Technical/Simulation/Codon/MCcodonNSbranches.dat

   1 0          * 0,1:seqs or patters in paml format (mc.paml); 2:paup format (mc.nex)\r
   2 113147       * random number seed (odd number)\r
   3 6  5000  1  * <# seqs>  <# codons>  <# replicates>\r
   4 \r
   5 -1           * <tree length; see note below; use -1 if tree has absolute branch lengths>\r
   6 \r
   7 (((A :0.1 #1.0, B :0.2 #1.0) :0.12 #1.0, C :0.3 #1.0) :0.123 #1.0, D :0.4 #1.0, (E :0.5 #1.0, F:0.6 #1.0):0.56 #5) ;\r
   8 \r
   9 1    * kappa\r
  10 \r
  11 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  12 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  13 0.01639344 0.01639344 0          0\r
  14 0.01639344 0.01639344 0          0.01639344 \r
  15 \r
  16 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  17 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  18 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  19 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  20 \r
  21 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  22 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  23 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  24 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  25 \r
  26 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  27 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  28 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  29 0.01639344 0.01639344 0.01639344 0.01639344 \r
  30 \r
  31 0    * genetic code (0:universal; 1:mammalian mt; 2-10:see below)\r
  32 \r
  33 \r
  34 //end of file\r
  35 \r
  36 ============================================================================\r
  37 MCcodonNSbranches.dat\r
  38 Notes for using evolver to simulate codon sequences under the branch model, \r
  39 with different omega's for different branches. \r
  40 \r
  41 Change values of parameters, but do not delete them.  You can add\r
  42 empty lines, but do not break one line into several lines.\r
  43 \r
  44 Use : to indicate the branch length in the tree topology.  Use # to\r
  45 indicate the omega ratio for the branch.\r
  46 \r
  47 Note that tree length and branch lengths under the codon model are\r
  48 measured by the expected number of nucleotide substitutions per codon\r
  49 (see Goldman & Yang 1994).\r
  50 \r
  51 64 codon freqs are in fixed order TTT, TTC, TTA, TTG, TCT, TCC, ..., GGG, \r
  52 from the F3x4 table from sperm lysin of 25 abalone species\r
  53 \r
  54 =================!! Check screen output carefully!! ========================\r