examples/TipDate.FluH1/mcmctreeClock3.ctl

   1           seed = -1357\r
   2       seqfile = H1.txt\r
   3      treefile = H1.tre\r
   4 \r
   5        outfile = out\r
   6        seqtype = 0  * 0: nucleotides; 1:codons; 2:AAs\r
   7          noisy = 3\r
   8 \r
   9        usedata = 2 in.BV.HKYG5  * 0: no data; 1:seq like; 2:use in.BV; 3: out.BV\r
  10 \r
  11          ndata = 1   * \r
  12          clock = 3   * 1: global clock; 2: independent rates; 3: correlated rates\r
  13        TipDate = 1 100  * TipDate (1) & time unit\r
  14 \r
  15 *   fossilerror = 0    * no fossil errors\r
  16 *        RootAge = B(1.1, 2.1, .025, .025)  * used if no fossil for root\r
  17         RootAge = B(1, 5, .001, .001)  * used if no fossil for root\r
  18 \r
  19          model = 4    * 0:JC69, 1:K80, 2:F81, 3:F84, 4:HKY85\r
  20     aaRatefile = wag.dat\r
  21          alpha = 0.5    * alpha for gamma rates at sites\r
  22          ncatG = 5    * No. categories in discrete gamma\r
  23 \r
  24      cleandata = 0    * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  25 \r
  26 *       BDparas = 10 5 .001  * lambda, mu, rho, psi for birth-death-sampling model\r
  27 *       BDparas = 2   1 0 1.8  * lambda, mu, rho, psi for birth-death-sampling model\r
  28 *       BDparas = 4   2 0 3.6  * lambda, mu, rho, psi for birth-death-sampling model\r
  29 *       BDparas = 1 0.5 0 0.9  * lambda, mu, rho, psi for birth-death-sampling model\r
  30 *       BDparas = 20 10 0 18  * lambda, mu, rho, psi for birth-death-sampling model\r
  31 *       BDparas = 0.2 0.1 0 0.18  * lambda, mu, rho, psi for birth-death-sampling model\r
  32        BDparas = 2   1 0 1.8  * lambda, mu, rho, psi for birth-death-sampling model\r
  33 \r
  34    kappa_gamma = 2 1   * gamma prior for kappa\r
  35    alpha_gamma = 2 4   * gamma prior for alpha\r
  36 \r
  37    rgene_gamma = 2 10   * gamma prior for rate for genes\r
  38   sigma2_gamma = 1 20    * gamma prior for sigma^2  (for clock=2)\r
  39 \r
  40       finetune = 1: 0.2 0.04 .05 .05 .05 .05  * auto (0 or 1) : times, rates, mixing, paras, RateParas, FossilErr\r
  41 \r
  42          print = 1\r
  43         burnin = 10000\r
  44       sampfreq = 2\r
  45        nsample = 100000\r