examples/MHC.Swanson2002MBE/codeml.ctl

   1       seqfile = bigmhc.phy\r
   2      treefile = bigmhc.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlc\r
   5         noisy = 3\r
   6       verbose = 0\r
   7       runmode = 0\r
   8 \r
   9       seqtype = 1\r
  10     CodonFreq = 2\r
  11    aaRatefile = jones.dat\r
  12         model = 0\r
  13       NSsites = 0 1 2 7 8\r
  14         icode = 0\r
  15         Mgene = 0  * for codons:\r
  16                      * 0:rates, 1:separate; 2:diff pi, 3:diff k&w, 4:all diff\r
  17     fix_kappa = 0\r
  18         kappa = 1.6\r
  19     fix_omega = 0\r
  20         omega = .9\r
  21 \r
  22     fix_alpha = 1\r
  23         alpha = 0\r
  24         ncatG = 10\r
  25 \r
  26         clock = 0\r
  27         getSE = 0\r
  28  RateAncestor = 0\r
  29 \r
  30    Small_Diff = .1e-6\r
  31 *    cleandata = 1\r
  32         method = 1\r
  33    fix_blength = 2  * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed\r