jmax-bibtex.el

   1 ;;; jmax-bibtex.el --- jmax-bibtex utilities
   2
   3 ;; Copyright(C) 2014 John Kitchin
   4
   5 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
   6 ;; URL: https://github.com/jkitchin/org-ref
   7 ;; Version: 0.1
   8 ;; Keywords: org-mode, bibtex
   9 ;; Package-Requires: ((org-ref) (s) (dash) (doi-utils) (key-chord))
  10
  11 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  12
  13 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  14 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  15 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  16 ;; your option) any later version.
  17
  18 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  19 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  21 ;; General Public License for more details.
  22
  23 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  24 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  25 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  26 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  27
  28 ;;; Commentary:
  29
  30 ;; jmax-bibtex-generate-longtitles
  31 ;; jmax-bibtex-generate-shorttitles
  32 ;; jmax-stringify-journal-name :: replace a journal name with a string in
  33 ;; `jmax-bibtex-journal-abbreviations'
  34 ;; jmax-set-journal-string :: in a bibtex entry run this to replace the
  35 ;; journal with a string
  36 ;;
  37 ;; jmax-title-case-article :: title case the title in an article
  38 ;; jmax-sentence-case-article :: sentence case the title in an article.
  39
  40 ;; jmax-replace-nonascii :: replace nonascii characters in a bibtex
  41 ;; entry. Replacements are in `jmax-nonascii-latex-replacements'.
  42 ;;
  43 ;; jmax-title-case-article
  44 ;; jmax-sentence-case-article
  45 ;;
  46 ;; jmax-bibtex-next-entry :: bound to M-n
  47 ;; jmax-bibtex-previous-entry :: bound to M-p
  48 ;;
  49 ;; Functions to act on a bibtex entry or file
  50 ;; jmax-bibtex-hydra/body gives a hydra menu to a lot of useful functions.
  51 ;; jmax-bibtex-new-entry/body gives a hydra menu to add new bibtex entries.
  52 ;; jmax-bibtex-file/body gives a hydra menu of actions for the bibtex file
  53 ;;
  54 ;; jmax-bibtex :: a deprecated menu of actions
  55
  56 (require 'hydra)
  57 (require 'key-chord)
  58
  59 ;;; Code:
  60 ;; * Custom variables
  61 (defgroup jmax-bibtex nil
  62   "Customization group for jmax-bibtex.")
  63
  64
  65 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-chord
  66   nil
  67   "key-chord to run `jmax-bibtex-hydra'.
  68 I like \"jj\""
  69   :type 'string
  70   :group 'jmax-bibtex)
  71
  72
  73 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-binding
  74   nil
  75   "key-binding to run `jmax-bibtex-hydra'.
  76 I like \C-cj."
  77   :type 'string
  78   :group 'jmax-bibtex)
  79
  80 ;; * Journal abbreviations
  81 (defvar jmax-bibtex-journal-abbreviations
  82   '()
  83   "List of (string journal-full-name journal-abbreviation).  Find abbreviations at http://cassi.cas.org/search.jsp.")
  84
  85 (setq jmax-bibtex-journal-abbreviations
  86       '(("ACR" "Accounts of Chemical Research" "Acc. Chem. Res.")
  87         ("ACAT" "ACS Catalysis" "ACS Catal.")
  88         ("AM" "Acta Materialia" "Acta Mater.")
  89         ("AMM" "Acta Metallurgica et Materialia" "Acta Metall. Mater.")
  90         ("AEM" "Advanced Energy Materials" "Adv. Energy Mater.")
  91         ("AMiner" "American Mineralogist" "Am. Mineral.")
  92         ("AngC" "Angewandte Chemie-International Edition" "Angew. Chem. Int. Edit.")
  93         ("APLM" "APL Materials" "APL Mat.")
  94         ("ACBE" "Applied Catalysis B: Environmental" "Appl. Catal. B-Environ.")
  95         ("APL" "Applied Physics Letters" "Appl. Phys. Lett.")
  96         ("ASS" "Applied Surface Science" "Appl. Surf. Sci.")
  97         ("CL" "Catalysis Letters" "Catal. Lett.")
  98         ("CST" "Catalysis Science & Technology" "Catal. Sci. Technol.")
  99         ("CT" "Catalysis Today" "Catal. Today")
 100         ("CPL" "Chemical Physics Letters" "Chem. Phys. Lett")
 101         ("CR" "Chemical Reviews" "Chem. Rev.")
 102         ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
 103         ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
 104         ("CM" "Chemistry of Materials" "Chem. Mater.")
 105         ("CSA" "Colloids and Surfaces, A: Physicochemical and Engineering Aspects" "Colloids Surf., A")
 106         ("CPMS" "Computational Materials Science" "Comp. Mater. Sci.")
 107         ("CPC" "Computer Physics Communications" "Comput. Phys. Commun.")
 108         ("CGD" "Crystal Growth \\& Design" "Cryst. Growth Des.")
 109         ("CEC" "CrystEngComm" "CrystEngComm")
 110         ("EA" "Electrochimica Acta" "Electrochim. Acta")
 111         ("ECST" "ECS Transactions" "ECS Trans.")
 112         ("EES" "Energy \\& Environmental Science" "Energy Environ. Sci.")
 113         ("HPR" "High Pressure Research" "High Pressure Res.")
 114         ("IC" "Inorganic Chemistry" "Inorg. Chem.")
 115         ("IECR" "Industrial \\& Engineering Chemistry Research" "Ind. Eng. Chem. Res.")
 116         ("JJAP" "Japanese Journal of Applied Physics" "Jpn. J. Appl. Phys.")
 117         ("JMatR" "Journal of  Materials Research" "J. Mater. Res.")
 118         ("JALC" "Journal of Alloys and Compounds" "J. Alloy Compd.")
 119         ("JAC" "Journal of Applied Crystallography" "J. Appl. Crystallogr.")
 120         ("JAE" "Journal of Applied Electrochemistry" "J. Appl. Electrochem.")
 121         ("JAP" "Journal of Applied Physics" "J. Appl. Phys.")
 122         ("JC" "Journal of Catalysis" "J. Catal.")
 123         ("JCP" "Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
 124         ("JCC" "Journal of Computational Chemistry" "J. Comput. Chem.")
 125         ("JCG" "Journal of Crystal Growth" "J. Crys. Growth")
 126         ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
 127         ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
 128         ("JMSL" "Journal of Materials Science Letters" "J. Mater. Sci. Lett.")
 129         ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
 130         ("JPE" "Journal of Phase Equilibria" "J. Phase Equilib.")
 131         ("JPCS" "Journal of Physics and Chemistry of Solids" "J. Phys. Chem. Solids")
 132         ("JPCM" "Journal of Physics: Condensed Matter" "J. Phys.: Condens. Matter")
 133         ("JPS" "Journal of Power Sources" "J. Power Sources")
 134         ("JSSC" "Journal of Solid State Chemistry" "J. Solid State Chem.")
 135         ("JACerS" "Journal of the American Ceramic Society" "J. Am. Ceram. Soc.")
 136         ("JACS" "Journal of the American Chemical Society" "J. Am. Chem. Soc.")
 137         ("JES" "Journal of The Electrochemical Society" "J. Electrochem. Soc.")
 138         ("JEaC" "Journal of Electroanalytical Chemistry" "J. Electroanal. Chem.")
 139         ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
 140         ("JRS" "Journal of Raman Spectroscopy" "J. Raman Spectrosc.")
 141         ("JVST" "Journal of Vacuum Science \\& Technology A" "J. Vac. Sci. Technol. A")
 142         ("ML" "Materials Letters" "Mater. Lett.")
 143         ("MSE-BS" "Materials Science and Engineering B" "Mat. Sci. Eng. B-Solid")
 144         ("MOLSIM" "Molecular Simulation" "Mol. Sim.")
 145         ("Nature" "Nature" "Nature")
 146         ("NM" "Nature Materials" "Nat. Mater.")
 147         ("NC" "Nature Chemistry" "Nat. Chem.")
 148         ("PML" "Philosophical Magazine Letters" "Phil. Mag. Lett.")
 149         ("PMA" "Philosophical Magazine A" "Phil. Mag. A")
 150         ("PA" "Physica A: Statistical Mechanics and its Applications" "Physica A")
 151         ("PB" "Physica B-Condensed Matter" "Physica B")
 152         ("PCCP" "Physical Chemistry Chemical Physics" "Phys. Chem. Chem. Phys.")
 153         ("PSSB" "physica status solidi (b)" "Phys. Status Solidi B")
 154         ("PRA" "Physical Review A" "Phys. Rev. A")
 155         ("PRB" "Physical Review B" "Phys. Rev. B")
 156         ("PRL" "Physical Review Letters" "Phys. Rev. Lett.")
 157         ("PCM" "Physics and Chemistry of Minerals" "Phys. Chem. Miner.")
 158         ("PNAS" "Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America" "Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.")
 159         ("PSurfSci" "Progress in Surface Science" "Prog. Surf. Sci.")
 160         ("Science" "Science" "Science")
 161         ("SM" "Scripta Materialia" "Scr. Mater.")
 162         ("SABC" "Sensors and Actuators B: Chemical" "Sensor. Actuat. B-Chem.")
 163         ("SS" "Surface Science" "Surf. Sci.")
 164         ("EPJB" "The European Physical Journal B" "Eur. Phys. J. B")
 165         ("JPC" "The Journal of Physical Chemistry" "J. Phys. Chem.")
 166         ("JPCB" "The Journal of Physical Chemistry B" "J. Phys. Chem. B")
 167         ("JPCC" "The Journal of Physical Chemistry C" "J. Phys. Chem. C")
 168         ("JPCL" "The Journal of Physical Chemistry Letters" "J. Phys. Chem. Lett.")
 169         ("JCP" "The Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
 170         ("MSMSE" "Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering" "Modell. Simul. Mater. Sci. Eng.")
 171         ("TSF" "Thin Solid Films" "Thin Solid Films")
 172         ("TC" "Topics in Catalysis" "Top. Catal.")
 173         ("WR" "Water Research" "Water Res.")))
 174
 175
 176 (defun jmax-bibtex-generate-longtitles ()
 177   "Generate longtitles.bib which are @string definitions.
 178 The full journal names are in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 179   (interactive)
 180   (with-temp-file "longtitles.bib"
 181     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 182       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 183                       (nth 0 row)
 184                       (nth 1 row))))))
 185
 186
 187 (defun jmax-bibtex-generate-shorttitles ()
 188     "Generate shorttitles.bib which are @string definitions.
 189 The abbreviated journal names in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 190   (interactive)
 191   (with-temp-file "shorttitles.bib"
 192     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 193       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 194                       (nth 0 row)
 195                       (nth 2 row))))))
 196
 197
 198 (defun jmax-stringify-journal-name (&optional key start end)
 199   "Replace journal name in a bibtex entry with a string.
 200 The strings are defined in
 201 `jmax-bibtex-journal-abbreviations'.  The optional arguments KEY,
 202 START and END allow you to use this with `bibtex-map-entries'"
 203   (interactive)
 204   (bibtex-beginning-of-entry)
 205   (when
 206       (string= "article"
 207                (downcase
 208                 (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 209     (let* ((full-names (mapcar
 210                         (lambda (row)
 211                           (cons  (nth 1 row) (nth 0 row)))
 212                         jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 213            (abbrev-names (mapcar
 214                           (lambda (row)
 215                             (cons  (nth 2 row) (nth 0 row)))
 216                           jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 217            (journal (s-trim (bibtex-autokey-get-field "journal")))
 218            (bstring (or
 219                      (cdr (assoc journal full-names))
 220                      (cdr (assoc journal abbrev-names)))))
 221       (when bstring
 222         (bibtex-set-field "journal" bstring t)
 223         (bibtex-fill-entry)))))
 224
 225 (defun jmax-helm-set-journal-string ()
 226   "Helm interface to set a journal string."
 227   (interactive)
 228   (bibtex-set-field
 229    "journal"
 230    (helm :sources `((name . "journal")
 231                     (candidates . ,(mapcar
 232                                     (lambda (x)
 233                                       (cons (nth 1 x)
 234                                             (car x)))
 235                                     jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 236                     (action . (lambda (x) (identity x))))
 237          :input (s-trim (bibtex-autokey-get-field "journal")))
 238    t)
 239   (bibtex-fill-entry)
 240   (bibtex-clean-entry))
 241
 242
 243 (defun jmax-set-journal-string (full-journal-name)
 244   "Set a bibtex journal name to the string that represents FULL-JOURNAL-NAME.
 245 This is defined in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 246   (interactive (list
 247                 (ido-completing-read
 248                  "Journal: "
 249                  (mapcar
 250                   (lambda (x)
 251                     (nth 1 x))
 252                   jmax-bibtex-journal-abbreviations))))
 253   ;; construct data alist for the string lookup.
 254   (let ((alist (mapcar
 255                 (lambda (x)
 256                   (cons (nth 1 x) (nth 0 x)))
 257                 jmax-bibtex-journal-abbreviations)))
 258     (bibtex-set-field "journal" (cdr (assoc full-journal-name alist)) t)
 259     (bibtex-fill-entry)
 260     (bibtex-clean-entry)))
 261
 262 ;; * Non-ascii character replacement
 263 ;; see https://github.com/fxcoudert/tools/blob/master/doi2bib for more replacements
 264 (defvar jmax-nonascii-latex-replacements
 265   '()
 266   "Cons list of non-ascii characters and their LaTeX representations.")
 267
 268 (setq jmax-nonascii-latex-replacements
 269       '(("í" . "{\\\\'i}")
 270         ("æ" . "{\\\\ae}")
 271         ("ć" . "{\\\\'c}")
 272         ("é" . "{\\\\'e}")
 273         ("ä" . "{\\\\\"a}")
 274         ("è" . "{\\\\`e}")
 275         ("à" . "{\\\\`a}")
 276         ("á" . "{\\\\'a}")
 277         ("ø" . "{\\\\o}")
 278         ("ë" . "{\\\\\"e}")
 279         ("ü" . "{\\\\\"u}")
 280         ("ñ" . "{\\\\~n}")
 281         ("ņ" . "{\\\\c{n}}")
 282         ("å" . "{\\\\aa}")
 283         ("ö" . "{\\\\\"o}")
 284         ("Á" . "{\\\\'A}")
 285         ("á" . "{\\\\'a}")
 286         ("í" . "{\\\\'i}")
 287         ("ó" . "{\\\\'o}")
 288         ("ó" . "{\\\\'o}")
 289         ("ú" .  "{\\\\'u}")
 290         ("ú" . "{\\\\'u}")
 291         ("š" . "{\\\\v{s}}")
 292         ("ř"  . "{\\\\v{r}}")
 293         ("İ" . "{\\\\.I}")
 294         ("ğ" . "{\\\\u{g}}")
 295         ("δ" . "$\\\\delta$")
 296         ("ç" . "{\\\\c{c}}")
 297         ("ß" . "{\\\\ss}")
 298         ("≤" . "$\\\\le$")
 299         ("<" . "$\\\\lt$")
 300         ("θ" . "$\\\\theta$")
 301         ("μ" . "$\\\\mu$")
 302         ("→" . "$\\\\rightarrow$")
 303         ("⇌" . "$\\\\leftrightharpoons$")
 304         ("×" . "$\\\\times$")
 305         ("°" . "$\\\\deg$")
 306         ("ş" . "{\\\\c{s}}")
 307         ("ı" . "i")                    ; I think this is a turkish i
 308         ;; I think these are non-ascii spaces. there seems to be more than one.
 309         (" " . " ")
 310         (" " . " ")
 311         ("–" . "-")
 312         ("−" . "-")
 313         ("–" . "-")
 314         ("—" . "-")
 315         ("‘" . "'")
 316         ("’" . "'")
 317         ("’" . "'")
 318         ("“" . "\"")
 319         ("’" . "'")
 320         ("”" . "\"")))
 321
 322 (defun jmax-replace-nonascii ()
 323   "Hook function to replace non-ascii characters in a bibtex entry."
 324
 325   (interactive)
 326   (save-restriction
 327     (bibtex-narrow-to-entry)
 328     (goto-char (point-min))
 329     (dolist (char (mapcar (lambda (x) (car x)) jmax-nonascii-latex-replacements))
 330       (while (re-search-forward char nil t)
 331         (replace-match (cdr (assoc char jmax-nonascii-latex-replacements))))
 332       (goto-char (point-min))))
 333   (save-buffer))
 334
 335 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-replace-nonascii)
 336
 337 ;; * Title case transformations
 338 (defvar jmax-lower-case-words
 339   '("a" "an" "on" "and" "for"
 340     "the" "of" "in")
 341   "List of words to keep lowercase when changing case in a title.")
 342
 343
 344 (defun jmax-title-case-article (&optional key start end)
 345   "Convert a bibtex entry article title to title-case.
 346 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 347 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 348 all the title entries in articles."
 349   (interactive)
 350   (bibtex-beginning-of-entry)
 351
 352   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 353          (words (split-string title))
 354          (start 0))
 355     (when
 356         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 357       (setq words (mapcar
 358                    (lambda (word)
 359                      (if (or
 360                           ;; match words containing {} or \ which are probably
 361                           ;; LaTeX or protected words
 362                           (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 363                           ;; these words should not be capitalized, unless they
 364                           ;; are the first word
 365                           (-contains? jmax-lower-case-words (s-downcase word)))
 366                          word
 367                        (s-capitalize word)))
 368                    words))
 369
 370       ;; Check if first word should be capitalized
 371       (when (-contains? jmax-lower-case-words (car words))
 372         (setf (car words) (s-capitalize (car words))))
 373
 374       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 375
 376       ;; Capitalize letters after a dash
 377       (while
 378           (string-match "[a-zA-Z]-\\([a-z]\\)" title start)
 379         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 380           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 381                 (format "%s" (upcase char)))
 382           (setq start (match-end 1))))
 383
 384       ;; this is defined in doi-utils
 385       (bibtex-set-field
 386        "title"
 387        title)
 388       (bibtex-fill-entry))))
 389
 390 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-title-case-article)
 391
 392
 393 (defun jmax-sentence-case-article (&optional key start end)
 394   "Convert a bibtex entry article title to sentence-case.
 395 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 396 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 397 all the title entries in articles."
 398   (interactive)
 399   (bibtex-beginning-of-entry)
 400
 401   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 402          (words (split-string title))
 403          (start 0))
 404     (when
 405         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 406       (setq words (mapcar
 407                    (lambda (word)
 408                      (if
 409                          ;; match words containing {} or \ which are probably
 410                          ;; LaTeX or protected words
 411                          (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 412                          word
 413                        (s-downcase word)))
 414                    words))
 415
 416       ;; capitalize first word
 417       (setf (car words) (s-capitalize (car words)))
 418
 419       ;; join the words
 420       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 421
 422       ;; capitalize a word after a :, eg. a subtitle, and protect it
 423       (while
 424           (string-match "[a-z]:\\s-+\\([A-Z]\\)" title start)
 425         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 426           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 427 ;;              (format "{%s}" (upcase char)))
 428                 (format "%s" (upcase char)))
 429           (setq start (match-end 1))))
 430
 431       ;; this is defined in doi-utils
 432       (bibtex-set-field
 433        "title" title)
 434
 435       ;; clean and refill entry so it looks nice
 436       (bibtex-clean-entry)
 437       (bibtex-fill-entry))))
 438
 439 ;; * Navigation in bibtex file
 440 (defun jmax-bibtex-next-entry (&optional n)
 441   "Jump to the beginning of the next bibtex entry.
 442 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries
 443 forward.  Negative numbers do nothing."
 444   (interactive "P")
 445   ;; Note if we start at the beginning of an entry, nothing
 446   ;; happens. We need to move forward a char, and call again.
 447   (when (= (point) (save-excursion
 448                      (bibtex-beginning-of-entry)))
 449     (forward-char)
 450     (jmax-bibtex-next-entry))
 451
 452   ;; search forward for an entry
 453   (when
 454       (re-search-forward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 455     ;; go to beginning of the entry
 456     (bibtex-beginning-of-entry)))
 457
 458
 459 (defun jmax-bibtex-previous-entry (&optional n)
 460   "Jump to beginning of the previous bibtex entry.
 461 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries back."
 462   (interactive "P")
 463   (bibtex-beginning-of-entry)
 464  (when
 465      (re-search-backward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 466    (bibtex-beginning-of-entry)))
 467
 468
 469 (defun jmax-bibtex-mode-keys ()
 470   "Modify keymaps used by `bibtex-mode'."
 471   (local-set-key (kbd "M-n") 'jmax-bibtex-next-entry)
 472   (local-set-key (kbd "M-p") 'jmax-bibtex-previous-entry))
 473
 474 ;; add to bibtex-mode-hook
 475 (add-hook 'bibtex-mode-hook 'jmax-bibtex-mode-keys)
 476
 477 ;; * Functions to act on an entry with a doi
 478 (defun jmax-bibtex-entry-doi ()
 479   "Get doi from entry at point."
 480   (interactive)
 481   (save-excursion
 482     (bibtex-beginning-of-entry)
 483     (reftex-get-bib-field "doi" (bibtex-parse-entry t))))
 484
 485
 486 (defun jmax-bibtex-wos ()
 487   "Open bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 488   (interactive)
 489   (doi-utils-wos (jmax-bibtex-entry-doi)))
 490
 491
 492 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 493   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 494   (interactive)
 495   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 496
 497
 498 (defun jmax-bibtex-wos-related ()
 499   "Open related articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 500   (interactive)
 501   (doi-utils-wos-related (jmax-bibtex-entry-doi)))
 502
 503
 504 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 505   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 506   (interactive)
 507   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 508
 509
 510 (defun jmax-bibtex-crossref ()
 511   "Open the bibtex entry in Crossref by its doi."
 512   (interactive)
 513   (doi-utils-crossref (jmax-bibtex-entry-doi)))
 514
 515
 516 (defun jmax-bibtex-google-scholar ()
 517   "Open the bibtex entry at point in google-scholar by its doi."
 518   (interactive)
 519   (doi-utils-google-scholar (jmax-bibtex-entry-doi)))
 520
 521
 522 (defun jmax-bibtex-pubmed ()
 523   "Open the bibtex entry at point in Pubmed by its doi."
 524   (interactive)
 525   (doi-utils-pubmed (jmax-bibtex-entry-doi)))
 526
 527
 528 (defun jmax-bibtex-pdf (doi)
 529   "Open the pdf for the bibtex entry at point.
 530 Thin wrapper to get `jmax-bibtex' to open pdf, because it calls
 531 functions with a DOI argument."
 532   (interactive)
 533   (org-ref-open-bibtex-pdf))
 534
 535
 536 ;; * Hydra menus
 537 ;; ** Hydra menu for bibtex entries
 538 ;; hydra menu for actions on bibtex entries
 539 (defhydra jmax-bibtex-hydra (:color blue)
 540    "
 541 _p_: Open pdf     _y_: Copy key               _n_: New entry     _w_: WOS
 542 _b_: Open url     _f_: Copy formatted entry   _o_: Copy entry    _c_: WOS citing
 543 _r_: Refile entry _k_: Add keywords           _d_: delete entry  _a_: WOS related
 544 _e_: Email entry  _K_: Edit keywords          _L_: clean entry   _P_: Pubmed
 545 _U_: Update entry _N_: Open notes             _R_: Crossref      _g_: Google Scholar
 546 _s_: Sort entry   _a_: Remove nonascii        _h_: helm-bibtex   _q_: quit
 547 _u_: Update field _F_: file funcs
 548 _T_: Title case
 549 _S_: Sentence case
 550 "
 551    ("p" org-ref-open-bibtex-pdf)
 552    ("P" jmax-bibtex-pubmed)
 553    ("w" jmax-bibtex-wos)
 554    ("c" jmax-bibtex-wos-citing)
 555    ("a" jmax-bibtex-wos-related)
 556    ("R" jmax-bibtex-crossref)
 557    ("g" jmax-bibtex-google-scholar)
 558    ("n" jmax-bibtex-new-entry/body)
 559    ("N" org-ref-open-bibtex-notes)
 560    ("o" bibtex-copy-entry-as-kill)
 561    ("d" bibtex-kill-entry)
 562    ("L" org-ref-clean-bibtex-entry)
 563    ("y" (kill-new  (bibtex-autokey-get-field "=key=")))
 564    ("f" bibtex-copy-summary-as-kill)
 565    ("k" helm-tag-bibtex-entry)
 566    ("K" (lambda ()
 567           (interactive)
 568           (org-ref-set-bibtex-keywords
 569            (read-string "Keywords: "
 570                         (bibtex-autokey-get-field "keywords"))
 571            t)))
 572    ("b" org-ref-open-in-browser)
 573    ("r" (lambda () (interactive)
 574           (bibtex-beginning-of-entry)
 575           (bibtex-kill-entry)
 576           (find-file (ido-completing-read
 577                       "Bibtex file: "
 578                       (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))))
 579           (goto-char (point-max))
 580           (bibtex-yank)
 581           (save-buffer)
 582           (kill-buffer)))
 583    ("e" email-bibtex-entry)
 584    ("U" (doi-utils-update-bibtex-entry-from-doi (jmax-bibtex-entry-doi)))
 585    ("u" doi-utils-update-field)
 586    ("F" jmax-bibtex-file/body)
 587    ("h" helm-bibtex)
 588    ("a" jmax-replace-nonascii)
 589    ("s" org-ref-sort-bibtex-entry)
 590    ("T" jmax-title-case-article)
 591    ("S" jmax-sentence-case-article)
 592    ("q" nil))
 593
 594 ;; create key-chord and key binding for hydra
 595 (when jmax-bibtex-hydra-key-chord
 596   (key-chord-define-global
 597    jmax-bibtex-hydra-key-chord
 598    'jmax-bibtex-hydra/body))
 599
 600
 601 (when jmax-bibtex-hydra-key-binding
 602   (global-set-key jmax-bibtex-hydra-key-binding 'jmax-bibtex-hydra/body))
 603
 604 ;; ** Hydra menu for new bibtex entries
 605 ;; A hydra for adding new bibtex entries.
 606 (defhydra jmax-bibtex-new-entry (:color blue)
 607   "New Bibtex entry:"
 608   ("a" bibtex-Article "Article")
 609   ("b" bibtex-Book "Book")
 610   ("i" bibtex-InBook "In book")
 611   ("l" bibtex-Booklet "Booklet")
 612   ("P" bibtex-Proceedings "Proceedings")
 613   ("p" bibtex-InProceedings "In proceedings")
 614   ("m" bibtex-Misc "Misc.")
 615   ("M" bibtex-Manual "Manual")
 616   ("T" bibtex-PhdThesis "PhD Thesis")
 617   ("t" bibtex-MastersThesis "MS Thesis")
 618   ("R" bibtex-TechReport "Report")
 619   ("u" bibtex-Unpublished "unpublished")
 620   ("c" bibtex-InCollection "Article in collection")
 621   ("q" nil "quit"))
 622
 623
 624 ;; ** Hydra menu of functions to act on a bibtex file.
 625 (defhydra jmax-bibtex-file (:color blue)
 626   "Bibtex file functions: "
 627   ("v" bibtex-validate "Validate entries")
 628   ("s" bibtex-sort-buffer "Sort entries")
 629   ("r" bibtex-reformat "Reformat entries")
 630   ("c" bibtex-count-entries "Count entries")
 631   ("p" org-ref-build-full-bibliography "PDF bibliography"))
 632
 633
 634 ;; * DEPRECATED bibtex menu
 635 (defvar jmax-bibtex-menu-funcs '()
 636  "Functions to run in doi menu.
 637 Each entry is a list of (key menu-name function).  The function
 638 must take one argument, the doi.  This is somewhat deprecated, as
 639 I prefer the hydra interfaces above.")
 640
 641 (setq jmax-bibtex-menu-funcs
 642       '(("p" "df" jmax-bibtex-pdf)
 643         ("C" "opy" (lambda (doi)
 644                      (kill-new (org-ref-bib-citation))
 645                      (bury-buffer)))
 646         ("w" "os" doi-utils-wos)
 647         ("c" "iting articles" doi-utils-wos-citing)
 648         ("r" "elated articles" doi-utils-wos-related)
 649         ("s" "Google Scholar" doi-utils-google-scholar)
 650         ("P" "Pubmed" doi-utils-pubmed)
 651         ("f" "CrossRef" doi-utils-crossref)))
 652
 653 (defun jmax-bibtex ()
 654   "Menu command to run in a bibtex entry.
 655 Functions from `jmax-bibtex-menu-funcs'.  They all rely on the
 656 entry having a doi."
 657
 658   (interactive)
 659   ;; construct menu string as a message
 660   (message
 661    (concat
 662     (mapconcat
 663      (lambda (tup)
 664        (concat "[" (elt tup 0) "]"
 665                (elt tup 1) " "))
 666      jmax-bibtex-menu-funcs "") ": "))
 667   (let* ((input (read-char-exclusive))
 668          (choice (assoc
 669                   (char-to-string input) jmax-bibtex-menu-funcs)))
 670     (when choice
 671       (funcall
 672        (elt
 673         choice
 674         2)
 675        (jmax-bibtex-entry-doi)
 676        ))))
 677
 678 (defalias 'jb 'jmax-bibtex)
 679
 680 ;; * The end
 681 (provide 'jmax-bibtex)
 682
 683 ;;; jmax-bibtex.el ends here