examples/mtCDNA/codeml.ctl

   1       seqfile = mtCDNApri.nuc\r
   2      treefile = mtCDNApri.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlc           * main result file name\r
   5         noisy = 3  * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 1  * 0: concise; 1: detailed, 2: too much\r
   7       runmode = 0\r
   8 \r
   9       seqtype = 1  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  10     CodonFreq = 2  * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table\r
  11         clock = 0\r
  12        aaDist = 7  * 0:equal, +:geometric; -:linear, 1-6:G1974,Miyata,c,p,v,a\r
  13    aaRatefile = wag.dat * only used for aa seqs with model=empirical(_F)\r
  14                    * dayhoff.dat, jones.dat, wag.dat, mtmam.dat, or your own\r
  15 \r
  16         model = 0\r
  17                    * models for codons:\r
  18                        * 0:one, 1:b, 2:2 or more dN/dS ratios for branches\r
  19                    * models for AAs or codon-translated AAs:\r
  20                        * 0:poisson, 1:proportional, 2:Empirical, 3:Empirical+F\r
  21                        * 6:FromCodon, 7:AAClasses, 8:REVaa_0, 9:REVaa(nr=189)\r
  22       NSsites = 0\r
  23         icode = 1  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  24     fix_kappa = 0\r
  25         kappa = 5\r
  26     fix_omega = 0\r
  27         omega = 0.2\r
  28 \r
  29         getSE = 0\r
  30  RateAncestor = 0\r
  31 \r
  32    Small_Diff = .5e-6\r
  33      cleandata = 1  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  34         method = 0   * 0: simultaneous; 1: one branch at a time\r