codeml.ctl

   1       seqfile = stewart.aa * sequence data filename\r
   2      treefile = stewart.trees      * tree structure file name\r
   3       outfile = mlc           * main result file name\r
   4 \r
   5         noisy = 9  * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 1  * 0: concise; 1: detailed, 2: too much\r
   7       runmode = 0  * 0: user tree;  1: semi-automatic;  2: automatic\r
   8                    * 3: StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI; -2: pairwise\r
   9 \r
  10       seqtype = 2  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  11     CodonFreq = 2  * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table\r
  12 \r
  13 *        ndata = 10\r
  14         clock = 0  * 0:no clock, 1:clock; 2:local clock; 3:CombinedAnalysis\r
  15        aaDist = 0  * 0:equal, +:geometric; -:linear, 1-6:G1974,Miyata,c,p,v,a\r
  16    aaRatefile = dat/jones.dat  * only used for aa seqs with model=empirical(_F)\r
  17                    * dayhoff.dat, jones.dat, wag.dat, mtmam.dat, or your own\r
  18 \r
  19         model = 2\r
  20                    * models for codons:\r
  21                        * 0:one, 1:b, 2:2 or more dN/dS ratios for branches\r
  22                    * models for AAs or codon-translated AAs:\r
  23                        * 0:poisson, 1:proportional, 2:Empirical, 3:Empirical+F\r
  24                        * 6:FromCodon, 7:AAClasses, 8:REVaa_0, 9:REVaa(nr=189)\r
  25 \r
  26       NSsites = 0  * 0:one w;1:neutral;2:selection; 3:discrete;4:freqs;\r
  27                    * 5:gamma;6:2gamma;7:beta;8:beta&w;9:beta&gamma;\r
  28                    * 10:beta&gamma+1; 11:beta&normal>1; 12:0&2normal>1;\r
  29                    * 13:3normal>0\r
  30 \r
  31         icode = 0  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  32         Mgene = 0\r
  33                    * codon: 0:rates, 1:separate; 2:diff pi, 3:diff kapa, 4:all diff\r
  34                    * AA: 0:rates, 1:separate\r
  35 \r
  36     fix_kappa = 0  * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated\r
  37         kappa = 2  * initial or fixed kappa\r
  38     fix_omega = 0  * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate \r
  39         omega = .4 * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs\r
  40 \r
  41     fix_alpha = 1  * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha\r
  42         alpha = 0. * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  43        Malpha = 0  * different alphas for genes\r
  44         ncatG = 8  * # of categories in dG of NSsites models\r
  45 \r
  46         getSE = 0  * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  47  RateAncestor = 1  * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)\r
  48 \r
  49    Small_Diff = .5e-6\r
  50     cleandata = 1  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  51 *  fix_blength = -1  * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed\r
  52        method = 0  * Optimization method 0: simultaneous; 1: one branch a time\r
  53 \r
  54 * Genetic codes: 0:universal, 1:mammalian mt., 2:yeast mt., 3:mold mt.,\r
  55 * 4: invertebrate mt., 5: ciliate nuclear, 6: echinoderm mt., \r
  56 * 7: euplotid mt., 8: alternative yeast nu. 9: ascidian mt., \r
  57 * 10: blepharisma nu.\r
  58 * These codes correspond to transl_table 1 to 11 of GENEBANK.\r