examples/TipDate.HIV2/baseml.ctl

   1 \r
   2        seqfile = HIV2ge.txt\r
   3       treefile = HIV2ge.tre\r
   4 \r
   5       outfile = mlb       * main result file\r
   6         noisy = 3   * 0,1,2,3: how much rubbish on the screen\r
   7       verbose = 1   * 1: detailed output, 0: concise output\r
   8       runmode = 0   * 0:user tree;  1:semi-automatic;  2:automatic\r
   9                     * 3:StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI \r
  10 \r
  11         model = 4   * 0:JC69, 1:K80, 2:F81, 3:F84, 4:HKY85, 5:T92, 6:TN93, 7:REV\r
  12                     * 8:UNREST, 9:REVu; 10:UNRESTu\r
  13 \r
  14 *       model = 10  [0]  /* JC69 */\r
  15 *       model = 10  [1 (TC CT AG GA)]  /* K80 */\r
  16 *       model = 10  [11 (TA) (TG) (CT) (CA) (CG) (AT) (AC) (AG) (GT) (GC) (GA) ]  /* UNREST */\r
  17 *       model = 10  [5 (AC CA) (AG GA) (AT TA) (CG GC) (CT TC)]  /* SYM */\r
  18 *       model = 10  [5 (CT GA) (TC AG) (AT TA) (AC TG) (GT CA) ]\r
  19 *       model = 9   [2 (TA TG CA CG) (AG)]    /* TN93 */\r
  20 \r
  21         Mgene = 0   * 0:rates, 1:separate; 2:diff pi, 3:diff kappa, 4:all diff\r
  22 \r
  23       TipDate = 1 100\r
  24         clock = 1   * 0:no clock, 1:clock; 2:local clock; 3:CombinedAnalysis\r
  25     fix_kappa = 0   * 0: estimate kappa; 1: fix kappa at value below\r
  26         kappa = 2   * initial or fixed kappas\r
  27  \r
  28     fix_alpha = 0   * 0: estimate alpha; 1: fix alpha at value below\r
  29         alpha = 0.5   * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  30         ncatG = 5   * # of categories in the dG, AdG, or nparK models of rates\r
  31       fix_rho = 1   * 0: estimate rho; 1: fix rho at value below\r
  32           rho = 0   * initial or fixed rho, 0:no correlation\r
  33        Malpha = 0   * 1: different alpha's for genes, 0: one alpha\r
  34         nparK = 0   * rate-class models. 1:rK, 2:rK&fK, 3:rK&MK(1/K), 4:rK&MK \r
  35 \r
  36         getSE = 1   * 0: don't want SEs of estimates, 1: want SEs\r
  37  RateAncestor = 0   * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states\r
  38        method = 0 * Optimization method 0: simultaneous; 1: one branch a time\r
  39 \r
  40    Small_Diff = 0.5e-6\r
  41     cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  42   fix_blength = 0 * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed\r