baseml.ctl

   1       seqfile = brown.nuc \r
   2      treefile = brown.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlb       * main result file\r
   5         noisy = 2   * 0,1,2,3: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 0   * 1: detailed output, 0: concise output\r
   7       runmode = 0   * 0: user tree;  1: semi-automatic;  2: automatic\r
   8                     * 3: StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI \r
   9 \r
  10         model = 7   * 0:JC69, 1:K80, 2:F81, 3:F84, 4:HKY85\r
  11                     * 5:T92, 6:TN93, 7:REV, 8:UNREST, 9:REVu; 10:UNRESTu\r
  12 \r
  13         Mgene = 0   * 0:rates, 1:separate; 2:diff pi, 3:diff kapa, 4:all diff\r
  14 \r
  15 *        ndata = 100\r
  16         clock = 0   * 0:no clock, 1:clock; 2:local clock; 3:CombinedAnalysis\r
  17     fix_kappa = 0   * 0: estimate kappa; 1: fix kappa at value below\r
  18         kappa = 5  * initial or fixed kappa\r
  19 \r
  20     fix_alpha = 0   * 0: estimate alpha; 1: fix alpha at value below\r
  21         alpha = 0.5   * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  22        Malpha = 0   * 1: different alpha's for genes, 0: one alpha\r
  23         ncatG = 5   * # of categories in the dG, AdG, or nparK models of rates\r
  24         nparK = 0   * rate-class models. 1:rK, 2:rK&fK, 3:rK&MK(1/K), 4:rK&MK \r
  25 \r
  26         nhomo = 0   * 0 & 1: homogeneous, 2: kappa for branches, 3: N1, 4: N2\r
  27         getSE = 0   * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  28  RateAncestor = 0   * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states\r
  29 \r
  30    Small_Diff = 7e-6\r
  31     cleandata = 1  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  32 *        icode = 0  * (with RateAncestor=1. try "GC" in data,model=4,Mgene=4)\r
  33 *  fix_blength = -1  * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed\r
  34        method = 0  * Optimization method 0: simultaneous; 1: one branch a time\r