examples/CladeModelCD/codeml.CladeD.ctl

   1       seqfile = ECP_EDN_15.nuc * sequence data filename\r
   2      treefile = tree.txt      * tree structure file name\r
   3       outfile = mlc           * main result file name\r
   4 \r
   5         noisy = 9  * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 0  * 0: concise; 1: detailed, 2: too much\r
   7       runmode = 0  * 0: user tree\r
   8 \r
   9       seqtype = 1  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  10     CodonFreq = 2  * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table\r
  11         clock = 0  * 0:no clock, 1:clock; 2:local clock; 3:CombinedAnalysis\r
  12 \r
  13                          * Model C: model = 3  NSsites = 2 \r
  14                          * Model D: model = 3  NSsites = 3\r
  15 \r
  16         model = 3  * 3 = clade models\r
  17       NSsites = 3  * choose "2" or "3"\r
  18                          \r
  19         icode = 0  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  20 \r
  21     fix_kappa = 0  * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated\r
  22         kappa = 2  * initial or fixed kappa\r
  23 \r
  24     fix_omega = 0  * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate \r
  25         omega = 0.1234 * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs\r
  26 \r
  27     fix_alpha = 1  * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha\r
  28         alpha = 0. * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  29 \r
  30         ncatG = 2  * # of categories in dG of NSsites models\r
  31 \r
  32         getSE = 0  * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  33  RateAncestor = 0  * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)\r
  34 \r
  35    Small_Diff = .5e-6\r
  36     cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  37 \r