examples/HIVNSsites/codeml.ctl

   1       seqfile = HIVenvSweden.txt    * sequence data file name\r
   2      treefile = HIVenvSweden.trees   * tree structure file name\r
   3 \r
   4       outfile = mlc          * main result file name\r
   5         noisy = 3   * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 0   * 1: detailed output, 0: concise output\r
   7       runmode = 0   * 0: user tree;  1: semi-automatic;  2: automatic\r
   8                     * 3: StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI; -2: pairwise\r
   9 \r
  10       seqtype = 1   * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  11     CodonFreq = 2   * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table\r
  12         clock = 0   * 0: no clock, unrooted tree, 1: clock, rooted tree\r
  13        aaDist = 0   * 0:equal, +:geometric; -:linear, {1-5:G1974,Miyata,c,p,v}\r
  14         model = 0\r
  15 \r
  16       NSsites = 0 1 2\r
  17                     * 0:one w; 1:NearlyNeutral; 2:PositiveSelection; 3:discrete;\r
  18                     * 4:freqs; 5:gamma;6:2gamma;7:beta;8:beta&w;9:beta&gamma;10:3normal\r
  19         icode = 0   * 0:standard genetic code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  20         Mgene = 0   * 0:rates, 1:separate; 2:pi, 3:kappa, 4:all\r
  21 \r
  22     fix_kappa = 0   * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated\r
  23         kappa = .3   * initial or fixed kappa\r
  24     fix_omega = 0   * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate \r
  25         omega = 1.3  * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs\r
  26         ncatG = 10   * # of categories in the dG or AdG models of rates\r
  27 \r
  28         getSE = 0   * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  29  RateAncestor = 0   * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)\r
  30 \r
  31    Small_Diff = .45e-6\r
  32     cleandata = 1  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  33   fix_blength = 0  * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed\r