examples/lysozyme/lysozymeSmall.ctl

   1       seqfile = lysozymeSmall.txt\r
   2      treefile = lysozymeSmall.trees\r
   3       outfile = mlc\r
   4 \r
   5         noisy = 9   * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 1   * 1: detailed output, 0: concise output\r
   7       runmode = 0   * 0: user tree;  1: semi-automatic;  2: automatic\r
   8                     * 3: StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI \r
   9 \r
  10       seqtype = 1   * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  11     CodonFreq = 2   * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table\r
  12         clock = 0   * 0: no clock, unrooted tree, 1: clock, rooted tree\r
  13         model = 2\r
  14                     * models for codons:\r
  15                         * 0:one, 1:b, 2:2 or more dN/dS ratios for branches\r
  16 \r
  17       NSsites = 0   * dN/dS among sites. 0:no variation, 1:neutral, 2:positive\r
  18         icode = 0   * 0:standard genetic code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  19 \r
  20     fix_kappa = 0   * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated\r
  21         kappa = 2   * initial or fixed kappa\r
  22     fix_omega = 0   * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate \r
  23         omega = 2   * initial or fixed omega, for codons or codon-transltd AAs\r
  24 \r
  25     fix_alpha = 1   * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha\r
  26         alpha = .0  * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  27        Malpha = 0   * different alphas for genes\r
  28         ncatG = 4   * # of categories in the dG or AdG models of rates\r
  29 \r
  30         getSE = 0   * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  31  RateAncestor = 0   * (1/0): rates (alpha>0) or ancestral states (alpha=0)\r
  32        method = 0   * 0: simultaneous; 1: one branch at a time\r
  33 \r
  34 \r
  35 * Specifications for duplicating results for the small data set in table 1\r
  36 * of Yang (1998 MBE 15:568-573).\r
  37 * see the tree file lysozyme.trees for specification of node (branch) labels\r