examples/mtCDNAape/codeml.ctl

   1       seqfile = mtCDNAape.txt\r
   2      treefile = mtCDNAape.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlc           * main result file name\r
   5         noisy = 3  * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 0  * 0: concise; 1: detailed, 2: too much\r
   7       runmode = 0\r
   8 \r
   9       seqtype = 1  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  10     CodonFreq = 2  * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table\r
  11                    * 4:F1x4MG, 5:F3x4MG, 6:FMutSel3x4, 7:FMutSelCodon\r
  12         clock = 0 * 0:no clock, 1:global clock; 2:local clock\r
  13        aaDist = 7  * 0:equal, +:geometric; -:linear, 1-6:G1974,Miyata,c,p,v,a\r
  14    aaRatefile = ../../dat/wag.dat * only used for aa seqs with model=empirical(_F)\r
  15                    * dayhoff.dat, jones.dat, wag.dat, mtmam.dat, or your own\r
  16 \r
  17         model = 0\r
  18                    * models for codons:\r
  19                       * 0:one, 1:b, 2:2 or more dN/dS ratios for branches\r
  20 \r
  21       NSsites = 0 * 0:one w;1:neutral;2:selection; 3:discrete;4:freqs;\r
  22                    * 5:gamma;6:2gamma;7:beta;8:beta&w;9:beta&gamma;\r
  23                    * 10:beta&gamma+1; 11:beta&normal>1; 12:0&2normal>1;\r
  24                    * 13:3normal>0; \r
  25 \r
  26         icode = 1  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  27         Mgene = 0\r
  28                    * codonml: 0:rates, 1:separate; 2:diff pi, 3:diff kapa, 4:all diff\r
  29 \r
  30     fix_kappa = 0  * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated\r
  31         kappa = 1.234567    * initial or fixed kappa\r
  32     fix_omega = 0  * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate \r
  33         omega = 1.414  * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs\r
  34 \r
  35     fix_alpha = 1  * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha\r
  36         alpha = 0. * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  37         ncatG = 3  * # of categories in dG of NSsites models\r
  38 \r
  39         getSE = 0  * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  40 \r
  41    Small_Diff = .5e-6\r
  42 *    cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  43 *        ndata = 10\r
  44 *  fix_blength = -1  * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed\r
  45         method = 0   * 0: simultaneous; 1: one branch at a time\r