examples/DatingSoftBound/mcmctree.ctl

   1           seed = -1\r
   2        seqfile = mtCDNApri123.txt\r
   3       treefile = mtCDNApri.trees\r
   4        outfile = out\r
   5 \r
   6          ndata = 3\r
   7        seqtype = 0    * 0: nucleotides; 1:codons; 2:AAs\r
   8        usedata = 2    * 0: no data; 1:seq like; 2:normal approximation; 3:out.BV (in.BV)\r
   9          clock = 2    * 1: global clock; 2: independent rates; 3: correlated rates\r
  10        RootAge = '<1.0'  * safe constraint on root age, used if no fossil for root.\r
  11 \r
  12          model = 0    * 0:JC69, 1:K80, 2:F81, 3:F84, 4:HKY85\r
  13          alpha = 0    * alpha for gamma rates at sites\r
  14          ncatG = 5    * No. categories in discrete gamma\r
  15 \r
  16      cleandata = 0    * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  17 \r
  18        BDparas = 1 1 0.1   * birth, death, sampling\r
  19    kappa_gamma = 6 2      * gamma prior for kappa\r
  20    alpha_gamma = 1 1      * gamma prior for alpha\r
  21 \r
  22    rgene_gamma = 2 20 1    * gammaDir prior for rate for genes\r
  23   sigma2_gamma = 1 10 1   * gammaDir prior for sigma^2     (for clock=2 or 3)\r
  24 \r
  25       finetune = 1: .1 .1 .1 .1 .1 .1 * auto (0 or 1): times, musigma2, rates, mixing, paras, FossilErr\r
  26 \r
  27          print = 1\r
  28         burnin = 2000\r
  29       sampfreq = 2\r
  30        nsample = 20000\r
  31 \r
  32 *** Note: Make your window wider (100 columns) before running the program.\r