yn00.ctl

   1       seqfile = examples/abglobin.nuc * sequence data file name\r
   2       outfile = yn           * main result file\r
   3       verbose = 0  * 1: detailed output (list sequences), 0: concise output\r
   4 \r
   5         icode = 0  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
   6 \r
   7     weighting = 0  * weighting pathways between codons (0/1)?\r
   8    commonf3x4 = 0  * use one set of codon freqs for all pairs (0/1)? \r
   9 *       ndata = 1\r
  10 \r
  11 \r
  12 * Genetic codes: 0:universal, 1:mammalian mt., 2:yeast mt., 3:mold mt.,\r
  13 * 4: invertebrate mt., 5: ciliate nuclear, 6: echinoderm mt., \r
  14 * 7: euplotid mt., 8: alternative yeast nu. 9: ascidian mt., \r
  15 * 10: blepharisma nu.\r
  16 * These codes correspond to transl_table 1 to 11 of GENEBANK.\r