examples/MouseLemurs/codeml.ctl

   1       seqfile = MouseLemurs.aa\r
   2      treefile = MouseLemurs.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlc           * main result file name\r
   5         noisy = 3  * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 0  * 0: concise; 1: detailed, 2: too much\r
   7       runmode = 0  * 0: user tree;  1: semi-automatic;  2: automatic\r
   8                    * 3: StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI; -2: pairwise\r
   9 \r
  10       seqtype = 2  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  11     CodonFreq = 2\r
  12    aaRatefile = mtmam.dat\r
  13 \r
  14         model = 3\r
  15       NSsites = 0\r
  16         icode = 1  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  17         clock = 2  * 0:no clock, 1:global clock; 2:local clock\r
  18 \r
  19     fix_kappa = 0  * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated\r
  20         kappa = 10  * initial or fixed kappa\r
  21     fix_omega = 0  * 1: fix omega at omega (below), 0: estimate omega\r
  22         omega = 0.1  * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs\r
  23 \r
  24     fix_alpha = 1  * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha\r
  25         alpha = 0. * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  26        Malpha = 0  * different alphas for genes\r
  27         ncatG = 3  * # of categories in dG of NSsites models\r
  28 \r
  29         getSE = 1  * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  30  RateAncestor = 0  * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)\r
  31 \r
  32    Small_Diff = 1e-6\r
  33 *    cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  34         method = 1   * 0: simultaneous; 1: one branch at a time\r
  35    fix_blength = 0  * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed\r