examples/mtprim9.nuc

   1       9   888\r
   2 \r
   3 human  \r
   4 AAGCTTCACC GGCGCAGTCA TTCTCATAAT CGCCCACGGA CTTACATCCT CATTACTATT      60\r
   5 CTGCCTAGCA AACTCAAACT ACGAACGCAC TCACAGTCGC ATCATAATCC TCTCTCAAGG     120\r
   6 ACTTCAAACT CTACTCCCAC TAATAGCTTT TTGATGACTT CTAGCAAGCC TCGCTAACCT     180\r
   7 CGCCTTACCC CCCACTATTA ACCTACTGGG AGAACTCTCT GTGCTAGTAA CCACGTTCTC     240\r
   8 CTGATCAAAT ATCACTCTCC TACTTACAGG ACTCAACATA CTAGTCACAG CCCTATACTC     300\r
   9 CCTCTACATA TTTACCACAA CACAATGGGG CTCACTCACC CACCACATTA ACAACATAAA     360\r
  10 ACCCTCATTC ACACGAGAAA ACACCCTCAT GTTCATACAC CTATCCCCCA TTCTCCTCCT     420\r
  11 ATCCCTCAAC CCCGACATCA TTACCGGGTT TTCCTCTTGT AAATATAGTT TAACAAAACA     480\r
  12 TCAGATTGTG AATCTGACAA CAGAGGCTTA CGCCCCTTAT TTACCGAGAA AGCTCACAAG     540\r
  13 AACTGCTAAC TCATGCCCCA TGTCTGACAA CATGGCTTTC TCACTTTTAA AGGATAACAG     600\r
  14 CTATCCATTG GTCTTAGGCC CCAAAAATTT GGTGCAACTC CAAATAAAAG TAATAATGCA     660\r
  15 CACTACTATA ACCACCCTAA CCCTGACTTC CCTAATTCCC CCCATCCTTA CCACCCTCGT     720\r
  16 TAACCCTAAC AAAAAAAACT CATACCCCCA TTATGTAAAA TCCATTGTCG CATCCACCTT     780\r
  17 TATTATCAGT CTCTTCCCCA CAACAATATT CATGTGCCTA GACCAAGAAG TTATTATCTC     840\r
  18 GAACTGACAC TGAGCCACAA CCCAAACAAC CCAGCTCTCC CTAAGCTT                  888\r
  19 \r
  20 chimpanzee\r
  21 AAGCTTCACC GGCGCAATTA TCCTCATAAT CGCCCACGGA CTTACATCCT CATTATTATT      60\r
  22 CTGCCTAGCA AACTCAAATT ATGAACGCAC CCACAGTCGC ATCATAATTC TCTCCCAAGG     120\r
  23 ACTTCAAACT CTACTCCCAC TAATAGCCTT TTGATGACTC CTAGCAAGCC TCGCTAACCT     180\r
  24 CGCCCTACCC CCTACCATTA ATCTCCTAGG GGAACTCTCC GTGCTAGTAA CCTCATTCTC     240\r
  25 CTGATCAAAT ACCACTCTCC TACTCACAGG ATTCAACATA CTAATCACAG CCCTGTACTC     300\r
  26 CCTCTACATG TTTACCACAA CACAATGAGG CTCACTCACC CACCACATTA ATAACATAAA     360\r
  27 GCCCTCATTC ACACGAGAAA ATACTCTCAT ATTTTTACAC CTATCCCCCA TCCTCCTTCT     420\r
  28 ATCCCTCAAT CCTGATATCA TCACTGGATT CACCTCCTGT AAATATAGTT TAACAAAACA     480\r
  29 TCAGATTGTG AATCTGACAA CAGAGGCTCA CGCCCCTTAT TTACCGAGAA AGCTTATAAG     540\r
  30 AACTGCTAAT TCATATCCCA TGCCTGACAA CATGGCTTTC TCACTTTTAA AGGATAACAG     600\r
  31 CCATCCGTTG GTCTTAGGCC CCAAAAATTT GGTGCAACTC CAAATAAAAG TAATAATGTA     660\r
  32 TACTACCATA ACCACCTTAA CCCTAACTCC CTTAATTCTC CCCATCCTCA CCACCCTCAT     720\r
  33 TAACCCTAAC AAAAAAAACT CATATCCCCA TTATGTGAAA TCCATTATCG CGTCCACCTT     780\r
  34 TATCATTAGC CTTTTCCCCA CAACAATATT CATATGCCTA GACCAAGAAG CTATTATCTC     840\r
  35 AAACTGGCAC TGAGCAACAA CCCAAACAAC CCAGCTCTCC CTAAGCTT                  888\r
  36 \r
  37 gorilla   \r
  38 AAGCTTCACC GGCGCAGTTG TTCTTATAAT TGCCCACGGA CTTACATCAT CATTATTATT      60\r
  39 CTGCCTAGCA AACTCAAACT ACGAACGAAC CCACAGCCGC ATCATAATTC TCTCTCAAGG     120\r
  40 ACTCCAAACC CTACTCCCAC TAATAGCCCT TTGATGACTT CTGGCAAGCC TCGCCAACCT     180\r
  41 CGCCTTACCC CCCACCATTA ACCTACTAGG AGAGCTCTCC GTACTAGTAA CCACATTCTC     240\r
  42 CTGATCAAAT ACCACCCTTT TACTTACAGG ATCTAACATA CTAATCACAG CCCTGTACTC     300\r
  43 CCTTTATATA TTTACCACAA CACAATGAGG CCCACTCACA CACCACATCA CCAACATAAA     360\r
  44 ACCCTCATTT ACACGAGAAA ACATCCTCAT ATTCATGCAC CTATCCCCCA TCCTCCTCCT     420\r
  45 ATCCCTCAAC CCCGATATTA TCACCGGGTT CACCTCCTGT AAATATAGTT TAACAAAACA     480\r
  46 TCAGATTGTG AATCTGATAA CAGAGGCTCA CACCCCTTAT TTACCGAGAA AGCTCGTAAG     540\r
  47 AGCTGCTAAC TCATACCCCG TGCTTGACAA CATGGCTTTC TCACTTTTAA AGGATAACAG     600\r
  48 CTATCCATTG GTCTTAGGAC CCAAAAATTT GGTGCAACTC CAAATAAAAG TAATAATGTA     660\r
  49 CGCTACCATA ACCACCTTAG CCCTAACTTC CTTAATTCCC CCTATCCTTA CCACCTTCAT     720\r
  50 CAATCCTAAC AAAAAAAGCT CATACCCCCA TTACGTAAAA TCTATCGTCG CATCCACCTT     780\r
  51 TATCATCAGC CTCTTCCCCA CAACAATATT TCTATGCCTA GACCAAGAAG CTATTATCTC     840\r
  52 AAGCTGACAC TGAGCAACAA CCCAAACAAT TCAACTCTCC CTAAGCTT                  888\r
  53 \r
  54 orang-utan\r
  55 AAGCTTCACC GGCGCAACCA CCCTCATGAT TGCCCATGGA CTCACATCCT CCCTACTGTT      60\r
  56 CTGCCTAGCA AACTCAAACT ACGAACGAAC CCACAGCCGC ATCATAATCC TCTCTCAAGG     120\r
  57 CCTTCAAACT CTACTCCCCC TAATAGCCCT CTGATGACTT CTAGCAAGCC TCACTAACCT     180\r
  58 TGCCCTACCA CCCACCATCA ACCTTCTAGG AGAACTCTCC GTACTAATAG CCATATTCTC     240\r
  59 TTGATCTAAC ATCACCATCC TACTAACAGG ACTCAACATA CTAATCACAA CCCTATACTC     300\r
  60 TCTCTATATA TTCACCACAA CACAACGAGG TACACCCACA CACCACATCA ACAACATAAA     360\r
  61 ACCTTCTTTC ACACGCGAAA ATACCCTCAT GCTCATACAC CTATCCCCCA TCCTCCTCTT     420\r
  62 ATCCCTCAAC CCCAGCATCA TCGCTGGGTT CGCCTACTGT AAATATAGTT TAACAAAACA     480\r
  63 TTAGATTGTG AATCTAATAA TAGGGCCCCA CACCCCTTAT TTACCGAGAA AGCTCACAAG     540\r
  64 AACTGCTAAC TCTCACTCCA TGTGTGACAA CATGGCTTTC TCGCTTTTAA AGGATAACAG     600\r
  65 CTATCCCTTG GTCTTAGGAT CCAAAAATTT GGTGCAACTC CAAATAAAAG TAACAATGTT     660\r
  66 TACCACCATA ACTGCCCTCA CCTTAACTTC CCTAATCCCC CCCATTACCG CTACCCTCAT     720\r
  67 TAACCCCAAC AAAAAAAACC CATACCCCCA CTATGTAAAA ACGGCCATCG CATCCGCCTT     780\r
  68 TACTATCAGC CTTATCCCAA CAACAATATT TATCTGCCTA GGACAAGAAA CCATCGTCAC     840\r
  69 AAACTGATGC TGAACAACCA CCCAGACACT ACAACTCTCA CTAAGCTT                  888\r
  70 \r
  71 gibbon    \r
  72 AAGCTTTACA GGTGCAACCG TCCTCATAAT CGCCCACGGA CTAACCTCTT CCCTGCTATT      60\r
  73 CTGCCTTGCA AACTCAAACT ACGAACGAAC TCACAGCCGC ATCATAATCC TATCTCGAGG     120\r
  74 GCTCCAAGCC TTACTCCCAC TGATAGCCTT CTGATGACTC GCAGCAAGCC TCGCTAACCT     180\r
  75 CGCCCTACCC CCCACTATTA ACCTCCTAGG TGAACTCTTC GTACTAATGG CCTCCTTCTC     240\r
  76 CTGGGCAAAC ACTACTATTA CACTCACCGG GCTCAACGTA CTAATCACGG CCCTATACTC     300\r
  77 CCTTTACATA TTTATCATAA CACAACGAGG CACACTTACA CACCACATTA AAAACATAAA     360\r
  78 ACCCTCACTC ACACGAGAAA ACATATTAAT ACTTATGCAC CTCTTCCCCC TCCTCCTCCT     420\r
  79 AACCCTCAAC CCTAACATCA TTACTGGCTT TACTCCCTGT AAACATAGTT TAATAAAACA     480\r
  80 TTAGATTGTG AATCTAACAA TAGAGGCTCG AACCTCTTGC TTACCGAGAA AGCCCACAAG     540\r
  81 AACTGCTAAC TCACTATCCA TGTATGACAA CATGGCTTTC TCACTTTTAA AGGATAACAG     600\r
  82 CTATCCATTG GTCTTAGGAC CCAAAAATTT GGTGCAACTC CAAATAAAAG TAATAATGTA     660\r
  83 CACCACCATA GCCATTCTAA CGCTAACCTC CCTAATTCCC CCCATTACAG CCACCCTTAT     720\r
  84 TAACCCCAAT AAAAAGAACT TATACCCGCA CTACGTAAAA ATGACCATTG CCTCTACCTT     780\r
  85 TATAATCAGC CTATTTCCCA CAATAATATT CATGTGCACA GACCAAGAAA CCATTATTTC     840\r
  86 AAACTGACAC TGAACTGCAA CCCAAACGCT AGAACTCTCC CTAAGCTT                  888\r
  87 \r
  88 ce macaque\r
  89 AAGCTTCTCC GGCGCAACCA CCCTTATAAT CGCCCACGGG CTCACCTCTT CCATGTATTT      60\r
  90 CTGCTTGGCC AATTCAAACT ATGAGCGCAC TCATAACCGT ACCATACTAC TATCCCGAGG     120\r
  91 ACTTCAAATT CTACTTCCAT TGACAGCCTT CTGATGACTC ACAGCAAGCC TTACTAACCT     180\r
  92 TGCCCTACCC CCCACTATTA ATCTACTAGG CGAACTCTTT GTAATCACAA CTTCATTTTC     240\r
  93 CTGATCCCAT ATCACCATTG TGTTAACGGG CCTTAATATA CTAATCACAG CCCTCTACTC     300\r
  94 TCTCCACATG TTCATTACAG TACAACGAGG AACACTCACA CACCACATAA TCAATATAAA     360\r
  95 ACCCCCCTTC ACACGAGAAA ACATATTAAT ATTCATACAC CTCGCTCCAA TTATCCTTCT     420\r
  96 ATCTCTCAAC CCCAACATCA TCCTGGGGTT TACCTCCTGT AAATATAGTT TAACAAAACA     480\r
  97 TTAGATTGTG AATCTAACTA TAGAGGCCTA CCCTTCTTAT TTACCGAGAA AACTCGCAAG     540\r
  98 GACTGCTAAT CCATGCCCCG TACTTAAAAC TACGGTTTCC TCACTTTTAA AGGATAACAG     600\r
  99 CTATCCATTG ACCTTAGGAG TCAAAAAATT GGTGCAACTC CAAATAAAAG TAATAATGCA     660\r
 100 CACCCCCATC ATAATAACAA CCCTCATCTC CCTGACCCTT CCAATTTTTG CCACCCTCAC     720\r
 101 CAACCCCTAT AAAAAACGTT CATACCCAGA CTACGTAAAA ACAACCGTAA TATATGCTTT     780\r
 102 TATTACCAGT CTCCCCTCAA CAACCCTATT CATCCTCTCA AACCAAGAAA CAACCATTTG     840\r
 103 GAGTTGACAT TGAATAACAA CCCAAACATT AGACCTAACA CTAAGCTT                  888\r
 104 \r
 105 s monkey  \r
 106 AAGCTTCACC GGCGCAATGA TCCTAATAAT CGCTCACGGG TTTACTTCGT CTATGCTATT      60\r
 107 CTGCCTAGCA AACTCAAATT ACGAACGAAT TCACAGCCGA ACAATAACAT TTACTCGAGG     120\r
 108 GCTCCAAACA CTATTCCCGC TTATAGGCCT CTGATGACTC CTAGCAAATC TCGCTAACCT     180\r
 109 CGCCCTACCA CCAGCTATTA ATCTAGTAGG AGAATTACTC ACAATCGTAT CTTCCTTCTC     240\r
 110 TTGATCCAAC TTTACTATTA TATTCACAGG ACTTAATATA CTAATTACAG CACTCTACTC     300\r
 111 ACTTCATATG TATGCCTCTA CACAGCGAGG TCCACTTACA TACAGCACCA GCAATATAAA     360\r
 112 ACCAATATTT ACACGAGAAA ATACGCTAAT ATTTATACAT ATAACACCAA TCCTCCTCCT     420\r
 113 TACCTTGAGC CCCAAGGTAA TTATAGGACC CTCACCTTGT AATTATAGTT TAGCAAAACA     480\r
 114 TTAGATTGTG AATCTAATAA TAGAAGAATA TACTTCTTAA TTACCGAGAA AGTGCGCAAG     540\r
 115 AACTGCTAAT TCATGCTCCA AGACTAACAA CTTGGCTTCC TCACTTTTAA AGGATAGTAG     600\r
 116 TTATCCATTG GTCTTAGGAG CCAAAAAATT GGTGCAACTC CAAATAAAAG TAATAATACA     660\r
 117 CTTCTCCATC ACTCTAATAA CACTAATTAG CCTACTAGCG CCAATCCTAG CTACCCTCAT     720\r
 118 TAACCCTAAC AAAAGCACAC TATACCCGTA CTACGTAAAA CTAGCCATCA TCTACGCCCT     780\r
 119 CATTACCAGT ACCTTATCTA TAATATTCTT TATCCTTACA GGCCAAGAAT CAATAATTTC     840\r
 120 AAACTGACAC TGAATAACTA TCCAAACCAT CAAACTATCC CTAAGCTT                  888\r
 121 \r
 122 tarsier   \r
 123 AAGTTTCATT GGAGCCACCA CTCTTATAAT TGCCCATGGC CTCACCTCCT CCCTATTATT      60\r
 124 TTGCCTAGCA AATACAAACT ACGAACGAGT CCACAGTCGA ACAATAGCAC TAGCCCGTGG     120\r
 125 CCTTCAAACC CTATTACCTC TTGCAGCAAC ATGATGACTC CTCGCCAGCT TAACCAACCT     180\r
 126 GGCCCTTCCC CCAACAATTA ATTTAATCGG TGAACTGTCC GTAATAATAG CAGCATTTTC     240\r
 127 ATGGTCACAC CTAACTATTA TCTTAGTAGG CCTTAACACC CTTATCACCG CCCTATATTC     300\r
 128 CCTATATATA CTAATCATAA CTCAACGAGG AAAATACACA TATCATATCA ACAATATCAT     360\r
 129 GCCCCCTTTC ACCCGAGAAA ATACATTAAT AATCATACAC CTATTTCCCT TAATCCTACT     420\r
 130 ATCTACCAAC CCCAAACTAA TTATAGGAAC CATGTACTGT AAATATAGTT TAAAAAAACA     480\r
 131 TTAGATTGTG AGTCTAATAA TAGAAGCCCA AGTTTCTTAT TTACCAAGAA AGTATGCAAG     540\r
 132 AACTGCTAAC TCATGCCCCA TATATAACAA TGTGGCTTTC TTACTTTTAA AGGATAGAAG     600\r
 133 TAATCCATCG GTCTTAGGAA CCGAAAAATT GGTGCAACTC CAAATAAAAG TAATATTATT     660\r
 134 TTCATCCTCC ATTTTACTAT CACTTACACT CTTAATTACC CCATTTATTA TTACAACAAC     720\r
 135 TAAAAAATAT GAAACACATG CATACCCTTA CTACGTAAAA AACTCTATCG CCTGCGCATT     780\r
 136 TATAACAAGC CTAGTCCCAA TGCTCATATT TCTATACACA AATCAAGAAA TAATCATTTC     840\r
 137 CAACTGACAT TGAATAACGA TTCATACTAT GAAATTATGC CTAAGCTT                  888\r
 138 \r
 139 lemur     \r
 140 AAGCTTCATA GGAGCAACCA TTCTAATAAT CGCACATGGC CTTACATCAT CCATATTATT      60\r
 141 CTGTCTAGCC AACTCTAACT ACGAACGAAT CCATAGCCGT ACAATACTAC TAGCACGAGG     120\r
 142 GATCCAAACC ATTCTCCCTC TTATAGCCAC CTGATGACTA CTCGCCAGCC TAACTAACCT     180\r
 143 AGCCCTACCA CCCTCTATCA ATTTAATTGG CGAACTATTC GTCACTATAG CATCCTTCTC     240\r
 144 ATGATCAAAC ATTACAATTA TCTTAATAGG CTTAAATATG CTCATCACCG CTCTCTATTC     300\r
 145 CCTCTATATA TTAACTACTA CACAACGAGG AAAACTCACA TATCATTCGC ACAACCTAAA     360\r
 146 CCCATCCTTT ACACGAGAAA ACACCCTTAT ATCCATACAC ATACTCCCCC TTCTCCTATT     420\r
 147 TACCTTAAAC CCCAAAATTA TTCTAGGACC CACGTACTGT AAATATAGTT TAAAAAAACA     480\r
 148 CTAGATTGTG AATCCAGAAA TAGAAGCTCA ACCTTCTTAT TTACCGAGAA AGTATGTATG     540\r
 149 AACTGCTAAC TCTGCACCCG TATATAAAAA TACGGCTATC TCACTTTTAA AGGATAGAAG     600\r
 150 TAATCCATTG GCCTTAGGAG CCAAAAAATT GGTGCAACTC CAAATAAAAG TAATACTATT     660\r
 151 ATCCTCTTTC ACCCTTGTCA CACTGATTAT CCTAACTTTA CCTATCATTA TAAACGTTAC     720\r
 152 AAACATATAC AAAAACTACC CCTATGCACC ATACGTAAAA TCTTCTATTG CATGTGCCTT     780\r
 153 CATCACTAGC CTCATCCCAA CTATATTATT TATCTCCTCA GGACAAGAAA CAATCATTTC     840\r
 154 CAACTGACAT TGAATAACAA TCCAAACCCT AAAACTATCT ATTAGCTT                  888\r
 155 \r
 156 \r
 157 _____________________________________________________________\r
 158 \r
 159       9   888  \r
 160 \r
 161 _____________________________________________________________\r
 162       9   888  G\r
 163 G   4\r
 164 3\r
 165 123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123\r
 166 123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123\r
 167 123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123\r
 168 123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123\r
 169 123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123\r
 170 123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123\r
 171 123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123\r
 172 1231231231231231231231231231231231231\r
 173 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444\r
 174 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444\r
 175 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444\r
 176 44444444444 444\r
 177 123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123\r
 178 123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123\r
 179 123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123\r
 180 12312312312312312312312312312312312312312312312312312312\r
 181 \r
 182 _____________________________________________________________ \r
 183 NOTE --\r
 184 The last three sites in the tRNA segment was misspecified as a codon:\r
 185 444 was incorrectly specied as 123, so that results for models\r
 186 involving "C" in Yang (1995.  A space-time process model for the\r
 187 evolution of DNA sequences. Genetics 139: 993-1005) were inaccurate.\r