pubmed.org

   1 #+TITLE: Links and functions for Pubmed and NIH databases
   2 #+AUTHOR: John Kitchin
   3 #+DATE: January 5, 2015
   4
   5 * Introduction
   6
   7 This document is an experiment at creating a literate program to provide functions for interacting with pubmed databases.
   8
   9 This library provides links that go to pubmed resources, e.g.
  10
  11 pmcid:PMC3498956
  12
  13 pmid:23162369
  14
  15 and nihmsid:NIHMS395714
  16
  17 See http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/public-access-info/#p3 for details of these identifiers.
  18
  19 For PMID there is one interactive function that inserts a bibtex entry: pubmed-insert-bibtex-from-pmid.
  20
  21
  22 * Header
  23 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  24 ;;; pubmed.el --- Links and functions to interact with pubmed databases.
  25
  26 ;; Copyright(C) 2015 John Kitchin
  27
  28 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
  29 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  30
  31 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  32 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  33 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  34 ;; your option) any later version.
  35
  36 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  37 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  38 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  39 ;; General Public License for more details.
  40
  41 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  42 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  43 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  44 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  45
  46 ;;; Commentary:
  47 ;;
  48 ;; Lisp code to interact with pubmed databases, links to pubmed
  49 ;; identifiers. See pubmed.org.
  50 #+END_SRC
  51
  52 * PMID (from PubMed) link and functions
  53 A PMID is a number that identifies an entry in the Pubmed database.  The PMID is a unique reference number for PubMed citations. The PMID is a distinctly different number from the PMCID and is used only for PubMed records.
  54
  55
  56 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
  57 (org-add-link-type
  58  "pmid"
  59  ;; clicking
  60  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s" link-string)))
  61  ;; formatting
  62 (lambda (keyword desc format)
  63    (cond
  64     ((eq format 'html)
  65      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s\">pmid:%s</a>" keyword keyword)); no output for html
  66     ((eq format 'latex)
  67      ;; write out the latex command
  68      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s}" keyword)))))
  69 #+END_SRC
  70
  71
  72
  73 ** Get MEDLINE metadata
  74 We can get bibliographic metadata from a pmid. Here we get the MEDLINE text. The website wraps the data in <pre></pre> tags.
  75
  76
  77 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  78 (defun pubmed-get-medline (pmid)
  79   "Get MEDLINE text for PMID as a string."
  80   (with-current-buffer
  81     (url-retrieve-synchronously
  82      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=medline&format=text" pmid))
  83     (goto-char (point-min))
  84     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
  85           (p2 (search-forward "</pre>")))
  86       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
  87 #+END_SRC
  88
  89 #+RESULTS:
  90 : pubmed-get-medline
  91
  92 Here is sample output:
  93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  94 (pubmed-get-medline "23162369")
  95 #+END_SRC
  96
  97 #+RESULTS:
  98 #+begin_example
  99 PMID- 23162369
 100 OWN - NLM
 101 STAT- Publisher
 102 DA  - 20121119
 103 IS  - 1040-726X (Print)
 104 IS  - 1040-726X (Linking)
 105 VI  - 24
 106 IP  - 4
 107 DP  - 2012 Dec
 108 TI  - Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 109       Methods.
 110 PG  - 569-608
 111 AB  - Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 112       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 113       principles and methods of instruction, including active learning,
 114       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 115       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 116       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 117       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 118       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 119       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 120       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 121       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 122       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 123       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 124       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 125       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 126       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 127       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 128       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 129       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 130       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 131       and personal growth.
 132 FAU - Slavich, George M
 133 AU  - Slavich GM
 134 AD  - Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and
 135       Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza
 136       300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.
 137 FAU - Zimbardo, Philip G
 138 AU  - Zimbardo PG
 139 LA  - ENG
 140 GR  - R01 AG026364/AG/NIA NIH HHS/United States
 141 GR  - T32 MH019925/MH/NIMH NIH HHS/United States
 142 PT  - JOURNAL ARTICLE
 143 DEP - 20120724
 144 TA  - Educ Psychol Rev
 145 JT  - Educational psychology review
 146 JID - 9885342
 147 PMC - PMC3498956
 148 MID - NIHMS395714
 149 EDAT- 2012/11/20 06:00
 150 MHDA- 2012/11/20 06:00
 151 CRDT- 2012/11/20 06:00
 152 PHST- 2012/07/24 [epublish]
 153 AID - 10.1007/s10648-012-9199-6 [doi]
 154 PST - ppublish
 155 SO  - Educ Psychol Rev. 2012 Dec;24(4):569-608. Epub 2012 Jul 24.
 156 #+end_example
 157
 158 ** Parse the PMID MEDLINE data
 159 We can parse this into a data structure
 160
 161 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 162 (defun pubmed-parse-medline (pmid)
 163   "Parse the medline text for PMID and return a list of cons cells."
 164   (let ((data '())
 165         (p1)
 166         (p2)
 167         (tag)
 168         (value))
 169     (with-temp-buffer (insert (pubmed-get-medline pmid))
 170                       (goto-char (point-min))
 171                       (while (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 172                         (setq tag (match-string 1))
 173                         ;; point is at end of the search
 174                         (setq p1 (point))
 175                         ;; now go to next tag
 176                         (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 177                         (setq p2 (- (match-beginning 1) 1))
 178                         (setq value (buffer-substring p1 p2))
 179                         (setq data (append data (list (cons tag value))))
 180                         ;; now go back to last tag to get the next one
 181                         (goto-char p1)))
 182     data))
 183 #+END_SRC
 184
 185 #+RESULTS:
 186 : pubmed-parse-medline
 187
 188 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :results code
 189 (pubmed-parse-medline "23162369")
 190 #+END_SRC
 191
 192 #+RESULTS:
 193 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 194 (("PMID" . "23162369")
 195  ("OWN" . "NLM")
 196  ("STAT" . "Publisher")
 197  ("DA" . "20121119")
 198  ("IS" . "1040-726X (Print)")
 199  ("IS" . "1040-726X (Linking)")
 200  ("VI" . "24")
 201  ("IP" . "4")
 202  ("DP" . "2012 Dec")
 203  ("TI" . "Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core \n      Methods.")
 204  ("PG" . "569-608")
 205  ("AB" . "Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50\n      years. This progress has been spurred by the development of several learning\n      principles and methods of instruction, including active learning,\n      student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and\n      problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly\n      different strategies share important underlying characteristics and can be viewed\n      as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called\n      transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic\n      relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to\n      promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors \n      are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each\n      other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the\n      traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,\n      but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward\n      learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a\n      course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging\n      students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons\n      that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities\n      for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically\n      related and, when used together, maximize students' potential for intellectual\n      and personal growth.")
 206  ("FAU" . "Slavich, George M")
 207  ("AU" . "Slavich GM")
 208  ("AD" . "Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and\n      Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza\n      300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.")
 209  ("FAU" . "Zimbardo, Philip G")
 210  ("AU" . "Zimbardo PG")
 211  ("LA" . "ENG")
 212  ("GR" . "R01 AG026364/AG/NIA NIH HHS/United States")
 213  ("GR" . "T32 MH019925/MH/NIMH NIH HHS/United States")
 214  ("PT" . "JOURNAL ARTICLE")
 215  ("DEP" . "20120724")
 216  ("TA" . "Educ Psychol Rev")
 217  ("JT" . "Educational psychology review")
 218  ("JID" . "9885342")
 219  ("PMC" . "PMC3498956")
 220  ("MID" . "NIHMS395714")
 221  ("EDAT" . "2012/11/20 06:00")
 222  ("MHDA" . "2012/11/20 06:00")
 223  ("CRDT" . "2012/11/20 06:00")
 224  ("PHST" . "2012/07/24 [epublish]")
 225  ("AID" . "10.1007/s10648-012-9199-6 [doi]")
 226  ("PST" . "ppublish")
 227  ("SO" . "\nSO  - "))
 228 #+END_SRC
 229
 230 ** PMID to bibtex entry
 231 The point of parsing the MEDLINE text is so we can make bibtex entries. We only support Journal articles for now.
 232
 233 Issues:
 234 1. The year is not quite right, it has the month in it.
 235 2. I do not use all the fields.
 236
 237 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 238 (defun pubmed-pmid-to-bibtex (pmid)
 239   "Convert a PMID to a bibtex entry."
 240   (let* ((data (pubmed-parse-medline pmid))
 241          (type (cdr (assoc "PT" data)))
 242          (title (cdr (assoc "TI" data)))
 243          (authors (mapconcat 'cdr
 244                              (-filter (lambda (x)
 245                                         (string= (car x) "FAU"))
 246                                       data)
 247                              " and "))
 248          (abstract (cdr (assoc "AB" data)))
 249          (volume (cdr (assoc "VI" data)))
 250          (issue (cdr (assoc "IP" data)))
 251          (journal (cdr (assoc "JT" data)))
 252          (year (cdr (assoc "DP" data)))
 253          (pages (cdr (assoc "PG" data)))
 254          (aid (cdr (assoc "AID" data))))
 255
 256     (cond
 257      ((string= type "JOURNAL ARTICLE")
 258       (concat "@article{,
 259  author = {" authors "},
 260  title = {" title "},
 261  abstract = {" abstract "},
 262  journal = {" journal "},
 263  volume = {" volume "},
 264  number = {" issue "},
 265  year = {" (car (split-string year)) "},
 266  pages = {" pages "},
 267  doi = {" (replace-regexp-in-string " \\[doi\\]" "" aid) "},
 268 }"))
 269     (t
 270      (message "No conversion for type: %s" type)))))
 271 #+END_SRC
 272
 273 #+RESULTS:
 274 : pubmed-pmid-to-bibtex
 275
 276 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 277 (pubmed-pmid-to-bibtex "23162369")
 278 #+END_SRC
 279
 280 #+RESULTS:
 281 #+begin_example
 282 @article{,
 283  author = {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 284  title = {Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 285       Methods.},
 286  abstract = {Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 287       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 288       principles and methods of instruction, including active learning,
 289       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 290       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 291       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 292       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 293       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 294       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 295       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 296       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 297       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 298       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 299       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 300       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 301       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 302       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 303       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 304       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 305       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 306       and personal growth.},
 307  journal = {Educational psychology review},
 308  volume = {24},
 309  number = {4},
 310  year = {2012},
 311  pages = {569-608},
 312  doi = {10.1007/s10648-012-9199-6},
 313 }
 314 #+end_example
 315
 316 And we probably want to be able to insert a bibtex entry
 317
 318 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 319 (defun pubmed-insert-bibtex-from-pmid (pmid)
 320  "Insert a bibtex entry at point derived from PMID.
 321 You must clean the entry after insertion."
 322  (interactive "sPMID: ")
 323  (insert (pubmed-pmid-to-bibtex pmid)))
 324 #+END_SRC
 325
 326 #+RESULTS:
 327 : pubmed-insert-bibtex-from-pmid
 328
 329 Here is an example of a cleaned entry:
 330 #+BEGIN_SRC bibtex :tangle no
 331 @article{slavich-2012-trans-teach,
 332   author =       {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 333   title =        {Transformational Teaching: Theoretical
 334                   Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.},
 335   journal =      {Educational psychology review},
 336   volume =       24,
 337   number =       4,
 338   pages =        {569-608},
 339   year =         2012,
 340   doi =          {10.1007/s10648-012-9199-6},
 341   abstract =     {Approaches to classroom instruction have evolved
 342                   considerably over the past 50 years. This progress
 343                   has been spurred by the development of several
 344                   learning principles and methods of instruction,
 345                   including active learning, student-centered
 346                   learning, collaborative learning, experiential
 347                   learning, and problem-based learning. In the present
 348                   paper, we suggest that these seemingly different
 349                   strategies share important underlying
 350                   characteristics and can be viewed as complimentary
 351                   components of a broader approach to classroom
 352                   instruction called transformational
 353                   teaching. Transformational teaching involves
 354                   creating dynamic relationships between teachers,
 355                   students, and a shared body of knowledge to promote
 356                   student learning and personal growth. From this
 357                   perspective, instructors are intellectual coaches
 358                   who create teams of students who collaborate with
 359                   each other and with their teacher to master bodies
 360                   of information. Teachers assume the traditional role
 361                   of facilitating students' acquisition of key course
 362                   concepts, but do so while enhancing students'
 363                   personal development and attitudes toward
 364                   learning. They accomplish these goals by
 365                   establishing a shared vision for a course, providing
 366                   modeling and mastery experiences, challenging and
 367                   encouraging students, personalizing attention and
 368                   feedback, creating experiential lessons that
 369                   transcend the boundaries of the classroom, and
 370                   promoting ample opportunities for preflection and
 371                   reflection. We propose that these methods are
 372                   synergistically related and, when used together,
 373                   maximize students' potential for intellectual and
 374                   personal growth.},
 375 }
 376 #+END_SRC
 377
 378 ** PMID to xml
 379 We can also get xml of the MEDLINE data. The web page here also wraps the xml in a <pre> block and escapes the <> with &lt; and &gt;, which we have to undo. I have not used this code for anything, so I am not sure how good the xml code is.
 380
 381 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 382 (defun pubmed-get-medline-xml (pmid)
 383   "Get MEDLINE xml for PMID as a string."
 384   (interactive)
 385   (with-current-buffer
 386     (url-retrieve-synchronously
 387      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=xml&format=text" pmid))
 388     (goto-char (point-min))
 389     (while (search-forward "&lt;" nil t)
 390       (replace-match "<"))
 391     (goto-char (point-min))
 392     (while (search-forward "&gt;" nil t)
 393       (replace-match ">"))
 394     (goto-char (point-min))
 395
 396     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
 397           (p2 (search-forward "</pre>")))
 398       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
 399 #+END_SRC
 400
 401 #+RESULTS:
 402 : pubmed-get-medline-xml
 403
 404 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 405 (pubmed-get-medline-xml "23162369")
 406 #+END_SRC
 407
 408 #+RESULTS:
 409 #+begin_example
 410 <PubmedArticle>
 411     <MedlineCitation Status="Publisher" Owner="NLM">
 412         <PMID Version="1">23162369</PMID>
 413         <DateCreated>
 414             <Year>2012</Year>
 415             <Month>11</Month>
 416             <Day>19</Day>
 417         </DateCreated>
 418         <Article PubModel="Print-Electronic">
 419             <Journal>
 420                 <ISSN IssnType="Print">1040-726X</ISSN>
 421                 <JournalIssue CitedMedium="Print">
 422                     <Volume>24</Volume>
 423                     <Issue>4</Issue>
 424                     <PubDate>
 425                         <Year>2012</Year>
 426                         <Month>Dec</Month>
 427                     </PubDate>
 428                 </JournalIssue>
 429                 <Title>Educational psychology review</Title>
 430                 <ISOAbbreviation>Educ Psychol Rev</ISOAbbreviation>
 431             </Journal>
 432             <ArticleTitle>Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.</ArticleTitle>
 433             <Pagination>
 434                 <MedlinePgn>569-608</MedlinePgn>
 435             </Pagination>
 436             <Abstract>
 437                 <AbstractText>Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50 years. This progress has been spurred by the development of several learning principles and methods of instruction, including active learning, student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly different strategies share important underlying characteristics and can be viewed as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts, but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically related and, when used together, maximize students' potential for intellectual and personal growth.</AbstractText>
 438             </Abstract>
 439             <AuthorList>
 440                 <Author>
 441                     <LastName>Slavich</LastName>
 442                     <ForeName>George M</ForeName>
 443                     <Initials>GM</Initials>
 444                     <AffiliationInfo>
 445                         <Affiliation>Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza 300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.</Affiliation>
 446                     </AffiliationInfo>
 447                 </Author>
 448                 <Author>
 449                     <LastName>Zimbardo</LastName>
 450                     <ForeName>Philip G</ForeName>
 451                     <Initials>PG</Initials>
 452                 </Author>
 453             </AuthorList>
 454             <Language>ENG</Language>
 455             <GrantList>
 456                 <Grant>
 457                     <GrantID>R01 AG026364</GrantID>
 458                     <Acronym>AG</Acronym>
 459                     <Agency>NIA NIH HHS</Agency>
 460                     <Country>United States</Country>
 461                 </Grant>
 462                 <Grant>
 463                     <GrantID>T32 MH019925</GrantID>
 464                     <Acronym>MH</Acronym>
 465                     <Agency>NIMH NIH HHS</Agency>
 466                     <Country>United States</Country>
 467                 </Grant>
 468             </GrantList>
 469             <PublicationTypeList>
 470                 <PublicationType UI="">JOURNAL ARTICLE</PublicationType>
 471             </PublicationTypeList>
 472             <ArticleDate DateType="Electronic">
 473                 <Year>2012</Year>
 474                 <Month>7</Month>
 475                 <Day>24</Day>
 476             </ArticleDate>
 477         </Article>
 478         <MedlineJournalInfo>
 479             <MedlineTA>Educ Psychol Rev</MedlineTA>
 480             <NlmUniqueID>9885342</NlmUniqueID>
 481             <ISSNLinking>1040-726X</ISSNLinking>
 482         </MedlineJournalInfo>
 483     </MedlineCitation>
 484     <PubmedData>
 485         <History>
 486             <PubMedPubDate PubStatus="epublish">
 487                 <Year>2012</Year>
 488                 <Month>7</Month>
 489                 <Day>24</Day>
 490             </PubMedPubDate>
 491             <PubMedPubDate PubStatus="entrez">
 492                 <Year>2012</Year>
 493                 <Month>11</Month>
 494                 <Day>20</Day>
 495                 <Hour>6</Hour>
 496                 <Minute>0</Minute>
 497             </PubMedPubDate>
 498             <PubMedPubDate PubStatus="pubmed">
 499                 <Year>2012</Year>
 500                 <Month>11</Month>
 501                 <Day>20</Day>
 502                 <Hour>6</Hour>
 503                 <Minute>0</Minute>
 504             </PubMedPubDate>
 505             <PubMedPubDate PubStatus="medline">
 506                 <Year>2012</Year>
 507                 <Month>11</Month>
 508                 <Day>20</Day>
 509                 <Hour>6</Hour>
 510                 <Minute>0</Minute>
 511             </PubMedPubDate>
 512         </History>
 513         <PublicationStatus>ppublish</PublicationStatus>
 514         <ArticleIdList>
 515             <ArticleId IdType="doi">10.1007/s10648-012-9199-6</ArticleId>
 516             <ArticleId IdType="pubmed">23162369</ArticleId>
 517             <ArticleId IdType="pmc">PMC3498956</ArticleId>
 518             <ArticleId IdType="mid">NIHMS395714</ArticleId>
 519         </ArticleIdList>
 520         <?nihms?>
 521     </PubmedData>
 522 </PubmedArticle>
 523
 524 #+end_example
 525
 526 * Pubmed Central (PMC) link
 527 A PMCID starts with PMC and is followed by numbers. The PMCID is a unique reference number or identifier that is assigned to every article that is accepted into PMC. The PMCID is also used by recipients of NIH funding to demonstrate compliance with the NIH Public Access policy. The PMCID can be found in both PMC and PubMed.
 528
 529 Here we define a new link. Clicking on it simply opens a webpage to the article.
 530
 531 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
 532 (org-add-link-type
 533  "pmcid"
 534  ;; clicking
 535  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s" link-string)))
 536  ;; formatting
 537 (lambda (keyword desc format)
 538    (cond
 539     ((eq format 'html)
 540      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s\">pmcid:%s</a>" keyword keyword))
 541     ((eq format 'latex)
 542      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s}" keyword)))))
 543 #+END_SRC
 544
 545 * NIHMSID
 546 The NIHMSID is a preliminary article identifier that applies only to manuscripts deposited through the NIHMS system. The NIHMSID is only valid for compliance reporting for 90 days after the publication date of an article. Once the Web version of the NIHMS submission is approved for inclusion in PMC and the corresponding citation is in PubMed, the article will also be assigned a PMCID.
 547
 548 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
 549 (org-add-link-type
 550  "nihmsid"
 551  ;; clicking
 552  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s" link-string)))
 553  ;; formatting
 554 (lambda (keyword desc format)
 555    (cond
 556     ((eq format 'html)
 557      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid//%s\">nihmsid:%s</a>" keyword keyword))
 558     ((eq format 'latex)
 559      ;; write out the latex command
 560      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s}" keyword)))))
 561 #+END_SRC
 562
 563
 564
 565
 566 * End of code
 567 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 568 (provide 'pubmed)
 569 #+END_SRC
 570
 571 * Build                                                            :noexport:
 572 This code will tangle the elisp code out to pubmed.el and load it.
 573
 574 [[elisp:(org-babel-load-file "pubmed.org")]]
 575
 576
 577