examples/mtCDNAape/codeml.HC.ctl

   1       seqfile = mtCDNA.HC.txt\r
   2      treefile = 2s.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlc           * main result file name\r
   5         noisy = 3  * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 1  * 0: concise; 1: detailed, 2: too much\r
   7       runmode = 0\r
   8 \r
   9       seqtype = 1  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  10     CodonFreq = 2  * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table\r
  11                    * 4:F1x4MG, 5:F3x4MG, 6:FMutSel3x4, 7:FMutSelCodon\r
  12         clock = 1 * 0:no clock, 1:global clock; 2:local clock\r
  13        aaDist = 0 * 0:equal, +:geometric; -:linear, 1-6:G1974,Miyata,c,p,v,a\r
  14 \r
  15     CodonFreq = 7  * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table\r
  16                    * 4:F1x4MG, 5:F3x4MG, 6:FMutSel0, 7:FMutSel\r
  17       estFreq = 1\r
  18 *      hkyREV = 0  * 0: HKY-like; 1: GTR(REV)-like\r
  19 \r
  20         model = 0\r
  21       NSsites = 0  * 0:one w;1:neutral;2:selection; 3:discrete;4:freqs;\r
  22                    * 5:gamma;6:2gamma;7:beta;8:beta&w;9:beta&gamma;\r
  23                    * 10:beta&gamma+1; 11:beta&normal>1; 12:0&2normal>1;\r
  24                    * 13:3normal>0;\r
  25 \r
  26         icode = 1  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  27 \r
  28     fix_kappa = 0  * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated\r
  29         kappa = 1.234567    * initial or fixed kappa\r
  30     fix_omega = 0  * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate \r
  31         omega = 1.414  * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs\r
  32 \r
  33     fix_alpha = 1  * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha\r
  34         alpha = 0. * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  35         ncatG = 3  * # of categories in dG of NSsites models\r
  36 \r
  37         getSE = 0  * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  38 \r
  39    Small_Diff = .5e-6\r
  40 *    cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  41         method = 0   * 0: simultaneous; 1: one branch at a time\r