examples/MouseLemurs/codonml2.ctl

   1       seqfile = MouseLemurs.nuc\r
   2      treefile = MouseLemurs.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlc           * main result file name\r
   5         noisy = 3  * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 1  * 0: concise; 1: detailed, 2: too much\r
   7       runmode = 0\r
   8 \r
   9       seqtype = 1  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  10     CodonFreq = 2\r
  11         model = 0\r
  12       NSsites = 0\r
  13 \r
  14         ndata = 1\r
  15         clock = 6  * 0:no clock, 1:global clock; 2:local clock\r
  16         icode = 1  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  17 \r
  18     fix_kappa = 1\r
  19         kappa = 5.43711\r
  20     fix_omega = 1\r
  21         omega = 0.03162\r
  22 \r
  23     fix_alpha = 1  * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha\r
  24         alpha = 0. * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  25         ncatG = 3  * # of categories in dG of NSsites models\r
  26 \r
  27         getSE = 0  * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  28  RateAncestor = 0  * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)\r
  29 \r
  30    Small_Diff = .5e-6\r
  31 *    cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  32         method = 1   * 0: simultaneous; 1: one branch at a time\r
  33    fix_blength = 0  * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed\r