examples/MouseLemurs/baseml.ctl

   1       seqfile = MouseLemurs.nuc\r
   2      treefile = MouseLemurs.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlb       * main result file\r
   5         noisy = 3   * 0,1,2,3: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 0   * 1: detailed output, 0: concise output\r
   7 \r
   8         model = 3   * 0:JC69, 1:K80, 2:F81, 3:F84, 4:HKY85\r
   9                     * 5:T92, 6:TN93, 7:REV, 8:UNREST, 9:REVu; 10:UNRESTu\r
  10         Mgene = 0   * 0:rates, 1:separate; 2:diff pi, 3:diff kapa, 4:all diff\r
  11 \r
  12         clock = 3   * 0:no clock, 1:clock; 2:local clock; 3:CombinedAnalysis\r
  13     fix_kappa = 0   * 0: estimate kappa; 1: fix kappa at value below\r
  14         kappa = 2.3   * initial or fixed kappa\r
  15 \r
  16     fix_alpha = 0   * 0: estimate alpha; 1: fix alpha at value below\r
  17         alpha = 0.5  * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  18        Malpha = 0   * 1: different alpha's for genes, 0: one alpha\r
  19         ncatG = 5  * # of categories in the dG, AdG, or nparK models of rates\r
  20 \r
  21         getSE = 1   * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  22  RateAncestor = 0   * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states\r
  23        method = 0  * 0: simultaneous; 1: one branch at a time\r
  24    Small_Diff = 1e-6\r
  25 *    cleandata = 1  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r