examples/lysin/codeml.ctl

   1       seqfile = lysin.nuc\r
   2      treefile = lysin.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlc          * main result file name\r
   5         noisy = 9   * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 1   * 1: detailed output, 0: concise output\r
   7       runmode = 0   * 0: user tree;  1: semi-automatic;  2: automatic\r
   8                     * 3: StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI; -2: pairwise\r
   9 \r
  10       seqtype = 1   * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  11     CodonFreq = 2   * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table\r
  12         clock = 0   * 0: no clock, unrooted tree, 1: clock, rooted tree\r
  13         model = 0\r
  14                     * models for codons:\r
  15                         * 0:one, 1:b, 2:2 or more dN/dS ratios for branches\r
  16 \r
  17       NSsites = 2   * 0:one w;1:neutral;2:positive; 3:discrete;4:freqs;\r
  18                     * 5:gamma;6:2gamma;7:beta;8:beta&w;9:beta&gamma;\r
  19                     * 10:beta&1+gamma; 11:beta&1>normal; 12:0&2normal; 13:3normal\r
  20         icode = 0   * 0:standard genetic code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  21 \r
  22     fix_kappa = 0   * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated\r
  23         kappa = 1.6   * initial or fixed kappa\r
  24     fix_omega = 0   * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate \r
  25         omega = .8  * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs\r
  26 \r
  27         ncatG = 10   * # of categories in dG of NSsites models\r
  28 \r
  29         getSE = 0   * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  30  RateAncestor = 0   * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)\r
  31 \r
  32    Small_Diff = 3e-7\r
  33     cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  34        method = 0  * 0: simultaneous; 1: one branch at a time\r