examples/TipDate.FluH1/baseml.ctl

   1       seqfile = H1.txt\r
   2      treefile = H1.tre\r
   3 \r
   4       outfile = mlb       * main result file\r
   5         noisy = 9   * 0,1,2,3: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 1   * 1: detailed output, 0: concise output\r
   7       runmode = 0   * 0:user tree;  1:semi-automatic;  2:automatic\r
   8                     * 3:StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI \r
   9 \r
  10       seqtype = 0 * 0 (4x4 models); 5 (RNA editing models); 4 (binary models)\r
  11         model = 4   * 0:JC69, 1:K80, 2:F81, 3:F84, 4:HKY85, 5:T92, 6:TN93, 7:REV\r
  12                     * 8:UNREST, 9:REVu; 10:UNRESTu\r
  13 \r
  14         Mgene = 1   * 0:rates, 1:separate; 2:diff pi, 3:diff kappa, 4:all diff\r
  15 \r
  16       TipDate = 1 100\r
  17         clock = 1   * 0:no clock, 1:clock; 2:local clock; 3:CombinedAnalysis\r
  18     fix_kappa = 0   * 0: estimate kappa; 1: fix kappa at value below\r
  19         kappa = 2   * initial or fixed kappas\r
  20  \r
  21     fix_alpha = 0   * 0: estimate alpha; 1: fix alpha at value below\r
  22         alpha = 0.25   * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  23         ncatG = 5   * # of categories in the dG, AdG, or nparK models of rates\r
  24       fix_rho = 1   * 0: estimate rho; 1: fix rho at value below\r
  25           rho = 0   * initial or fixed rho, 0:no correlation\r
  26 *       Malpha = 0   * 1: different alpha's for genes, 0: one alpha\r
  27         nparK = 0   * rate-class models. 1:rK, 2:rK&fK, 3:rK&MK(1/K), 4:rK&MK \r
  28 \r
  29         nhomo = 0   * 0 & 1: homogeneous, 2: kappa for branches, 3:N1, 4:N2, 5:user\r
  30 \r
  31         getSE = 1   * 0: don't want SEs of estimates, 1: want SEs\r
  32  RateAncestor = 0   * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states\r
  33        method = 0 * Optimization method 0: simultaneous; 1: one branch a time\r
  34 \r
  35    Small_Diff = 0.5e-6\r
  36 *    cleandata = 1  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  37 *       icode = 0  * (with RateAncestor=1. try "GC" in data,model=4,Mgene=4)\r
  38 *  fix_blength = 0 * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed\r