examples/mtCDNAape/OmegaAA.dat

   1 2\r
   2 1: RH RK DE AG AP AS AT AV NI NS NT NY CG CF CS CW CY QL QP GS GW GV IL IM IF IS IT IV LM LF LP LS LW LV MT MV FS FY FV PS PT ST SW SY\r
   3 0: all others\r
   4 \r
   5 // End of File\r
   6 \r
   7 Prepared by Wa Yang.  This partitions amino acid changes into the\r
   8 conserved changes (class 1 above) and radical changes (class 0, which\r
   9 includes all the other changes).  This partitioning is based on\r
  10 charge.  The list works on universal code.  For mt code (icode = 1),\r
  11 some of the pairs specified cannot change between themselves in one\r
  12 step and should be deleted.  I did not check carefully and the program\r
  13 simply ignores such pairs.\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 5\r
  18 1: DN HQ LI MI ML FI FL YF VM\r
  19 2: QR ED EQ HR PA SN TP VI VL\r
  20 3: GA KQ KE SG TA TN TS WL VA VF\r
  21 4: HN HD PQ PH SP TK TM YH\r
  22 0: all others\r
  23 \r
  24 // end of file.\r
  25 Partitioning according to grantham.dat, for table 5 in Yang et al. (1998).\r
  26 \r
  27 \r
  28 \r
  29 \r
  30 \r
  31 Notes for file format: The number on the first line is the number of\r
  32 substitution types or omega's.  This line is followed by as many lines\r
  33 as the number of substitution types.  The last line, not read by the\r
  34 program, includes all amino acid pairs not yet mentioned.  If the\r
  35 specified amino acid pair cannot change between themselves in one step\r
  36 (by one codon-position difference), the pair is discarded, with a\r
  37 warning message.  To fit the "general" model, assigning an independent\r
  38 w ratio for each one-step amino acid pair, put -1 at the start of the\r
  39 file, and then the program will ignore the rest of the file and fit\r
  40 the general model (see pages 1608-1609 in Yang et al. 1998).\r
  41 \r
  42 Reference\r
  43 \r
  44 Yang, Z., R. Nielsen and M. Hasegawa. 1998. Models of amino acid\r
  45 substitution and applications to mitochondrial protein evolution. \r
  46 Mol. Biol. Evol. 15:1600-1611.\r