examples/TipDate.HIV2/HIV2ge.tre

   1   33  1\r
   2 \r
   3 \r
   4 (((SL92eSM1992, (SL92fSM1992, SL92aSM1992)), (((Lib1sm1988,\r
   5 FO784h1989), SIVMNE1982), (SIVSTM1989, ((((((JA1990, ON1990),\r
   6 EHO1988), UC1h1988), D205h1986), 2238h1989), (((D194h1987, UC2h1988),\r
   7 BEN1987), (CAM2CG1987, (ROD1985, ((P07h1995, (P09h1995, NIHZ1986)),\r
   8 (P08h1995, (P010h1995, ((P01h1995, ((P02h1995, P06h1995), (P05h1995,\r
   9 ALI1989))), (P04h1995, P03h1995)))))))))))), (SL2h1993, (SL92bSM1992,\r
  10 SL92cSM1992))); /*  RAxML tree under GTR+G, rooted according to Lemey tree. */\r
  11 \r
  12 \r
  13 ((((SL92aSM1992, SL92fSM1992), SL92eSM1992), SIVSTM1989, (FO784h1989,\r
  14 Lib1sm1988), SIVMNE1982, ((((((ON1990, JA1990), EHO1988), UC1h1988),\r
  15 D205h1986), 2238h1989), (((D194h1987, UC2h1988), BEN1987), (P08h1995,\r
  16 P010h1995, CAM2CG1987, P09h1995, NIHZ1986, P07h1995, ROD1985,\r
  17 ((((P06h1995, P02h1995), ALI1989, P05h1995), P01h1995), (P03h1995,\r
  18 P04h1995)))))), ((SL92cSM1992, SL92bSM1992), \r
  19 SL2h1993)); /* RAxML GTR+G bootstrap consensus tree, with 100 replicates */\r
  20 \r
  21 \r
  22 ((((((((((P08h1995, (P010h1995, P07h1995)), ((P04h1995, P03h1995),\r
  23 (((P05h1995, ALI1989), (P02h1995, P06h1995)), P01h1995))), (P09h1995,\r
  24 NIHZ1986)), ROD1985), CAM2CG1987), ((UC2h1988, D194h1987), BEN1987)),\r
  25 ((D205h1986, ((EHO1988, (ON1990, JA1990)), UC1h1988)), 2238h1989)),\r
  26 (SIVSTM1989, ((FO784h1989, Lib1sm1988), SIVMNE1982))), (SL92eSM1992,\r
  27 (SL92fSM1992, SL92aSM1992))), ((SL92cSM1992, SL92bSM1992), \r
  28 SL2h1993));  /* phyml tree under HKY+G5 */\r
  29 \r
  30 \r
  31 ((((SL92aSM1992, SL92fSM1992), SL92eSM1992), (SIVMNE1982, (Lib1sm1988,\r
  32 FO784h1989)), SIVSTM1989, ((((ON1990, JA1990), UC1h1988, EHO1988,\r
  33 D205h1986), 2238h1989), ((BEN1987, (UC2h1988, D194h1987)),\r
  34 (((((P02h1995, P06h1995), ALI1989, P05h1995), P01h1995), (P04h1995,\r
  35 P03h1995)), ROD1985, NIHZ1986, P010h1995, P09h1995, P08h1995,\r
  36 CAM2CG1987, P07h1995)))), ((SL92cSM1992, SL92bSM1992), \r
  37 SL2h1993));  /* PhyML HKY+G5 bootstrap tree, with 1000 replicates */ \r
  38 \r
  39 \r
  40 ((SL2h1993, (SL92bSM1992, SL92cSM1992)), ((SIVSTM1989, (SL92eSM1992,\r
  41 (SL92aSM1992, SL92fSM1992))), (SIVMNE1982, (Lib1sm1988, FO784h1989)),\r
  42 (2238h1989, ((UC1h1988, EHO1988, D205h1986, (JA1990, ON1990)),\r
  43 ((BEN1987, (D194h1987, UC2h1988)), ((ROD1985, P07h1995, P08h1995,\r
  44 CAM2CG1987, NIHZ1986, P09h1995, P010h1995), ((P01h1995, ((P06h1995,\r
  45 P02h1995), (ALI1989, P05h1995))), (P03h1995, P04h1995))))))));  /* tree from Lemey et al. */\r