@
-# This module is part of da_reference, and is released under the terms
-# of the GPL version 2, or any later version, at your option. See the
-# file README and COPYING for more information.
-# Copyright 2004 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
-# $Id: Bibtex.pm 45 2013-09-10 18:05:31Z don $
-
-package Reference::Output::Bibtex;
-
-=head1 NAME
-
-Reference::Output::Bibtex -- Output references in BibTeX format
-
-=head1 SYNOPSIS
-
-     print bibtex($reference);
-
-Returns a reference formatted in bibtex format.
-
-=head1 DESCRIPTION
-
-Knows how to handle the reference-> bibtex field mapping for many
-reference types, but overridden types may need to provide their own
-mapping.
-
-
-=head1 BUGS
-
-None known.
-
-=cut
-
-use warnings;
-use strict;
-use vars qw($REVISION $DEBUG @EXPORT @EXPORT_OK %EXPORT_TAGS);
-
-use base qw(Exporter);
-
-use Encode qw(encode_utf8 is_utf8 decode decode_utf8);
-use Text::Iconv;
-
-
-BEGIN{
-     ($REVISION) = q$LastChangedRevision: 45 $ =~ /\$LastChangedRevision:\s+([^\s+])/;
-     $DEBUG = 0 unless defined $DEBUG;
-
-     @EXPORT = qw(bibtex);
-     @EXPORT_OK = qw();
-     %EXPORT_TAGS = (output => [qw(bibtex)],
-                   );
-     Exporter::export_ok_tags(qw(output));
-     $EXPORT_TAGS{all} = [@EXPORT_OK];
-
-}
-
-# Assigned and discussed at the end of this file
-my %bibtex_mapping;
-
-use Carp;
-use Params::Validate qw(:types validate_with);
-use Text::Wrap;
-
-
-=head2 bibtex
-
-     print bibtex $reference;
-     %bibtex = bibtex $reference;
-     print bibtex($reference,mapping=>{...})
-
-In scalar context, returns a formatted bibtex entry, suitable for
-printing. In list context, returns a hash of key, value pairs which
-can be used to print a formatted bibtex entry.
-
-You can also pass an optional mapping to be used for making the bibtex
-entry. See B<bibtex_mapping> for the details.
-
-The mappings are obeyed in the following order, the first taking
-precedence over the last.
-
-=over
-
-=item Passed mapping
-
-=item Object's bibtex_mapping
-
-=item Internal bibtex_mapping (%Reference::Output::Bibtex::bibtex_mapping)
-
-=back
-
-Returns a SCALAR bibtex reference in scalar context, a HASH bibtex
-reference in list context
-
-=cut
-
-sub bibtex{
-     my $reference = shift;
-
-     # Parse options if any
-     my %param = validate_with(params => \@_,
-                              spec   => {mapping => {type     => HASHREF,
-                                                     optional => 1,
-                                                    },
-                                        },
-                             );
-
-     my $mapping = undef;
-
-     # Use our mapping by default if it exists
-     $mapping = $bibtex_mapping{lc($reference->{type})} if exists $bibtex_mapping{lc($reference->{type})};
-     # Override that with the module's mapping
-     $mapping = $reference->{bibtex_mapping} if exists $reference->{bibtex_mapping};
-     # Finally, override everything with passed mapping
-     $mapping = $param{mapping} if exists $param{mapping};
-
-     if (not defined $mapping) {
-         carp "This reference type doesn't support bibtex output.";
-         return undef;
-     }
-
-     my %bibtex_entry;
-     foreach my $bibtex_field (keys %{$mapping->{mapping}}) {
-         my $params = [];
-         if (ref $bibtex_field) {
-              $params = $$bibtex_field{params} if exists $$bibtex_field{params};
-              $bibtex_field = $$bibtex_field{field};
-         }
-         my $function = $reference->can($mapping->{mapping}->{$bibtex_field});
-         next unless $function;
-         $bibtex_entry{$bibtex_field} = &{$function}($reference,output=>'bibtex',@$params);
-         # dereference the entries if necessesary.
-         next unless wantarray;
-         # Make new copies of the entries if necessary so we can
-         # mogrify to our hearts content.
-         if (ref($bibtex_entry{$bibtex_field}) eq 'HASH') {
-              $bibtex_entry{$bibtex_field} = {%{$bibtex_entry{$bibtex_field}}};
-         }
-         elsif (ref($bibtex_entry{$bibtex_field}) eq 'ARRAY') {
-              $bibtex_entry{$bibtex_field} = [@{$bibtex_entry{$bibtex_field}}];
-         }
-     }
-     # Return the entries in hash form if desired.
-     return %bibtex_entry if wantarray;
-     # Ok, stich the bibtex entry together...
-     my $bibtex_entry;
-     $bibtex_entry = '@'.$mapping->{order}[0].'{'.encode_utf8(convert_to_utf8($bibtex_entry{$mapping->{order}[0]})).",\n";
-     foreach my $bibtex_field (@{$mapping->{order}}[1..$#{$mapping->{order}}]) {
-         next unless defined $bibtex_entry{$bibtex_field};
-         if (ref $bibtex_entry{$bibtex_field} eq 'ARRAY') {
-          next unless @{$bibtex_entry{$bibtex_field}};
-              if (ref $mapping->{mapping}{$bibtex_field}) {
-                   if (exists $mapping->{mapping}{$bibtex_field}{code}) {
-                        local $_ = $bibtex_entry{$bibtex_field};
-                        eval $mapping->{mapping}{$bibtex_field}{code};
-                        carp "Error while executing code to assemble bibtex entry: $@" if $@;
-                   }
-                   elsif (exists $mapping->{mapping}{$bibtex_field}{join}) {
-                        $bibtex_entry{$bibtex_field} = join($mapping->{mapping}{$bibtex_field}{join},
-                                                            @{$bibtex_entry{$bibtex_field}});
-                   }
-                   else {
-                        carp "$bibtex_field is an ARRAYREF, joining using commas";
-                        $bibtex_entry{$bibtex_field} = join(', ', @{$bibtex_entry{$bibtex_field}});
-                   }
-              }
-              else {
-                   carp "$bibtex_field is an ARRAYREF, joining using commas";
-                   $bibtex_entry{$bibtex_field} = join(', ', @{$bibtex_entry{$bibtex_field}});
-              }
-         }
-         my $entry = $bibtex_entry{$bibtex_field};
-         $entry =~ s/%/\\%/g;
-      $entry = encode_utf8(convert_to_utf8($entry));
-      my $start = "{";
-      my $stop = "}";
-      if ($bibtex_field eq 'journal') {
-          $start = "";
-          $stop = "";
-      }
-         $bibtex_entry .= wrap(' ' x 4,' ' x 8 . ' ' x length($bibtex_field),"$bibtex_field = $start".$entry."$stop,\n");
-     }
-     $bibtex_entry .= "}\n";
-     return $bibtex_entry;
-}
-
-=head2 bibtex_mapping
-
-      $Reference::Output::Bibtex::bibtex_mapping{Article} =
-        {mapping => {author   => {field  => 'author',
-                                  join   => ' and ',
-                                  params => [],
-                                 },
-                     volume   => 'volume',
-                     Articlce => 'name',
-                     foo      => 'bar',
-                    },
-         order => [qw(name author volume foo)],
-        };
-
-This variable holds the mapping to bibtex output.
-
-Each type of reference has its own keys. Currently the following types
-are supported by the Bibtex output method:
-
-=over
-
-=item article
-
-=item collection
-
-=item book
-
-=back
-
-If you wish to add support for your own custom reference type, you
-merely need to add a bibtex_mapping element to your class's hashref,
-or add to this variable. [Preferbly the former, as the latter should
-only be used by the end user.]
-
-The mapping key in the reference type hashref is a hashref containing
-key value pairs according to the following metric:
-
-=over
-
-=item If the mapping key value is not a reference, the value is used
-as the name function to call via C<$reference->field>. [In the example
-above, the volume mapping is built by a call to
-C<$reference->volume>].
-
-=item If the mapping key value is a hashref, the hashref contains two
-keys. The C<field> key contains the name of the function to call. The
-C<params> key contains the parameters
-
-=back
-
-The order key in the reference type hashref is an arrayref which
-defines the order in which keys are listed in the BibTeX
-output. Values in the arrayref should be the keys of the mapping
-hashref. [The first value listed is the type of reference/reference
-name pair.]
-
-
-=cut
-
-
-%bibtex_mapping =
-(article => {mapping => {Article  => 'name',
-                        author   => 'author',
-                        title    => 'title',
-                        journal  => 'journal',
-                        year     => 'year',
-                        key      => 'keywords',
-                        volume   => 'volume',
-                        number   => 'number',
-                        pages    => 'pages',
-                        month    => 'month',
-                        abstract => 'abstract',
-                        pmid     => 'pmid',
-                        mlid     => 'medline_id',
-                        doi      => 'doi',
-                        html     => 'html',
-                        pdf      => 'pdf',
-                       },
-            order   => [qw(Article author title journal
-                           year key volume number pages
-                           month abstract pmid mlid doi
-                           html pdf),
-                       ],
-           },
- book    => {mapping => {Book     => 'name',
-                        author   => 'author',
-                        title    => 'title',
-                        year     => 'year',
-                        key      => 'keywords',
-                        volume   => 'volume',
-                        number   => 'number',
-                        pages    => 'pages',
-                        month    => 'month',
-                        abstract => 'abstract',
-                        doi      => 'doi',
-                        # html   => 'html',
-                        # pdf    => 'pdf',
-                       },
-            order   => [qw(Article author title journal
-                           year key volume number pages
-                           month abstract doi html pdf),
-                       ],
-           },
-);
-
-=head2 convert_to_utf8
-
-    $utf8 = convert_to_utf8("text","charset");
-
-=cut
-
-sub convert_to_utf8 {
-    my ($data,$charset,$internal_call) = @_;
-    $internal_call //= 0;
-    if (is_utf8($data)) {
-        # cluck("utf8 flag is set when calling convert_to_utf8");
-        return $data;
-    }
-    if (not length $data) {
-        return $data;
-    }
-    $charset = uc($charset//'UTF-8');
-    if ($charset eq 'RAW') {
-        # croak("Charset must not be raw when calling convert_to_utf8");
-    }
-    my $iconv_converter;
-    eval {
-        $iconv_converter = Text::Iconv->new($charset,"UTF-8") or
-            die "Unable to create converter for '$charset'";
-    };
-    if ($@) {
-        return undef if $internal_call;
-        warn $@;
-        # We weren't able to create the converter, so use Encode
-        # instead
-        return __fallback_convert_to_utf8($data,$charset);
-    }
-    my $converted_data = $iconv_converter->convert($data);
-    # if the conversion failed, retval will be undefined or perhaps
-    # -1.
-    my $retval = $iconv_converter->retval();
-    if (not defined $retval or
-        $retval < 0
-       ) {
-        # try iso8559-1 first
-        if (not $internal_call) {
-            my $call_back_data = convert_to_utf8($data,'ISO8859-1',1);
-            # if there's an Ã (0xC3), it's probably something
-            # horrible, and we shouldn't try to convert it.
-            if (defined $call_back_data and $call_back_data !~ /\x{C3}/) {
-                # warn "failed to convert to utf8 (charset: $charset, data: $data), but succeeded with ISO8859-1: ".encode_utf8($call_back_data);
-                return $call_back_data;
-            }
-        }
-        warn "failed to convert to utf8 (charset: $charset, data: $data)";
-        # Fallback to encode, which will probably also fail.
-        return __fallback_convert_to_utf8($data,$charset);
-    }
-    return decode("UTF-8",$converted_data);
-}
-
-# this returns data in perl's internal encoding
-sub __fallback_convert_to_utf8 {
-     my ($data, $charset) = @_;
-     # raw data just gets returned (that's the charset WordDecorder
-     # uses when it doesn't know what to do)
-     return $data if $charset eq 'raw';
-     if (not defined $charset and not is_utf8($data)) {
-         warn ("Undefined charset, and string '$data' is not in perl's internal encoding");
-         return $data;
-     }
-     # lets assume everything that doesn't have a charset is utf8
-     $charset //= 'utf8';
-     my $result;
-     eval {
-        $result = decode($charset,$data,0);
-     };
-     if ($@) {
-         warn "Unable to decode charset; '$charset' and '$data': $@";
-         return $data;
-     }
-     return $result;
-}
-
-
-
-1;
-
-
-__END__
-
-
-
-
-
-
diff --git a/blib/lib/Reference/Output/Filename.pm b/blib/lib/Reference/Output/Filename.pm
deleted file mode 100644 (file)
index 3fd2696..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,92 +0,0 @@
-# This module is part of da_reference, and is released under the terms
-# of the GPL version 2, or any later version, at your option. See the
-# file README and COPYING for more information.
-# Copyright 2009 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
-# $Id: Filename.pm 43 2009-03-20 06:33:14Z don $
-
-package Reference::Output::Filename;
-
-=head1 NAME
-
-Reference::Output::Filename -- Output a filename for the reference
-
-=head1 SYNOPSIS
-
-     print filename($reference);
-
-Returns a filename for the reference
-
-=head1 BUGS
-
-None known.
-
-=cut
-
-
-use strict;
-use vars qw($REVISION $DEBUG @EXPORT @EXPORT_OK %EXPORT_TAGS);
-
-use base qw(Exporter);
-
-BEGIN{
-     ($REVISION) = q$LastChangedRevision: 36 $ =~ /\$LastChangedRevision:\s+([^\s+])/;
-     $DEBUG = 0 unless defined $DEBUG;
-
-     @EXPORT = qw(filename);
-     @EXPORT_OK = qw();
-     %EXPORT_TAGS = (output => [qw(filename)],
-                   );
-     Exporter::export_ok_tags(qw(output));
-     $EXPORT_TAGS{all} = [@EXPORT_OK];
-
-}
-
-# Assigned and discussed at the end of this file
-my %bibtex_mapping;
-
-use Carp;
-
-
-=head2 filename
-
-     print filename($reference).'.pdf';
-
-Returns a filename for a reference
-
-=cut
-
-sub filename{
-     my $reference = shift;
-
-     my $title = eval { $reference->title(); };
-     my $fauthor = eval { $reference->first_author(output=>'last'); };
-     my $cauthor = eval { $reference->corresponding_author(output=>'last');};
-     if (defined $fauthor and defined $cauthor and $fauthor eq $cauthor) {
-        $fauthor = undef;
-     }
-     my $journal = eval { $reference->journal(output =>'bibtex');};
-     my $volume = eval {$reference->volume();};
-     my $number = eval {$reference->number();};
-     my $page = eval{$reference->pages(output => 'bibtex');};
-     $page =~ s/\s*--\s*\d+\s*// if defined $page;
-     my $year = eval{$reference->date(output=>'year');};
-     my $pmid = eval{$reference->pmid();};
-
-     return join('_',
-                map {s/\W+/_/g; $_} map{defined $_ ?$_:()}
-                ($title,$fauthor,$cauthor,
-                 $journal,$volume,$number,$page,$year,defined $pmid?"pmid_$pmid":undef));
-
-
- }
-
-1;
-
-
-__END__
-
-
-
-
-
-
diff --git a/blib/lib/Reference/Retrieve/HTML/Miner.pm b/blib/lib/Reference/Retrieve/HTML/Miner.pm
deleted file mode 100644 (file)
index 3c934f4..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,45 +0,0 @@
-# This module is part of da_reference, and is released
-# under the terms of the GPL version 2, or any later version. See the
-# file README and COPYING for more information.
-# Copyright 2003 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
-# $Id: Miner.pm 30 2004-06-29 10:26:20Z don $
-
-package ;
-
-=head1 NAME
-
- --
-
-=head1 SYNOPSIS
-
-
-=head1 DESCRIPTION
-
-
-=head1 BUGS
-
-None known.
-
-=cut
-
-
-use strict;
-use vars qw($REVISION $DEBUG);
-
-BEGIN{
-     ($REVISION) = q$LastChangedRevision: 30 $ =~ /\$LastChangedRevision:\s+([^\s+])/;
-     $DEBUG = 0 unless defined $DEBUG;
-}
-
-
-
-1;
-
-
-__END__
-
-
-
-
-
-
diff --git a/blib/lib/Reference/Retrieve/PubMed.pm b/blib/lib/Reference/Retrieve/PubMed.pm
deleted file mode 100644 (file)
index 553245d..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,580 +0,0 @@
-# This module is part of Refence, and is released under the terms of
-# the GPL version 2, or any later version. See the file README and
-# COPYING for more information.
-# Copyright 2003 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
-# $Id: PubMed.pm 45 2013-09-10 18:05:31Z don $
-
-package Reference::Retrieve::PubMed;
-
-=head1 NAME
-
-Reference::Retrieve::PubMed -- Reference Retrieval from PubMed
-
-=head1 SYNOPSIS
-
-     my $reference = Reference::Retrieve::PubMed::get_reference(-pmid=>123456);
-     my @references = Reference::Retrieve::PubMed::get_reference(-query=>'John Smith[AUTHOR] AND 230[Pages]',limit=>50);
-
-
-=head1 DESCRIPTION
-
-Uh. Retreives references from pubmed. Yeah.
-
-=head1 BUGS
-
-None known.
-
-=cut
-
-
-use strict;
-use vars qw($REVISION $DEBUG);
-use Carp;
-
-use LWP::UserAgent;
-use XML::Simple qw(:strict);
-use Reference;
-
-use HTML::Entities;
-
-use Params::Validate qw(:types validate_with);
-
-BEGIN{
-     ($REVISION) = q$LastChangedRevision: 45 $ =~ /\$LastChangedRevision:\s+([^\s+])/;
-     $DEBUG = 0 unless defined $DEBUG;
-}
-
-
-=head2 get_reference
-
-=head3 Usage
-
-     my $reference = Reference::Retrieve::PubMed::get_reference(-pmid=>123456);
-     my @references = Reference::Retrieve::PubMed::get_reference(-query=>'John Smith[AUTHOR] AND 230[Pages]',-limit=>50);
-     my @references = Reference::Retrieve::PubMed::get_reference(-query=>{author=>'John Smith', pages=>'230'},-limit=>50)
-
-=head3 Function
-
-Retrives a reference from pubmed
-
-=head3 Returns
-
-In scalar context, effectively assumes -limit=>1 and returns the
-highest listed reference according to the order, etc. [Probably only
-usefull with -pmid.] In list context, returns all results (or until it
-hits the -limit.)
-
-=head3 Args
-
-list of arguments to select a reference or collection of references from.
-
-
-=cut
-
-sub get_reference{
-     my %options = validate_with(params => @_,
-                                spec   => {pubmed_site  => {default => 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov'},
-                                           pmid_query   => {default => '/entrez/query.fcgi?cmd=Text&db=PubMed&dopt=XML&uid='},
-                                           search_query => {default => '/htbin-post/Entrez/query?db=m&form=4&dispmax=100&html=no&dopt=u&term='},
-                                           ua_agent     => {default => "DA Reference::Retreive::PubMed/$REVISION"},
-                                           email        => {default => "don+referenceretrieve$REVISION\@donarmstrong.com"},
-                                          },
-                                allow_extra => 1,
-                               );
-     my $ua = new LWP::UserAgent(agent => $options{ua_agent});
-}
-
-sub get_reference_by_pmid($;@){
-     my %options = validate_with(params => \@_,
-                                spec   => {pmid => {type => SCALAR|ARRAYREF,
-                                                    #regex => qr/^\d+$/,
-                                                   },
-                                           pubmed_site  => {default => 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov'},
-                                           pmid_query   => {default => '/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&retmode=xml&rettype=full&id='},
-                                           search_query => {default => '/htbin-post/Entrez/query?db=m&form=4&dispmax=100&html=no&dopt=u&term='},
-                                           ua_agent     => {default => "DA Reference::Retreive::PubMed/$REVISION"},
-                                           email        => {default => "don+referenceretrieve$REVISION\@donarmstrong.com"},
-                                           useragent    => {optional => 1},
-                                          },
-                                allow_extra => 1,
-                               );
-     my $pmid = $options{pmid};
-
-     my $ua;
-     if ($options{useragent}) {
-         $ua = $options{useragent};
-     }
-     else {
-         $ua = new LWP::UserAgent(agent=>$options{ua_agent});
-     }
-     my $url = "$options{pubmed_site}$options{pmid_query}" . (ref($pmid) ? (join('&id=',@{$pmid})) : $pmid);
-     print STDERR "url: $url" if $DEBUG;
-     my $request = HTTP::Request->new('GET', $url);
-     my $response = $ua->request($request);
-     $response = $response->content;
-     print STDERR "response: $response" if $DEBUG;
-
-     # For some dumb reason, they send us xml with html
-     # entities. Ditch them.
-     #$response = decode_entities($response);
-     # It's even more freaking broken; they don't double encode them.
-     #$response =~ s/\&gt;(\s|$)/>$1/gso;
-     #$response =~ s/(?:(\s)\&lt;|&lt;(\/))/$1<$2/gso;
-     $response =~ s/&quot;/"/gso;
-
-     # Ditch any doctype
-     $response =~ s/^\s*<\?xml[^>]+>\s*//gso;
-     $response =~ s/^\s*<\!DOCTYPE[^>]+>\s*//gso;
-     # There is also a Pubmedarticleset
-     $response =~ s/^\s*<PubmedArticleSet>\s*//gso;
-     $response =~ s#</PubmedArticleSet>\s*$##gso;
-
-     # Add the opt so we get an array of PubMedArticle
-     $response = "<opt>$response</opt>";
-
-     print STDERR $response if $DEBUG;
-
-     # Figure out if there was an error in the search.
-
-     # Response should be in XML. Parse it.
-     my $xa = new XML::Simple;
-
-     my $ref_struct = $xa->XMLin($response, ForceArray => [ 'PubmedArticle' ],KeyAttr=>[]);
-
-     use Data::Dumper;
-     print STDERR Dumper($ref_struct) if $DEBUG;
-     # Handle the XML structure
-     my @references;
-     foreach my $ref (@{$ref_struct->{PubmedArticle}}) {
-         my $reference =  _create_reference_from_xml($ref,$ua);
-         if (not defined $reference) {
-              warn "Unable to create reference for $ref->{MedlineCitation}->{PMID}\n";
-         }
-         push @references, $reference;
-     }
-     if (wantarray) {
-         return @references;
-     }
-     return $references[0];
-}
-
-sub _create_reference_from_xml($$){
-     my ($ref,$ua) = @_;
-
-     # Figure out what type of reference this is. We only support
-     # Journal Articles right now.
-     my $types = {'journal article'=>'article',
-                 'letter'         =>'article',
-                  'editorial' => 'article',
-                  'review' => 'article',
-                };
-     my $ref_type = undef;
-     my $reference = undef;
-     foreach my $type (keys %{$types}) {
-         if (ref($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{PublicationTypeList}->{PublicationType}) eq 'ARRAY'){
-              my $pubtypes;
-              @{$pubtypes}{map {lc} @{$ref->{MedlineCitation}->{Article}->{PublicationTypeList}->{PublicationType}}} =
-                   (1) x @{$ref->{MedlineCitation}->{Article}->{PublicationTypeList}->{PublicationType}};
-              if ($pubtypes->{$type}) {
-                   $ref_type = $types->{$type};
-                   last;
-              }
-              else {
-                   next;
-              }
-         }
-         elsif (lc($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{PublicationTypeList}->{PublicationType}) eq lc($type)) {
-              $ref_type = $types->{$type};
-              last;
-         }
-     }
-     if (not defined $ref_type) {
-         warn "Unsupported PublicationType: ".(ref($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{PublicationTypeList}->{PublicationType})?
-                                               join(',',@{$ref->{MedlineCitation}->{Article}->{PublicationTypeList}->{PublicationType}}):
-                                               $ref->{MedlineCitation}->{Article}->{PublicationTypeList}->{PublicationType});
-         print STDERR Dumper($ref) if $DEBUG;
-         $ref_type = 'article';
-     }
-     local $_ = $ref_type;
-     if (/article/) {
-         use Reference::Type::Article;
-         $reference = new Reference::Type::Article;
-         my $xml_mapping = {author     => [ _fix_medline_authors($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{AuthorList}) ],
-                            title      => [_fix_medline_title($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{ArticleTitle})],
-                            abstract   => [_fix_medline_abstract($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{Abstract}->{AbstractText})],
-                            journal    => [_fix_medline_journal($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{Journal},
-                                                                $ref->{MedlineCitation}->{Article}->{MedlineJournalInfo},
-                                                                $ua,
-                                                                #@_, # configuration
-                                                               )],
-                            _fix_ids($ref),
-                            # pmid       => $ref->{MedlineCitation}->{PMID},
-                            # medline_id => $ref->{MedlineCitation}->{MedlineID},
-                            volume     => [_fix_medline_ditch_empty($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{Journal}->{JournalIssue}->{Volume})],
-                            date       => [_fix_medline_pubdate($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{Journal}->{JournalIssue}->{PubDate})],
-                            number     => [_fix_medline_ditch_empty($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{Journal}->{JournalIssue}->{Issue})],
-                            pages      => [_fix_medline_pages($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{Pagination}->{MedlinePgn})],
-#                           keywords   => [_fix_medline_keywords($ref->{MedlineCitation}->{MeshHeadingList},
-#                                                                $ref->{MedlineCitation}->{ChemicalList},
-#                                                               )],
-#                           &_find_pubmed_links($ref->{MedlineCitation}->{PMID},$ua),
-                           };
-         # Deal with author
-
-         foreach my $reference_key (keys %{$xml_mapping}) {
-              my $method = $reference->can($reference_key);
-              die "Reference::Type::Article was unable to handle $reference_key" if not $method;
-              if (defined $xml_mapping->{$reference_key} and $method) {
-                   if (ref($xml_mapping->{$reference_key})) {
-                &{$method}($reference,@{$xml_mapping->{$reference_key}});
-                   }
-                   else {
-                        &{$method}($reference,$xml_mapping->{$reference_key});
-                   }
-              }
-              else {
-                   warn "Reference_key $reference_key was not defined or unable to handle type of key."
-                        if not defined $xml_mapping->{$reference_key} and $DEBUG;
-              }
-         }
-         return $reference;
-     }
-}
-
-sub _fix_medline_title($){
-     my $title = shift;
-
-     $title =~ s/\.$//;
-     return $title;
-}
-
-sub _fix_medline_abstract{
-    my $abstract = shift;
-    my $ret = '';
-    if (ref($abstract) and ref($abstract) eq 'ARRAY') {
-        for my $element (@{$abstract}) {
-            $ret .= "\n" if length $ret;
-            $ret .= $element->{Label}.': '.$element->{content};
-        }
-        return $ret;
-    } else {
-        return $abstract;
-    }
-}
-
-
-sub _fix_medline_authors($){
-     my $author_list = shift;
-     $author_list = $author_list->{Author};
-     my @authors;
-     $author_list = [$author_list] if ref($author_list) ne 'ARRAY';
-     foreach my $author (@{$author_list}) {
-         my %au;
-         $au{first} = $author->{ForeName} if exists $author->{ForeName};
-         $au{last}  = $author->{LastName} if exists $author->{LastName};
-         $au{initials} = $author->{Initials} if exists $author->{Initials};
-         $au{full};
-         push @authors,\%au;
-     }
-     return (author=>\@authors);
-}
-
-=head2 _fix_medline_journal
-
-=head3 Usage
-
-     $reference->journal(_fix_medline_journal($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{Journal},
-                                             $ref->{MedlineCitation}->{Article}->{MedlineJournalInfo},
-                                             $ua,));
-
-=head3 Function
-
-From the medline citation informatino returns a properly formatted
-list of information for the journal reference listing.
-
-=head3 Args
-
-Journal information hashref
-
-medline journal information hashref
-
-user agent
-
-=cut
-
-sub _fix_medline_journal($$$;){
-     my ($journal,$medline_journal,$ua) = @_;
-     # journal takes fullname, issn, medlineabbr, pmid, and nlmuid
-     # Try to supply as much as possible.
-     # Use esearch to get pmjournalid
-     # http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=journals&term=0021-9258
-     # use esummary to retreive the journalid
-     # <?xml version="1.0"?>
-     # <!DOCTYPE eSearchResult PUBLIC "-//NLM//DTD eSearchResult, 11 May 2002//EN" "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/DTD/eSearch_020511.dtd">
-     # <eSearchResult>
-     #         <Count>1</Count>
-     #         <RetMax>1</RetMax>
-     #         <RetStart>0</RetStart>
-     #         <IdList>
-     #                 <Id>4559</Id>
-     #
-     #         </IdList>
-     #         <TranslationSet>
-     #         </TranslationSet>
-     #         <TranslationStack>
-     #                 <TermSet>
-     #                         <Term>0021-9258[All Fields]</Term>
-     #                         <Field>All Fields</Field>
-     #                         <Count>1</Count>
-     #
-     #                         <Explode>Y</Explode>
-     #                 </TermSet>
-     #         </TranslationStack>
-     # </eSearchResult>
-
-     my $ISSN = $journal->{ISSN};
-     if (ref $ISSN) {
-         $ISSN = $ISSN->{content};
-     }
-     my $url = qq(http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=journals&term=$ISSN);
-     print STDERR "url: $url" if $DEBUG;
-     my $request = HTTP::Request->new('GET', $url);
-     my $response = $ua->request($request);
-     $response = $response->content;
-     print STDERR "response: $response" if $DEBUG;
-
-     my ($journal_id) = $response =~ m#<Id>\s*(\d+)\s*</Id>#i;
-
-     # http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=journals&id=4559
-     #      <?xml version="1.0"?>
-     # <!DOCTYPE eSummaryResult PUBLIC "-//NLM//DTD eSummaryResult, 11 May 2002//EN" "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/DTD/eSummary_020511.dtd">
-     # <eSummaryResult>
-     # <DocSum>
-     #         <Id>4559</Id>
-     #         <Item Name="Title" Type="String">The Journal of biological chemistry.</Item>
-     #         <Item Name="MedAbbr" Type="String">J Biol Chem</Item>
-     #         <Item Name="IsoAbbr" Type="String">J. Biol. Chem.</Item>
-     #         <Item Name="NlmId" Type="String">2985121R</Item>
-     #
-     #         <Item Name="pISSN" Type="String">0021-9258</Item>
-     #         <Item Name="eISSN" Type="String">1083-351X</Item>
-     #         <Item Name="PublicationStartYear" Type="String">1905</Item>
-     #         <Item Name="PublicationEndYear" Type="String"></Item>
-     #         <Item Name="Publisher" Type="String">American Society for Biochemistry and Molecular Biology</Item>
-     #         <Item Name="Language" Type="String">eng</Item>
-     #
-     #         <Item Name="Country" Type="String">United States</Item>
-     # </DocSum>
-     #
-     # </eSummaryResult>
-     $url = qq(http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=journals&id=$journal_id);
-     print STDERR "url: $url" if $DEBUG;
-     $request = HTTP::Request->new('GET', $url);
-     $response = $ua->request($request);
-     $response = $response->content;
-     print STDERR "response: $response" if $DEBUG;
-
-     my %journal;
-     while ($response =~ m{^\s*(?:(?:<id>\s*(\d+)</id>)| # Match ids
-                          (?:<item\s+name=\"([^\"]+)\"\s+Type=\"String\">\s*([^<]+?)</item>))\s* # Match item Name clauses
-                          $}ixmg) {
-         if (not defined $2) {
-              $journal{id} = $1;
-         }
-         else {
-              $journal{lc($2)} = $3;
-         }
-     }
-     my %journal_mapping = (title       => q(title),
-                           medlineabbr => q(medabbr),
-                           isoabbr     => q(isoabbr),
-                           nlmid       => q(nlmid),
-                           issn        => q(pissn),
-                           eissn       => q(eissn),
-                           publisher   => q(publisher),
-                           pmid    => q(id)
-                          );
-     my @journal_entry;
-     foreach my $key (keys %journal_mapping) {
-         push @journal_entry,($key=>$journal{$journal_mapping{$key}});
-     }
-     return @journal_entry;
-}
-
-=head2 
-
-=head3 Usage
-
-     $reference->date(_fix_medline_pubdate($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{Journal}->{JournalIssue}->{PubDate}));
-
-=head3 Function
-
-=head3 Returns
-
-=head3 Args
-
-=cut
-
-sub _fix_medline_pubdate($){
-     my ($date) = shift;
-     return (year=>$date->{Year},month=>$date->{Month},day=>$date->{Day}) if exists $date->{Year};
-     # Ok... punt.
-     if (exists $date->{MedlineDate}) {
-         my ($year,$month,$day) = split /\s+/,$date->{MedlineDate};
-         return (year=>$year,month=>$month,day=>$day)
-     }
-}
-
-=head2 _fix_medline_pages
-
-=head3 Usage
-
-     pages      => [_fix_medline_pages($ref->{MedlineCitation}->{Article}->{Pagination}->{MedlinePgn})],
-
-=head3 Function
-
-Returns output with a list of pages appropriate for an Article type of
-reference.
-
-=cut
-
-sub _fix_medline_pages($){
-     my ($pagination) = @_;
-     my ($start,$stop) = $pagination =~ /(\d*)\s*\-\s*(\d*)/;
-     if (not defined $start) {
-         ($start) = $pagination =~ /(\d+)/
-     }
-     if ($start > $stop and defined $stop) {
-         # this must be a reduced page listing; fix it up
-         $stop+=$start - $start % 10 ** (int(log($stop)/log(10))+1);
-     }
-     my @return;
-     push @return, (start=>$start) if defined $start and $start ne '';
-     push @return, (stop=>$stop) if defined $stop and $stop ne '';
-     return @return;
-}
-
-sub _find_pubmed_links($$){
-     my ($pmid,$ua) = @_;
-     return ();
-     #http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/elink_help.html
-     my $url = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi?dbfrom=pubmed&cmd=llinks&id=" . (ref($pmid) ? (join('&id=',@{$pmid})) : $pmid);
-     print STDERR "url: $url" if $DEBUG;
-     my $request = HTTP::Request->new('GET', $url);
-     my $response = $ua->request($request);
-     $response = $response->content;
-     print STDERR "response: $response" if $DEBUG;
-
-     # Response should be in XML. Parse it.
-     my $xa = new XML::Simple;
-
-     my $ref_struct = $xa->XMLin($response, ForceArray => ['IdUrlSet'], KeyAttr=>[]);
-
-     use Data::Dumper;
-     print STDERR Dumper($ref_struct);# if $DEBUG;
-     # Rearange data around Id.
-     my $links = {};
-     map {$links->{$_->{Id}}=$_->{ObjUrl}} @{$ref_struct->{LinkSet}->{IdUrlList}->{IdUrlSet}};
-     foreach my $obj_url (@{$links->{$pmid}->{ObjUrl}}) {
-         next unless $obj_url->{SubjectType} = 'publishers/providers';
-         #@links = _find_links_from_url($obj_url->{Url},$ua);
-     }
-     # Find publisher link
-     # If no publisher link, use the first aggregator link.
-}
-
-=head2 _fix_ids
-
-     _fix_ids
-
-
-
-=cut
-
-sub _fix_ids {
-     my ($ref) = @_;
-
-     my %ids_known = (medline => 'medline_id',
-                     pubmed  => 'pmid',
-                     doi     => 'doi',
-                    );
-     my %ids;
-     if (exists $ref->{PubmedData}{ArticleIdList}{ArticleId}) {
-         for my $art_id (ref($ref->{PubmedData}{ArticleIdList}{ArticleId}) eq 'ARRAY' ?
-              @{$ref->{PubmedData}{ArticleIdList}{ArticleId}}:
-                   ($ref->{PubmedData}{ArticleIdList}{ArticleId})) {
-              if (exists $ids_known{$art_id->{IdType}}) {
-                   $ids{$ids_known{$art_id->{IdType}}} = $art_id->{content};
-              }
-         }
-     }
-     if (not exists $ids{pmid}) {
-         $ids{pmid} = $ref->{MedlineCitation}->{PMID} if defined $ref->{MedlineCitation}->{PMID};
-     }
-     if (not exists $ids{medline_id}) {
-         $ids{medline_id} = $ref->{MedlineCitation}->{MedlineID} if defined $ref->{MedlineCitation}->{MedlineID};
-     }
-     return %ids;
-}
-
-
-=head2 _find_links_from_url
-
-=head3 Usage
-
-=head3 Function
-
-=head3 Returns
-
-=head3 Args
-
-=cut
-
-sub _find_links_from_url($$){
-     my ($link,$ua) = @_;
-
-     
-     
-}
-
-sub _fix_medline_ditch_empty($){
-     my ($value) = @_;
-
-     if (ref($value)) {
-         if (ref($value) eq 'HASH') {
-              if (scalar keys %{$value} > 0) {
-                   return $value;
-              }
-              else {
-                   return ();
-              }
-         }
-         elsif (ref($value) eq 'ARRAY') {
-              if (scalar @{$value} > 0) {
-                   return $value;
-              }
-              else {
-                   return ();
-              }
-         }
-         else {
-              return ();
-         }
-     }
-     else {
-         return $value if defined $value;
-         return ();
-     }
-}
-
-
-1;
-
-
-__END__
-
-
-
-
-
-
diff --git a/blib/lib/Reference/Type/Article.pm b/blib/lib/Reference/Type/Article.pm
deleted file mode 100644 (file)
index b309071..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,166 +0,0 @@
-# This module is part of , and is released
-# under the terms of the GPL version 2, or any later version. See the
-# file README and COPYING for more information.
-# Copyright 2003 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
-# $Id: Article.pm 30 2004-06-29 10:26:20Z don $
-
-package Reference::Type::Article;
-
-=head1 NAME
-
-Reference::Type::Article -- Article reference type
-
-=head1 SYNOPSIS
-
-
-=head1 DESCRIPTION
-
-
-=head1 BUGS
-
-None known.
-
-=cut
-
-
-use strict;
-use vars qw($VERSION $DEBUG);
-use Carp;
-
-use base qw(Reference Reference::Field::Author Reference::Field::Pages Reference::Field::Journal Reference::Field::Date);
-
-use NEXT;
-use Reference;
-use Params::Validate qw(:types validate_with);
-
-BEGIN{
-     ($VERSION) = q$LastChangedRevision: 30 $ =~ /\$LastChangedRevision:\s+([^\s+])/;
-     $DEBUG = 0 unless defined $DEBUG;
-}
-
-
-=head2 name
-
-=head3 Usage
-
-     $article->name($article_name);
-     my $article_name = $article->name;
-
-=head3 Function
-
-Returns the article name if it has been set, or builds an article name
-from the author, journal, volume, and page if none is set.
-
-=cut
-
-sub name{
-     my $self = shift;
-     my %params;
-     if (scalar(@_) == 1) {
-         $params{name} = shift;
-     }
-     else {
-         %params = validate_with(params => \@_,
-                                 spec   => {name => {type => SCALAR,
-                                                     optional => 1,
-                                                    },
-                                            output => {type    => SCALAR,
-                                                       default => 'scalar',
-                                                      },
-                                           },
-                                );
-     }
-
-     if (defined $params{name}) {
-         $self->{reference}->{name} = $params{name};
-         return $params{name};
-     }
-     if (not defined $self->{reference}->{name}) {
-         my ($name) = $self->first_author =~ /(\w+)$/;
-         if (not defined $name) {
-              no warnings qw(uninitialized);
-              $name = $self->journal . $self->volume . $self->pages;
-         }
-         $name .= $self->year if defined $self->year;
-         $self->{reference}->{name} = $name;
-         return $name;
-     }
-     else {
-         return $self->{reference}->{name};
-     }
-}
-
-=head2 ref_fields
-
-=head3 Usage
-
-     my @ref_fields = $self->ref_fields;
-
-=head3 Returns
-
-Returns the list of reference fields which this type of reference
-supports.
-
-=cut
-
-sub ref_fields($){
-     my $self = shift;
-
-     return qw(author title year abstract journal pmid medline_id volume date number pages keywords doi html pdf month);
-}
-
-
-=head2 _init
-
-=head3 Usage
-
-Called by Reference's new function
-
-=head3 Function
-
-Call superclass's _init function [C<$self->NEXT::_init>], set up the
-bibtex_mapping and bibtex_order.
-
-=cut
-
-sub _init($){
-     my $self = shift;
-
-     $self->NEXT::_init;
-     $self->{type} = 'article';
-#     $self->{bibtex_mapping} = {Article  => 'name',
-#                              author   => 'author',
-#                              title    => 'title',
-#                              journal  => 'journal',
-#                              year     => 'year',
-#                              key      => 'keywords',
-#                              volume   => 'volume',
-#                              number   => 'number',
-#                              pages    => 'pages',
-#                              month    => 'month',
-#                              abstract => 'abstract',
-#                              pmid     => 'pmid',
-#                              mlid     => 'medline_id',
-#                              # doi    => 'doi',
-#                              # html   => 'html',
-#                              # pdf    => 'pdf',
-#                             };
-#     $self->{bibtex_order} = [qw(Article author title journal
-#                               year key volume number pages
-#                               month abstract pmid mlid doi
-#                               html pdf),];
-}
-
-
-
-
-1;
-
-
-__END__
-
-
-
-
-
-
diff --git a/blib/lib/auto/Reference/.exists b/blib/lib/auto/Reference/.exists
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/blib/man1/.exists b/blib/man1/.exists
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/blib/man1/get_reference.1p b/blib/man1/get_reference.1p
deleted file mode 100644 (file)
index 130f6e8..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,167 +0,0 @@
-.\" Automatically generated by Pod::Man 2.25 (Pod::Simple 3.16)
-.\"
-.\" Standard preamble:
-.\" ========================================================================
-.de Sp \" Vertical space (when we can't use .PP)
-.if t .sp .5v
-.if n .sp
-..
-.de Vb \" Begin verbatim text
-.ft CW
-.nf
-.ne \\$1
-..
-.de Ve \" End verbatim text
-.ft R
-.fi
-..
-.\" Set up some character translations and predefined strings.  \*(-- will
-.\" give an unbreakable dash, \*(PI will give pi, \*(L" will give a left
-.\" double quote, and \*(R" will give a right double quote.  \*(C+ will
-.\" give a nicer C++.  Capital omega is used to do unbreakable dashes and
-.\" therefore won't be available.  \*(C` and \*(C' expand to `' in nroff,
-.\" nothing in troff, for use with C<>.
-.tr \(*W-
-.ds C+ C\v'-.1v'\h'-1p'\s-2+\h'-1p'+\s0\v'.1v'\h'-1p'
-.ie n \{\
-.    ds -- \(*W-
-.    ds PI pi
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=24u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-12u'-\" diablo 10 pitch
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=20u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-8u'-\"  diablo 12 pitch
-.    ds L" ""
-.    ds R" ""
-.    ds C` ""
-.    ds C' ""
-'br\}
-.el\{\
-.    ds -- \|\(em\|
-.    ds PI \(*p
-.    ds L" ``
-.    ds R" ''
-'br\}
-.\"
-.\" Escape single quotes in literal strings from groff's Unicode transform.
-.ie \n(.g .ds Aq \(aq
-.el       .ds Aq '
-.\"
-.\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
-.\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.SS), items (.Ip), and index
-.\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
-.\" output yourself in some meaningful fashion.
-.ie \nF \{\
-.    de IX
-.    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
-..
-.    nr % 0
-.    rr F
-.\}
-.el \{\
-.    de IX
-..
-.\}
-.\"
-.\" Accent mark definitions (@(#)ms.acc 1.5 88/02/08 SMI; from UCB 4.2).
-.\" Fear.  Run.  Save yourself.  No user-serviceable parts.
-.    \" fudge factors for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds #H 0
-.    ds #V .8m
-.    ds #F .3m
-.    ds #[ \f1
-.    ds #] \fP
-.\}
-.if t \{\
-.    ds #H ((1u-(\\\\n(.fu%2u))*.13m)
-.    ds #V .6m
-.    ds #F 0
-.    ds #[ \&
-.    ds #] \&
-.\}
-.    \" simple accents for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds ' \&
-.    ds ` \&
-.    ds ^ \&
-.    ds , \&
-.    ds ~ ~
-.    ds /
-.\}
-.if t \{\
-.    ds ' \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\'\h"|\\n:u"
-.    ds ` \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\`\h'|\\n:u'
-.    ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'^\h'|\\n:u'
-.    ds , \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10)',\h'|\\n:u'
-.    ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu-\*(#H-.1m)'~\h'|\\n:u'
-.    ds / \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\z\(sl\h'|\\n:u'
-.\}
-.    \" troff and (daisy-wheel) nroff accents
-.ds : \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H+.1m+\*(#F)'\v'-\*(#V'\z.\h'.2m+\*(#F'.\h'|\\n:u'\v'\*(#V'
-.ds 8 \h'\*(#H'\(*b\h'-\*(#H'
-.ds o \\k:\h'-(\\n(.wu+\w'\(de'u-\*(#H)/2u'\v'-.3n'\*(#[\z\(de\v'.3n'\h'|\\n:u'\*(#]
-.ds d- \h'\*(#H'\(pd\h'-\w'~'u'\v'-.25m'\f2\(hy\fP\v'.25m'\h'-\*(#H'
-.ds D- D\\k:\h'-\w'D'u'\v'-.11m'\z\(hy\v'.11m'\h'|\\n:u'
-.ds th \*(#[\v'.3m'\s+1I\s-1\v'-.3m'\h'-(\w'I'u*2/3)'\s-1o\s+1\*(#]
-.ds Th \*(#[\s+2I\s-2\h'-\w'I'u*3/5'\v'-.3m'o\v'.3m'\*(#]
-.ds ae a\h'-(\w'a'u*4/10)'e
-.ds Ae A\h'-(\w'A'u*4/10)'E
-.    \" corrections for vroff
-.if v .ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu*9/10-\*(#H)'\s-2\u~\d\s+2\h'|\\n:u'
-.if v .ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'\v'-.4m'^\v'.4m'\h'|\\n:u'
-.    \" for low resolution devices (crt and lpr)
-.if \n(.H>23 .if \n(.V>19 \
-\{\
-.    ds : e
-.    ds 8 ss
-.    ds o a
-.    ds d- d\h'-1'\(ga
-.    ds D- D\h'-1'\(hy
-.    ds th \o'bp'
-.    ds Th \o'LP'
-.    ds ae ae
-.    ds Ae AE
-.\}
-.rm #[ #] #H #V #F C
-.\" ========================================================================
-.\"
-.IX Title "GET_REFERENCE 1p"
-.TH GET_REFERENCE 1p "2013-09-10" "perl v5.14.2" "User Contributed Perl Documentation"
-.\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
-.\" way too many mistakes in technical documents.
-.if n .ad l
-.nh
-.SH "NAME"
-get_reference \- Retrieve a reference from somewhere and output the
-formatted reference to STDOUT.
-.SH "SYNOPSIS"
-.IX Header "SYNOPSIS"
-get_reference [options] referenceid [referenceid ...]
-.PP
-.Vb 6
-\& Options:
-\&  \-\-pmid,\-p referenceid is a pub med id. (Default)
-\&  \-\-bibtex,\-b ouput in bibtex format (Default)
-\&  \-\-debug, \-d debugging level (Default 0)
-\&  \-\-help,\-h display this help
-\&  \-\-man,\-m display manual
-.Ve
-.SH "OPTIONS"
-.IX Header "OPTIONS"
-.IP "\fB\-\-pmid, \-p\fR" 4
-.IX Item "--pmid, -p"
-The referenceid listed is a Pub Med \s-1ID\s0. (Default)
-.IP "\fB\-\-bibtex, \-b\fR" 4
-.IX Item "--bibtex, -b"
-Output the listed referenceid in BibTeX format. (Default)
-.IP "\fB\-\-help, \-h\fR" 4
-.IX Item "--help, -h"
-Display brief useage information.
-.IP "\fB\-\-man, \-m\fR" 4
-.IX Item "--man, -m"
-Display this manual.
-.SH "EXAMPLES"
-.IX Header "EXAMPLES"
-.Vb 1
-\&     get_reference \-p \-b \-d 1 123456;
-\&
-\&     get_reference 123456;
-.Ve
diff --git a/blib/man3/.exists b/blib/man3/.exists
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/blib/man3/Reference.3pm b/blib/man3/Reference.3pm
deleted file mode 100644 (file)
index b0faef4..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,197 +0,0 @@
-.\" Automatically generated by Pod::Man 2.25 (Pod::Simple 3.16)
-.\"
-.\" Standard preamble:
-.\" ========================================================================
-.de Sp \" Vertical space (when we can't use .PP)
-.if t .sp .5v
-.if n .sp
-..
-.de Vb \" Begin verbatim text
-.ft CW
-.nf
-.ne \\$1
-..
-.de Ve \" End verbatim text
-.ft R
-.fi
-..
-.\" Set up some character translations and predefined strings.  \*(-- will
-.\" give an unbreakable dash, \*(PI will give pi, \*(L" will give a left
-.\" double quote, and \*(R" will give a right double quote.  \*(C+ will
-.\" give a nicer C++.  Capital omega is used to do unbreakable dashes and
-.\" therefore won't be available.  \*(C` and \*(C' expand to `' in nroff,
-.\" nothing in troff, for use with C<>.
-.tr \(*W-
-.ds C+ C\v'-.1v'\h'-1p'\s-2+\h'-1p'+\s0\v'.1v'\h'-1p'
-.ie n \{\
-.    ds -- \(*W-
-.    ds PI pi
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=24u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-12u'-\" diablo 10 pitch
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=20u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-8u'-\"  diablo 12 pitch
-.    ds L" ""
-.    ds R" ""
-.    ds C` ""
-.    ds C' ""
-'br\}
-.el\{\
-.    ds -- \|\(em\|
-.    ds PI \(*p
-.    ds L" ``
-.    ds R" ''
-'br\}
-.\"
-.\" Escape single quotes in literal strings from groff's Unicode transform.
-.ie \n(.g .ds Aq \(aq
-.el       .ds Aq '
-.\"
-.\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
-.\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.SS), items (.Ip), and index
-.\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
-.\" output yourself in some meaningful fashion.
-.ie \nF \{\
-.    de IX
-.    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
-..
-.    nr % 0
-.    rr F
-.\}
-.el \{\
-.    de IX
-..
-.\}
-.\"
-.\" Accent mark definitions (@(#)ms.acc 1.5 88/02/08 SMI; from UCB 4.2).
-.\" Fear.  Run.  Save yourself.  No user-serviceable parts.
-.    \" fudge factors for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds #H 0
-.    ds #V .8m
-.    ds #F .3m
-.    ds #[ \f1
-.    ds #] \fP
-.\}
-.if t \{\
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-.    ds #V .6m
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-.    ds #] \&
-.\}
-.    \" simple accents for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds ' \&
-.    ds ` \&
-.    ds ^ \&
-.    ds , \&
-.    ds ~ ~
-.    ds /
-.\}
-.if t \{\
-.    ds ' \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\'\h"|\\n:u"
-.    ds ` \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\`\h'|\\n:u'
-.    ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'^\h'|\\n:u'
-.    ds , \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10)',\h'|\\n:u'
-.    ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu-\*(#H-.1m)'~\h'|\\n:u'
-.    ds / \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\z\(sl\h'|\\n:u'
-.\}
-.    \" troff and (daisy-wheel) nroff accents
-.ds : \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H+.1m+\*(#F)'\v'-\*(#V'\z.\h'.2m+\*(#F'.\h'|\\n:u'\v'\*(#V'
-.ds 8 \h'\*(#H'\(*b\h'-\*(#H'
-.ds o \\k:\h'-(\\n(.wu+\w'\(de'u-\*(#H)/2u'\v'-.3n'\*(#[\z\(de\v'.3n'\h'|\\n:u'\*(#]
-.ds d- \h'\*(#H'\(pd\h'-\w'~'u'\v'-.25m'\f2\(hy\fP\v'.25m'\h'-\*(#H'
-.ds D- D\\k:\h'-\w'D'u'\v'-.11m'\z\(hy\v'.11m'\h'|\\n:u'
-.ds th \*(#[\v'.3m'\s+1I\s-1\v'-.3m'\h'-(\w'I'u*2/3)'\s-1o\s+1\*(#]
-.ds Th \*(#[\s+2I\s-2\h'-\w'I'u*3/5'\v'-.3m'o\v'.3m'\*(#]
-.ds ae a\h'-(\w'a'u*4/10)'e
-.ds Ae A\h'-(\w'A'u*4/10)'E
-.    \" corrections for vroff
-.if v .ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu*9/10-\*(#H)'\s-2\u~\d\s+2\h'|\\n:u'
-.if v .ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'\v'-.4m'^\v'.4m'\h'|\\n:u'
-.    \" for low resolution devices (crt and lpr)
-.if \n(.H>23 .if \n(.V>19 \
-\{\
-.    ds : e
-.    ds 8 ss
-.    ds o a
-.    ds d- d\h'-1'\(ga
-.    ds D- D\h'-1'\(hy
-.    ds th \o'bp'
-.    ds Th \o'LP'
-.    ds ae ae
-.    ds Ae AE
-.\}
-.rm #[ #] #H #V #F C
-.\" ========================================================================
-.\"
-.IX Title "Reference 3pm"
-.TH Reference 3pm "2013-09-09" "perl v5.14.2" "User Contributed Perl Documentation"
-.\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
-.\" way too many mistakes in technical documents.
-.if n .ad l
-.nh
-.SH "NAME"
-Reference \-\- Reference superclass
-.SH "SYNOPSIS"
-.IX Header "SYNOPSIS"
-.SH "DESCRIPTION"
-.IX Header "DESCRIPTION"
-.SH "BUGS"
-.IX Header "BUGS"
-None known.
-.SS "new"
-.IX Subsection "new"
-.Vb 1
-\&     my $reference = new Reference;
-.Ve
-.PP
-Creates a new reference object
-.SS "ref_fields"
-.IX Subsection "ref_fields"
-.Vb 1
-\&     @$self\->{ref_fields}{$self\->ref_fields} = (1) x $self\->ref_fields;
-.Ve
-.PP
-Returns the fields that this reference knows how to deal with (or that
-should be dealt with using ref_fields).
-.PP
-This default implementation returns an empty list, and as such should
-be overriden by all Reference::Type subclasses.
-.SS "ref_field"
-.IX Subsection "ref_field"
-.Vb 1
-\&     $reference\->ref_field(\*(Aqauthor\*(Aq,[\*(AqJohn Q. Smith\*(Aq, \*(AqRandal P. Swag\*(Aq]);
-.Ve
-.PP
-Sets the reference field to the passed value (if any) and returns the
-new value. This function is called through \s-1AUTOLOAD\s0 using the
-\&\f(CW$reference\fR\->\fIfield()\fR syntax.
-.PP
-Returns the new setting of passed field.
-.PP
-Scalar fieldname, and an optional scalar, arrayref, or hashref to set
-reference field.
-.SS "\s-1AUTOLOAD\s0"
-.IX Subsection "AUTOLOAD"
-Dispatches calls to \f(CW$reference\fR\->fieldname to
-\&\f(CW$reference\fR\->ref_field('fieldname').
-.PP
-\&\s-1XXX\s0 I really wish there was a way to tell perl that we don't want to
-\&\s-1XXX\s0 handle a call to \s-1AUTOLOAD\s0.
-.SS "can"
-.IX Subsection "can"
-.Vb 2
-\&     $obj\->can(\*(AqMETHOD\*(Aq);
-\&     Class::Modular\->can(\*(AqMETHOD\*(Aq);
-.Ve
-.PP
-Replaces \s-1UNIVERSAL\s0's can method so that handled methods are reported
-correctly. Calls UNIVERSAL::can in the places where we don't know
-anything it doesn't.
-.PP
-Returns a coderef to the method if the method is supported, undef
-otherwise.
-.SS "_init"
-.IX Subsection "_init"
-.Vb 1
-\&     $self\->_init
-.Ve
diff --git a/blib/man3/Reference::Field::Author.3pm b/blib/man3/Reference::Field::Author.3pm
deleted file mode 100644 (file)
index afdd1b4..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,224 +0,0 @@
-.\" Automatically generated by Pod::Man 2.25 (Pod::Simple 3.16)
-.\"
-.\" Standard preamble:
-.\" ========================================================================
-.de Sp \" Vertical space (when we can't use .PP)
-.if t .sp .5v
-.if n .sp
-..
-.de Vb \" Begin verbatim text
-.ft CW
-.nf
-.ne \\$1
-..
-.de Ve \" End verbatim text
-.ft R
-.fi
-..
-.\" Set up some character translations and predefined strings.  \*(-- will
-.\" give an unbreakable dash, \*(PI will give pi, \*(L" will give a left
-.\" double quote, and \*(R" will give a right double quote.  \*(C+ will
-.\" give a nicer C++.  Capital omega is used to do unbreakable dashes and
-.\" therefore won't be available.  \*(C` and \*(C' expand to `' in nroff,
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-.    ds R" ""
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-.    ds C' ""
-'br\}
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-.    ds L" ``
-.    ds R" ''
-'br\}
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-.ie \n(.g .ds Aq \(aq
-.el       .ds Aq '
-.\"
-.\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
-.\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.SS), items (.Ip), and index
-.\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
-.\" output yourself in some meaningful fashion.
-.ie \nF \{\
-.    de IX
-.    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
-..
-.    nr % 0
-.    rr F
-.\}
-.el \{\
-.    de IX
-..
-.\}
-.\"
-.\" Accent mark definitions (@(#)ms.acc 1.5 88/02/08 SMI; from UCB 4.2).
-.\" Fear.  Run.  Save yourself.  No user-serviceable parts.
-.    \" fudge factors for nroff and troff
-.if n \{\
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-.    ds #V .8m
-.    ds #F .3m
-.    ds #[ \f1
-.    ds #] \fP
-.\}
-.if t \{\
-.    ds #H ((1u-(\\\\n(.fu%2u))*.13m)
-.    ds #V .6m
-.    ds #F 0
-.    ds #[ \&
-.    ds #] \&
-.\}
-.    \" simple accents for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds ' \&
-.    ds ` \&
-.    ds ^ \&
-.    ds , \&
-.    ds ~ ~
-.    ds /
-.\}
-.if t \{\
-.    ds ' \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\'\h"|\\n:u"
-.    ds ` \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\`\h'|\\n:u'
-.    ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'^\h'|\\n:u'
-.    ds , \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10)',\h'|\\n:u'
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-.\}
-.    \" troff and (daisy-wheel) nroff accents
-.ds : \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H+.1m+\*(#F)'\v'-\*(#V'\z.\h'.2m+\*(#F'.\h'|\\n:u'\v'\*(#V'
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-.ds Th \*(#[\s+2I\s-2\h'-\w'I'u*3/5'\v'-.3m'o\v'.3m'\*(#]
-.ds ae a\h'-(\w'a'u*4/10)'e
-.ds Ae A\h'-(\w'A'u*4/10)'E
-.    \" corrections for vroff
-.if v .ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu*9/10-\*(#H)'\s-2\u~\d\s+2\h'|\\n:u'
-.if v .ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'\v'-.4m'^\v'.4m'\h'|\\n:u'
-.    \" for low resolution devices (crt and lpr)
-.if \n(.H>23 .if \n(.V>19 \
-\{\
-.    ds : e
-.    ds 8 ss
-.    ds o a
-.    ds d- d\h'-1'\(ga
-.    ds D- D\h'-1'\(hy
-.    ds th \o'bp'
-.    ds Th \o'LP'
-.    ds ae ae
-.    ds Ae AE
-.\}
-.rm #[ #] #H #V #F C
-.\" ========================================================================
-.\"
-.IX Title "Reference::Field::Author 3pm"
-.TH Reference::Field::Author 3pm "2009-03-23" "perl v5.14.2" "User Contributed Perl Documentation"
-.\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
-.\" way too many mistakes in technical documents.
-.if n .ad l
-.nh
-.SH "NAME"
-Reference::Field::Author \-\-
-.SH "SYNOPSIS"
-.IX Header "SYNOPSIS"
-.SH "DESCRIPTION"
-.IX Header "DESCRIPTION"
-.SH "TODO"
-.IX Header "TODO"
-\&\s-1XXX\s0 Allow the corresponding author to be set explicitely
-.PP
-\&\s-1XXX\s0 To do this, we need to break away from using the author field as
-an arrayref, and instead use a hashref with the author fields, and a
-specific corresponding author setting. [This should probaly be de
-riguer for other fields as well.]
-.SH "BUGS"
-.IX Header "BUGS"
-None known.
-.SS "author"
-.IX Subsection "author"
-\fIUsage\fR
-.IX Subsection "Usage"
-.PP
-\fIFunction\fR
-.IX Subsection "Function"
-.PP
-\fIReturns\fR
-.IX Subsection "Returns"
-.PP
-\fIArgs\fR
-.IX Subsection "Args"
-.SS "corresponding_author"
-.IX Subsection "corresponding_author"
-.Vb 1
-\&     my $corresponding_author = $ref\->corresponding_author;
-.Ve
-.PP
-Returns the corresponding author (the last author listed.)
-.SS "first_author"
-.IX Subsection "first_author"
-.Vb 1
-\&     my $first_author = $ref\->first_author;
-.Ve
-.PP
-Returns the first author (primary author.)
-.SS "_parse_author"
-.IX Subsection "_parse_author"
-.Vb 1
-\&     my $author_info = _parse_author($author);
-.Ve
-.PP
-Parses the author and returns an author record.
-.PP
-Author record
-.PP
-The author can be specified in a few different ways:
-.IP "\s-1SCALAR\s0 Author Name" 4
-.IX Item "SCALAR Author Name"
-.RS 4
-.PD 0
-.IP "\s-1SMITH\s0 John W." 4
-.IX Item "SMITH John W."
-.IP "Smith \s-1JW\s0" 4
-.IX Item "Smith JW"
-.IP "John W. Smith" 4
-.IX Item "John W. Smith"
-.IP "John Wilkenson Smith" 4
-.IX Item "John Wilkenson Smith"
-.IP "\s-1HASHREF\s0 Author structure" 4
-.IX Item "HASHREF Author structure"
-.IP "\s-1ARRAYREF\s0 Author Name" 4
-.IX Item "ARRAYREF Author Name"
-.RE
-.RS 4
-.PD
-.Sp
-In these cases, the author's name should be parsed appropriately. [\s-1XXX\s0
-Needs to be extended to handle Smith, John W. appropriately.]
-.RE
-.SS "_delete_author"
-.IX Subsection "_delete_author"
-\&\s-1XXX\s0 \s-1NOT\s0 \s-1IMPLEMENTED\s0
-.SS "_init"
-.IX Subsection "_init"
-Called by Reference's new function
-.PP
-Call superclass's _init function [\f(CW\*(C`$self\-\*(C'\fRNEXT::_init>], sets up the
-author list reference.
-.SH "POD ERRORS"
-.IX Header "POD ERRORS"
-Hey! \fBThe above document had some coding errors, which are explained below:\fR
-.IP "Around line 282:" 4
-.IX Item "Around line 282:"
-You forgot a '=back' before '=head2'
diff --git a/blib/man3/Reference::Field::Date.3pm b/blib/man3/Reference::Field::Date.3pm
deleted file mode 100644 (file)
index b9ee4b7..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,154 +0,0 @@
-.\" Automatically generated by Pod::Man 2.25 (Pod::Simple 3.16)
-.\"
-.\" Standard preamble:
-.\" ========================================================================
-.de Sp \" Vertical space (when we can't use .PP)
-.if t .sp .5v
-.if n .sp
-..
-.de Vb \" Begin verbatim text
-.ft CW
-.nf
-.ne \\$1
-..
-.de Ve \" End verbatim text
-.ft R
-.fi
-..
-.\" Set up some character translations and predefined strings.  \*(-- will
-.\" give an unbreakable dash, \*(PI will give pi, \*(L" will give a left
-.\" double quote, and \*(R" will give a right double quote.  \*(C+ will
-.\" give a nicer C++.  Capital omega is used to do unbreakable dashes and
-.\" therefore won't be available.  \*(C` and \*(C' expand to `' in nroff,
-.\" nothing in troff, for use with C<>.
-.tr \(*W-
-.ds C+ C\v'-.1v'\h'-1p'\s-2+\h'-1p'+\s0\v'.1v'\h'-1p'
-.ie n \{\
-.    ds -- \(*W-
-.    ds PI pi
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=24u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-12u'-\" diablo 10 pitch
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=20u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-8u'-\"  diablo 12 pitch
-.    ds L" ""
-.    ds R" ""
-.    ds C` ""
-.    ds C' ""
-'br\}
-.el\{\
-.    ds -- \|\(em\|
-.    ds PI \(*p
-.    ds L" ``
-.    ds R" ''
-'br\}
-.\"
-.\" Escape single quotes in literal strings from groff's Unicode transform.
-.ie \n(.g .ds Aq \(aq
-.el       .ds Aq '
-.\"
-.\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
-.\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.SS), items (.Ip), and index
-.\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
-.\" output yourself in some meaningful fashion.
-.ie \nF \{\
-.    de IX
-.    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
-..
-.    nr % 0
-.    rr F
-.\}
-.el \{\
-.    de IX
-..
-.\}
-.\"
-.\" Accent mark definitions (@(#)ms.acc 1.5 88/02/08 SMI; from UCB 4.2).
-.\" Fear.  Run.  Save yourself.  No user-serviceable parts.
-.    \" fudge factors for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds #H 0
-.    ds #V .8m
-.    ds #F .3m
-.    ds #[ \f1
-.    ds #] \fP
-.\}
-.if t \{\
-.    ds #H ((1u-(\\\\n(.fu%2u))*.13m)
-.    ds #V .6m
-.    ds #F 0
-.    ds #[ \&
-.    ds #] \&
-.\}
-.    \" simple accents for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds ' \&
-.    ds ` \&
-.    ds ^ \&
-.    ds , \&
-.    ds ~ ~
-.    ds /
-.\}
-.if t \{\
-.    ds ' \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\'\h"|\\n:u"
-.    ds ` \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\`\h'|\\n:u'
-.    ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'^\h'|\\n:u'
-.    ds , \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10)',\h'|\\n:u'
-.    ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu-\*(#H-.1m)'~\h'|\\n:u'
-.    ds / \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\z\(sl\h'|\\n:u'
-.\}
-.    \" troff and (daisy-wheel) nroff accents
-.ds : \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H+.1m+\*(#F)'\v'-\*(#V'\z.\h'.2m+\*(#F'.\h'|\\n:u'\v'\*(#V'
-.ds 8 \h'\*(#H'\(*b\h'-\*(#H'
-.ds o \\k:\h'-(\\n(.wu+\w'\(de'u-\*(#H)/2u'\v'-.3n'\*(#[\z\(de\v'.3n'\h'|\\n:u'\*(#]
-.ds d- \h'\*(#H'\(pd\h'-\w'~'u'\v'-.25m'\f2\(hy\fP\v'.25m'\h'-\*(#H'
-.ds D- D\\k:\h'-\w'D'u'\v'-.11m'\z\(hy\v'.11m'\h'|\\n:u'
-.ds th \*(#[\v'.3m'\s+1I\s-1\v'-.3m'\h'-(\w'I'u*2/3)'\s-1o\s+1\*(#]
-.ds Th \*(#[\s+2I\s-2\h'-\w'I'u*3/5'\v'-.3m'o\v'.3m'\*(#]
-.ds ae a\h'-(\w'a'u*4/10)'e
-.ds Ae A\h'-(\w'A'u*4/10)'E
-.    \" corrections for vroff
-.if v .ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu*9/10-\*(#H)'\s-2\u~\d\s+2\h'|\\n:u'
-.if v .ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'\v'-.4m'^\v'.4m'\h'|\\n:u'
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-.    ds Th \o'LP'
-.    ds ae ae
-.    ds Ae AE
-.\}
-.rm #[ #] #H #V #F C
-.\" ========================================================================
-.\"
-.IX Title "Reference::Field::Date 3pm"
-.TH Reference::Field::Date 3pm "2009-03-23" "perl v5.14.2" "User Contributed Perl Documentation"
-.\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
-.\" way too many mistakes in technical documents.
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-.nh
-.SH "NAME"
-.Vb 1
-\& \-\-
-.Ve
-.SH "SYNOPSIS"
-.IX Header "SYNOPSIS"
-.SH "DESCRIPTION"
-.IX Header "DESCRIPTION"
-.SH "BUGS"
-.IX Header "BUGS"
-None known.
-.SS "date"
-.IX Subsection "date"
-\&\s-1XXX\s0 \s-1DOCUMENT\s0 \s-1ME\s0
-.SS "year"
-.IX Subsection "year"
-Returns the year associated with the date field
-.SS "day"
-.IX Subsection "day"
-Returns the day associated with the date field
-.SS "month"
-.IX Subsection "month"
-Returns the month associated with the date field
diff --git a/blib/man3/Reference::Field::Journal.3pm b/blib/man3/Reference::Field::Journal.3pm
deleted file mode 100644 (file)
index fa8ceb4..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,142 +0,0 @@
-.\" Automatically generated by Pod::Man 2.25 (Pod::Simple 3.16)
-.\"
-.\" Standard preamble:
-.\" ========================================================================
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-.fi
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-.\" double quote, and \*(R" will give a right double quote.  \*(C+ will
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-.if n .ad l
-.nh
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-.Vb 1
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-.Ve
-.SH "SYNOPSIS"
-.IX Header "SYNOPSIS"
-.SH "DESCRIPTION"
-.IX Header "DESCRIPTION"
-.SH "BUGS"
-.IX Header "BUGS"
-None known.
diff --git a/blib/man3/Reference::Field::Pages.3pm b/blib/man3/Reference::Field::Pages.3pm
deleted file mode 100644 (file)
index d8762ae..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,142 +0,0 @@
-.\" Automatically generated by Pod::Man 2.25 (Pod::Simple 3.16)
-.\"
-.\" Standard preamble:
-.\" ========================================================================
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-.    ds PI pi
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=24u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-12u'-\" diablo 10 pitch
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=20u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-8u'-\"  diablo 12 pitch
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-.    ds R" ""
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-'br\}
-.el\{\
-.    ds -- \|\(em\|
-.    ds PI \(*p
-.    ds L" ``
-.    ds R" ''
-'br\}
-.\"
-.\" Escape single quotes in literal strings from groff's Unicode transform.
-.ie \n(.g .ds Aq \(aq
-.el       .ds Aq '
-.\"
-.\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
-.\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.SS), items (.Ip), and index
-.\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
-.\" output yourself in some meaningful fashion.
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-.    de IX
-.    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
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-..
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-.\"
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-.    ds ~ ~
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-.if t \{\
-.    ds ' \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\'\h"|\\n:u"
-.    ds ` \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\`\h'|\\n:u'
-.    ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'^\h'|\\n:u'
-.    ds , \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10)',\h'|\\n:u'
-.    ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu-\*(#H-.1m)'~\h'|\\n:u'
-.    ds / \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\z\(sl\h'|\\n:u'
-.\}
-.    \" troff and (daisy-wheel) nroff accents
-.ds : \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H+.1m+\*(#F)'\v'-\*(#V'\z.\h'.2m+\*(#F'.\h'|\\n:u'\v'\*(#V'
-.ds 8 \h'\*(#H'\(*b\h'-\*(#H'
-.ds o \\k:\h'-(\\n(.wu+\w'\(de'u-\*(#H)/2u'\v'-.3n'\*(#[\z\(de\v'.3n'\h'|\\n:u'\*(#]
-.ds d- \h'\*(#H'\(pd\h'-\w'~'u'\v'-.25m'\f2\(hy\fP\v'.25m'\h'-\*(#H'
-.ds D- D\\k:\h'-\w'D'u'\v'-.11m'\z\(hy\v'.11m'\h'|\\n:u'
-.ds th \*(#[\v'.3m'\s+1I\s-1\v'-.3m'\h'-(\w'I'u*2/3)'\s-1o\s+1\*(#]
-.ds Th \*(#[\s+2I\s-2\h'-\w'I'u*3/5'\v'-.3m'o\v'.3m'\*(#]
-.ds ae a\h'-(\w'a'u*4/10)'e
-.ds Ae A\h'-(\w'A'u*4/10)'E
-.    \" corrections for vroff
-.if v .ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu*9/10-\*(#H)'\s-2\u~\d\s+2\h'|\\n:u'
-.if v .ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'\v'-.4m'^\v'.4m'\h'|\\n:u'
-.    \" for low resolution devices (crt and lpr)
-.if \n(.H>23 .if \n(.V>19 \
-\{\
-.    ds : e
-.    ds 8 ss
-.    ds o a
-.    ds d- d\h'-1'\(ga
-.    ds D- D\h'-1'\(hy
-.    ds th \o'bp'
-.    ds Th \o'LP'
-.    ds ae ae
-.    ds Ae AE
-.\}
-.rm #[ #] #H #V #F C
-.\" ========================================================================
-.\"
-.IX Title "Reference::Field::Pages 3pm"
-.TH Reference::Field::Pages 3pm "2013-09-10" "perl v5.14.2" "User Contributed Perl Documentation"
-.\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
-.\" way too many mistakes in technical documents.
-.if n .ad l
-.nh
-.SH "NAME"
-.Vb 1
-\& \-\-
-.Ve
-.SH "SYNOPSIS"
-.IX Header "SYNOPSIS"
-.SH "DESCRIPTION"
-.IX Header "DESCRIPTION"
-.SH "BUGS"
-.IX Header "BUGS"
-None known.
diff --git a/blib/man3/Reference::Output::Bibtex.3pm b/blib/man3/Reference::Output::Bibtex.3pm
deleted file mode 100644 (file)
index 4d28c5c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,231 +0,0 @@
-.\" Automatically generated by Pod::Man 2.25 (Pod::Simple 3.16)
-.\"
-.\" Standard preamble:
-.\" ========================================================================
-.de Sp \" Vertical space (when we can't use .PP)
-.if t .sp .5v
-.if n .sp
-..
-.de Vb \" Begin verbatim text
-.ft CW
-.nf
-.ne \\$1
-..
-.de Ve \" End verbatim text
-.ft R
-.fi
-..
-.\" Set up some character translations and predefined strings.  \*(-- will
-.\" give an unbreakable dash, \*(PI will give pi, \*(L" will give a left
-.\" double quote, and \*(R" will give a right double quote.  \*(C+ will
-.\" give a nicer C++.  Capital omega is used to do unbreakable dashes and
-.\" therefore won't be available.  \*(C` and \*(C' expand to `' in nroff,
-.\" nothing in troff, for use with C<>.
-.tr \(*W-
-.ds C+ C\v'-.1v'\h'-1p'\s-2+\h'-1p'+\s0\v'.1v'\h'-1p'
-.ie n \{\
-.    ds -- \(*W-
-.    ds PI pi
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=24u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-12u'-\" diablo 10 pitch
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=20u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-8u'-\"  diablo 12 pitch
-.    ds L" ""
-.    ds R" ""
-.    ds C` ""
-.    ds C' ""
-'br\}
-.el\{\
-.    ds -- \|\(em\|
-.    ds PI \(*p
-.    ds L" ``
-.    ds R" ''
-'br\}
-.\"
-.\" Escape single quotes in literal strings from groff's Unicode transform.
-.ie \n(.g .ds Aq \(aq
-.el       .ds Aq '
-.\"
-.\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
-.\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.SS), items (.Ip), and index
-.\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
-.\" output yourself in some meaningful fashion.
-.ie \nF \{\
-.    de IX
-.    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
-..
-.    nr % 0
-.    rr F
-.\}
-.el \{\
-.    de IX
-..
-.\}
-.\"
-.\" Accent mark definitions (@(#)ms.acc 1.5 88/02/08 SMI; from UCB 4.2).
-.\" Fear.  Run.  Save yourself.  No user-serviceable parts.
-.    \" fudge factors for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds #H 0
-.    ds #V .8m
-.    ds #F .3m
-.    ds #[ \f1
-.    ds #] \fP
-.\}
-.if t \{\
-.    ds #H ((1u-(\\\\n(.fu%2u))*.13m)
-.    ds #V .6m
-.    ds #F 0
-.    ds #[ \&
-.    ds #] \&
-.\}
-.    \" simple accents for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds ' \&
-.    ds ` \&
-.    ds ^ \&
-.    ds , \&
-.    ds ~ ~
-.    ds /
-.\}
-.if t \{\
-.    ds ' \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\'\h"|\\n:u"
-.    ds ` \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\`\h'|\\n:u'
-.    ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'^\h'|\\n:u'
-.    ds , \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10)',\h'|\\n:u'
-.    ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu-\*(#H-.1m)'~\h'|\\n:u'
-.    ds / \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\z\(sl\h'|\\n:u'
-.\}
-.    \" troff and (daisy-wheel) nroff accents
-.ds : \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H+.1m+\*(#F)'\v'-\*(#V'\z.\h'.2m+\*(#F'.\h'|\\n:u'\v'\*(#V'
-.ds 8 \h'\*(#H'\(*b\h'-\*(#H'
-.ds o \\k:\h'-(\\n(.wu+\w'\(de'u-\*(#H)/2u'\v'-.3n'\*(#[\z\(de\v'.3n'\h'|\\n:u'\*(#]
-.ds d- \h'\*(#H'\(pd\h'-\w'~'u'\v'-.25m'\f2\(hy\fP\v'.25m'\h'-\*(#H'
-.ds D- D\\k:\h'-\w'D'u'\v'-.11m'\z\(hy\v'.11m'\h'|\\n:u'
-.ds th \*(#[\v'.3m'\s+1I\s-1\v'-.3m'\h'-(\w'I'u*2/3)'\s-1o\s+1\*(#]
-.ds Th \*(#[\s+2I\s-2\h'-\w'I'u*3/5'\v'-.3m'o\v'.3m'\*(#]
-.ds ae a\h'-(\w'a'u*4/10)'e
-.ds Ae A\h'-(\w'A'u*4/10)'E
-.    \" corrections for vroff
-.if v .ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu*9/10-\*(#H)'\s-2\u~\d\s+2\h'|\\n:u'
-.if v .ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'\v'-.4m'^\v'.4m'\h'|\\n:u'
-.    \" for low resolution devices (crt and lpr)
-.if \n(.H>23 .if \n(.V>19 \
-\{\
-.    ds : e
-.    ds 8 ss
-.    ds o a
-.    ds d- d\h'-1'\(ga
-.    ds D- D\h'-1'\(hy
-.    ds th \o'bp'
-.    ds Th \o'LP'
-.    ds ae ae
-.    ds Ae AE
-.\}
-.rm #[ #] #H #V #F C
-.\" ========================================================================
-.\"
-.IX Title "Reference::Output::Bibtex 3pm"
-.TH Reference::Output::Bibtex 3pm "2013-09-10" "perl v5.14.2" "User Contributed Perl Documentation"
-.\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
-.\" way too many mistakes in technical documents.
-.if n .ad l
-.nh
-.SH "NAME"
-Reference::Output::Bibtex \-\- Output references in BibTeX format
-.SH "SYNOPSIS"
-.IX Header "SYNOPSIS"
-.Vb 1
-\&     print bibtex($reference);
-.Ve
-.PP
-Returns a reference formatted in bibtex format.
-.SH "DESCRIPTION"
-.IX Header "DESCRIPTION"
-Knows how to handle the reference\-> bibtex field mapping for many
-reference types, but overridden types may need to provide their own
-mapping.
-.SH "BUGS"
-.IX Header "BUGS"
-None known.
-.SS "bibtex"
-.IX Subsection "bibtex"
-.Vb 3
-\&     print bibtex $reference;
-\&     %bibtex = bibtex $reference;
-\&     print bibtex($reference,mapping=>{...})
-.Ve
-.PP
-In scalar context, returns a formatted bibtex entry, suitable for
-printing. In list context, returns a hash of key, value pairs which
-can be used to print a formatted bibtex entry.
-.PP
-You can also pass an optional mapping to be used for making the bibtex
-entry. See \fBbibtex_mapping\fR for the details.
-.PP
-The mappings are obeyed in the following order, the first taking
-precedence over the last.
-.IP "Passed mapping" 4
-.IX Item "Passed mapping"
-.PD 0
-.IP "Object's bibtex_mapping" 4
-.IX Item "Object's bibtex_mapping"
-.IP "Internal bibtex_mapping (%Reference::Output::Bibtex::bibtex_mapping)" 4
-.IX Item "Internal bibtex_mapping (%Reference::Output::Bibtex::bibtex_mapping)"
-.PD
-.PP
-Returns a \s-1SCALAR\s0 bibtex reference in scalar context, a \s-1HASH\s0 bibtex
-reference in list context
-.SS "bibtex_mapping"
-.IX Subsection "bibtex_mapping"
-.Vb 11
-\&      $Reference::Output::Bibtex::bibtex_mapping{Article} =
-\&        {mapping => {author   => {field  => \*(Aqauthor\*(Aq,
-\&                                  join   => \*(Aq and \*(Aq,
-\&                                  params => [],
-\&                                 },
-\&                     volume   => \*(Aqvolume\*(Aq,
-\&                     Articlce => \*(Aqname\*(Aq,
-\&                     foo      => \*(Aqbar\*(Aq,
-\&                    },
-\&         order => [qw(name author volume foo)],
-\&        };
-.Ve
-.PP
-This variable holds the mapping to bibtex output.
-.PP
-Each type of reference has its own keys. Currently the following types
-are supported by the Bibtex output method:
-.IP "article" 4
-.IX Item "article"
-.PD 0
-.IP "collection" 4
-.IX Item "collection"
-.IP "book" 4
-.IX Item "book"
-.PD
-.PP
-If you wish to add support for your own custom reference type, you
-merely need to add a bibtex_mapping element to your class's hashref,
-or add to this variable. [Preferbly the former, as the latter should
-only be used by the end user.]
-.PP
-The mapping key in the reference type hashref is a hashref containing
-key value pairs according to the following metric:
-.ie n .IP "If the mapping key value is not a reference, the value is used as the name function to call via ""$reference\-""field>. [In the example above, the volume mapping is built by a call to ""$reference\-""volume>]." 4
-.el .IP "If the mapping key value is not a reference, the value is used as the name function to call via \f(CW$reference\-\fRfield>. [In the example above, the volume mapping is built by a call to \f(CW$reference\-\fRvolume>]." 4
-.IX Item "If the mapping key value is not a reference, the value is used as the name function to call via $reference-field>. [In the example above, the volume mapping is built by a call to $reference-volume>]."
-.PD 0
-.ie n .IP "If the mapping key value is a hashref, the hashref contains two keys. The ""field"" key contains the name of the function to call. The ""params"" key contains the parameters" 4
-.el .IP "If the mapping key value is a hashref, the hashref contains two keys. The \f(CWfield\fR key contains the name of the function to call. The \f(CWparams\fR key contains the parameters" 4
-.IX Item "If the mapping key value is a hashref, the hashref contains two keys. The field key contains the name of the function to call. The params key contains the parameters"
-.PD
-.PP
-The order key in the reference type hashref is an arrayref which
-defines the order in which keys are listed in the BibTeX
-output. Values in the arrayref should be the keys of the mapping
-hashref. [The first value listed is the type of reference/reference
-name pair.]
-.SS "convert_to_utf8"
-.IX Subsection "convert_to_utf8"
-.Vb 1
-\&    $utf8 = convert_to_utf8("text","charset");
-.Ve
diff --git a/blib/man3/Reference::Output::Filename.3pm b/blib/man3/Reference::Output::Filename.3pm
deleted file mode 100644 (file)
index 138978a..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,150 +0,0 @@
-.\" Automatically generated by Pod::Man 2.25 (Pod::Simple 3.16)
-.\"
-.\" Standard preamble:
-.\" ========================================================================
-.de Sp \" Vertical space (when we can't use .PP)
-.if t .sp .5v
-.if n .sp
-..
-.de Vb \" Begin verbatim text
-.ft CW
-.nf
-.ne \\$1
-..
-.de Ve \" End verbatim text
-.ft R
-.fi
-..
-.\" Set up some character translations and predefined strings.  \*(-- will
-.\" give an unbreakable dash, \*(PI will give pi, \*(L" will give a left
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-.\" therefore won't be available.  \*(C` and \*(C' expand to `' in nroff,
-.\" nothing in troff, for use with C<>.
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-.\" Escape single quotes in literal strings from groff's Unicode transform.
-.ie \n(.g .ds Aq \(aq
-.el       .ds Aq '
-.\"
-.\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
-.\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.SS), items (.Ip), and index
-.\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
-.\" output yourself in some meaningful fashion.
-.ie \nF \{\
-.    de IX
-.    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
-..
-.    nr % 0
-.    rr F
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-.el \{\
-.    de IX
-..
-.\}
-.\"
-.\" Accent mark definitions (@(#)ms.acc 1.5 88/02/08 SMI; from UCB 4.2).
-.\" Fear.  Run.  Save yourself.  No user-serviceable parts.
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-.    \" simple accents for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds ' \&
-.    ds ` \&
-.    ds ^ \&
-.    ds , \&
-.    ds ~ ~
-.    ds /
-.\}
-.if t \{\
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-.ds : \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H+.1m+\*(#F)'\v'-\*(#V'\z.\h'.2m+\*(#F'.\h'|\\n:u'\v'\*(#V'
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-.rm #[ #] #H #V #F C
-.\" ========================================================================
-.\"
-.IX Title "Reference::Output::Filename 3pm"
-.TH Reference::Output::Filename 3pm "2009-03-23" "perl v5.14.2" "User Contributed Perl Documentation"
-.\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
-.\" way too many mistakes in technical documents.
-.if n .ad l
-.nh
-.SH "NAME"
-Reference::Output::Filename \-\- Output a filename for the reference
-.SH "SYNOPSIS"
-.IX Header "SYNOPSIS"
-.Vb 1
-\&     print filename($reference);
-.Ve
-.PP
-Returns a filename for the reference
-.SH "BUGS"
-.IX Header "BUGS"
-None known.
-.SS "filename"
-.IX Subsection "filename"
-.Vb 1
-\&     print filename($reference).\*(Aq.pdf\*(Aq;
-.Ve
-.PP
-Returns a filename for a reference
diff --git a/blib/man3/Reference::Retrieve::HTML::Miner.3pm b/blib/man3/Reference::Retrieve::HTML::Miner.3pm
deleted file mode 100644 (file)
index d8d4f71..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,142 +0,0 @@
-.\" Automatically generated by Pod::Man 2.25 (Pod::Simple 3.16)
-.\"
-.\" Standard preamble:
-.\" ========================================================================
-.de Sp \" Vertical space (when we can't use .PP)
-.if t .sp .5v
-.if n .sp
-..
-.de Vb \" Begin verbatim text
-.ft CW
-.nf
-.ne \\$1
-..
-.de Ve \" End verbatim text
-.ft R
-.fi
-..
-.\" Set up some character translations and predefined strings.  \*(-- will
-.\" give an unbreakable dash, \*(PI will give pi, \*(L" will give a left
-.\" double quote, and \*(R" will give a right double quote.  \*(C+ will
-.\" give a nicer C++.  Capital omega is used to do unbreakable dashes and
-.\" therefore won't be available.  \*(C` and \*(C' expand to `' in nroff,
-.\" nothing in troff, for use with C<>.
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-.    ds -- \(*W-
-.    ds PI pi
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-.    ds R" ""
-.    ds C` ""
-.    ds C' ""
-'br\}
-.el\{\
-.    ds -- \|\(em\|
-.    ds PI \(*p
-.    ds L" ``
-.    ds R" ''
-'br\}
-.\"
-.\" Escape single quotes in literal strings from groff's Unicode transform.
-.ie \n(.g .ds Aq \(aq
-.el       .ds Aq '
-.\"
-.\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
-.\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.SS), items (.Ip), and index
-.\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
-.\" output yourself in some meaningful fashion.
-.ie \nF \{\
-.    de IX
-.    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
-..
-.    nr % 0
-.    rr F
-.\}
-.el \{\
-.    de IX
-..
-.\}
-.\"
-.\" Accent mark definitions (@(#)ms.acc 1.5 88/02/08 SMI; from UCB 4.2).
-.\" Fear.  Run.  Save yourself.  No user-serviceable parts.
-.    \" fudge factors for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds #H 0
-.    ds #V .8m
-.    ds #F .3m
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-.    ds #] \fP
-.\}
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-.    ds #F 0
-.    ds #[ \&
-.    ds #] \&
-.\}
-.    \" simple accents for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds ' \&
-.    ds ` \&
-.    ds ^ \&
-.    ds , \&
-.    ds ~ ~
-.    ds /
-.\}
-.if t \{\
-.    ds ' \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\'\h"|\\n:u"
-.    ds ` \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\`\h'|\\n:u'
-.    ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'^\h'|\\n:u'
-.    ds , \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10)',\h'|\\n:u'
-.    ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu-\*(#H-.1m)'~\h'|\\n:u'
-.    ds / \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\z\(sl\h'|\\n:u'
-.\}
-.    \" troff and (daisy-wheel) nroff accents
-.ds : \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H+.1m+\*(#F)'\v'-\*(#V'\z.\h'.2m+\*(#F'.\h'|\\n:u'\v'\*(#V'
-.ds 8 \h'\*(#H'\(*b\h'-\*(#H'
-.ds o \\k:\h'-(\\n(.wu+\w'\(de'u-\*(#H)/2u'\v'-.3n'\*(#[\z\(de\v'.3n'\h'|\\n:u'\*(#]
-.ds d- \h'\*(#H'\(pd\h'-\w'~'u'\v'-.25m'\f2\(hy\fP\v'.25m'\h'-\*(#H'
-.ds D- D\\k:\h'-\w'D'u'\v'-.11m'\z\(hy\v'.11m'\h'|\\n:u'
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-.ds Th \*(#[\s+2I\s-2\h'-\w'I'u*3/5'\v'-.3m'o\v'.3m'\*(#]
-.ds ae a\h'-(\w'a'u*4/10)'e
-.ds Ae A\h'-(\w'A'u*4/10)'E
-.    \" corrections for vroff
-.if v .ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu*9/10-\*(#H)'\s-2\u~\d\s+2\h'|\\n:u'
-.if v .ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'\v'-.4m'^\v'.4m'\h'|\\n:u'
-.    \" for low resolution devices (crt and lpr)
-.if \n(.H>23 .if \n(.V>19 \
-\{\
-.    ds : e
-.    ds 8 ss
-.    ds o a
-.    ds d- d\h'-1'\(ga
-.    ds D- D\h'-1'\(hy
-.    ds th \o'bp'
-.    ds Th \o'LP'
-.    ds ae ae
-.    ds Ae AE
-.\}
-.rm #[ #] #H #V #F C
-.\" ========================================================================
-.\"
-.IX Title "Reference::Retrieve::HTML::Miner 3pm"
-.TH Reference::Retrieve::HTML::Miner 3pm "2007-07-03" "perl v5.14.2" "User Contributed Perl Documentation"
-.\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
-.\" way too many mistakes in technical documents.
-.if n .ad l
-.nh
-.SH "NAME"
-.Vb 1
-\& \-\-
-.Ve
-.SH "SYNOPSIS"
-.IX Header "SYNOPSIS"
-.SH "DESCRIPTION"
-.IX Header "DESCRIPTION"
-.SH "BUGS"
-.IX Header "BUGS"
-None known.
diff --git a/blib/man3/Reference::Retrieve::PubMed.3pm b/blib/man3/Reference::Retrieve::PubMed.3pm
deleted file mode 100644 (file)
index df3edb7..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,247 +0,0 @@
-.\" Automatically generated by Pod::Man 2.25 (Pod::Simple 3.16)
-.\"
-.\" Standard preamble:
-.\" ========================================================================
-.de Sp \" Vertical space (when we can't use .PP)
-.if t .sp .5v
-.if n .sp
-..
-.de Vb \" Begin verbatim text
-.ft CW
-.nf
-.ne \\$1
-..
-.de Ve \" End verbatim text
-.ft R
-.fi
-..
-.\" Set up some character translations and predefined strings.  \*(-- will
-.\" give an unbreakable dash, \*(PI will give pi, \*(L" will give a left
-.\" double quote, and \*(R" will give a right double quote.  \*(C+ will
-.\" give a nicer C++.  Capital omega is used to do unbreakable dashes and
-.\" therefore won't be available.  \*(C` and \*(C' expand to `' in nroff,
-.\" nothing in troff, for use with C<>.
-.tr \(*W-
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-.    ds PI pi
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-.    ds R" ""
-.    ds C` ""
-.    ds C' ""
-'br\}
-.el\{\
-.    ds -- \|\(em\|
-.    ds PI \(*p
-.    ds L" ``
-.    ds R" ''
-'br\}
-.\"
-.\" Escape single quotes in literal strings from groff's Unicode transform.
-.ie \n(.g .ds Aq \(aq
-.el       .ds Aq '
-.\"
-.\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
-.\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.SS), items (.Ip), and index
-.\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
-.\" output yourself in some meaningful fashion.
-.ie \nF \{\
-.    de IX
-.    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
-..
-.    nr % 0
-.    rr F
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-.el \{\
-.    de IX
-..
-.\}
-.\"
-.\" Accent mark definitions (@(#)ms.acc 1.5 88/02/08 SMI; from UCB 4.2).
-.\" Fear.  Run.  Save yourself.  No user-serviceable parts.
-.    \" fudge factors for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds #H 0
-.    ds #V .8m
-.    ds #F .3m
-.    ds #[ \f1
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-.\}
-.    \" simple accents for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds ' \&
-.    ds ` \&
-.    ds ^ \&
-.    ds , \&
-.    ds ~ ~
-.    ds /
-.\}
-.if t \{\
-.    ds ' \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\'\h"|\\n:u"
-.    ds ` \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\`\h'|\\n:u'
-.    ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'^\h'|\\n:u'
-.    ds , \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10)',\h'|\\n:u'
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-.\}
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-.\}
-.rm #[ #] #H #V #F C
-.\" ========================================================================
-.\"
-.IX Title "Reference::Retrieve::PubMed 3pm"
-.TH Reference::Retrieve::PubMed 3pm "2013-09-10" "perl v5.14.2" "User Contributed Perl Documentation"
-.\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
-.\" way too many mistakes in technical documents.
-.if n .ad l
-.nh
-.SH "NAME"
-Reference::Retrieve::PubMed \-\- Reference Retrieval from PubMed
-.SH "SYNOPSIS"
-.IX Header "SYNOPSIS"
-.Vb 2
-\&     my $reference = Reference::Retrieve::PubMed::get_reference(\-pmid=>123456);
-\&     my @references = Reference::Retrieve::PubMed::get_reference(\-query=>\*(AqJohn Smith[AUTHOR] AND 230[Pages]\*(Aq,limit=>50);
-.Ve
-.SH "DESCRIPTION"
-.IX Header "DESCRIPTION"
-Uh. Retreives references from pubmed. Yeah.
-.SH "BUGS"
-.IX Header "BUGS"
-None known.
-.SS "get_reference"
-.IX Subsection "get_reference"
-\fIUsage\fR
-.IX Subsection "Usage"
-.PP
-.Vb 3
-\&     my $reference = Reference::Retrieve::PubMed::get_reference(\-pmid=>123456);
-\&     my @references = Reference::Retrieve::PubMed::get_reference(\-query=>\*(AqJohn Smith[AUTHOR] AND 230[Pages]\*(Aq,\-limit=>50);
-\&     my @references = Reference::Retrieve::PubMed::get_reference(\-query=>{author=>\*(AqJohn Smith\*(Aq, pages=>\*(Aq230\*(Aq},\-limit=>50)
-.Ve
-.PP
-\fIFunction\fR
-.IX Subsection "Function"
-.PP
-Retrives a reference from pubmed
-.PP
-\fIReturns\fR
-.IX Subsection "Returns"
-.PP
-In scalar context, effectively assumes \-limit=>1 and returns the
-highest listed reference according to the order, etc. [Probably only
-usefull with \-pmid.] In list context, returns all results (or until it
-hits the \-limit.)
-.PP
-\fIArgs\fR
-.IX Subsection "Args"
-.PP
-list of arguments to select a reference or collection of references from.
-.SS "_fix_medline_journal"
-.IX Subsection "_fix_medline_journal"
-\fIUsage\fR
-.IX Subsection "Usage"
-.PP
-.Vb 3
-\&     $reference\->journal(_fix_medline_journal($ref\->{MedlineCitation}\->{Article}\->{Journal},
-\&                                              $ref\->{MedlineCitation}\->{Article}\->{MedlineJournalInfo},
-\&                                              $ua,));
-.Ve
-.PP
-\fIFunction\fR
-.IX Subsection "Function"
-.PP
-From the medline citation informatino returns a properly formatted
-list of information for the journal reference listing.
-.PP
-\fIArgs\fR
-.IX Subsection "Args"
-.PP
-Journal information hashref
-.PP
-medline journal information hashref
-.PP
-user agent
-.SS ""
-.IX Subsection ""
-\fIUsage\fR
-.IX Subsection "Usage"
-.PP
-.Vb 1
-\&     $reference\->date(_fix_medline_pubdate($ref\->{MedlineCitation}\->{Article}\->{Journal}\->{JournalIssue}\->{PubDate}));
-.Ve
-.PP
-\fIFunction\fR
-.IX Subsection "Function"
-.PP
-\fIReturns\fR
-.IX Subsection "Returns"
-.PP
-\fIArgs\fR
-.IX Subsection "Args"
-.SS "_fix_medline_pages"
-.IX Subsection "_fix_medline_pages"
-\fIUsage\fR
-.IX Subsection "Usage"
-.PP
-.Vb 1
-\&     pages      => [_fix_medline_pages($ref\->{MedlineCitation}\->{Article}\->{Pagination}\->{MedlinePgn})],
-.Ve
-.PP
-\fIFunction\fR
-.IX Subsection "Function"
-.PP
-Returns output with a list of pages appropriate for an Article type of
-reference.
-.SS "_fix_ids"
-.IX Subsection "_fix_ids"
-.Vb 1
-\&     _fix_ids
-.Ve
-.SS "_find_links_from_url"
-.IX Subsection "_find_links_from_url"
-\fIUsage\fR
-.IX Subsection "Usage"
-.PP
-\fIFunction\fR
-.IX Subsection "Function"
-.PP
-\fIReturns\fR
-.IX Subsection "Returns"
-.PP
-\fIArgs\fR
-.IX Subsection "Args"
diff --git a/blib/man3/Reference::Type::Article.3pm b/blib/man3/Reference::Type::Article.3pm
deleted file mode 100644 (file)
index 3ae18fd..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,181 +0,0 @@
-.\" Automatically generated by Pod::Man 2.25 (Pod::Simple 3.16)
-.\"
-.\" Standard preamble:
-.\" ========================================================================
-.de Sp \" Vertical space (when we can't use .PP)
-.if t .sp .5v
-.if n .sp
-..
-.de Vb \" Begin verbatim text
-.ft CW
-.nf
-.ne \\$1
-..
-.de Ve \" End verbatim text
-.ft R
-.fi
-..
-.\" Set up some character translations and predefined strings.  \*(-- will
-.\" give an unbreakable dash, \*(PI will give pi, \*(L" will give a left
-.\" double quote, and \*(R" will give a right double quote.  \*(C+ will
-.\" give a nicer C++.  Capital omega is used to do unbreakable dashes and
-.\" therefore won't be available.  \*(C` and \*(C' expand to `' in nroff,
-.\" nothing in troff, for use with C<>.
-.tr \(*W-
-.ds C+ C\v'-.1v'\h'-1p'\s-2+\h'-1p'+\s0\v'.1v'\h'-1p'
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-.    ds PI pi
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=24u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-12u'-\" diablo 10 pitch
-.    if (\n(.H=4u)&(1m=20u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-8u'-\"  diablo 12 pitch
-.    ds L" ""
-.    ds R" ""
-.    ds C` ""
-.    ds C' ""
-'br\}
-.el\{\
-.    ds -- \|\(em\|
-.    ds PI \(*p
-.    ds L" ``
-.    ds R" ''
-'br\}
-.\"
-.\" Escape single quotes in literal strings from groff's Unicode transform.
-.ie \n(.g .ds Aq \(aq
-.el       .ds Aq '
-.\"
-.\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
-.\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.SS), items (.Ip), and index
-.\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
-.\" output yourself in some meaningful fashion.
-.ie \nF \{\
-.    de IX
-.    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
-..
-.    nr % 0
-.    rr F
-.\}
-.el \{\
-.    de IX
-..
-.\}
-.\"
-.\" Accent mark definitions (@(#)ms.acc 1.5 88/02/08 SMI; from UCB 4.2).
-.\" Fear.  Run.  Save yourself.  No user-serviceable parts.
-.    \" fudge factors for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds #H 0
-.    ds #V .8m
-.    ds #F .3m
-.    ds #[ \f1
-.    ds #] \fP
-.\}
-.if t \{\
-.    ds #H ((1u-(\\\\n(.fu%2u))*.13m)
-.    ds #V .6m
-.    ds #F 0
-.    ds #[ \&
-.    ds #] \&
-.\}
-.    \" simple accents for nroff and troff
-.if n \{\
-.    ds ' \&
-.    ds ` \&
-.    ds ^ \&
-.    ds , \&
-.    ds ~ ~
-.    ds /
-.\}
-.if t \{\
-.    ds ' \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\'\h"|\\n:u"
-.    ds ` \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\`\h'|\\n:u'
-.    ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'^\h'|\\n:u'
-.    ds , \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10)',\h'|\\n:u'
-.    ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu-\*(#H-.1m)'~\h'|\\n:u'
-.    ds / \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\z\(sl\h'|\\n:u'
-.\}
-.    \" troff and (daisy-wheel) nroff accents
-.ds : \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H+.1m+\*(#F)'\v'-\*(#V'\z.\h'.2m+\*(#F'.\h'|\\n:u'\v'\*(#V'
-.ds 8 \h'\*(#H'\(*b\h'-\*(#H'
-.ds o \\k:\h'-(\\n(.wu+\w'\(de'u-\*(#H)/2u'\v'-.3n'\*(#[\z\(de\v'.3n'\h'|\\n:u'\*(#]
-.ds d- \h'\*(#H'\(pd\h'-\w'~'u'\v'-.25m'\f2\(hy\fP\v'.25m'\h'-\*(#H'
-.ds D- D\\k:\h'-\w'D'u'\v'-.11m'\z\(hy\v'.11m'\h'|\\n:u'
-.ds th \*(#[\v'.3m'\s+1I\s-1\v'-.3m'\h'-(\w'I'u*2/3)'\s-1o\s+1\*(#]
-.ds Th \*(#[\s+2I\s-2\h'-\w'I'u*3/5'\v'-.3m'o\v'.3m'\*(#]
-.ds ae a\h'-(\w'a'u*4/10)'e
-.ds Ae A\h'-(\w'A'u*4/10)'E
-.    \" corrections for vroff
-.if v .ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu*9/10-\*(#H)'\s-2\u~\d\s+2\h'|\\n:u'
-.if v .ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'\v'-.4m'^\v'.4m'\h'|\\n:u'
-.    \" for low resolution devices (crt and lpr)
-.if \n(.H>23 .if \n(.V>19 \
-\{\
-.    ds : e
-.    ds 8 ss
-.    ds o a
-.    ds d- d\h'-1'\(ga
-.    ds D- D\h'-1'\(hy
-.    ds th \o'bp'
-.    ds Th \o'LP'
-.    ds ae ae
-.    ds Ae AE
-.\}
-.rm #[ #] #H #V #F C
-.\" ========================================================================
-.\"
-.IX Title "Reference::Type::Article 3pm"
-.TH Reference::Type::Article 3pm "2007-07-03" "perl v5.14.2" "User Contributed Perl Documentation"
-.\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
-.\" way too many mistakes in technical documents.
-.if n .ad l
-.nh
-.SH "NAME"
-Reference::Type::Article \-\- Article reference type
-.SH "SYNOPSIS"
-.IX Header "SYNOPSIS"
-.SH "DESCRIPTION"
-.IX Header "DESCRIPTION"
-.SH "BUGS"
-.IX Header "BUGS"
-None known.
-.SS "name"
-.IX Subsection "name"
-\fIUsage\fR
-.IX Subsection "Usage"
-.PP
-.Vb 2
-\&     $article\->name($article_name);
-\&     my $article_name = $article\->name;
-.Ve
-.PP
-\fIFunction\fR
-.IX Subsection "Function"
-.PP
-Returns the article name if it has been set, or builds an article name
-from the author, journal, volume, and page if none is set.
-.SS "ref_fields"
-.IX Subsection "ref_fields"
-\fIUsage\fR
-.IX Subsection "Usage"
-.PP
-.Vb 1
-\&     my @ref_fields = $self\->ref_fields;
-.Ve
-.PP
-\fIReturns\fR
-.IX Subsection "Returns"
-.PP
-Returns the list of reference fields which this type of reference
-supports.
-.SS "_init"
-.IX Subsection "_init"
-\fIUsage\fR
-.IX Subsection "Usage"
-.PP
-Called by Reference's new function
-.PP
-\fIFunction\fR
-.IX Subsection "Function"
-.PP
-Call superclass's _init function [\f(CW\*(C`$self\-\*(C'\fRNEXT::_init>], set up the
-bibtex_mapping and bibtex_order.
diff --git a/blib/script/.exists b/blib/script/.exists
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/blib/script/get_reference b/blib/script/get_reference
deleted file mode 100755 (executable)
index f71eb68..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,114 +0,0 @@
-#!/usr/bin/perl
-
-eval 'exec /usr/bin/perl  -S $0 ${1+"$@"}'
-    if 0; # not running under some shell
-# This program is part of da_reference, and is released under the
-# terms of the GPL version 2, or any later version, at your
-# option. See the file README and COPYING for more information.
-# Copyright 2004 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
-# $Id: get_reference 45 2013-09-10 18:05:31Z don $
-
-
-use warnings;
-use strict;
-
-
-use Getopt::Long;
-use Reference;
-use Pod::Usage;
-
-=head1 NAME
-
-get_reference - Retrieve a reference from somewhere and output the
-formatted reference to STDOUT.
-
-=head1 SYNOPSIS
-
-get_reference [options] referenceid [referenceid ...]
-
- Options:
-  --pmid,-p referenceid is a pub med id. (Default)
-  --bibtex,-b ouput in bibtex format (Default)
-  --debug, -d debugging level (Default 0)
-  --help,-h display this help
-  --man,-m display manual
-
-=head1 OPTIONS
-
-=over
-
-=item B<--pmid, -p>
-
-The referenceid listed is a Pub Med ID. (Default)
-
-=item B<--bibtex, -b>
-
-Output the listed referenceid in BibTeX format. (Default)
-
-=item B<--help, -h>
-
-Display brief useage information.
-
-=item B<--man, -m>
-
-Display this manual.
-
-=back
-
-=head1 EXAMPLES
-
-     get_reference -p -b -d 1 123456;
-
-     get_reference 123456;
-
-=cut
-
-
-
-use vars qw($DEBUG);
-
-my %options = (pmid   => 1,
-              bibtex => 1,
-              debug  => 0,
-              help   => 0,
-              man    => 0,
-              suggest_name => 0,
-               journal_titles => 0,
-             );
-
-GetOptions(\%options,'pmid|p','bibtex|b','suggest_name|suggest-name','debug|d','help|h','man|m',
-           'journal_titles|journal-titles|journal_title|journal-titles',
-          );
-
-pod2usage() if $options{help};
-pod2usage({verbose=>2}) if $options{man};
-
-$DEBUG = $options{debug};
-
-if ($options{pmid} and $options{bibtex}) {
-     use Reference::Type::Article;
-     use Reference::Retrieve::PubMed;
-     use Reference::Output::Bibtex;
-     use Reference::Output::Filename;
-     use Encode qw(encode_utf8);
-     $Reference::Retrieve::PubMed::DEBUG = $options{debug};
-     foreach my $pmid (@ARGV) {
-         next unless ($pmid) = $pmid =~ /(\d+)/;
-         print STDERR "dealing with $pmid\n" if $DEBUG;
-         my $reference = scalar Reference::Retrieve::PubMed::get_reference_by_pmid(pmid => $pmid);
-         print STDERR "Unable to retrieve reference for $pmid\n" and next if not defined $reference;
-         if ($options{suggest_name}) {
-              # try to suggest a name for the reference
-              print '%Filename: '.lc(encode_utf8(Reference::Output::Bibtex::convert_to_utf8(filename($reference))))."\n";
-         }
-      if ($options{journal_titles}) {
-          print '%Medline: @string {'.$reference->journal(output=>'bibtex').'="'.
-              $reference->journal(output=>'medline').qq("}\n);
-          print '%isoabbr: @string {'.$reference->journal(output=>'bibtex').'="'.
-              $reference->journal(output=>'iso').qq("}\n);
-          print '%full: @string {'.$reference->journal(output=>'bibtex').'="'.
-              $reference->journal().qq("}\n);
-      }
-         print scalar bibtex($reference);
-     }
-}
diff --git a/build-stamp b/build-stamp
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/install-stamp b/install-stamp
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/pm_to_blib b/pm_to_blib
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000