dat/mtmam.dat

   1  32                                                                         \r
   2   2   4                                                                     \r
   3  11   0 864                                                                 \r
   4   0 186   0   0                                                             \r
   5   0 246   8  49   0                                                         \r
   6   0   0   0 569   0 274                                                     \r
   7  78  18  47  79   0   0  22                                                 \r
   8   8 232 458  11 305 550  22   0                                             \r
   9  75   0  19   0  41   0   0   0   0                                         \r
  10  21   6   0   0  27  20   0   0  26 232                                     \r
  11   0  50 408   0   0 242 215   0   0   6   4                                 \r
  12  76   0  21   0   0  22   0   0   0 378 609  59                             \r
  13   0   0   6   5   7   0   0   0   0  57 246   0  11                         \r
  14  53   9  33   2   0  51   0   0  53   5  43  18   0  17                     \r
  15 342   3 446  16 347  30  21 112  20   0  74  65  47  90 202                 \r
  16 681   0 110   0 114   0   4   0   1 360  34  50 691   8  78 614             \r
  17   5  16   6   0  65   0   0   0   0   0  12   0  13   0   7  17   0         \r
  18   0   0 156   0 530  54   0   1 1525 16  25  67   0 682   8 107   0  14    \r
  19 398   0   0  10   0  33  20   5   0 2220 100  0 832   6   0   0 237   0   0\r
  20 \r
  21 \r
  22 0.0692 0.0184 0.0400 0.0186 0.0065 0.0238 0.0236 0.0557 0.0277 0.0905\r
  23 0.1675 0.0221 0.0561 0.0611 0.0536 0.0725 0.0870 0.0293 0.0340 0.0428\r
  24 \r
  25  A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V\r
  26 Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val\r
  27 \r
  28 //End of File\r
  29 \r
  30 \r
  31 Symmetrical part of the rate matrix and aa frequencies, estimated from\r
  32 the 12 mt proteins (atp6 atp8 cox1 cox2 cox3 cytb nd1 nd2 nd3 nd4 nd4l\r
  33 nd5) on the same strand of the mitochondrial DNA (3331 sites).  The\r
  34 data are from 20 species of mammals and three close outgroups\r
  35 (wallaroo, opossum, and platypus).  The model used is\r
  36 REVaa+dGamma(K=8) with the estimated gamma parameter to be 0.37.  The\r
  37 first part is S_ij = S_ji, and the second part has the amino acid\r
  38 frequencies (PI_i).  The substitution rate from amino acid i to j is\r
  39 Q_ij=S_ij*PI_j.\r
  40 \r
  41 \r
  42 The data are from\r
  43 \r
  44    Cao, Y. et al. 1998 Conflict amongst individual mitochondrial proteins\r
  45    in resolving the phylogeny of eutherian orders.  Journal of\r
  46    Molecular Evolution 15:1600-1611.\r
  47 \r
  48 The species are listed below\r
  49 \r
  50 1 SB17F Homo sapiens (African) # D38112\r
  51 2 CHIMP Pan troglodytes (chimpanzee) # D38113\r
  52 3 PyGC Pan paniscus (bonobo) # D38116\r
  53 4 GORIL Gorilla gorilla (gorilla) # D38114\r
  54 5 ORANG Pongo pygmaeus (orangutan) # D38115\r
  55 6 Ponpy Pongo pygmaeus abelii (Sumatran orangutan) # X97707\r
  56 7 Hylla Hylobates lar (common gibbon) # X99256 (lar gibbon)\r
  57 8 Phovi Phoca vitulina (harbor seal) # X63726\r
  58 9 Halgr Halichoerus grypus (grey seal) # X72004\r
  59 10 Felca Felis catus (cat) # U20753\r
  60 11 Equca Equus caballus (horse) # X79547\r
  61 12 Rhiun Rhinoceros unicornis (Indian rhinoceros) # X97336\r
  62 13 Bosta Bos taurus (cow) # J01394\r
  63 14 Balph Balaenoptera physalus (fin whale) # X61145\r
  64 15 Balmu Balaenoptera musculus (blue whale) # X72204\r
  65 16 Ratno Rattus norvegicus (rat) # X14848\r
  66 17 Musmu Mus musculus (mouse) # J01420\r
  67 18 Macro Macropus robustus (wallaroo) # Y10524\r
  68 19 Didvi Didelphis virginiana (opossum) # Z29573\r
  69 20 Ornan Ornithorhynchus anatinus (platypus) # X83427\r
  70 \r
  71 \r
  72 The results and details of the model are published in\r
  73 \r
  74    Yang, Z., R. Nielsen, and M. Hasegawa.  1998.  Models of amino acid\r
  75    substitution and applications to Mitochondrial protein evolution, \r
  76    Molecular Biology and Evolution 15:1600-1611.\r
  77 \r
  78 Prepared by Z. Yang, April 1998.\r