examples/README.txt

   1 Readme.txt\r
   2 \r
   3 Updated November 2001\r
   4 \r
   5 This folder contains a few files as well as sub folders with sequence\r
   6 data files, tree files, and control files that have been used in my\r
   7 papers which describe methods implemented in programs distributed in\r
   8 the package.  Unfortunately paml programs are getting large and with\r
   9 100% probability contain bugs.  Options/models we used before were\r
  10 tested extensively at the time the paper was published but might have\r
  11 been broken later on.  So my advice is that you use the example data\r
  12 sets to duplicate our results, (1) to make sure that the programs are\r
  13 working, and (2) to get familiar with the format specifications and\r
  14 interpretations.\r
  15 \r
  16 The list below is imcomplete.  You should see the readme files in the\r
  17 sub folders to know what examples are included and for the references.\r
  18 \r
  19 dndstestG1.nuc: data from Yang & Nielsen (1998) for ds and dn estimation \r
  20 hummt25.nuc   : humuman mt data used in Yang & Kumar (1996) for pamp \r
  21 mtprim9.nuc   : mt DNA for 9 species. I can't remember what they are for. \r
  22 abglobin.aa   : alpha and beta globin genes, old data set\r
  23 abglobin.nuc  : alpha and beta globin protein sequences.\r
  24 YN00abglobin.result: results of pairwise estimation of ds and dn from abglobin.nuc, using yn00 and ml (codeml)\r
  25 clock         : folder containing files for clock dating (Yoder & Yang 2000) and Rambaut's tip date models (the exampleTipDate files)\r
  26 HIVNSsites    : The HIV env data set for NSsites models, used in Yang Nielsen Goldman &Pedersen (2000)  \r
  27 lysozyme      : The "small" and "large" lysozyme data sets for testing slection along lineages (Yang 1998) and for the branch-site models (Yang & Nielsen 2002)\r
  28 lysin         : The lysin data set for NSsites models (used in Yang, Swanson & Vaquier 2000), with results for the posterior probability plot\r