pubmed.org

   1 #+TITLE: Links and functions for Pubmed and NIH databases
   2 #+AUTHOR: John Kitchin
   3 #+DATE: January 5, 2015
   4
   5 * Introduction
   6
   7 This document is an experiment at creating a literate program to provide functions for interacting with pubmed databases.
   8
   9 This library provides links that go to pubmed resources, e.g.
  10
  11 pmcid:PMC3498956
  12
  13 pmid:23162369
  14
  15 and nihmsid:NIHMS395714
  16
  17 See http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/public-access-info/#p3 for details of these identifiers.
  18
  19 For PMID there is one interactive function that inserts a bibtex entry: pubmed-insert-bibtex-from-pmid.
  20
  21
  22 * Header
  23 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  24 ;;; pubmed.el --- Links and functions to interact with pubmed databases.
  25
  26 ;; Copyright(C) 2015 John Kitchin
  27
  28 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
  29 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  30
  31 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  32 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  33 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  34 ;; your option) any later version.
  35
  36 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  37 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  38 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  39 ;; General Public License for more details.
  40
  41 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  42 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  43 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  44 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  45
  46 ;;; Commentary:
  47 ;;
  48 ;; Lisp code to interact with pubmed databases, links to pubmed
  49 ;; identifiers. See pubmed.org.
  50 #+END_SRC
  51
  52 * PMID (from PubMed) link and functions
  53 A PMID is a number that identifies an entry in the Pubmed database.  The PMID is a unique reference number for PubMed citations. The PMID is a distinctly different number from the PMCID and is used only for PubMed records.
  54
  55
  56 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  57 (org-add-link-type
  58  "pmid"
  59  ;; clicking
  60  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s" link-string)))
  61  ;; formatting
  62 (lambda (keyword desc format)
  63    (cond
  64     ((eq format 'html) (format "")); no output for html
  65     ((eq format 'latex)
  66      ;; write out the latex command
  67      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s}" keyword)))))
  68 #+END_SRC
  69
  70 ** Get MEDLINE metadata
  71 We can get bibliographic metadata from a pmid. Here we get the MEDLINE text. The website wraps the data in <pre></pre> tags.
  72
  73
  74 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  75 (defun pubmed-get-medline (pmid)
  76   "Get MEDLINE text for PMID as a string."
  77   (with-current-buffer
  78     (url-retrieve-synchronously
  79      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=medline&format=text" pmid))
  80     (goto-char (point-min))
  81     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
  82           (p2 (search-forward "</pre>")))
  83       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
  84 #+END_SRC
  85
  86 #+RESULTS:
  87 : pubmed-get-medline
  88
  89 Here is sample output:
  90 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  91 (pubmed-get-medline "23162369")
  92 #+END_SRC
  93
  94 #+RESULTS:
  95 #+begin_example
  96 PMID- 23162369
  97 OWN - NLM
  98 STAT- Publisher
  99 DA  - 20121119
 100 IS  - 1040-726X (Print)
 101 IS  - 1040-726X (Linking)
 102 VI  - 24
 103 IP  - 4
 104 DP  - 2012 Dec
 105 TI  - Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 106       Methods.
 107 PG  - 569-608
 108 AB  - Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 109       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 110       principles and methods of instruction, including active learning,
 111       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 112       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 113       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 114       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 115       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 116       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 117       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 118       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 119       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 120       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 121       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 122       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 123       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 124       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 125       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 126       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 127       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 128       and personal growth.
 129 FAU - Slavich, George M
 130 AU  - Slavich GM
 131 AD  - Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and
 132       Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza
 133       300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.
 134 FAU - Zimbardo, Philip G
 135 AU  - Zimbardo PG
 136 LA  - ENG
 137 GR  - R01 AG026364/AG/NIA NIH HHS/United States
 138 GR  - T32 MH019925/MH/NIMH NIH HHS/United States
 139 PT  - JOURNAL ARTICLE
 140 DEP - 20120724
 141 TA  - Educ Psychol Rev
 142 JT  - Educational psychology review
 143 JID - 9885342
 144 PMC - PMC3498956
 145 MID - NIHMS395714
 146 EDAT- 2012/11/20 06:00
 147 MHDA- 2012/11/20 06:00
 148 CRDT- 2012/11/20 06:00
 149 PHST- 2012/07/24 [epublish]
 150 AID - 10.1007/s10648-012-9199-6 [doi]
 151 PST - ppublish
 152 SO  - Educ Psychol Rev. 2012 Dec;24(4):569-608. Epub 2012 Jul 24.
 153 #+end_example
 154
 155 ** Parse the PMID MEDLINE data
 156 We can parse this into a data structure
 157
 158 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 159 (defun pubmed-parse-medline (pmid)
 160   "Parse the medline text for PMID and return a list of cons cells."
 161   (let ((data '())
 162         (p1)
 163         (p2)
 164         (tag)
 165         (value))
 166     (with-temp-buffer (insert (pubmed-get-medline pmid))
 167                       (goto-char (point-min))
 168                       (while (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 169                         (setq tag (match-string 1))
 170                         ;; point is at end of the search
 171                         (setq p1 (point))
 172                         ;; now go to next tag
 173                         (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 174                         (setq p2 (- (match-beginning 1) 1))
 175                         (setq value (buffer-substring p1 p2))
 176                         (setq data (append data (list (cons tag value))))
 177                         ;; now go back to last tag to get the next one
 178                         (goto-char p1)))
 179     data))
 180 #+END_SRC
 181
 182 #+RESULTS:
 183 : pubmed-parse-medline
 184
 185 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :results code
 186 (pubmed-parse-medline "23162369")
 187 #+END_SRC
 188
 189 #+RESULTS:
 190 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 191 (("PMID" . "23162369")
 192  ("OWN" . "NLM")
 193  ("STAT" . "Publisher")
 194  ("DA" . "20121119")
 195  ("IS" . "1040-726X (Print)")
 196  ("IS" . "1040-726X (Linking)")
 197  ("VI" . "24")
 198  ("IP" . "4")
 199  ("DP" . "2012 Dec")
 200  ("TI" . "Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core \n      Methods.")
 201  ("PG" . "569-608")
 202  ("AB" . "Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50\n      years. This progress has been spurred by the development of several learning\n      principles and methods of instruction, including active learning,\n      student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and\n      problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly\n      different strategies share important underlying characteristics and can be viewed\n      as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called\n      transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic\n      relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to\n      promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors \n      are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each\n      other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the\n      traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,\n      but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward\n      learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a\n      course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging\n      students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons\n      that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities\n      for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically\n      related and, when used together, maximize students' potential for intellectual\n      and personal growth.")
 203  ("FAU" . "Slavich, George M")
 204  ("AU" . "Slavich GM")
 205  ("AD" . "Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and\n      Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza\n      300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.")
 206  ("FAU" . "Zimbardo, Philip G")
 207  ("AU" . "Zimbardo PG")
 208  ("LA" . "ENG")
 209  ("GR" . "R01 AG026364/AG/NIA NIH HHS/United States")
 210  ("GR" . "T32 MH019925/MH/NIMH NIH HHS/United States")
 211  ("PT" . "JOURNAL ARTICLE")
 212  ("DEP" . "20120724")
 213  ("TA" . "Educ Psychol Rev")
 214  ("JT" . "Educational psychology review")
 215  ("JID" . "9885342")
 216  ("PMC" . "PMC3498956")
 217  ("MID" . "NIHMS395714")
 218  ("EDAT" . "2012/11/20 06:00")
 219  ("MHDA" . "2012/11/20 06:00")
 220  ("CRDT" . "2012/11/20 06:00")
 221  ("PHST" . "2012/07/24 [epublish]")
 222  ("AID" . "10.1007/s10648-012-9199-6 [doi]")
 223  ("PST" . "ppublish")
 224  ("SO" . "\nSO  - "))
 225 #+END_SRC
 226
 227 ** PMID to bibtex entry
 228 The point of parsing the MEDLINE text is so we can make bibtex entries. We only support Journal articles for now.
 229
 230 Issues:
 231 1. The year is not quite right, it has the month in it.
 232 2. I do not use all the fields.
 233
 234 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 235 (defun pubmed-pmid-to-bibtex (pmid)
 236   "Convert a PMID to a bibtex entry."
 237   (let* ((data (pubmed-parse-medline pmid))
 238          (type (cdr (assoc "PT" data)))
 239          (title (cdr (assoc "TI" data)))
 240          (authors (mapconcat 'cdr
 241                              (-filter (lambda (x)
 242                                         (string= (car x) "FAU"))
 243                                       data)
 244                              " and "))
 245          (abstract (cdr (assoc "AB" data)))
 246          (volume (cdr (assoc "VI" data)))
 247          (issue (cdr (assoc "IP" data)))
 248          (journal (cdr (assoc "JT" data)))
 249          (year (cdr (assoc "DP" data)))
 250          (pages (cdr (assoc "PG" data)))
 251          (aid (cdr (assoc "AID" data))))
 252
 253     (cond
 254      ((string= type "JOURNAL ARTICLE")
 255       (concat "@article{,
 256  author = {" authors "},
 257  title = {" title "},
 258  abstract = {" abstract "},
 259  journal = {" journal "},
 260  volume = {" volume "},
 261  number = {" issue "},
 262  year = {" (car (split-string year)) "},
 263  pages = {" pages "},
 264  doi = {" (replace-regexp-in-string " \\[doi\\]" "" aid) "},
 265 }"))
 266     (t
 267      (message "No conversion for type: %s" type)))))
 268 #+END_SRC
 269
 270 #+RESULTS:
 271 : pubmed-pmid-to-bibtex
 272
 273 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 274 (pubmed-pmid-to-bibtex "23162369")
 275 #+END_SRC
 276
 277 #+RESULTS:
 278 #+begin_example
 279 @article{,
 280  author = {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 281  title = {Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 282       Methods.},
 283  abstract = {Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 284       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 285       principles and methods of instruction, including active learning,
 286       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 287       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 288       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 289       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 290       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 291       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 292       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 293       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 294       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 295       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 296       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 297       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 298       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 299       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 300       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 301       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 302       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 303       and personal growth.},
 304  journal = {Educational psychology review},
 305  volume = {24},
 306  number = {4},
 307  year = {2012},
 308  pages = {569-608},
 309  doi = {10.1007/s10648-012-9199-6},
 310 }
 311 #+end_example
 312
 313 And we probably want to be able to insert a bibtex entry
 314
 315 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 316 (defun pubmed-insert-bibtex-from-pmid (pmid)
 317  "Insert a bibtex entry at point derived from PMID.
 318 You must clean the entry after insertion."
 319  (interactive "sPMID: ")
 320  (insert (pubmed-pmid-to-bibtex pmid)))
 321 #+END_SRC
 322
 323 #+RESULTS:
 324 : pubmed-insert-bibtex-from-pmid
 325
 326 Here is an example of a cleaned entry:
 327 #+BEGIN_SRC bibtex :tangle no
 328 @article{slavich-2012-trans-teach,
 329   author =       {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 330   title =        {Transformational Teaching: Theoretical
 331                   Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.},
 332   journal =      {Educational psychology review},
 333   volume =       24,
 334   number =       4,
 335   pages =        {569-608},
 336   year =         2012,
 337   doi =          {10.1007/s10648-012-9199-6},
 338   abstract =     {Approaches to classroom instruction have evolved
 339                   considerably over the past 50 years. This progress
 340                   has been spurred by the development of several
 341                   learning principles and methods of instruction,
 342                   including active learning, student-centered
 343                   learning, collaborative learning, experiential
 344                   learning, and problem-based learning. In the present
 345                   paper, we suggest that these seemingly different
 346                   strategies share important underlying
 347                   characteristics and can be viewed as complimentary
 348                   components of a broader approach to classroom
 349                   instruction called transformational
 350                   teaching. Transformational teaching involves
 351                   creating dynamic relationships between teachers,
 352                   students, and a shared body of knowledge to promote
 353                   student learning and personal growth. From this
 354                   perspective, instructors are intellectual coaches
 355                   who create teams of students who collaborate with
 356                   each other and with their teacher to master bodies
 357                   of information. Teachers assume the traditional role
 358                   of facilitating students' acquisition of key course
 359                   concepts, but do so while enhancing students'
 360                   personal development and attitudes toward
 361                   learning. They accomplish these goals by
 362                   establishing a shared vision for a course, providing
 363                   modeling and mastery experiences, challenging and
 364                   encouraging students, personalizing attention and
 365                   feedback, creating experiential lessons that
 366                   transcend the boundaries of the classroom, and
 367                   promoting ample opportunities for preflection and
 368                   reflection. We propose that these methods are
 369                   synergistically related and, when used together,
 370                   maximize students' potential for intellectual and
 371                   personal growth.},
 372 }
 373 #+END_SRC
 374
 375 ** PMID to xml
 376 We can also get xml of the MEDLINE data. The web page here also wraps the xml in a <pre> block and escapes the <> with &lt; and &gt;, which we have to undo. I have not used this code for anything, so I am not sure how good the xml code is.
 377
 378 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 379 (defun pubmed-get-medline-xml (pmid)
 380   "Get MEDLINE xml for PMID as a string."
 381   (interactive)
 382   (with-current-buffer
 383     (url-retrieve-synchronously
 384      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=xml&format=text" pmid))
 385     (goto-char (point-min))
 386     (while (search-forward "&lt;" nil t)
 387       (replace-match "<"))
 388     (goto-char (point-min))
 389     (while (search-forward "&gt;" nil t)
 390       (replace-match ">"))
 391     (goto-char (point-min))
 392
 393     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
 394           (p2 (search-forward "</pre>")))
 395       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
 396 #+END_SRC
 397
 398 #+RESULTS:
 399 : pubmed-get-medline-xml
 400
 401 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 402 (pubmed-get-medline-xml "23162369")
 403 #+END_SRC
 404
 405 #+RESULTS:
 406 #+begin_example
 407 <PubmedArticle>
 408     <MedlineCitation Status="Publisher" Owner="NLM">
 409         <PMID Version="1">23162369</PMID>
 410         <DateCreated>
 411             <Year>2012</Year>
 412             <Month>11</Month>
 413             <Day>19</Day>
 414         </DateCreated>
 415         <Article PubModel="Print-Electronic">
 416             <Journal>
 417                 <ISSN IssnType="Print">1040-726X</ISSN>
 418                 <JournalIssue CitedMedium="Print">
 419                     <Volume>24</Volume>
 420                     <Issue>4</Issue>
 421                     <PubDate>
 422                         <Year>2012</Year>
 423                         <Month>Dec</Month>
 424                     </PubDate>
 425                 </JournalIssue>
 426                 <Title>Educational psychology review</Title>
 427                 <ISOAbbreviation>Educ Psychol Rev</ISOAbbreviation>
 428             </Journal>
 429             <ArticleTitle>Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.</ArticleTitle>
 430             <Pagination>
 431                 <MedlinePgn>569-608</MedlinePgn>
 432             </Pagination>
 433             <Abstract>
 434                 <AbstractText>Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50 years. This progress has been spurred by the development of several learning principles and methods of instruction, including active learning, student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly different strategies share important underlying characteristics and can be viewed as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts, but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically related and, when used together, maximize students' potential for intellectual and personal growth.</AbstractText>
 435             </Abstract>
 436             <AuthorList>
 437                 <Author>
 438                     <LastName>Slavich</LastName>
 439                     <ForeName>George M</ForeName>
 440                     <Initials>GM</Initials>
 441                     <AffiliationInfo>
 442                         <Affiliation>Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza 300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.</Affiliation>
 443                     </AffiliationInfo>
 444                 </Author>
 445                 <Author>
 446                     <LastName>Zimbardo</LastName>
 447                     <ForeName>Philip G</ForeName>
 448                     <Initials>PG</Initials>
 449                 </Author>
 450             </AuthorList>
 451             <Language>ENG</Language>
 452             <GrantList>
 453                 <Grant>
 454                     <GrantID>R01 AG026364</GrantID>
 455                     <Acronym>AG</Acronym>
 456                     <Agency>NIA NIH HHS</Agency>
 457                     <Country>United States</Country>
 458                 </Grant>
 459                 <Grant>
 460                     <GrantID>T32 MH019925</GrantID>
 461                     <Acronym>MH</Acronym>
 462                     <Agency>NIMH NIH HHS</Agency>
 463                     <Country>United States</Country>
 464                 </Grant>
 465             </GrantList>
 466             <PublicationTypeList>
 467                 <PublicationType UI="">JOURNAL ARTICLE</PublicationType>
 468             </PublicationTypeList>
 469             <ArticleDate DateType="Electronic">
 470                 <Year>2012</Year>
 471                 <Month>7</Month>
 472                 <Day>24</Day>
 473             </ArticleDate>
 474         </Article>
 475         <MedlineJournalInfo>
 476             <MedlineTA>Educ Psychol Rev</MedlineTA>
 477             <NlmUniqueID>9885342</NlmUniqueID>
 478             <ISSNLinking>1040-726X</ISSNLinking>
 479         </MedlineJournalInfo>
 480     </MedlineCitation>
 481     <PubmedData>
 482         <History>
 483             <PubMedPubDate PubStatus="epublish">
 484                 <Year>2012</Year>
 485                 <Month>7</Month>
 486                 <Day>24</Day>
 487             </PubMedPubDate>
 488             <PubMedPubDate PubStatus="entrez">
 489                 <Year>2012</Year>
 490                 <Month>11</Month>
 491                 <Day>20</Day>
 492                 <Hour>6</Hour>
 493                 <Minute>0</Minute>
 494             </PubMedPubDate>
 495             <PubMedPubDate PubStatus="pubmed">
 496                 <Year>2012</Year>
 497                 <Month>11</Month>
 498                 <Day>20</Day>
 499                 <Hour>6</Hour>
 500                 <Minute>0</Minute>
 501             </PubMedPubDate>
 502             <PubMedPubDate PubStatus="medline">
 503                 <Year>2012</Year>
 504                 <Month>11</Month>
 505                 <Day>20</Day>
 506                 <Hour>6</Hour>
 507                 <Minute>0</Minute>
 508             </PubMedPubDate>
 509         </History>
 510         <PublicationStatus>ppublish</PublicationStatus>
 511         <ArticleIdList>
 512             <ArticleId IdType="doi">10.1007/s10648-012-9199-6</ArticleId>
 513             <ArticleId IdType="pubmed">23162369</ArticleId>
 514             <ArticleId IdType="pmc">PMC3498956</ArticleId>
 515             <ArticleId IdType="mid">NIHMS395714</ArticleId>
 516         </ArticleIdList>
 517         <?nihms?>
 518     </PubmedData>
 519 </PubmedArticle>
 520
 521 #+end_example
 522
 523 * Pubmed Central (PMC) link
 524 A PMCID starts with PMC and is followed by numbers. The PMCID is a unique reference number or identifier that is assigned to every article that is accepted into PMC. The PMCID is also used by recipients of NIH funding to demonstrate compliance with the NIH Public Access policy. The PMCID can be found in both PMC and PubMed.
 525
 526 Here we define a new link. Clicking on it simply opens a webpage to the article.
 527
 528 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 529 (org-add-link-type
 530  "pmcid"
 531  ;; clicking
 532  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s" link-string)))
 533  ;; formatting
 534 (lambda (keyword desc format)
 535    (cond
 536     ((eq format 'html)
 537      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s\">" keyword))
 538     ((eq format 'latex)
 539      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s}" keyword)))))
 540 #+END_SRC
 541
 542 * NIHMSID
 543 The NIHMSID is a preliminary article identifier that applies only to manuscripts deposited through the NIHMS system. The NIHMSID is only valid for compliance reporting for 90 days after the publication date of an article. Once the Web version of the NIHMS submission is approved for inclusion in PMC and the corresponding citation is in PubMed, the article will also be assigned a PMCID.
 544
 545 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 546 (org-add-link-type
 547  "nihmsid"
 548  ;; clicking
 549  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s" link-string)))
 550  ;; formatting
 551 (lambda (keyword desc format)
 552    (cond
 553     ((eq format 'html) (format "")); no output for html
 554     ((eq format 'latex)
 555      ;; write out the latex command
 556      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid//%s}" keyword)))))
 557 #+END_SRC
 558
 559 #+RESULTS:
 560 | lambda | (link-string)         | (browse-url (format http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s link-string))                                                               |
 561 | lambda | (keyword desc format) | (cond ((eq format (quote html)) (format )) ((eq format (quote latex)) (format \url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid//%s} keyword))) |
 562
 563
 564 * End of code
 565 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 566 (provide 'pubmed)
 567 #+END_SRC
 568
 569 * Build                                                            :noexport:
 570 This code will tangle the elisp code out to pubmed.el and load it.
 571
 572 [[elisp:(org-babel-load-file "pubmed.org")]]
 573
 574
 575