examples/lysozyme/lysozymeLarge.ctl

   1       seqfile = lysozymeLarge.nuc\r
   2      treefile = lysozymeLarge.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlc \r
   5         noisy = 3\r
   6       verbose = 0\r
   7       runmode = 0\r
   8 \r
   9       seqtype = 1  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  10     CodonFreq = 2  * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table\r
  11         clock = 0   * 0:no clock, 1:global clock; 2:local clock; 3:TipDate\r
  12        aaDist = 0  * 0:equal, +:geometric; -:linear, 1-6:G1974,Miyata,c,p,v,a\r
  13    aaRatefile = /../wag.dat\r
  14         model = 2\r
  15                    * models for codons:\r
  16                        * 0:one, 1:b, 2:2 or more dN/dS ratios for branches\r
  17 \r
  18       NSsites = 2  * 0:one w;1:neutral;2:selection; 3:discrete;4:freqs;\r
  19                    * 5:gamma;6:2gamma;7:beta;8:beta&w;9:beta&gamma;\r
  20                    * 10:beta&gamma+1; 11:beta&normal>1; 12:0&2normal>1;\r
  21                    * 13:3normal>0\r
  22 \r
  23         icode = 0  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  24     fix_kappa = 0  * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated\r
  25         kappa = 3  * initial or fixed kappa\r
  26     fix_omega = 0  * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate \r
  27         omega = 1  * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs\r
  28 \r
  29     fix_alpha = 1  * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha\r
  30         alpha = 0  * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  31        Malpha = 0  * different alphas for genes\r
  32         ncatG = 10  * # of categories in dG of NSsites models\r
  33 \r
  34         getSE = 0  * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  35  RateAncestor = 0  * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)\r
  36 \r
  37    Small_Diff = .5e-6\r
  38 *    cleandata = 1\r
  39 *       method = 1   * 0: simultaneous; 1: one branch at a time\r