]> git.donarmstrong.com Git - paml.git/blob - examples/horai.nuc
import paml4.8
[paml.git] / examples / horai.nuc
1   6   4860 G\r
2 G 4\r
3 123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123123\r
4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444\r
5 \r
6 human \r
7 ATTCGAACAGCATACCCCCGATTCCGCTACGACCAACTCATACACCTCCTATGAAAAAACTTCCTACCACTCACCCTAGCATTACTTATATGATATGTCTCCATACCCATTACAATCTCCAGCATTCCCCCTCAAACCATTAATCCCCTGGCCCAACCCGTCATCTACTCTACCATCTTTGCAGGCACACTCATCACAGCGCTAAGCTCGCACTGATTTTTTACCTGAGTAGGCCTAGAAATAAACATGCTAGCTTTTATTCCAGTTCTAACCAAAAAAATAAACCCTCGTTCCACAGAAGCTGCCATCAAGTATTTCCTCACGCAAGCAACCGCATCCATAATCCTTCTAATAGCTATCCTCTTCAACAATATACTCTCCGGACAATGAACCATAACCAATACTACCAATCAATACTCATCATTAATAATCATAATAGCTATAGCAATAAAACTAGGAATAGCCCCCTTTCACTTCTGAGTCCCAGAGGTTACCCAAGGCACCCCTCTGACATCCGGCCTGCTTCTTCTCACATGACAAAAACTAGCCCCCATCTCAATCATATACCAAATCTCTCCCTCACTAAACGTAAGCCTTCTCCTCACTCTCTCAATCTTATCCATCATAGCAGGCAGTTGAGGTGGATTAAACCAGACCCAGCTACGCAAAATCTTAGCATACTCCTCAATTACCCACATAGGATGAATAATAGCAGTTCTACCGTACAACCCTAACATAACCATTCTTAATTTAACTATTTATATTATCCTAACTACTACCGCATTCCTACTACTCAACTTAAACTCCAGCACCACGACCCTACTACTATCTCGCACCTGAAACAAGCTAACATGACTAACACCCTTAATTCCATCCACCCTCCTCTCCCTAGGAGGCCTGCCCCCGCTAACCGGCTTTTTGCCCAAATGGGCCATTATCGAAGAATTCACAAAAAACAATAGCCTCATCATCCCCACCATCATAGCCACCATCACCCTCCTTAACCTCTACTTCTACCTACGCCTAATCTACTCCACCTCAATCACACTACTCCCCATATCTAACAACGTAAAAATAAAATGACAGTTTGAACATACAAAACCCACCCCATTCCTCCCCACACTCATCGCCCTTACCACGCTACTCCTACCTATCTCCCCTTTTATACTAATAATCTTAATGTTCGCCGACCGTTGACTATTCTCTACAAACCACAAAGACATTGGAACACTATACCTATTATTCGGCGCATGAGCTGGAGTCCTAGGCACAGCTCTAAGCCTCCTTATTCGAGCCGAGCTGGGCCAGCCAGGCAACCTTCTAGGTAACGACCACATCTACAACGTTATCGTCACAGCCCATGCATTTGTAATAATCTTCTTCATAGTAATACCCATCATAATCGGAGGCTTTGGCAACTGACTAGTTCCCCTAATAATCGGTGCCCCCGATATGGCGTTTCCCCGCATAAACAACATAAGCTTCTGACTCTTACCTCCCTCTCTCCTACTCCTGCTCGCATCTGCTATAGTGGAGGCCGGAGCAGGAACAGGTTGAACAGTCTACCCTCCCTTAGCAGGGAACTACTCCCACCCTGGAGCCTCCGTAGACCTAACCATCTTCTCCTTACACCTAGCAGGTGTCTCCTCTATCTTAGGGGCCATCAATTTCATCACAACAATTATCAATATAAAACCCCCTGCCATAACCCAATACCAAACGCCCCTCTTCGTCTGATCCGTCCTAATCACAGCAGTCCTACTTCTCCTATCTCTCCCAGTCCTAGCTGCTGGCATCACTATACTACTAACAGACCGCAACCTCAACACCACCTTCTTCGACCCCGCCGGAGGAGGAGACCCCATTCTATACCAACACCTATTCTGATTTTTCGGTCACCCTGAAGTTTATATTCTTATCCTACCAGGCTTCGGAATAATCTCCCATATTGTAACTTACTACTCCGGAAAAAAAGAACCATTTGGATACATAGGTATGGTCTGAGCTATGATATCAATTGGCTTCCTAGGGTTTATCGTGTGAGCACACCATATATTTACAGTAGGAATAGACGTAGACACACGAGCATATTTCACCTCCGCTACCATAATCATCGCTATCCCCACCGGCGTCAAAGTATTTAGCTGACTCGCCACACTCCACGGAAGCAATATGAAATGATCTGCTGCAGTGCTCTGAGCCCTAGGATTCATCTTTCTTTTCACCGTAGGTGGCCTGACTGGCATTGTATTAGCAAACTCATCACTAGACATCGTACTACACGACACGTACTACGTTGTAGCCCACTTCCACTATGTCCTATCAATAGGAGCTGTATTTGCCATCATAGGAGGCTTCATTCACTGATTTCCCCTATTCTCAGGCTACACCCTAGACCAAACCTACGCCAAAATCCATTTCACTATCATATTCATCGGCGTAAATCTAACTTTCTTCCCACAACACTTTCTCGGCCTATCCGGAATGCCCCGACGTTACTCGGACTACCCCGATGCATACACCACATGAAACATCCTATCATCTGTAGGCTCATTCATTTCTCTAACAGCAGTAATATTAATAATTTTCATGATTTGAGAAGCCTTCGCTTCGAAGCGAAAAGTCCTAATAGTAGAAGAACCCTCCATAAACCTGGAGTGACTATATGGATGCCCCCCACCCTACCACACATTCGAAGAACCCGTATACATAAAATCTATGGCACATGCAGCGCAAGTAGGTCTACAAGACGCTACTTCCCCTATCATAGAAGAGCTTATCACCTTTCATGATCACGCCCTCATAATCATTTTCCTTATCTGCTTCCTAGTCCTGTATGCCCTTTTCCTAACACTCACAACAAAACTAACTAATACTAACATCTCAGACGCTCAGGAAATAGAAACCGTCTGAACTATCCTGCCCGCCATCATCCTAGTCCTCATCGCCCTCCCATCCCTACGCATCCTTTACATAACAGACGAGGTCAACGATCCCTCCCTTACCATCAAATCAATTGGCCACCAATGGTACTGAACCTACGAGTACACCGACTACGGCGGACTAATCTTCAACTCCTACATACTTCCCCCATTATTCCTAGAACCAGGCGACCTGCGACTCCTTGACGTTGACAATCGAGTAGTACTCCCGATTGAAGCCCCCATTCGTATAATAATTACATCACAAGACGTCTTGCACTCATGAGCTGTCCCCACATTAGGCTTAAAAACAGATGCAATTCCCGGACGTCTAAACCAAACCACTTTCACCGCTACACGACCGGGGGTATACTACGGTCAATGCTCTGAAATCTGTGGAGCAAACCACAGTTTCATGCCCATCGTCCTAGAATTAATTCCCCTAAAAATCTTTGAAATAGGGCCCGTATTTACCCTAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAAAAATTATAACAAACCCTGAGAACCAAAATGAACGAAAATCTGTTCGCTTCATTCATTGCCCCCACAATCCATGAACGAAAATCTGTTCGCTTCATTCATTGCCCCCACAATCCTAGGCCTACCCGCCGCAGTACTGATCATTCTATTTCCCCCTCTATTGATCCCCACCTCCAAATATCTCATCAACAACCGACTAATCACCACCCAACAATGACTAATCAAACTAACCTCAAAACAAATGATAACCATACACAACACTAAAGGACGAACCTGATCTCTTATACTAGTATCCTTAATCATTTTTATTGCCACAACTAACCTCCTCGGACTCCTGCCTCACTCATTTACACCAACCACCCAACTATCTATAAACCTAGCCATGGCCATCCCCTTATGAGCGGGCACAGTGATTATAGGCTTTCGCTCTAAGATTAAAAATGCCCTAGCCCACTTCTTACCACAAGGCACACCTACACCCCTTATCCCCATACTAGTTATTATCGAAACCATCAGCCTACTCATTCAACCAATAGCCCTGGCCGTACGCCTAACCGCTAACATTACTGCA\r
8 AGAAATATGT CTGATAAAAG AGTTACTTTG ATAGAGTAAA TAATAGGAGC TTAAACCCCC       60\r
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10 CACCTATCAC ACCCCATCCT AAGTAAGGTC AGCTAAATAA GCTATCGGGC CCATACCCCG      180\r
11 AAAATGTTGG TTATACCCTT CCCGTACTAA GAAATTTAGG TTATACAGAC CAAGAGCCTT      240\r
12 CAAAGCCCTC AGTAAGTTGC AATACTTAAT TTCTGTAAGG ACTGCAAAAC CCCACTCTGC      300\r
13 ATCAACTGAA CGCAAATCAG CCACTTTAAT TAAGCTAAGC CCTTCTAGAC CAATGGGACT      360\r
14 TAAACCCACA AACACTTAGT TAACAGCTAA GCACCCTAAT CAACTGGCTT CAATCTAAAG      420\r
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16 GCTTGGTAAA AAGAGGCCTA ACCCCTGTCT TTAGATTTAC AGTCCAATGC TTCACTCAGC      540\r
17 CATTTTACCA CAAAAAAGGA AGGAATCGAA CCCCCCAAAG CTGGTTTCAA GCCAACCCCA      600\r
18 TGGCCTCCAT GACTTTTTCA AAAGGTATTA GAAAAACCAT TTCATAACTT TGTCAAAGTT      660\r
19 AAATTATAGG CTAAATCCTA TATATCTTAC ACTGTAAAGC TAACTTAGCA TTAACCTTTT      720\r
20 AAGTTAAAGA TTAAGAGAAC CAACACCTCT TTACAGTGAA AAAAAAAA                   759\r
21 \r
22 common chimp\r
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37 \r
38 pygmy chimp\r
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69 \r
70 orangutan\r
71 ATTCGACAAACATACCCCCGATTCCGCTACGACCAACTCATGCACCTCCTATGAAAAAATTTCCTGCCACTCACCCTAGCACTACTAATATGACACATCTCCATACCCATTACAACCTCTGGCATTCCCCCACAAACCATTAACCCCCTAGCTCAACCCATCATCTACCTCACCGTCTTCACAGGCACACTTATTACAGCACTGAGCTCCCACTGATTCTTTGCCTGACTGGGCCTAGAAATAAACATACTCGCTTTCATCCCAGTCCTAACCAAAAAAACAAGCCCCCGCTCCACAGAAGCCGCTATCAAATATTTCCTCACACAAGCAACCGCATCCATAATTTTCCTAATAGCCATCCTCCACAACAACATATTTTCCGGACAGTGAACCACAGCCAATACCACCAACCCATATTCATCTCTAATAATTGTAACCGCCCTAGCAATAAAACTAGGAATAGCCCCCTTCCACTTCTGAGTCCCAGAAGTCACCCAAGGAGTCCCCCTAACATCCGGCCTACTCCTCCTTACATGACAAAAATTAGCCCCCATTTCAATTATATACCAAATATACCCATCAGTAGACACAAACATCCTCCTCACCCTCTCAATTCTATCTATCCTGGTAGGCAGCTGAGGCGGACTAAACCAAACCCAACTACACAAAATCCTGGCATACTCCTCAATCACTCACATAGGATGAATAGTAGCAGTACTACCCTACAACCCAAACATCACTATCCTCAACCTAATCATCTATATTACCCTGACAACTACCACATTCCTAATTCTCGACTTAAACTCTAGCACCACAATCCTACTGTTATCCCGCACCTGAAACAAACTGACATGACTAATACCCCTAATCTCATCAACCTTACTATCCTTAGGGGGCCTGCCCCCACTAACCGGCTTCCTACCCAAATGAGCTATCATTGAGGAATTCGCAAAAAACGACAATCTTATTGCTCCCACAATCATAGCCATTATCTCTCTCCTCAACCTCTACTTCTACGCACGCCTAATTTACATCACCTCAATCACACTACTCCCCATGTCTAACAACGTAAAAATAAAATGACAATTCGAAAATACAAAACCCGCCCCTCTCCTCCCCACACTCACTATCCTTACCGCCCTACTTCTACCTATCTCCCCTCTCATCCTATCCATCCCAATGTTCGCCGACCGCTGGCTATTCTCCACGAACCACAAAGATATTGGAACGCTATACCTGTTGTTCGGCGCATGAGCTGGTGTCCTAGGCACTGCCCTAAGCCTCCTCATTCGTGCTGAACTAGGCCAACCCGGCAACCTCCTAGGTAATGACCATATTTACAATGTCATCGTCACAGCCCATGCATTCGTAATAATTTTTTTCATGGTCATGCCCATAATAATTGGAGGCTTTGGCAACTGACTAGTGCCCCTGATAATTGGCGCCCCTGATATGGCATTCCCGCGCATAAATAACATAAGCTTCTGACTCCTCCTCCCCTCCTTCCTCCTATTACTCGCTTCTGCTACAGTAGAGGCCGGAGCAGGAACGGGCTGAACAGTCTATCCACCCCTAGCAGGAAACTACTCTCACCCAGGAGCCTCTGTAGACTTGACAATCTTCTCTCTACACCTAGCAGGCATTTCCTCAATTCTAGGGGCTATCAATTTCATTACAACAATTATTAATATAAAACCCCCTGCAATATCCCAATATCAAACTCCCCTCTTCGTCTGATCAATCCTGATCACAGCAGTCCTACTTCTCCTCTCCCTCCCAGTCCTAGCCGCTGGCATCACCATACTACTAACAGACCGCAACTTAAATACTACATTCTTTGACCCGGCTGGAGGTGGGGATCCTATCCTATACCAACACTTATTCTGATTTTTCGGCCACCCTGAAGTCTACATTCTCATCCTACCAGGTTTCGGCATAATCTCCCACATCGTAACACACTACTCCGGAAAAAAAGAACCATTTGGGTATATAGGCATAGTCTGAGCCATAGTCTCAATTGGTTTCCTGGGTTTTATCGTATGAGCCCACCACATATTCACAGTAGGGATAGACGTGGACACACGAGCCTACTTCACCTCCGCTACCATAATTATTGCCATCCCCACCGGCGTCAAAGTATTTAGCTGACTCGCTACACTCCACGGAAGCAACACTAAATGATCTGCCGCAATCCTCTGAGCCTTAGGATTCATTTTCCTCTTCACCGTAGGCGGCTTAACAGGCATCGTACTGGCAAACTCATCACTAGACATCGTATTACACGATACATACTACGTTGTAGCCCACTTTCACTACGTCTTATCAATAGGAGCTGTATTCGCCATCATAGGAGGCTTCATCCACTGGTTCCCACTATTCTCAGGCTACACCTTAAACCAGACCTATGCTAAAATTCACTTCATCACCATATTTGTCGGCGTAAATTTAACCTTCTTCCCGCAACATTTCCTTGGCCTATCAGGTATACCCCGACGCTACTCCGATTACCCCGACGCATATACCACATGAAATATTTTATCATCCGCAGGCTCATTTATCTCCCTAACAGCAGTTATACTAATAATTTTCATAATTTGAGAAGCCTTTGCCTCAAAACGAAAAGTCCCAATAATTGAACAACCTTCCACAAGCCTAGAGTGGTTATACGGATGCCCCCCACCCTACCATACGTTTGAAGAACCCGTCTATATAAAACCCATGGCGCACGCAGCACAGGTAGGTCTACAAGACGCTACCTCTCCTATCATAGAAGAATTGGTCATCTTTCACGACCACGCCCTCATAATCATCTTCCTAATCTGCTTCCTAGTCCTGTACGCCCTTTTCCTAACACTCACAACGAAACTCACCAACACTAACATCTCAGATGCCCAAGAGATAGAAACTATTTGAACTATCCTACCAGCCATCATCCTAATTCTAATCGCCCTCCCATCTCTACGCATCCTCTACTTAACAGACGAAATCAACGACCCTTCCTTCACCATTAAATCAATCGGCCATCAATGGTACTGAACCTACGAGTATACTGACTATGGCGGATTGATCTTCAACTCTTACATGCTCCCACCACTATTCCTAGAACCAGGCGACCTTCGACTCCTAGACGTCGACAATCGAGTAGTCCTCCCAGTCGAAGCCCCCGTTCGCATAATAATCACATCCCAAGACGTCTTGCACTCATGAACCGTCCCCTCACTAGGCCTGAAAACAGACGCAATCCCCGGACGCCTAAACCAAACCACATTCACTGCCACACGACCAGGAGTATATTATGGCCAATGCTCAGAAATCTGTGGAGCTAACCACAGCTTTATGCCTATCGTCCTAGAACTAATCCCCCTAAAAATCTTCGAAATAGGACCCGTATTCGCTTTAATGCCCCAACTAAATACCACCACATGGCTCACCGTCATCACTCCAACACTTCTTGCACTATTCCTCATCACCCAGTTAAAACTATTAAACTCACACCTCCACCCACCCACCCCACCAAAATTTACCAAAACAAAACCCCACGCCAAACCCTGAGAACTAAAATGAACGAAGATCTATTCACCCCATTCACTACCCCCACAGTCCATGAACGAAGATCTATTCACCCCATTCACTACCCCCACAGTCCTAGGCCTCCCCGCTGCAATTCTAGTCATCTTATTTCCCCCCTTACTAGTCCCTACCTCCAAACATTTCATCAACAACCGTCTAATTACCACCCAGCAATGACTAATCCGACTCACCCTAAAACAAATAATAATCACCCATAACACTAAAGGACGAACTTGATCCCTAATACTAACATCCCTAATCATTTTTATCGCCTCAACCAACCTCCTCGGACTCTTCCCCTACTCATTTACACCAACTACCCAGCTATCCATAAACTTAGCTATAGCAATCCCCCTATGAGCAAGCACGGTAGCCATGGGCCTACGCTTCAAGGCCAAAATTAGCCTAGCTCACCTCTTGCCACAAGGTACCCCCACACCCCTCATCCCCATACTAATTATTATTGAAACCATTAGTCTTTTTATTCAACCGCTAGCCTTAGCCGTACGCCTAACCGCCAACATCACTGCA\r
72 AGAAATATGT CTGACAAAAG AGTTACTTTG ATAGAGTAAA AAATAGAGGT CTAAATCCCC       60\r
73 TTATTTCTAC TAGGACTATG GGAATTGAAC CCACCCCTGA GAATCCAAAA TTCTCCGTGC      120\r
74 CACCCATCAC ACCCCATCCT AAGTAAGGTC AGCTAAATAA GCTATCGGGC CCATACCCCG      180\r
75 AAAATGTTGG TTACACCCTT CCCGTACTAA GAAATTTAGG TTACACAGAC CAAGAGCCTT      240\r
76 CAAAGCCCTC AGCAAGTCAC AGCACTTAAT TTCTGTAAGG ACTGCAAAAC CCCACTTTGC      300\r
77 ATCAACTGAG CGCAAATCAG CCACTTTAAT TAAGCTAAGC CCTCCTAGAC CGATGGGACT      360\r
78 TAAACCCACA AACATTTAGT TAACAGCTAA ACACCCTAGT CAATTGGCTT CAGTCCAAAG      420\r
79 CCCCGGCAGG CTTAAAGCTG CTCCTTCGAA TTTGCAATTC AACATGACAA TCACCTCAGG      480\r
80 GCTTGGTAAA AAGAGGTCTG ACCCCTGTTC TTAGATTTAC AGCCTAATGC CTTACTCGGC      540\r
81 CATTTTACCG CAAAAAAGGA AGGAATCGAA CCTCCTAAAG CTGGTTTCAA GCCAACCCCA      600\r
82 TAACCCCCAT GACTTTTTCA AAAGGTACTA GAAAAACCAT TTCGTAACTT TGTCAAAGTT      660\r
83 AAATTACAGG TCAGACCCTG TGTATCTTAC ATTGCAAAGC TAACCTAGCA TTAACCTTTT      720\r
84 AAGTTAAAGA CTAAGAGAAC CAGCCTCTCT TTGCAATGAA AAAAAAAA                   759\r
85 \r
86 siamang\r
87 ATCCGAACAACATATCCCCGATTCCGCTACGATCAACTCATATACCTCCTATGAAAGAACTTCCTGCCACTCACCCTGGCCCTACTCATATGATACATTTCTCTACCCATTATAATTGCCAGTACTCCTCCCCAAACCATTAACCCCCTAGCTCAACCCATCATCTACTCAACCATTTTTGCAGGTACACTCATTACCGCATCTAGCTCACACTGATTCCTCGCCTGAGTAGGCCTAGAAATAAACATGTTAGCCTTTATCCCAGTCTTAACAAAAAAAATAAACCCTCGCTCCACAGAAGCCGCTATTAAGTATTTCCTCGTACAAGCAACCGCATCCATAATCCTTATAATAGCCATCCTCTCTAATAACCTACTTTCCGGACAATGAACCACAACCAACATTACCAACCAATACTCATCACTAATAATCTTAACAGCCTTAGCCATAAAACTAGGAATAGCCCCCTTCCACTTCTGAGTCCCAGAAGTCACTCAAGGAACTACCCTCACATCCGGCCTACTACTCCTCACATGACAAAAACTAGCCCCTATCTCAATTATATACCAAATCTTCCCAGTAATAAACGTAAACATCCTCCTCACATTTTCAATTTTATCTATCATAGTAGGCAGCTGAGGCGGACTAAACCAAACCCCAACATCGCAAAATTCTGGATACTCCTCAATCACCCATGTAGGCTGAATAACAGCCGTACTTCCATACAACCCAAACATCACCATTTTCAACCTAACTATCTACATCGTACTAACAACCACTGCATTCCTAGCACTCAACCTAAATTCCAGCACCACAACCCTACTATTATCCCGCTCCTGAAACAAATTAACCTGACTACTACCCCTAATCCCATCCACCCTATTATCACTAGGAGGGCTACCTCCACTAACCGGCTTCCTACCCAAATGGCTTGTCATTGAAGAGCTCACAAAAAACGGTACTCTCATTATCCCAACTATTATAGCCATCGTCACCCTTATCAACCTATACTTCTACATACGCCTAATCTACTCCACCTCAATCACACTATTCCCTACATCCAACAATGTAAAAATAAAATGACAATTTGAAAACATAAAACCCACACTTCTCCTCCCCACACTCACTATCCTCACCACTCTTCTCCTACCAATCGCCCCACTCACATTCCCTGCCCCAATGTTCGCCGACCGCTGGTTATTCTCCACAAACCATAAAGATATTGGAACACTATACTTGCTATTTGGCGCATGAGCCGGAGTCCTAGGCACAGCCCTAAGCCTCCTTATCCGAGCCGAACTAGGTCAACCCGGCAATCTCCTGGGCAATGACCACATTTATAACGTCATCGTAACAGCCCACGCGTTCGTCATAATCTTTTTCATAGTAATACCCATTATGATTGGGGGCTTTGGCAACTGACTAGTCCCTCTAATAATCGGAGCCCCCGACATGGCATTCCCTCGTATAAATAACATAAGCTTCTGGCTTCTTCCTCCCTCTTTCCTACTACTGCTTGCCTCCGCCATAGTAGAAGCCGGCGCCGGAACAGGATGAACAGTCTATCCCCCATTGGCAGGAAACTATTCCCACCCAGGAGCCTCTGTTGATTTAACCATTTTTTCTCTACACCTGGCTGGAGTATCATCTATCCTAGGGGCTATTAACTTCATTACTACAATCATCAACATAAAACCCCCAGCTATATCCCAATATCAAACACCTCTCTTTGTCTGATCCGTCCTAATTACAGCAGTCCTACTCCTTCTCTCCCTACCAGTTTTAGCCGCTGGCATCACCATACTACTAACAGACCGTAACCTCAACACCACTTTCTTTGACCCAGCTGGAGGAGGAGACCCCATTCTATATCAACACCTATTCTGGTTTTTTGGCCACCCCGAAGTTTACATTCTTATCCTACCAGGCTTCGGAATAATTTCACACATCGTAACTCACTACTCGGGAAAAAAGGAGCCATTCGGATATATAGGCATAGTCTGAGCCATAATATCAATTGGCTTCCTAGGTTTCATTGTCTGAGCCCACCATATATTTACAGTAGGCATGGACGTAGACACACGAGCCTATTTTACATCCGCCACCATAATTATTGCCATTCCCACTGGTGTCAAAGTATTTAGCTGGCTCGCCACACTCCACGGAAGTGACACCAAATGATCCGCTGCAGTACTCTGAGCCCTAGGCTTCATTTTCCTCTTTACAGTAGGGGGCCTAACTGGTATCGTATTAGCAAATTCATCACTGGACATTGTACTTCACGACACATACTATGTCGTAGCCCATTTCCACTATGTCTTATCCATAGGAGCCGTATTCGCTATCATAGGAGGCTTCGTCCACTGATTCCCCCTATTCTCGGGCTACACTTTAGATCAAACCTATGCCAAAATTCACTTCGCCATTATATTTGTAGGAGTAAACTTAACCTTCTTTCCACAACACTTCCTCGGCCTGTCCGGAATACCTCGACGTTATTCCGACTACCCTGATGCATACACTACCTGAAACATCCTATCCTCTGTGGGCTCATTTATCTCTCTAACAGCAGTAATACTAATAATTTTCATAATCTGAGAGGCTTTCGCCTCAAAGCGAAAAATCCTAATAATCGAACAGCCCTCCACTAACCTAGAGTGGTTGTACGGATGCCCACCACCTTATCACACATTTGAAGACCCCGTCTATATAAAACCTATGGCACATGCAGCTCAAGTAGGCCTACAAGACGCTACATCCCCTATCATAGAAGAACTAATCTCTTTCCACGACCATGCCCTCATAATCATTTTCCTTATCAGCTTCCTAGTCCTATATGCCCTCTTCCTAACACTCACAACAAAACTAACCAACACTAATATTACGGACGCCCAAGAGATAGAAACCGTCTGAACAATCCTACCTGCTATTATTCTAGTTCTAATTGCCCTCCCATCCCTCCGCATCCTTTACTTAACAGACGAAATCAACGACCCCTCCTTTACTATCAAGGCAATCGGTCATCAGTGATACTGAGCCTACGAATATACAGACTACGGTGGGCTAATCTTCAATTCTTACATACTACCACCATTATTTCTAGAACCGGGGGACCTTCGACTCCTTGAAGTCGACAACCGAGTAGTTCTTCCAATTGAAGCCCCTGTCCGTATAATAATTACATCACAAGACGTCCTACACTCATGAACTGTCCCCTCCTTAGGTCTTAAAACGGATGCTATCCCCGGACGCCTAAACCAAACCACATTCACCGCCACACGCCCAGGAGTATACTACGGCCAATGCTCAGAAATCTGTGGGGCCAACCATAGCTTTATACCGATTGTTCTAGAACTAATTCCCTTAAAAATCTTCGAGATAGGGCCTGTATTTACCCTAATGCCCCAATTAAACACCACCGTGTGACCTACAATCATCACATCAATACTTCTCACACTATTCCTCCTCATACAACTAAAAACACTAAACATGTACTACCATCCACCCGCCTCCCCAAAACTCATAAACATTAAACCCCACAACAACCCCTGAGAACACAAATGAACGAAAATCTATTCGCTTCATTCGCTGCCCCTACAATCCATGAACGAAAATCTATTCGCTTCATTCGCTGCCCCTACAATCCTAGGCCTACCCGCCGCAGTACCAATTATTCTATTTCCCTCCCTATTAATTCCTACTTCCAAATACCTCATCAACAATCGACTAATTACCACCCAACAATGACTAATTCAATTGACCTTAAAACAAATAATAACACTACACAACACTAAAGGACGAACCTGATCCCTCATATTAATTTCTCTAATTATTTTCATTGCTACAACTAACCTCCTTGGCCTCTTACCCCACTCATTCACACCAACCACCCAGCTATCCATAAACCTAGCCATAGCAATTCCCCTATGAGCAGGCACTGTGGCCACAGGTTTACGTCTCAAAACCAAAAACACTCTTGCTCACCTTTTACCCCAAGGCACACCTACGCCCCTCATTCCCATACTAATTATCATCGAAACTATCAGTCTATTTATCCAACCCATGGCCCTAGCCGTACGATTAACTGCAAATATTACAGCA\r
88 AGAAATACGT CTGACGAAAG AGTTACTTTG ATAGAGTAAA TAACAGGGGT TTAAATCCCC       60\r
89 TTATTTCTAC TAGAACCATA GGAGTCGAAC CCATCCTTGA GAATCCAAAA CTCTCCGTGC      120\r
90 CACCCGTCGC ACCCTGTTCT AAGTAAGGTC AGCTAAATAA GCTATCGGGC CCATACCCCG      180\r
91 AAAATGTTGG TTATACCCTT CCCATACTAA GAAATTTAGG TTACACAGAC CAAGAGCCTT      240\r
92 CAAAGCCCTC AGTAAGTTAC AAAACTTAAT TTCTGCAAGG GCTGCAAAAC CCTACTTTGC      300\r
93 ATCAACCGAA CGCAAATCAG CCACTTTAAT TAAGCTAAGC CCTTCTAGAT CGATGGGACT      360\r
94 TAAACCCATA AAAATTTAGT TAACAGCTAA ACACCCTAAA CAACTGGCTT CAATCTAAAG      420\r
95 CCCCGGCAGA GTTGAAGCTG CTTCTTTGAA CTTGCAATTC AACGTGAAAA TCACTTCGGA      480\r
96 GCTTGGCAAA AAGAGGTTTC ACCTCTGTCC TTAGATTTAC AGTCTAATGC TTTACTCAGC      540\r
97 CACTTTACCA CAAAAAAGGA AGGAATCGAA CCCTCTAAAA CCGGTTTCAA GCCAGCCCCA      600\r
98 TAACCTTTAT GACTTTTTCA AAAGATATTA GAAAAACTAT TTCATAACTT TGTCAAAGTT      660\r
99 AAATCACAGG TCAAACCCCG TATATCTTAC ACTGTAGAGC TAGACCAGCA TTAACCTTTT      720\r
100 AAGTTAAAGA CTAAGAGAAC TACCGCCTCT TTACAGTGAA AAAAAAAA                   759\r
101 \r
102 -------------------------\r
103   6   4860 nucleotides\r
104 \r
105  138 nucleotides for ND1 (incomplete)\r
106 1041 ND2\r
107 1539 COI\r
108  681 COII\r
109  204 ATP8\r
110  498 ATP6 (incomplete), overlap with ATP8\r
111  759 nucleotides for tRNA after exclusion of gaps\r
112 (Horai et al. 1992.  JME.  35:32-43)\r
113 \r
114 ---------------------------\r
115 \r
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