e806fcf1c7700414931994c787eb7cec7ca5dbe9
[org-ref.git] / doi-utils.org
1 #+TITLE: DOI utilities for making bibtex entries and downloading pdfs
2
3 This package provides functionality to download PDFs and bibtex entries from a DOI, as well as to update a bibtex entry from a DOI. It depends slightly on org-ref, to determine where to save pdf files too, and where to insert bibtex entries in the default bibliography.
4
5 The principle commands you will use from here are:
6
7 - doi-utils-get-bibtex-entry-pdf with the cursor in a bibtex entry.
8 - doi-utils-insert-bibtex-entry-from-doi to insert a bibtex entry at your cursor, clean it and try to get a pdf.
9 - doi-utils-add-bibtex-entry-from-doi to add an entry to your default bibliography (cleaned with pdf if possible).
10 - doi-utils-add-bibtex-entry-from-region to add an entry from a highlighed doi to your default bibliography.
11 - doi-utils-update-bibtex-entry-from-doi with cursor in an entry to update its fields.
12
13 * Header
14 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
15 ;;; doi-utils.el --- get bibtex entries and pdfs from a DOI
16
17 ;; Copyright(C) 2014 John Kitchin
18
19 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
20 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
21
22 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
23 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
24 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
25 ;; your option) any later version.
26
27 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
28 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
29 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
30 ;; General Public License for more details.
31
32 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
33 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
34 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
35 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
36
37 ;;; Commentary:
38 ;;
39 ;; Lisp code to generate and update bibtex entries from a DOI, and to
40 ;; download pdfs from publisher websites from a DOI.
41 ;;
42 ;; Package-Requires: ((org-ref))
43
44 (require 'json)
45 #+END_SRC
46
47 * Getting pdf files from a DOI
48 The idea here is simple. When you visit http://dx.doi.org/doi, you get redirected to the journal site. Once you have the url for the article, you can usually compute the url to the pdf, or find it in the page. Then you simply download it.
49
50 There are some subtleties in doing this that are described here. To get the redirect, we have to use url-retrieve, and a callback function. The callback does not return anything, so we communicate through global variables. url-retrieve is asynchronous, so we have to make sure to wait for it to finish.
51
52 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
53 (defvar *doi-utils-waiting* t
54   "stores waiting state for url retrieval.")
55
56 (defvar *doi-utils-redirect* nil
57   "stores redirect url from a callback function")
58
59 (defun doi-utils-redirect-callback (&optional status)
60   "callback for url-retrieve to set the redirect"
61   (when (plist-get status :error)
62     (signal (car (plist-get status :error)) (cdr(plist-get status :error))))
63   (when (plist-get status :redirect) ;  is nil if there none
64     (message "redirects = %s" (plist-get status :redirect))
65     (message "*doi-utils-redirect* set to %s"
66              (setq *doi-utils-redirect* (plist-get status :redirect))))
67   ;; we have done our job, so we are not waiting any more.
68   (setq *doi-utils-waiting* nil))
69 #+END_SRC
70
71 To actually get the redirect we use url-retrieve like this.
72
73 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
74 (defun doi-utils-get-redirect (doi)
75   "get redirect url from dx.doi.org/doi"
76   ;; we are going to wait until the url-retrieve is done
77   (setq *doi-utils-waiting* t)
78   ;; start with no redirect. it will be set in the callback.
79   (setq *doi-utils-redirect* nil)
80   (url-retrieve
81    (format "http://dx.doi.org/%s" doi)
82    'doi-utils-redirect-callback)
83   ; I suspect we need to wait here for the asynchronous process to
84   ; finish. we loop and sleep until the callback says it is done via
85   ; `*doi-utils-waiting*'. this works as far as i can tell. Before I
86   ; had to run this a few times to get it to work, which i suspect
87   ; just gave the first one enough time to finish.
88   (while *doi-utils-waiting* (sleep-for 0.1)))
89 #+END_SRC
90
91 Once we have a redirect for a particular doi, we need to compute the url to the pdf. We do this with a series of functions. Each function takes a single argument, the redirect url. If it knows how to compute the pdf url it does, and returns it. We store the functions in a variable:
92
93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
94 (defvar doi-utils-pdf-url-functions nil
95   "list of functions that return a url to a pdf from a redirect url. Each function takes one argument, the redirect url. The function must return a pdf-url, or nil.")
96 #+END_SRC
97
98 ** APS journals
99 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
100 (defun aps-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
101   (when (string-match "^http://journals.aps.org" *doi-utils-redirect*)
102     (replace-regexp-in-string "/abstract/" "/pdf/" *doi-utils-redirect*)))
103 #+END_SRC
104
105 ** Science
106 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
107 (defun science-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
108   (when (string-match "^http://www.sciencemag.org" *doi-utils-redirect*)
109     (concat *doi-utils-redirect* ".full.pdf")))
110 #+END_SRC
111
112 ** Nature
113 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
114 (defun nature-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
115   (when (string-match "^http://www.nature.com" *doi-utils-redirect*)
116     (let ((result *doi-utils-redirect*))
117       (setq result (replace-regexp-in-string "/full/" "/pdf/" result))
118       (replace-regexp-in-string "\.html$" "\.pdf" result))))
119 #+END_SRC
120
121 ** Wiley
122 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201402680/abstract
123 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201402680/pdf
124
125 It appears that it is not enough to use the pdf url above. That takes you to an html page. The actual link to teh pdf is embedded in that page. This is how ScienceDirect does things too.
126
127 This is where the link is hidden:
128
129 <iframe id="pdfDocument" src="http://onlinelibrary.wiley.com/store/10.1002/anie.201402680/asset/6397_ftp.pdf?v=1&amp;t=hwut2142&amp;s=d4bb3cd4ad20eb733836717f42346ffb34017831" width="100%" height="675px"></iframe>
130
131
132
133 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
134 (defun doi-utils-get-wiley-pdf-url (redirect-url)
135   "wileyscience direct hides the pdf url in html. we get it out here"
136   (setq *doi-utils-waiting* t)
137   (url-retrieve redirect-url
138                 (lambda (status)
139                   (beginning-of-buffer)
140                   (re-search-forward "<iframe id=\"pdfDocument\" src=\"\\([^\"]*\\)\"" nil)
141                   (setq *doi-utils-pdf-url* (match-string 1)
142                         ,*doi-utils-waiting* nil)))
143   (while *doi-utils-waiting* (sleep-for 0.1))
144   ,*doi-utils-pdf-url*)
145
146 (defun wiley-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
147   (when (string-match "^http://onlinelibrary.wiley.com" *doi-utils-redirect*)
148    (doi-utils-get-wiley-pdf-url (replace-regexp-in-string "/abstract" "/pdf" *doi-utils-redirect*))
149    ,*doi-utils-pdf-url*))
150 #+END_SRC
151
152 ** Springer
153 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
154 (defun springer-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
155   (when (string-match "^http://link.springer.com" *doi-utils-redirect*)
156     (replace-regexp-in-string "/article/" "/content/pdf/" (concat *doi-utils-redirect* ".pdf"))))
157 #+END_SRC
158
159 ** ACS
160 here is a typical url http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nl500037x
161 the pdf is found at http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/nl500037x
162
163 we just change /abs/ to /pdf/.
164
165 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
166 (defun acs-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
167   (when (string-match "^http://pubs.acs.org" *doi-utils-redirect*)
168     (replace-regexp-in-string "/abs/" "/pdf/" *doi-utils-redirect*)))
169 #+END_SRC
170
171 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
172 (acs-pdf-url  "http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nl500037x")
173 #+END_SRC
174
175 #+RESULTS:
176 : http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/nl500037x
177
178 ** IOP
179 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
180 (defun iop-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
181   (when (string-match "^http://iopscience.iop.org" *doi-utils-redirect*)
182     (let ((tail (replace-regexp-in-string "^http://iopscience.iop.org" "" *doi-utils-redirect*)))
183       (concat "http://iopscience.iop.org" tail "/pdf" (replace-regexp-in-string "/" "_" tail) ".pdf"))))
184 #+END_SRC
185
186 ** JSTOR
187 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
188 (defun jstor-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
189   (when (string-match "^http://www.jstor.org" *doi-utils-redirect*)
190     (concat (replace-regexp-in-string "/stable/" "/stable/pdfplus/" *doi-utils-redirect*) ".pdf")))
191 #+END_SRC
192
193 ** AIP
194 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
195 (defun aip-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
196   (when (string-match "^http://scitation.aip.org" *doi-utils-redirect*)
197     ;; get stuff after content
198     (let (p1 p2 s p3)
199       (setq p2 (replace-regexp-in-string "^http://scitation.aip.org/" "" *doi-utils-redirect*))
200       (setq s (split-string p2 "/"))
201       (setq p1 (mapconcat 'identity (-remove-at-indices '(0 6) s) "/"))
202       (setq p3 (concat "/" (nth 0 s) (nth 1 s) "/" (nth 2 s) "/" (nth 3 s)))
203       (format "http://scitation.aip.org/deliver/fulltext/%s.pdf?itemId=/%s&mimeType=pdf&containerItemId=%s"
204               p1 p2 p3))))
205 #+END_SRC
206
207 ** Taylor and Francis
208 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
209 (defun tandfonline-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
210   (when (string-match "^http://www.tandfonline.com" *doi-utils-redirect*)
211     (replace-regexp-in-string "/abs/\\|/full/" "/pdf/" *doi-utils-redirect*)))
212 #+END_SRC
213 ** ECS
214 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
215 (defun ecs-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
216   (when (string-match "^http://jes.ecsdl.org" *doi-utils-redirect*)
217     (replace-regexp-in-string "\.abstract$" ".full.pdf" *doi-utils-redirect*)))
218 #+END_SRC
219
220 http://ecst.ecsdl.org/content/25/2/2769
221 http://ecst.ecsdl.org/content/25/2/2769.full.pdf
222
223 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
224 (defun ecst-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
225   (when (string-match "^http://ecst.ecsdl.org" *doi-utils-redirect*)
226     (concat *doi-utils-redirect* ".full.pdf")))
227 #+END_SRC
228
229
230 ** RSC
231 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
232 (defun rsc-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
233   (when (string-match "^http://pubs.rsc.org" *doi-utils-redirect*)
234     (let ((url (downcase *doi-utils-redirect*)))
235       (setq url (replace-regexp-in-string "articlelanding" "articlepdf" url))
236       url)))
237 #+END_SRC
238
239 ** Elsevier/ScienceDirect
240 You cannot compute these pdf links; they are embedded in the redirected pages.
241
242 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
243 (defvar *doi-utils-pdf-url* nil
244   "stores url to pdf download from a callback function")
245
246 (defun doi-utils-get-science-direct-pdf-url (redirect-url)
247   "science direct hides the pdf url in html. we get it out here"
248   (setq *doi-utils-waiting* t)
249   (url-retrieve redirect-url
250                 (lambda (status)
251                   (beginning-of-buffer)
252                   (re-search-forward "pdfurl=\"\\([^\"]*\\)\"" nil t)
253                   (setq *doi-utils-pdf-url* (match-string 1)
254                         ,*doi-utils-waiting* nil)))
255   (while *doi-utils-waiting* (sleep-for 0.1))
256   ,*doi-utils-pdf-url*)
257
258
259 (defun science-direct-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
260   (when (string-match "^http://www.sciencedirect.com" *doi-utils-redirect*)
261     (doi-utils-get-science-direct-pdf-url *doi-utils-redirect*)
262     ,*doi-utils-pdf-url*))
263
264 ;; sometimes I get
265 ;; http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0927025609004558
266 ;; which actually redirect to
267 ;; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0927025609004558
268 (defun linkinghub-elsevier-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
269   (when (string-match "^http://linkinghub.elsevier.com/retrieve" *doi-utils-redirect*)
270     (let ((second-redirect (replace-regexp-in-string
271                             "http://linkinghub.elsevier.com/retrieve"
272                             "http://www.sciencedirect.com/science/article"
273                             ,*doi-utils-redirect*)))
274       (message "getting pdf url from %s" second-redirect)
275       ;(doi-utils-get-science-direct-pdf-url second-redirect)
276       ,*doi-utils-pdf-url*)))
277 #+END_SRC
278
279 ** PNAS
280 http://www.pnas.org/content/early/2014/05/08/1319030111
281 http://www.pnas.org/content/early/2014/05/08/1319030111.full.pdf
282
283 with supporting info
284 http://www.pnas.org/content/early/2014/05/08/1319030111.full.pdf+html?with-ds=yes
285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
286 (defun pnas-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
287   (when (string-match "^http://www.pnas.org" *doi-utils-redirect*)
288     (concat *doi-utils-redirect* ".full.pdf?with-ds=yes")))
289 #+END_SRC
290
291 ** Add all functions
292 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
293 (setq doi-utils-pdf-url-functions
294       (list
295        'aps-pdf-url
296        'science-pdf-url
297        'nature-pdf-url
298        'wiley-pdf-url
299        'springer-pdf-url
300        'acs-pdf-url
301        'iop-pdf-url
302        'jstor-pdf-url
303        'aip-pdf-url
304        'science-direct-pdf-url
305        'linkinghub-elsevier-pdf-url
306        'tandfonline-pdf-url
307        'ecs-pdf-url
308        'ecst-pdf-url
309        'rsc-pdf-url
310        'pnas-pdf-url))
311 #+END_SRC
312
313 ** Get the pdf url for a doi
314 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
315 (defun doi-utils-get-pdf-url (doi)
316   "returns a url to a pdf for the doi if one can be
317 calculated. Loops through the functions in `doi-utils-pdf-url-functions'
318 until one is found"
319   (doi-utils-get-redirect doi)
320
321   (unless *doi-utils-redirect*
322     (error "No redirect found for %s" doi))
323   (message "applying functions")
324   (catch 'pdf-url
325     (dolist (func doi-utils-pdf-url-functions)
326      (message "calling %s" func)
327       (let ((this-pdf-url (funcall func *doi-utils-redirect*)))
328 (message "t: %s" this-pdf-url)
329         (when this-pdf-url
330           (message "found pdf url: %s" this-pdf-url)
331           (throw 'pdf-url this-pdf-url))))))
332 #+END_SRC
333
334 #+RESULTS:
335 : doi-utils-get-pdf-url
336
337
338 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
339 (doi-utils-get-pdf-url "10.1126/science.1158722")
340 #+END_SRC
341
342 #+RESULTS:
343 : http://www.sciencemag.org/content/321/5890/792.full.pdf
344
345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
346 (doi-utils-get-pdf-url  "10.1021/nl500037x")
347 #+END_SRC
348
349 #+RESULTS:
350 : http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/nl500037x
351
352
353 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
354 (doi-utils-get-pdf-url  "10.1002/anie.201402680")
355 #+END_SRC
356
357 #+RESULTS:
358 : http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201402680/pdf
359
360 ** Finally, download the pdf
361 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
362 (defun doi-utils-get-bibtex-entry-pdf ()
363   "download pdf for entry at point if the pdf does not already
364 exist locally. The entry must have a doi. The pdf will be saved
365 to `org-ref-pdf-directory', by the name %s.pdf where %s is the
366 bibtex label. Files will not be overwritten. The pdf will be
367 checked to make sure it is a pdf, and not some html failure
368 page. you must have permission to access the pdf. We open the pdf
369 at the end."
370   (interactive)
371   (save-excursion
372     (bibtex-beginning-of-entry)
373     (let (;; get doi, removing http://dx.doi.org/ if it is there.
374           (doi (replace-regexp-in-string
375                 "http://dx.doi.org/" ""
376                 (bibtex-autokey-get-field "doi")))
377           (key)
378           (pdf-url)
379           (pdf-file)
380           (content))
381       ;; get the key and build pdf filename.
382       (re-search-forward bibtex-entry-maybe-empty-head)
383       (setq key (match-string bibtex-key-in-head))
384       (setq pdf-file (concat org-ref-pdf-directory key ".pdf"))
385
386       ;; now get file if needed.
387       (when (and doi (not (file-exists-p pdf-file)))
388         (setq pdf-url (doi-utils-get-pdf-url doi))
389         (if pdf-url
390             (progn
391               (url-copy-file pdf-url pdf-file)
392               ;; now check if we got a pdf
393               (with-temp-buffer
394                 (insert-file-contents pdf-file)
395                 ;; PDFS start with %PDF-1.x as the first few characters.
396                 (if (not (string= (buffer-substring 1 6) "%PDF-"))
397                     (progn
398                       (message "%s" (buffer-string))
399                       (delete-file pdf-file))
400                   (message "%s saved" pdf-file)))
401
402               (when (file-exists-p pdf-file)
403                 (org-open-file pdf-file)))
404           (message "No pdf-url found for %s at %s" doi *doi-utils-redirect* ))
405           pdf-file))))
406 #+END_SRC
407
408 * Getting bibtex entries from a DOI
409
410 I [[http://homepages.see.leeds.ac.uk/~eeaol/notes/2013/02/doi-metadata/][found]] you can download metadata about a DOI from http://dx.doi.org. You just have to construct the right http request to get it. Here is a function that gets the metadata as a plist in emacs.
411
412 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
413 (defun doi-utils-get-json-metadata (doi)
414   "Try to get json metadata for DOI. Open the DOI in a browser if we do not get it."
415   (let ((url-request-method "GET")
416         (url-mime-accept-string "application/citeproc+json")
417         (json-object-type 'plist)
418         (json-data))
419     (with-current-buffer
420         (url-retrieve-synchronously
421          (concat "http://dx.doi.org/" doi))
422       (setq json-data (buffer-substring url-http-end-of-headers (point-max)))
423       (if (string-match "Resource not found" json-data)
424           (progn
425             (browse-url (concat "http://dx.doi.org/" doi))
426             (error "Resource not found. Opening website."))
427         (json-read-from-string json-data)))))
428 #+END_SRC
429
430 #+RESULTS:
431 : doi-utils-get-json-metadata
432
433 For example:
434 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
435 (doi-utils-get-json-metadata "10.1103/PhysRevLett.99.016105")
436 #+END_SRC
437
438 #+RESULTS:
439 | :member | http://id.crossref.org/member/16 | :volume | 99 | :indexed | (:timestamp 1423435577602 :date-parts [[2015 2 8]]) | :publisher | American Physical Society (APS) | :source | CrossRef | :URL | http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.99.016105 | :ISSN | [0031-9007 1079-7114] | :DOI | 10.1103/physrevlett.99.016105 | :type | journal-article | :title | Scaling Properties of Adsorption Energies for Hydrogen-Containing Molecules on Transition-Metal Surfaces | :issue | 1 | :deposited | (:timestamp 1313712000000 :date-parts [[2011 8 19]]) | :reference-count | 26 | :container-title | Phys. Rev. Lett. | :author | [(:given F. :family Abild-Pedersen) (:given J. :family Greeley) (:given F. :family Studt) (:given J. :family Rossmeisl) (:given T. :family Munter) (:given P. :family Moses) (:given E. :family Skúlason) (:given T. :family Bligaard) (:given J. :family Nørskov)] | :prefix | http://id.crossref.org/prefix/10.1103 | :score | 1.0 | :issued | (:date-parts [[2007 7]]) | :subject | [Physics and Astronomy(all)] | :subtitle | [] |
440
441 or for a book:
442 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
443 (doi-utils-get-json-metadata "10.1007/978-1-4612-4968-9")
444 #+END_SRC
445
446 #+RESULTS:
447 | :member | nil | :indexed | (:timestamp 1423773021494 :date-parts [[2015 2 12]]) | :publisher | Springer New York | :source | CrossRef | :URL | http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4612-4968-9 | :ISBN | [http://id.crossref.org/isbn/978-0-387-96347-1 http://id.crossref.org/isbn/978-1-4612-4968-9] | :ISSN | [0172-6056] | :DOI | 10.1007/978-1-4612-4968-9 | :type | book | :title | Constructive Combinatorics | :deposited | (:timestamp 1378684800000 :date-parts [[2013 9 9]]) | :reference-count | 0 | :container-title | Undergraduate Texts in Mathematics | :author | [(:given Dennis :family Stanton) (:given Dennis :family White)] | :prefix | none | :score | 1.0 | :issued | (:date-parts [[1986]]) | :subtitle | [] |
448
449 We can use that data to construct a bibtex entry. We do that by defining a template, and filling it in. I wrote this template expansion code which makes it easy to substitute values like %{} in emacs lisp.
450
451 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
452 (defun doi-utils-expand-template (s)
453   "expand a template containing %{} with the eval of its contents"
454   (replace-regexp-in-string "%{\\([^}]+\\)}"
455                             (lambda (arg)
456                               (let ((sexp (substring arg 2 -1)))
457                                 (format "%s" (eval (read sexp))))) s))
458 #+END_SRC
459
460 Now we define a function that fills in that template from the metadata.
461
462 As different bibtex types share common keys, it is advantageous to separate data extraction from json, and the formatting of the bibtex entry.
463
464 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :notangle doi-utils.el
465 (defmacro defpar (name &optional value)
466   `(progn (defvar ,name)
467           (setf ,name ,value)))
468
469 (defpar doi-utils-json-metadata-extract
470     '((type       (plist-get results :type))
471       (author     (mapconcat (lambda (x) (concat (plist-get x :given) " " (plist-get x :family)))
472                    (plist-get results :author) " and "))
473       (title      (plist-get results :title))
474       (subtitle   (plist-get results :subtitle))
475       (journal    (plist-get results :container-title))
476       (series     (plist-get results :container-title))
477       (publisher  (plist-get results :publisher))
478       (volume     (plist-get results :volume))
479       (issue      (plist-get results :issue))
480       (number     (plist-get results :issue))
481       (year       (elt (elt (plist-get (plist-get results :issued) :date-parts) 0) 0))
482       (month      (elt (elt (plist-get (plist-get results :issued) :date-parts) 0) 1))
483       (pages      (plist-get results :page))
484       (doi        (plist-get results :DOI))
485       (url        (plist-get results :URL))
486       (booktitle  (plist-get results :container-title))))
487 #+END_SRC
488
489 Next, we need to define the different bibtex types. Each type has a bibtex type (for output) and the type as provided in the doi record. Finally, we have to declare the fields we want to output.
490
491 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el :results none
492 (defpar doi-utils-bibtex-type-generators nil)
493
494 (defun concat-prepare (lst &optional acc)
495   "Given a list `lst' of strings and other expressions, which are
496 intented to passed to `concat', concat any subsequent strings,
497 minimising the number of arguments being passed to `concat'
498 without changing the results."
499   (cond ((null lst) (nreverse acc))
500         ((and (stringp (car lst))
501               (stringp (car acc)))
502          (concat-prepare (cdr lst) (cons (concat (car acc) (car lst))
503                                          (cdr acc))))
504         (t (concat-prepare (cdr lst) (cons (car lst) acc)))))
505
506
507 (defmacro doi-utils-def-bibtex-type (name matching-types &rest fields)
508   "Define a BibTeX type identified by (symbol) `name' with
509 `fields' (given as symbols), matching to retrieval expressions in
510 `doi-utils-json-metadata-extract'. This type will only be used
511 when the `:type' parameter in the JSON metadata is contained in
512 `matching-types' - a list of strings."
513   `(push (lambda (type results)
514            (when (or ,@(mapcar (lambda (match-type) `(string= type ,match-type)) matching-types))
515              (let ,(mapcar (lambda (field)
516                              (let ((field-expr (assoc field doi-utils-json-metadata-extract)))
517                                (if field-expr
518                                    ;; need to convert to string first
519                                    `(,(car field-expr) (format "%s" ,(cadr field-expr)))
520                                    (error "unknown bibtex field type %s" field))))
521                            fields)
522                (concat
523                 ,@(concat-prepare
524                    (-flatten
525                     (list (concat "@" (symbol-name name) "{,\n")
526                           ;; there seems to be some bug with mapcan,
527                           ;; so we fall back to flatten
528                           (mapcar (lambda (field)
529                                     `("  " ,(symbol-name field) " = {" ,field "},\n"))
530                                   fields)
531                           "}\n")))))))
532          doi-utils-bibtex-type-generators))
533
534 (doi-utils-def-bibtex-type article ("journal-article" "article-journal")
535                            author title journal year volume number pages doi url)
536
537 (doi-utils-def-bibtex-type inproceedings ("proceedings-article")
538                            author title booktitle year month pages doi url)
539
540 (doi-utils-def-bibtex-type book ("book")
541                            author title series publisher year pages doi url)
542 #+END_SRC
543
544 With the code generating the bibtex entry in place, we can glue it to the json retrieval code.
545 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :notangle doi-utils.el
546 (defun doi-utils-doi-to-bibtex-string (doi)
547   "return a bibtex entry as a string for the doi. Only articles are currently supported"
548   (let* ((results (doi-utils-get-json-metadata doi))
549          (type (plist-get results :type)))
550     (format "%s" results) ; json-data
551     (or (some (lambda (g) (funcall g type results)) doi-utils-bibtex-type-generators)
552         (message-box "%s not supported yet." type))))
553 #+END_SRC
554
555 #+RESULTS:
556 : doi-utils-doi-to-bibtex-string
557
558 To see that in action:
559 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
560 (doi-utils-doi-to-bibtex-string "10.1103/PhysRevLett.99.016105")
561 #+END_SRC
562
563 #+RESULTS:
564 #+begin_example
565 @article{,
566   author = {F. Abild-Pedersen and J. Greeley and F. Studt and J. Rossmeisl and T. Munter and P. Moses and E. Skúlason and T. Bligaard and J. Nørskov},
567   title = {Scaling Properties of Adsorption Energies for Hydrogen-Containing Molecules on Transition-Metal Surfaces},
568   journal = {Phys. Rev. Lett.},
569   year = {2007},
570   volume = {99},
571   number = {1},
572   pages = {nil},
573   doi = {10.1103/physrevlett.99.016105},
574   url = {http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.99.016105},
575 }
576 #+end_example
577
578 and for a book:
579
580 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
581 (doi-utils-doi-to-bibtex-string "10.1007/978-1-4612-4968-9")
582 #+END_SRC
583
584 #+RESULTS:
585 #+begin_example
586 @book{,
587   author = {Dennis Stanton and Dennis White},
588   title = {Constructive Combinatorics},
589   series = {Undergraduate Texts in Mathematics},
590   publisher = {Springer New York},
591   year = {1986},
592   pages = {nil},
593   doi = {10.1007/978-1-4612-4968-9},
594   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4612-4968-9},
595 }
596 #+end_example
597
598 That is just the string for the entry. To be useful, we need a function that inserts the string into a buffer. This function will insert the string at the cursor, clean the entry, try to get the pdf, and create a notes entry for you.
599
600 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
601 (defun doi-utils-insert-bibtex-entry-from-doi (doi)
602   "insert bibtex entry from a doi. Also cleans entry using
603 org-ref, and tries to download the corresponding pdf."
604   (interactive "sDOI :")
605   (insert (doi-utils-doi-to-bibtex-string doi))
606   (backward-char)
607   (if (bibtex-key-in-head nil)
608        (org-ref-clean-bibtex-entry t)
609      (org-ref-clean-bibtex-entry))
610    ;; try to get pdf
611    (doi-utils-get-bibtex-entry-pdf)
612    (save-selected-window
613      (org-ref-open-bibtex-notes)))
614 #+END_SRC
615
616 It may be you are in some other place when you want to add a bibtex entry. This next function will open the first entry in org-ref-default-bibliography go to the end, and add the entry. You can sort it later.
617
618 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
619 (defun doi-utils-add-bibtex-entry-from-doi (doi bibfile)
620   "Add entry to end of a file in in the current directory ending
621 with .bib or in `org-ref-default-bibliography'. If you have an
622 active region that starts like a DOI, that will be the initial
623 prompt. If no region is selected and the first entry of the
624 kill-ring starts like a DOI, then that is the intial
625 prompt. Otherwise, you have to type or pste in a DOI."
626   (interactive
627    (list (read-input "DOI: "
628                      ;; now set initial input
629                      (cond
630                       ;; If region is active and it starts like a doi we want it.
631                       ((and  (region-active-p)
632                              (s-match "^10" (buffer-substring
633                                               (region-beginning)
634                                               (region-end))))
635                        (buffer-substring (region-beginning) (region-end)))
636                       ;; if the first entry in the kill-ring looks
637                       ;; like a DOI, let's use it.
638                       ((if (s-match "^10" (car kill-ring))
639                            (car kill-ring)))
640                       ;; otherwise, we have no initial input. You
641                       ;; will have to type it in.
642                       (t
643                        nil)))
644          ;;  now get the bibfile to add it to
645          (ido-completing-read
646           "Bibfile: "
647           (append (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))
648                   org-ref-default-bibliography))))
649   ;; Wrap in save-window-excursion to restore your window arrangement after this
650   ;; is done.
651   (save-window-excursion
652     (find-file bibfile)
653     ;; Check if the doi already exists
654     (goto-char (point-min))
655     (if (search-forward doi nil t)
656         (message "%s is already in this file" doi)
657       (end-of-buffer)
658       (insert "\n\n")
659       (doi-utils-insert-bibtex-entry-from-doi doi)
660       (save-buffer))))
661 #+END_SRC
662
663
664 * Updating bibtex entries
665 I wrote this code because it is pretty common for me to copy bibtex entries from ASAP articles that are incomplete, e.g. no page numbers because it is not in print yet. I wanted a convenient way to update an entry from its DOI. Basically, we get the metadata, and update the fields in the entry.
666
667 There is not bibtex set field function, so I wrote this one.
668
669 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
670 (defun bibtex-set-field (field value &optional nodelim)
671   "set field to value in bibtex file. create field if it does not exist"
672   (interactive "sfield: \nsvalue: ")
673   (bibtex-beginning-of-entry)
674   (let ((found))
675     (if (setq found (bibtex-search-forward-field field t))
676         ;; we found a field
677         (progn
678           (goto-char (car (cdr found)))
679           (when value
680             (bibtex-kill-field)
681             (bibtex-make-field field nil nil nodelim)
682             (backward-char)
683             (insert value)))
684       ;; make a new field
685       (message "new field being made")
686       (bibtex-beginning-of-entry)
687       (forward-line) (beginning-of-line)
688       (bibtex-next-field nil)
689       (forward-char)
690       (bibtex-make-field field nil nil nodelim)
691       (backward-char)
692       (insert value))))
693 #+END_SRC
694
695 The updating function looks like this. We get all the keys from the json plist metadata, and update the fields if they exist.
696
697 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
698 (defun plist-get-keys (plist)
699    "return keys in a plist"
700   (loop
701    for key in results by #'cddr collect key))
702
703 (defun doi-utils-update-bibtex-entry-from-doi (doi)
704   "update fields in a bibtex entry from the doi. Every field will be updated, so previous changes will be lost."
705   (interactive (list
706                 (or (replace-regexp-in-string "http://dx.doi.org/" "" (bibtex-autokey-get-field "doi"))
707                     (read-string "DOI: "))))
708   (let* ((results (doi-utils-get-json-metadata doi))
709          (type (plist-get results :type))
710          (author (mapconcat
711                   (lambda (x) (concat (plist-get x :given)
712                                     " " (plist-get x :family)))
713                   (plist-get results :author) " and "))
714          (title (plist-get results :title))
715          (journal (plist-get results :container-title))
716          (year (format "%s"
717                        (elt
718                         (elt
719                          (plist-get
720                           (plist-get results :issued) :date-parts) 0) 0)))
721         (volume (plist-get results :volume))
722         (number (or (plist-get results :issue) ""))
723         (pages (or (plist-get results :page) ""))
724         (url (or (plist-get results :URL) ""))
725         (doi (plist-get results :DOI)))
726
727     ;; map the json fields to bibtex fields. The code each field is mapped to is evaluated.
728     (setq mapping '((:author . (bibtex-set-field "author" author))
729                     (:title . (bibtex-set-field "title" title))
730                     (:container-title . (bibtex-set-field "journal" journal))
731                     (:issued . (bibtex-set-field "year" year))
732                     (:volume . (bibtex-set-field "volume" volume))
733                     (:issue . (bibtex-set-field "number" number))
734                     (:page . (bibtex-set-field "pages" pages))
735                     (:DOI . (bibtex-set-field "doi" doi))
736                     (:URL . (bibtex-set-field "url" url))))
737
738     ;; now we have code to run for each entry. we map over them and evaluate the code
739     (mapcar
740      (lambda (key)
741        (eval (cdr (assoc key mapping))))
742      (plist-get-keys results)))
743
744   ; reclean entry, but keep key if it exists.
745   (if (bibtex-key-in-head)
746       (org-ref-clean-bibtex-entry t)
747     (org-ref-clean-bibtex-entry)))
748 #+END_SRC
749 * DOI functions for WOS
750 I came across this API http://wokinfo.com/media/pdf/OpenURL-guide.pdf to make links to the things I am interested in here. Based on that document, here are three links based on a doi:10.1021/jp047349j that take you to different Web Of Science (WOS) pages.
751
752
753 1. go to article in WOS: http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info:doi/10.1021/jp047349j
754 2. citing articles: http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info%3Adoi%2F10.1021/jp047349j&svc_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Asch_svc&svc.citing=yes
755 3. related articles: http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info%3Adoi%2F10.1021/jp047349j&svc_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Asch_svc&svc.related=yes
756
757 These are pretty easy to construct, so we can write functions that will create them and open the url in our browser. There are some other options that could be considered, but since we usually have a doi, it seems like the best way to go for creating the links. Here are the functions.
758
759 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
760 (defun doi-utils-wos (doi)
761   "Open Web of Science entry for DOI"
762   (interactive "sDOI: ")
763   (browse-url
764    (format
765     "http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info:doi/%s" doi)))
766
767 (defun doi-utils-wos-citing (doi)
768   "Open Web of Science citing articles entry. May be empty if none are found"
769   (interactive "sDOI: ")
770   (browse-url
771    (concat
772     "http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info%3Adoi%2F"
773     doi
774     "&svc_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Asch_svc&svc.citing=yes")))
775
776 (defun doi-utils-wos-related (doi)
777   "Open Web of Science related articles page."
778   (interactive "sDOI: ")
779   (browse-url
780    (concat "http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info%3Adoi%2F"
781            doi
782            "&svc_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Asch_svc&svc.related=yes")))
783
784 #+END_SRC
785
786 * A new doi link for org-mode
787 The idea is to add a menu to the doi link, so rather than just clicking to open the article, you can do other things.
788 1. open doi
789 2. open in wos
790 3. open citing articles
791 4. open related articles
792 5. open bibtex entry
793 6. get bibtex entry
794
795 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el :results silent
796 (defun doi-utils-open (doi)
797  (interactive "sDOI: ")
798  (browse-url (concat "http://dx.doi.org/" doi)))
799
800
801 (defun doi-utils-open-bibtex (doi)
802   "Search through `reftex-default-bibliography' for DOI."
803   (interactive "sDOI: ")
804   (catch 'file
805     (dolist (f reftex-default-bibliography)
806       (find-file f)
807       (when (search-forward doi (point-max) t)
808         (bibtex-beginning-of-entry)
809         (throw 'file t)))))
810
811
812 (defun doi-utils-crossref (doi)
813   "Search DOI in CrossRef."
814   (interactive "sDOI: ")
815   (browse-url
816    (format
817     "http://search.crossref.org/?q=%s" doi)))
818
819
820 (defun doi-utils-google-scholar (doi)
821   "Google scholar the word at point or selection."
822   (interactive "sDOI: ")
823   (browse-url
824    (format
825     "http://scholar.google.com/scholar?q=%s" doi)))
826
827
828 (defun doi-utils-pubmed (doi)
829   "Pubmed the word at point or selection."
830   (interactive "sDOI: ")
831   (browse-url
832    (format
833     "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=%s"
834     (url-hexify-string doi))))
835
836
837 (defvar doi-link-menu-funcs '()
838  "Functions to run in doi menu. Each entry is a list of (key menu-name function).
839 The function must take one argument, the doi.")
840
841 (setq doi-link-menu-funcs
842       '(("o" "pen" doi-utils-open)
843         ("w" "os" doi-utils-wos)
844         ("c" "iting articles" doi-utils-wos-citing)
845         ("r" "elated articles" doi-utils-wos-related)
846         ("s" "Google Scholar" doi-utils-google-scholar)
847         ("f" "CrossRef" doi-utils-crossref)
848         ("p" "ubmed" doi-utils-pubmed)
849         ("b" "open in bibtex" doi-utils-open-bibtex)
850         ("g" "et bibtex entry" doi-utils-add-bibtex-entry-from-doi)))
851
852
853 (defun doi-link-menu (link-string)
854    "Generate the link menu message, get choice and execute it.
855 Options are stored in `doi-link-menu-funcs'."
856    (interactive)
857    (message
858    (concat
859     (mapconcat
860      (lambda (tup)
861        (concat "[" (elt tup 0) "]"
862                (elt tup 1) " "))
863      doi-link-menu-funcs "") ": "))
864    (let* ((input (read-char-exclusive))
865           (choice (assoc
866                    (char-to-string input) doi-link-menu-funcs)))
867      (when choice
868        (funcall
869         (elt
870          choice
871          2)
872         link-string))))
873
874 (org-add-link-type
875  "doi"
876  'doi-link-menu)
877 #+END_SRC
878
879 doi:10.1021/jp047349j
880
881
882 * Getting a doi for a bibtex entry missing one
883 Some bibtex entries do not have a DOI, maybe because they were entered by hand, or copied from a source that did not have it available. Here we develop some functions to help you find the DOI using Crossref.
884
885 Here is our example bibtex entry.
886 #+BEGIN_SRC bibtex
887 @article{deml-2014-oxide,
888   author =       {Ann M. Deml and Vladan Stevanovi{\'c} and
889                   Christopher L. Muhich and Charles B. Musgrave and
890                   Ryan O'Hayre},
891   title =        {Oxide Enthalpy of Formation and Band Gap Energy As
892                   Accurate Descriptors of Oxygen Vacancy Formation
893                   Energetics},
894   journal =      {Energy Environ. Sci.},
895   volume =       7,
896   number =       6,
897   pages =        1996,
898   year =         2014,
899   doi =          {10.1039/c3ee43874k,
900   url =          {http://dx.doi.org/10.1039/c3ee43874k}},
901
902 }
903
904
905 #+END_SRC
906
907 The idea is to query Crossref in a way that is likely to give us a hit relevant to the entry.
908
909 According to http://search.crossref.org/help/api we can send a query with a free form citation that may give us something back. We do this to get a list of candidates, and run a helm command to get the doi.
910
911
912 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
913 (defun doi-utils-crossref-citation-query ()
914   "Query Crossref with the title of the bibtex entry at point to
915 get a list of possible matches. This opens a helm buffer to
916 select an entry. The default action inserts a doi and url field
917 in the bibtex entry at point. The second action opens the doi
918 url. If there is already a doi field, the function raises an
919 error."
920   (interactive)
921   (bibtex-beginning-of-entry)
922   (let* ((entry (bibtex-parse-entry))
923          (json-string)
924          (json-data)
925          (doi))
926     (unless (string= ""(reftex-get-bib-field "doi" entry))
927       (error "Entry already has a doi field"))
928
929     (with-current-buffer
930         (url-retrieve-synchronously
931          (concat
932           "http://search.crossref.org/dois?q="
933           (url-hexify-string (org-ref-bib-citation))))
934       (setq json-string (buffer-substring url-http-end-of-headers (point-max)))
935       (setq json-data (json-read-from-string json-string)))
936
937     (let* ((name (format "Crossref hits for %s" (org-ref-bib-citation)))
938            (helm-candidates (mapcar (lambda (x)
939                                       (cons
940                                        (concat
941                                         (cdr (assoc 'fullCitation x))
942                                         " "
943                                         (cdr (assoc 'doi x)))
944                                        (cdr (assoc 'doi x))))
945                                       json-data))
946            (source `((name . ,name)
947                      (candidates . ,helm-candidates)
948                      ;; just return the candidate
949                      (action . (("Insert doi and url field" . (lambda (doi)
950                                                                 (bibtex-make-field "doi")
951                                                                 (backward-char)
952                                                                 ;; crossref returns doi url, but I prefer only a doi for the doi field
953                                                                 (insert (replace-regexp-in-string "^http://dx.doi.org/" "" doi))
954                                                                 (when (string= ""(reftex-get-bib-field "url" entry))
955                                                                   (bibtex-make-field "url")
956                                                                   (backward-char)
957                                                                   (insert doi))))
958                                 ("Open url" . (lambda (doi)
959                                                 (browse-url doi))))))))
960       (helm :sources '(source)))))
961 #+END_SRC
962
963 #+RESULTS:
964 : doi-utils-crossref-citation-query
965
966
967
968 * Adding a bibtex entry from a crossref query
969 The idea here is to perform a query on Crossref, get a helm buffer of candidates, and select the entry(ies) you want to add to your bibtex file. You can select a region, e.g. a free form citation, or set of words, or you can type the query in by hand.
970
971 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
972 (defun doi-utils-add-entry-from-crossref-query (query bibtex-file)
973   (interactive (list
974                 (read-input
975                  "Query: "
976                  ;; now set initial input
977                  (cond
978                   ;; If region is active assume we want it
979                   ((region-active-p)
980                    (replace-regexp-in-string
981                     "\n" " "
982                     (buffer-substring (region-beginning) (region-end))))
983                   ;; type or paste it in
984                   (t
985                    nil)))
986                 (ido-completing-read
987                  "Bibfile: "
988                  (append (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))
989                          org-ref-default-bibliography))))
990   (let* ((json-string)
991          (json-data)
992          (doi))
993
994     (with-current-buffer
995         (url-retrieve-synchronously
996          (concat
997           "http://search.crossref.org/dois?q="
998           (url-hexify-string query)))
999       (setq json-string (buffer-substring url-http-end-of-headers (point-max)))
1000       (setq json-data (json-read-from-string json-string)))
1001
1002     (let* ((name (format "Crossref hits for %s"
1003                          ;; remove carriage returns. they cause problems in helm.
1004                          (replace-regexp-in-string "\n" " " query)))
1005            (helm-candidates (mapcar (lambda (x)
1006                                       (cons
1007                                        (concat
1008                                         (cdr (assoc 'fullCitation x))
1009                                         " "
1010                                         (cdr (assoc 'doi x)))
1011                                        (cdr (assoc 'doi x))))
1012                                       json-data))
1013            (source `((name . ,name)
1014                      (candidates . ,helm-candidates)
1015                      ;; just return the candidate
1016                      (action . (("Insert bibtex entry" . (lambda (doi)
1017                                                            (doi-utils-add-bibtex-entry-from-doi
1018                                                             (replace-regexp-in-string "^http://dx.doi.org/" "" doi) ,bibtex-file)))
1019                                 ("Open url" . (lambda (doi)
1020                                                 (browse-url doi))))))))
1021       (helm :sources '(source)))))
1022 #+END_SRC
1023
1024 ** json
1025
1026 #+name: json
1027 #+BEGIN_EXAMPLE
1028 [
1029   {
1030     "doi": "http://dx.doi.org/10.1039/c3ee43874k",
1031     "score": 4.7002907,
1032     "normalizedScore": 100,
1033     "title": "Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics",
1034     "fullCitation": "Ann M. Deml, Vladan Stevanović, Christopher L. Muhich, Charles B. Musgrave, Ryan O'Hayre, 2014, 'Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics', <i>Energy &amp; Environmental Science</i>, vol. 7, no. 6, p. 1996",
1035     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3ee43874k&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxide+enthalpy+of+formation+and+band+gap+energy+as+accurate+descriptors+of+oxygen+vacancy+formation+energetics&amp;rft.jtitle=Energy+%26+Environmental+Science&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=7&amp;rft.issue=6&amp;rft.spage=1996&amp;rft.aufirst=Ann+M.&amp;rft.aulast=Deml&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Ann+M.+Deml&amp;rft.au=+Vladan+Stevanovi%C4%87&amp;rft.au=+Christopher+L.+Muhich&amp;rft.au=+Charles+B.+Musgrave&amp;rft.au=+Ryan+O%27Hayre",
1036     "year": "2014"
1037   },
1038   {
1039     "doi": "http://dx.doi.org/10.1103/physrevb.86.085123",
1040     "score": 1.129964,
1041     "normalizedScore": 24,
1042     "title": "Composition-dependent oxygen vacancy formation in multicomponent wide-band-gap oxides",
1043     "fullCitation": "Altynbek Murat, Julia E. Medvedeva, 2012, 'Composition-dependent oxygen vacancy formation in multicomponent wide-band-gap oxides', <i>Physical Review B</i>, vol. 86, no. 8",
1044     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1103%2Fphysrevb.86.085123&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Composition-dependent+oxygen+vacancy+formation+in+multicomponent+wide-band-gap+oxides&amp;rft.jtitle=Physical+Review+B&amp;rft.date=2012&amp;rft.volume=86&amp;rft.issue=8&amp;rft.aufirst=Altynbek&amp;rft.aulast=Murat&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Altynbek+Murat&amp;rft.au=+Julia+E.+Medvedeva",
1045     "year": "2012"
1046   },
1047   {
1048     "doi": "http://dx.doi.org/10.1021/cm5033755",
1049     "score": 0.94063884,
1050     "normalizedScore": 20,
1051     "title": " Tunable Oxygen Vacancy Formation Energetics in the Complex Perovskite Oxide Sr  x  La  1– x  Mn  y  Al  1– y  O 3 ",
1052     "fullCitation": "Ann M. Deml, Vladan Stevanović, Aaron M. Holder, Michael Sanders, Ryan O’Hayre, Charles B. Musgrave, 2014, ' Tunable Oxygen Vacancy Formation Energetics in the Complex Perovskite Oxide Sr  x  La  1– x  Mn  y  Al  1– y  O 3 ', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 26, no. 22, pp. 6595-6602",
1053     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1021%2Fcm5033755&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=+Tunable+Oxygen+Vacancy+Formation+Energetics+in+the+Complex+Perovskite+Oxide+Sr++x++La++1%E2%80%93+x++Mn++y++Al++1%E2%80%93+y++O+3+&amp;rft.jtitle=Chemistry+of+Materials&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=26&amp;rft.issue=22&amp;rft.spage=6595&amp;rft.epage=6602&amp;rft.aufirst=Ann+M.&amp;rft.aulast=Deml&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Ann+M.+Deml&amp;rft.au=+Vladan+Stevanovi%C4%87&amp;rft.au=+Aaron+M.+Holder&amp;rft.au=+Michael+Sanders&amp;rft.au=+Ryan+O%E2%80%99Hayre&amp;rft.au=+Charles+B.+Musgrave",
1054     "year": "2014"
1055   },
1056   {
1057     "doi": "http://dx.doi.org/10.1103/physrevb.37.5905",
1058     "score": 0.8346345,
1059     "normalizedScore": 17,
1060     "title": "Oxygen-vacancy-formation enthalpy in YBa_{2}(Cu_{0.985}Fe_{0.015})_{3}O_{7-δ} oxide superconductor",
1061     "fullCitation": "Chuck Blue, Khaled Elgaid, Ivan Zitkovsky, P. Boolchand, Darl McDaniel, W. Joiner, Jean Oostens, Warren Huff, 1988, 'Oxygen-vacancy-formation enthalpy in YBa_{2}(Cu_{0.985}Fe_{0.015})_{3}O_{7-δ} oxide superconductor', <i>Physical Review B</i>, vol. 37, no. 10, pp. 5905-5908",
1062     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1103%2Fphysrevb.37.5905&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxygen-vacancy-formation+enthalpy+in+YBa_%7B2%7D%28Cu_%7B0.985%7DFe_%7B0.015%7D%29_%7B3%7DO_%7B7-%CE%B4%7D+oxide+superconductor&amp;rft.jtitle=Physical+Review+B&amp;rft.date=1988&amp;rft.volume=37&amp;rft.issue=10&amp;rft.spage=5905&amp;rft.epage=5908&amp;rft.aufirst=Chuck&amp;rft.aulast=Blue&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Chuck+Blue&amp;rft.au=+Khaled+Elgaid&amp;rft.au=+Ivan+Zitkovsky&amp;rft.au=+P.+Boolchand&amp;rft.au=+Darl+McDaniel&amp;rft.au=+W.+Joiner&amp;rft.au=+Jean+Oostens&amp;rft.au=+Warren+Huff",
1063     "year": "1988"
1064   },
1065   {
1066     "doi": "http://dx.doi.org/10.1063/1.1732384",
1067     "score": 0.7613335,
1068     "normalizedScore": 16,
1069     "title": "Enthalpy of Formation of Oxygen Vacancies in Barium Oxide",
1070     "fullCitation": "H. Holloway, 1962, 'Enthalpy of Formation of Oxygen Vacancies in Barium Oxide', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 36, no. 11, p. 2820",
1071     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.1732384&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Enthalpy+of+Formation+of+Oxygen+Vacancies+in+Barium+Oxide&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=1962&amp;rft.volume=36&amp;rft.issue=11&amp;rft.spage=2820&amp;rft.aufirst=H.&amp;rft.aulast=Holloway&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=H.+Holloway",
1072     "year": "1962"
1073   },
1074   {
1075     "doi": "http://dx.doi.org/10.1002/crat.2170221219",
1076     "score": 0.73206276,
1077     "normalizedScore": 15,
1078     "title": "Vacancy formation enthalpy in AgZn alloys",
1079     "fullCitation": "St. Chabik, 1987, 'Vacancy formation enthalpy in AgZn alloys', <i>Crystal Research and Technology</i>, vol. 22, no. 12, pp. 1523-1527",
1080     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1002%2Fcrat.2170221219&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Vacancy+formation+enthalpy+in+AgZn+alloys&amp;rft.jtitle=Crystal+Research+and+Technology&amp;rft.date=1987&amp;rft.volume=22&amp;rft.issue=12&amp;rft.spage=1523&amp;rft.epage=1527&amp;rft.aufirst=St.&amp;rft.aulast=Chabik&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=St.+Chabik",
1081     "year": "1987"
1082   },
1083   {
1084     "doi": "http://dx.doi.org/10.1007/s10562-013-0985-7",
1085     "score": 0.692246,
1086     "normalizedScore": 14,
1087     "title": "Methane Oxidation by Lanthanum Oxide Doped with Cu, Zn, Mg, Fe, Nb, Ti, Zr, or Ta: The Connection Between the Activation Energy and the Energy of Oxygen-Vacancy Formation",
1088     "fullCitation": "Alan R. Derk, Bo Li, Sudhanshu Sharma, George M. Moore, Eric W. McFarland, Horia Metiu, 2013, 'Methane Oxidation by Lanthanum Oxide Doped with Cu, Zn, Mg, Fe, Nb, Ti, Zr, or Ta: The Connection Between the Activation Energy and the Energy of Oxygen-Vacancy Formation', <i>Catalysis Letters</i>, vol. 143, no. 5, pp. 406-410",
1089     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1007%2Fs10562-013-0985-7&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Methane+Oxidation+by+Lanthanum+Oxide+Doped+with+Cu%2C+Zn%2C+Mg%2C+Fe%2C+Nb%2C+Ti%2C+Zr%2C+or+Ta%3A+The+Connection+Between+the+Activation+Energy+and+the+Energy+of+Oxygen-Vacancy+Formation&amp;rft.jtitle=Catalysis+Letters&amp;rft.date=2013&amp;rft.volume=143&amp;rft.issue=5&amp;rft.spage=406&amp;rft.epage=410&amp;rft.aufirst=Alan+R.&amp;rft.aulast=Derk&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Alan+R.+Derk&amp;rft.au=+Bo+Li&amp;rft.au=+Sudhanshu+Sharma&amp;rft.au=+George+M.+Moore&amp;rft.au=+Eric+W.+McFarland&amp;rft.au=+Horia+Metiu",
1090     "year": "2013"
1091   },
1092   {
1093     "doi": "http://dx.doi.org/10.1039/c3cp55214d",
1094     "score": 0.6675249,
1095     "normalizedScore": 14,
1096     "title": "Oxygen vacancy formation and annihilation in lanthanum cerium oxide as a metal reactive oxide on 4H-silicon carbide",
1097     "fullCitation": "Way Foong Lim, Kuan Yew Cheong, 2014, 'Oxygen vacancy formation and annihilation in lanthanum cerium oxide as a metal reactive oxide on 4H-silicon carbide', <i>Physical Chemistry Chemical Physics</i>, vol. 16, no. 15, p. 7015",
1098     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3cp55214d&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxygen+vacancy+formation+and+annihilation+in+lanthanum+cerium+oxide+as+a+metal+reactive+oxide+on+4H-silicon+carbide&amp;rft.jtitle=Physical+Chemistry+Chemical+Physics&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=16&amp;rft.issue=15&amp;rft.spage=7015&amp;rft.aufirst=Way+Foong&amp;rft.aulast=Lim&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Way+Foong+Lim&amp;rft.au=+Kuan+Yew+Cheong",
1099     "year": "2014"
1100   },
1101   {
1102     "doi": "http://dx.doi.org/10.1021/cm052543j",
1103     "score": 0.6519111,
1104     "normalizedScore": 13,
1105     "title": "Energetics of Bulk and Nano-Akaganeite, β-FeOOH:  Enthalpy of Formation, Surface Enthalpy, and Enthalpy of Water Adsorption",
1106     "fullCitation": "Lena Mazeina, Suraj Deore, Alexandra Navrotsky, 2006, 'Energetics of Bulk and Nano-Akaganeite, β-FeOOH:  Enthalpy of Formation, Surface Enthalpy, and Enthalpy of Water Adsorption', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 18, no. 7, pp. 1830-1838",
1107     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1021%2Fcm052543j&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Energetics+of+Bulk+and+Nano-Akaganeite%2C+%CE%B2-FeOOH%3A%C2%A0+Enthalpy+of+Formation%2C+Surface+Enthalpy%2C+and+Enthalpy+of+Water+Adsorption&amp;rft.jtitle=Chemistry+of+Materials&amp;rft.date=2006&amp;rft.volume=18&amp;rft.issue=7&amp;rft.spage=1830&amp;rft.epage=1838&amp;rft.aufirst=Lena&amp;rft.aulast=Mazeina&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Lena+Mazeina&amp;rft.au=+Suraj+Deore&amp;rft.au=+Alexandra+Navrotsky",
1108     "year": "2006"
1109   },
1110   {
1111     "doi": "http://dx.doi.org/10.1063/1.1677897",
1112     "score": 0.6344446,
1113     "normalizedScore": 13,
1114     "title": "Thermochemical and Theoretical Investigations of the Sodium-Oxygen System. I. The Standard Enthalpy of Formation of Sodium Oxide (Na2O)",
1115     "fullCitation": "P. A. G. O'Hare, 1972, 'Thermochemical and Theoretical Investigations of the Sodium-Oxygen System. I. The Standard Enthalpy of Formation of Sodium Oxide (Na2O)', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 56, no. 9, p. 4513",
1116     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.1677897&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Thermochemical+and+Theoretical+Investigations+of+the+Sodium-Oxygen+System.+I.+The+Standard+Enthalpy+of+Formation+of+Sodium+Oxide+%28Na2O%29&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=1972&amp;rft.volume=56&amp;rft.issue=9&amp;rft.spage=4513&amp;rft.aufirst=P.+A.+G.&amp;rft.aulast=O%27Hare&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=P.+A.+G.+O%27Hare",
1117     "year": "1972"
1118   },
1119   {
1120     "doi": "http://dx.doi.org/10.1063/1.1679492",
1121     "score": 0.6344446,
1122     "normalizedScore": 13,
1123     "title": "Erratum: Thermochemical and theoretical investigations of the sodium-oxygen system. I. The standard enthalpy of formation of sodium oxide (Na2O)",
1124     "fullCitation": "P. A. G. O'Hare, 1973, 'Erratum: Thermochemical and theoretical investigations of the sodium-oxygen system. I. The standard enthalpy of formation of sodium oxide (Na2O)', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 58, no. 5, p. 2196",
1125     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.1679492&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Erratum%3A+Thermochemical+and+theoretical+investigations+of+the+sodium-oxygen+system.+I.+The+standard+enthalpy+of+formation+of+sodium+oxide+%28Na2O%29&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=1973&amp;rft.volume=58&amp;rft.issue=5&amp;rft.spage=2196&amp;rft.aufirst=P.+A.+G.&amp;rft.aulast=O%27Hare&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=P.+A.+G.+O%27Hare",
1126     "year": "1973"
1127   },
1128   {
1129     "doi": "http://dx.doi.org/10.1002/pssb.19680250249",
1130     "score": 0.62748235,
1131     "normalizedScore": 13,
1132     "title": "On enthalpy calculation of vacancy formation in inorganic substances",
1133     "fullCitation": "B. N. Oshcherin, 1968, 'On enthalpy calculation of vacancy formation in inorganic substances', <i>Physica Status Solidi (b)</i>, vol. 25, no. 2, pp. K123-K125",
1134     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1002%2Fpssb.19680250249&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=On+enthalpy+calculation+of+vacancy+formation+in+inorganic+substances&amp;rft.jtitle=Physica+Status+Solidi+%28b%29&amp;rft.date=1968&amp;rft.volume=25&amp;rft.issue=2&amp;rft.spage=K123&amp;rft.epage=K125&amp;rft.aufirst=B.+N.&amp;rft.aulast=Oshcherin&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=B.+N.+Oshcherin",
1135     "year": "1968"
1136   },
1137   {
1138     "doi": "http://dx.doi.org/10.1002/pssb.2221040224",
1139     "score": 0.62748235,
1140     "normalizedScore": 13,
1141     "title": "Vacancy Formation Enthalpy in Cadmium by Positron Lifetime Measurements",
1142     "fullCitation": "P. Mascher, L. Breitenhuber, W. Puff, 1981, 'Vacancy Formation Enthalpy in Cadmium by Positron Lifetime Measurements', <i>physica status solidi (b)</i>, vol. 104, no. 2, pp. 601-605",
1143     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1002%2Fpssb.2221040224&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Vacancy+Formation+Enthalpy+in+Cadmium+by+Positron+Lifetime+Measurements&amp;rft.jtitle=physica+status+solidi+%28b%29&amp;rft.date=1981&amp;rft.volume=104&amp;rft.issue=2&amp;rft.spage=601&amp;rft.epage=605&amp;rft.aufirst=P.&amp;rft.aulast=Mascher&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=P.+Mascher&amp;rft.au=+L.+Breitenhuber&amp;rft.au=+W.+Puff",
1144     "year": "1981"
1145   },
1146   {
1147     "doi": "http://dx.doi.org/10.1016/0375-9601(79)90707-2",
1148     "score": 0.62748235,
1149     "normalizedScore": 13,
1150     "title": "Vacancy formation enthalpy in γ cerium from positron annihilation",
1151     "fullCitation": "M. Boidron, R. Paulin, 1979, 'Vacancy formation enthalpy in γ cerium from positron annihilation', <i>Physics Letters A</i>, vol. 73, no. 3, pp. 200-202",
1152     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1016%2F0375-9601%2879%2990707-2&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Vacancy+formation+enthalpy+in+%CE%B3+cerium+from+positron+annihilation&amp;rft.jtitle=Physics+Letters+A&amp;rft.date=1979&amp;rft.volume=73&amp;rft.issue=3&amp;rft.spage=200&amp;rft.epage=202&amp;rft.aufirst=M.&amp;rft.aulast=Boidron&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=M.+Boidron&amp;rft.au=+R.+Paulin",
1153     "year": "1979"
1154   },
1155   {
1156     "doi": "http://dx.doi.org/10.1016/0036-9748(83)90449-0",
1157     "score": 0.62748235,
1158     "normalizedScore": 13,
1159     "title": "Estimation of the vacancy formation enthalpy of metals",
1160     "fullCitation": "Alcides R. Patete, Joachim P. Neumann, 1983, 'Estimation of the vacancy formation enthalpy of metals', <i>Scripta Metallurgica</i>, vol. 17, no. 8, pp. 1047-1048",
1161     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1016%2F0036-9748%2883%2990449-0&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Estimation+of+the+vacancy+formation+enthalpy+of+metals&amp;rft.jtitle=Scripta+Metallurgica&amp;rft.date=1983&amp;rft.volume=17&amp;rft.issue=8&amp;rft.spage=1047&amp;rft.epage=1048&amp;rft.aufirst=Alcides+R.&amp;rft.aulast=Patete&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Alcides+R.+Patete&amp;rft.au=+Joachim+P.+Neumann",
1162     "year": "1983"
1163   },
1164   {
1165     "doi": "http://dx.doi.org/10.1039/c3ja50034a",
1166     "score": 0.62469214,
1167     "normalizedScore": 13,
1168     "title": "Formation of an oxygen vacancy-dinitrogen complex in nitrogen-doped hafnium oxide",
1169     "fullCitation": "Mino Yang, Jee-Hwan Bae, Cheol-Woong Yang, Anass Benayad, Hionsuck Baik, 2013, 'Formation of an oxygen vacancy-dinitrogen complex in nitrogen-doped hafnium oxide', <i>Journal of Analytical Atomic Spectrometry</i>, vol. 28, no. 4, p. 482",
1170     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3ja50034a&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Formation+of+an+oxygen+vacancy-dinitrogen+complex+in+nitrogen-doped+hafnium+oxide&amp;rft.jtitle=Journal+of+Analytical+Atomic+Spectrometry&amp;rft.date=2013&amp;rft.volume=28&amp;rft.issue=4&amp;rft.spage=482&amp;rft.aufirst=Mino&amp;rft.aulast=Yang&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Mino+Yang&amp;rft.au=+Jee-Hwan+Bae&amp;rft.au=+Cheol-Woong+Yang&amp;rft.au=+Anass+Benayad&amp;rft.au=+Hionsuck+Baik",
1171     "year": "2013"
1172   },
1173   {
1174     "doi": "http://dx.doi.org/10.1016/0021-9517(81)90023-3",
1175     "score": 0.62469214,
1176     "normalizedScore": 13,
1177     "title": "SCF-SW-X$alpha; calculations of the removal of oxygen from oxide surfaces by vacancy formation and crystallographic shear mechanisms",
1178     "fullCitation": "E BROCAWIK, 1981, 'SCF-SW-X$alpha; calculations of the removal of oxygen from oxide surfaces by vacancy formation and crystallographic shear mechanisms', <i>Journal of Catalysis</i>, vol. 72, no. 2, pp. 379-382",
1179     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1016%2F0021-9517%2881%2990023-3&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=SCF-SW-X%24alpha%3B+calculations+of+the+removal+of+oxygen+from+oxide+surfaces+by+vacancy+formation+and+crystallographic+shear+mechanisms&amp;rft.jtitle=Journal+of+Catalysis&amp;rft.date=1981&amp;rft.volume=72&amp;rft.issue=2&amp;rft.spage=379&amp;rft.epage=382&amp;rft.aufirst=E&amp;rft.aulast=BROCAWIK&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=E+BROCAWIK",
1180     "year": "1981"
1181   },
1182   {
1183     "doi": "http://dx.doi.org/10.1063/1.2335842",
1184     "score": 0.62469214,
1185     "normalizedScore": 13,
1186     "title": "Bulk and surface oxygen vacancy formation and diffusion in single crystals, ultrathin films, and metal grown oxide structures",
1187     "fullCitation": "J. Carrasco, N. Lopez, F. Illas, H.-J. Freund, 2006, 'Bulk and surface oxygen vacancy formation and diffusion in single crystals, ultrathin films, and metal grown oxide structures', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 125, no. 7, p. 074711",
1188     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.2335842&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Bulk+and+surface+oxygen+vacancy+formation+and+diffusion+in+single+crystals%2C+ultrathin+films%2C+and+metal+grown+oxide+structures&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=2006&amp;rft.volume=125&amp;rft.issue=7&amp;rft.spage=074711&amp;rft.aufirst=J.&amp;rft.aulast=Carrasco&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=J.+Carrasco&amp;rft.au=+N.+Lopez&amp;rft.au=+F.+Illas&amp;rft.au=+H.-J.+Freund",
1189     "year": "2006"
1190   },
1191   {
1192     "doi": "http://dx.doi.org/10.1016/j.ijhydene.2011.12.079",
1193     "score": 0.6176822,
1194     "normalizedScore": 13,
1195     "title": "Oxygen vacancy formation on the Ni/Ce0.75Zr0.25O2(111) surface. A DFT+U study",
1196     "fullCitation": "Delfina García Pintos, Alfredo Juan, Beatriz Irigoyen, 2012, 'Oxygen vacancy formation on the Ni/Ce0.75Zr0.25O2(111) surface. A DFT+U study', <i>International Journal of Hydrogen Energy</i>, vol. 37, no. 19, pp. 14937-14944",
1197     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1016%2Fj.ijhydene.2011.12.079&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxygen+vacancy+formation+on+the+Ni%2FCe0.75Zr0.25O2%28111%29+surface.+A+DFT%2BU+study&amp;rft.jtitle=International+Journal+of+Hydrogen+Energy&amp;rft.date=2012&amp;rft.volume=37&amp;rft.issue=19&amp;rft.spage=14937&amp;rft.epage=14944&amp;rft.aufirst=Delfina&amp;rft.aulast=Garc%C3%ADa+Pintos&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Delfina+Garc%C3%ADa+Pintos&amp;rft.au=+Alfredo+Juan&amp;rft.au=+Beatriz+Irigoyen",
1198     "year": "2012"
1199   },
1200   {
1201     "doi": "http://dx.doi.org/10.1103/physrevb.90.144105",
1202     "score": 0.6172708,
1203     "normalizedScore": 13,
1204     "title": "Vacancy formation enthalpy of filled <span class=\"aps-inline-formula\"><math xmlns=\"http://www.w3.org/1998/Math/MathML\"><mi>d</mi></math></span>-band noble metals by hybrid functionals",
1205     "fullCitation": "Weiwei Xing, Peitao Liu, Xiyue Cheng, Haiyang Niu, Hui Ma, Dianzhong Li, Yiyi Li, Xing-Qiu Chen, 2014, 'Vacancy formation enthalpy of filled &lt;span class=&quot;aps-inline-formula&quot;&gt;&lt;math xmlns=&quot;http://www.w3.org/1998/Math/MathML&quot;&gt;&lt;mi&gt;d&lt;/mi&gt;&lt;/math&gt;&lt;/span&gt;-band noble metals by hybrid functionals', <i>Physical Review B</i>, vol. 90, no. 14",
1206     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1103%2Fphysrevb.90.144105&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Vacancy+formation+enthalpy+of+filled+%3Cspan+class%3D%22aps-inline-formula%22%3E%3Cmath+xmlns%3D%22http%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1998%2FMath%2FMathML%22%3E%3Cmi%3Ed%3C%2Fmi%3E%3C%2Fmath%3E%3C%2Fspan%3E-band+noble+metals+by+hybrid+functionals&amp;rft.jtitle=Physical+Review+B&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=90&amp;rft.issue=14&amp;rft.aufirst=Weiwei&amp;rft.aulast=Xing&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Weiwei+Xing&amp;rft.au=+Peitao+Liu&amp;rft.au=+Xiyue+Cheng&amp;rft.au=+Haiyang+Niu&amp;rft.au=+Hui+Ma&amp;rft.au=+Dianzhong+Li&amp;rft.au=+Yiyi+Li&amp;rft.au=+Xing-Qiu+Chen",
1207     "year": "2014"
1208   }
1209 ]
1210 #+END_EXAMPLE
1211
1212
1213 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :var data=json  :results value raw :tangle no
1214 (let ((json-object-type 'plist)
1215       (json (json-read-from-string data)))
1216 (aref json 0))
1217 #+END_SRC
1218
1219 #+RESULTS:
1220 ((year . 2014) (coins . ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3ee43874k&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxide+enthalpy+of+formation+and+band+gap+energy+as+accurate+descriptors+of+oxygen+vacancy+formation+energetics&amp;rft.jtitle=Energy+%26+Environmental+Science&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=7&amp;rft.issue=6&amp;rft.spage=1996&amp;rft.aufirst=Ann+M.&amp;rft.aulast=Deml&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Ann+M.+Deml&amp;rft.au=+Vladan+Stevanovi%C4%87&amp;rft.au=+Christopher+L.+Muhich&amp;rft.au=+Charles+B.+Musgrave&amp;rft.au=+Ryan+O%27Hayre) (fullCitation . Ann M. Deml, Vladan Stevanovi\304\207, Christopher L. Muhich, Charles B. Musgrave, Ryan O'Hayre, 2014, 'Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics', <i>Energy &amp; Environmental Science</i>, vol. 7, no. 6, p. 1996) (title . Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics) (normalizedScore . 100) (score . 4.7002907) (doi . http://dx.doi.org/10.1039/c3ee43874k))
1221
1222
1223
1224 Here is a list of helm candidates
1225 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :var data=json :results code :tangle no
1226 (let (;(json-object-type 'plist)
1227       (json (json-read-from-string data)))
1228   (mapcar (lambda (x) (cons (assoc 'fullCitation x) x)) json))
1229 #+END_SRC
1230
1231 #+RESULTS:
1232 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
1233
1234 (((fullCitation . "Ann M. Deml, Vladan Stevanovi\304\207, Christopher L. Muhich, Charles B. Musgrave, Ryan O'Hayre, 2014, 'Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics', <i>Energy &amp; Environmental Science</i>, vol. 7, no. 6, p. 1996")
1235   (year . "2014")
1236   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3ee43874k&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxide+enthalpy+of+formation+and+band+gap+energy+as+accurate+descriptors+of+oxygen+vacancy+formation+energetics&amp;rft.jtitle=Energy+%26+Environmental+Science&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=7&amp;rft.issue=6&amp;rft.spage=1996&amp;rft.aufirst=Ann+M.&amp;rft.aulast=Deml&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Ann+M.+Deml&amp;rft.au=+Vladan+Stevanovi%C4%87&amp;rft.au=+Christopher+L.+Muhich&amp;rft.au=+Charles+B.+Musgrave&amp;rft.au=+Ryan+O%27Hayre")
1237   (fullCitation . "Ann M. Deml, Vladan Stevanovi\304\207, Christopher L. Muhich, Charles B. Musgrave, Ryan O'Hayre, 2014, 'Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics', <i>Energy &amp; Environmental Science</i>, vol. 7, no. 6, p. 1996")
1238   (title . "Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics")
1239   (normalizedScore . 100)
1240   (score . 4.7002907)
1241   (doi . "http://dx.doi.org/10.1039/c3ee43874k"))
1242  ((fullCitation . "Altynbek Murat, Julia E. Medvedeva, 2012, 'Composition-dependent oxygen vacancy formation in multicomponent wide-band-gap oxides', <i>Physical Review B</i>, vol. 86, no. 8")
1243   (year . "2012")
1244   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1103%2Fphysrevb.86.085123&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Composition-dependent+oxygen+vacancy+formation+in+multicomponent+wide-band-gap+oxides&amp;rft.jtitle=Physical+Review+B&amp;rft.date=2012&amp;rft.volume=86&amp;rft.issue=8&amp;rft.aufirst=Altynbek&amp;rft.aulast=Murat&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Altynbek+Murat&amp;rft.au=+Julia+E.+Medvedeva")
1245   (fullCitation . "Altynbek Murat, Julia E. Medvedeva, 2012, 'Composition-dependent oxygen vacancy formation in multicomponent wide-band-gap oxides', <i>Physical Review B</i>, vol. 86, no. 8")
1246   (title . "Composition-dependent oxygen vacancy formation in multicomponent wide-band-gap oxides")
1247   (normalizedScore . 24)
1248   (score . 1.129964)
1249   (doi . "http://dx.doi.org/10.1103/physrevb.86.085123"))
1250  ((fullCitation . "Ann M. Deml, Vladan Stevanovi\304\207, Aaron M. Holder, Michael Sanders, Ryan O\342\200\231Hayre, Charles B. Musgrave, 2014, ' Tunable Oxygen Vacancy Formation Energetics in the Complex Perovskite Oxide Sr  x  La  1\342\200\223 x  Mn  y  Al  1\342\200\223 y  O 3 ', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 26, no. 22, pp. 6595-6602")
1251   (year . "2014")
1252   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1021%2Fcm5033755&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=+Tunable+Oxygen+Vacancy+Formation+Energetics+in+the+Complex+Perovskite+Oxide+Sr++x++La++1%E2%80%93+x++Mn++y++Al++1%E2%80%93+y++O+3+&amp;rft.jtitle=Chemistry+of+Materials&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=26&amp;rft.issue=22&amp;rft.spage=6595&amp;rft.epage=6602&amp;rft.aufirst=Ann+M.&amp;rft.aulast=Deml&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Ann+M.+Deml&amp;rft.au=+Vladan+Stevanovi%C4%87&amp;rft.au=+Aaron+M.+Holder&amp;rft.au=+Michael+Sanders&amp;rft.au=+Ryan+O%E2%80%99Hayre&amp;rft.au=+Charles+B.+Musgrave")
1253   (fullCitation . "Ann M. Deml, Vladan Stevanovi\304\207, Aaron M. Holder, Michael Sanders, Ryan O\342\200\231Hayre, Charles B. Musgrave, 2014, ' Tunable Oxygen Vacancy Formation Energetics in the Complex Perovskite Oxide Sr  x  La  1\342\200\223 x  Mn  y  Al  1\342\200\223 y  O 3 ', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 26, no. 22, pp. 6595-6602")
1254   (title . " Tunable Oxygen Vacancy Formation Energetics in the Complex Perovskite Oxide Sr  x  La  1\342\200\223 x  Mn  y  Al  1\342\200\223 y  O 3 ")
1255   (normalizedScore . 20)
1256   (score . 0.94063884)
1257   (doi . "http://dx.doi.org/10.1021/cm5033755"))
1258  ((fullCitation . "Chuck Blue, Khaled Elgaid, Ivan Zitkovsky, P. Boolchand, Darl McDaniel, W. Joiner, Jean Oostens, Warren Huff, 1988, 'Oxygen-vacancy-formation enthalpy in YBa_{2}(Cu_{0.985}Fe_{0.015})_{3}O_{7-\316\264} oxide superconductor', <i>Physical Review B</i>, vol. 37, no. 10, pp. 5905-5908")
1259   (year . "1988")
1260   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1103%2Fphysrevb.37.5905&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxygen-vacancy-formation+enthalpy+in+YBa_%7B2%7D%28Cu_%7B0.985%7DFe_%7B0.015%7D%29_%7B3%7DO_%7B7-%CE%B4%7D+oxide+superconductor&amp;rft.jtitle=Physical+Review+B&amp;rft.date=1988&amp;rft.volume=37&amp;rft.issue=10&amp;rft.spage=5905&amp;rft.epage=5908&amp;rft.aufirst=Chuck&amp;rft.aulast=Blue&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Chuck+Blue&amp;rft.au=+Khaled+Elgaid&amp;rft.au=+Ivan+Zitkovsky&amp;rft.au=+P.+Boolchand&amp;rft.au=+Darl+McDaniel&amp;rft.au=+W.+Joiner&amp;rft.au=+Jean+Oostens&amp;rft.au=+Warren+Huff")
1261   (fullCitation . "Chuck Blue, Khaled Elgaid, Ivan Zitkovsky, P. Boolchand, Darl McDaniel, W. Joiner, Jean Oostens, Warren Huff, 1988, 'Oxygen-vacancy-formation enthalpy in YBa_{2}(Cu_{0.985}Fe_{0.015})_{3}O_{7-\316\264} oxide superconductor', <i>Physical Review B</i>, vol. 37, no. 10, pp. 5905-5908")
1262   (title . "Oxygen-vacancy-formation enthalpy in YBa_{2}(Cu_{0.985}Fe_{0.015})_{3}O_{7-\316\264} oxide superconductor")
1263   (normalizedScore . 17)
1264   (score . 0.8346345)
1265   (doi . "http://dx.doi.org/10.1103/physrevb.37.5905"))
1266  ((fullCitation . "H. Holloway, 1962, 'Enthalpy of Formation of Oxygen Vacancies in Barium Oxide', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 36, no. 11, p. 2820")
1267   (year . "1962")
1268   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.1732384&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Enthalpy+of+Formation+of+Oxygen+Vacancies+in+Barium+Oxide&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=1962&amp;rft.volume=36&amp;rft.issue=11&amp;rft.spage=2820&amp;rft.aufirst=H.&amp;rft.aulast=Holloway&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=H.+Holloway")
1269   (fullCitation . "H. Holloway, 1962, 'Enthalpy of Formation of Oxygen Vacancies in Barium Oxide', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 36, no. 11, p. 2820")
1270   (title . "Enthalpy of Formation of Oxygen Vacancies in Barium Oxide")
1271   (normalizedScore . 16)
1272   (score . 0.7613335)
1273   (doi . "http://dx.doi.org/10.1063/1.1732384"))
1274  ((fullCitation . "St. Chabik, 1987, 'Vacancy formation enthalpy in AgZn alloys', <i>Crystal Research and Technology</i>, vol. 22, no. 12, pp. 1523-1527")
1275   (year . "1987")
1276   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1002%2Fcrat.2170221219&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Vacancy+formation+enthalpy+in+AgZn+alloys&amp;rft.jtitle=Crystal+Research+and+Technology&amp;rft.date=1987&amp;rft.volume=22&amp;rft.issue=12&amp;rft.spage=1523&amp;rft.epage=1527&amp;rft.aufirst=St.&amp;rft.aulast=Chabik&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=St.+Chabik")
1277   (fullCitation . "St. Chabik, 1987, 'Vacancy formation enthalpy in AgZn alloys', <i>Crystal Research and Technology</i>, vol. 22, no. 12, pp. 1523-1527")
1278   (title . "Vacancy formation enthalpy in AgZn alloys")
1279   (normalizedScore . 15)
1280   (score . 0.73206276)
1281   (doi . "http://dx.doi.org/10.1002/crat.2170221219"))
1282  ((fullCitation . "Alan R. Derk, Bo Li, Sudhanshu Sharma, George M. Moore, Eric W. McFarland, Horia Metiu, 2013, 'Methane Oxidation by Lanthanum Oxide Doped with Cu, Zn, Mg, Fe, Nb, Ti, Zr, or Ta: The Connection Between the Activation Energy and the Energy of Oxygen-Vacancy Formation', <i>Catalysis Letters</i>, vol. 143, no. 5, pp. 406-410")
1283   (year . "2013")
1284   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1007%2Fs10562-013-0985-7&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Methane+Oxidation+by+Lanthanum+Oxide+Doped+with+Cu%2C+Zn%2C+Mg%2C+Fe%2C+Nb%2C+Ti%2C+Zr%2C+or+Ta%3A+The+Connection+Between+the+Activation+Energy+and+the+Energy+of+Oxygen-Vacancy+Formation&amp;rft.jtitle=Catalysis+Letters&amp;rft.date=2013&amp;rft.volume=143&amp;rft.issue=5&amp;rft.spage=406&amp;rft.epage=410&amp;rft.aufirst=Alan+R.&amp;rft.aulast=Derk&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Alan+R.+Derk&amp;rft.au=+Bo+Li&amp;rft.au=+Sudhanshu+Sharma&amp;rft.au=+George+M.+Moore&amp;rft.au=+Eric+W.+McFarland&amp;rft.au=+Horia+Metiu")
1285   (fullCitation . "Alan R. Derk, Bo Li, Sudhanshu Sharma, George M. Moore, Eric W. McFarland, Horia Metiu, 2013, 'Methane Oxidation by Lanthanum Oxide Doped with Cu, Zn, Mg, Fe, Nb, Ti, Zr, or Ta: The Connection Between the Activation Energy and the Energy of Oxygen-Vacancy Formation', <i>Catalysis Letters</i>, vol. 143, no. 5, pp. 406-410")
1286   (title . "Methane Oxidation by Lanthanum Oxide Doped with Cu, Zn, Mg, Fe, Nb, Ti, Zr, or Ta: The Connection Between the Activation Energy and the Energy of Oxygen-Vacancy Formation")
1287   (normalizedScore . 14)
1288   (score . 0.692246)
1289   (doi . "http://dx.doi.org/10.1007/s10562-013-0985-7"))
1290  ((fullCitation . "Way Foong Lim, Kuan Yew Cheong, 2014, 'Oxygen vacancy formation and annihilation in lanthanum cerium oxide as a metal reactive oxide on 4H-silicon carbide', <i>Physical Chemistry Chemical Physics</i>, vol. 16, no. 15, p. 7015")
1291   (year . "2014")
1292   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3cp55214d&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxygen+vacancy+formation+and+annihilation+in+lanthanum+cerium+oxide+as+a+metal+reactive+oxide+on+4H-silicon+carbide&amp;rft.jtitle=Physical+Chemistry+Chemical+Physics&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=16&amp;rft.issue=15&amp;rft.spage=7015&amp;rft.aufirst=Way+Foong&amp;rft.aulast=Lim&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Way+Foong+Lim&amp;rft.au=+Kuan+Yew+Cheong")
1293   (fullCitation . "Way Foong Lim, Kuan Yew Cheong, 2014, 'Oxygen vacancy formation and annihilation in lanthanum cerium oxide as a metal reactive oxide on 4H-silicon carbide', <i>Physical Chemistry Chemical Physics</i>, vol. 16, no. 15, p. 7015")
1294   (title . "Oxygen vacancy formation and annihilation in lanthanum cerium oxide as a metal reactive oxide on 4H-silicon carbide")
1295   (normalizedScore . 14)
1296   (score . 0.6675249)
1297   (doi . "http://dx.doi.org/10.1039/c3cp55214d"))
1298  ((fullCitation . "Lena Mazeina, Suraj Deore, Alexandra Navrotsky, 2006, 'Energetics of Bulk and Nano-Akaganeite, \316\262-FeOOH:\302\240 Enthalpy of Formation, Surface Enthalpy, and Enthalpy of Water Adsorption', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 18, no. 7, pp. 1830-1838")
1299   (year . "2006")
1300   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1021%2Fcm052543j&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Energetics+of+Bulk+and+Nano-Akaganeite%2C+%CE%B2-FeOOH%3A%C2%A0+Enthalpy+of+Formation%2C+Surface+Enthalpy%2C+and+Enthalpy+of+Water+Adsorption&amp;rft.jtitle=Chemistry+of+Materials&amp;rft.date=2006&amp;rft.volume=18&amp;rft.issue=7&amp;rft.spage=1830&amp;rft.epage=1838&amp;rft.aufirst=Lena&amp;rft.aulast=Mazeina&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Lena+Mazeina&amp;rft.au=+Suraj+Deore&amp;rft.au=+Alexandra+Navrotsky")
1301   (fullCitation . "Lena Mazeina, Suraj Deore, Alexandra Navrotsky, 2006, 'Energetics of Bulk and Nano-Akaganeite, \316\262-FeOOH:\302\240 Enthalpy of Formation, Surface Enthalpy, and Enthalpy of Water Adsorption', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 18, no. 7, pp. 1830-1838")
1302   (title . "Energetics of Bulk and Nano-Akaganeite, \316\262-FeOOH:\302\240 Enthalpy of Formation, Surface Enthalpy, and Enthalpy of Water Adsorption")
1303   (normalizedScore . 13)
1304   (score . 0.6519111)
1305   (doi . "http://dx.doi.org/10.1021/cm052543j"))
1306  ((fullCitation . "P. A. G. O'Hare, 1972, 'Thermochemical and Theoretical Investigations of the Sodium-Oxygen System. I. The Standard Enthalpy of Formation of Sodium Oxide (Na2O)', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 56, no. 9, p. 4513")
1307   (year . "1972")
1308   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.1677897&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Thermochemical+and+Theoretical+Investigations+of+the+Sodium-Oxygen+System.+I.+The+Standard+Enthalpy+of+Formation+of+Sodium+Oxide+%28Na2O%29&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=1972&amp;rft.volume=56&amp;rft.issue=9&amp;rft.spage=4513&amp;rft.aufirst=P.+A.+G.&amp;rft.aulast=O%27Hare&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=P.+A.+G.+O%27Hare")
1309   (fullCitation . "P. A. G. O'Hare, 1972, 'Thermochemical and Theoretical Investigations of the Sodium-Oxygen System. I. The Standard Enthalpy of Formation of Sodium Oxide (Na2O)', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 56, no. 9, p. 4513")
1310   (title . "Thermochemical and Theoretical Investigations of the Sodium-Oxygen System. I. The Standard Enthalpy of Formation of Sodium Oxide (Na2O)")
1311   (normalizedScore . 13)
1312   (score . 0.6344446)
1313   (doi . "http://dx.doi.org/10.1063/1.1677897"))
1314  ...)
1315 #+END_SRC
1316
1317
1318 * ISBN utility
1319 These are not really doi utilities, but for now I am putting them here.
1320
1321 I found this on the web. It can be handy, but the bibtex entry has a lot of stuff in it.
1322
1323 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
1324 (defun isbn-to-bibtex-lead (isbn)
1325  "Search lead.to for ISBN bibtex entry. You have to copy the entry if it is on the page to your bibtex file."
1326  (interactive "sISBN: ")
1327 (browse-url
1328 (format "http://lead.to/amazon/en/?key=%s+&si=all&op=bt&bn=&so=sa&ht=us" isbn)))
1329 #+END_SRC
1330
1331 Here we get isbn metadata and build a bibtex entry.
1332 http://xisbn.worldcat.org/xisbnadmin/doc/api.htm#getmetadata
1333
1334
1335 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
1336 (defun isbn-to-bibtex (isbn bibfile)
1337   "Get bibtex entry for ISBN and insert it into BIBFILE unless an
1338 entry with the generated key already exists in the file."
1339   (interactive
1340    (list
1341     (read-input
1342      "ISBN: "
1343      ;; now set initial input
1344      (cond
1345       ;; If region is active and it starts with a number, we use it
1346       ((and  (region-active-p)
1347              (s-match "^[0-9]" (buffer-substring (region-beginning) (region-end))))
1348        (buffer-substring (region-beginning) (region-end)))
1349       ;; if first entry in kill ring starts with a number assume it is an isbn
1350       ;; and use it as the guess
1351       ((if (s-match "^[0-9]" (car kill-ring))
1352            (car kill-ring)))
1353       ;; type or paste it in
1354       (t
1355        nil)))
1356     (ido-completing-read
1357      "Bibfile: "
1358      (append (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))
1359              org-ref-default-bibliography))))
1360
1361   (let* ((results (with-current-buffer
1362                       (url-retrieve-synchronously
1363                        (format
1364                         "http://xisbn.worldcat.org/webservices/xid/isbn/%s?method=getMetadata&format=json&fl=*"
1365                         isbn))
1366                     (json-read-from-string
1367                      (buffer-substring url-http-end-of-headers (point-max)))))
1368          (status (cdr (nth 1 results)))
1369          (metadata (aref (cdar results) 0))
1370          (new-entry)
1371          (new-key))
1372
1373     ;; check if we got something
1374     (unless (string= "ok" status)
1375       (error "Status is %s" status))
1376
1377     ;; construct an alphabetically sorted bibtex entry. I assume ISBN numbers go
1378     ;; with book entries.
1379     (setq new-entry
1380           (concat "\n@book{,\n"
1381                   (mapconcat
1382                    'identity
1383                    (loop for field in (-sort 'string-lessp (mapcar 'car metadata))
1384                          collect
1385                          (format "  %s={%s}," field (cdr (assoc field metadata))))
1386                    "\n")
1387                   "\n}\n"))
1388
1389     ;; build entry in temp buffer to get the key so we can check for duplicates
1390     (setq new-entry (with-temp-buffer
1391                       (insert new-entry)
1392                       (org-ref-clean-bibtex-entry)
1393                       (setq new-key (bibtex-key-in-head))
1394                       (buffer-string)))
1395     (find-file bibfile)
1396     (goto-char (point-min))
1397     (when (search-forward new-key nil t)
1398       (beep)
1399       (setq new-key (read-input
1400                      (format  "%s already exists. Enter new key (C-g to cancel): " new-key)
1401                      new-key)))
1402     (goto-char (point-max))
1403     (insert new-entry)
1404     ;; set key. It is simplest to just replace it, even if it is the same.
1405     (bibtex-beginning-of-entry)
1406     (re-search-forward bibtex-entry-maybe-empty-head)
1407     (if (match-beginning bibtex-key-in-head)
1408         (delete-region (match-beginning bibtex-key-in-head)
1409                        (match-end bibtex-key-in-head)))
1410     (insert new-key)
1411     (bibtex-fill-entry)
1412     (save-buffer)))
1413 #+END_SRC
1414
1415
1416
1417 * end of file
1418 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
1419 (provide 'doi-utils)
1420 #+END_SRC
1421 * load
1422 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
1423 (org-babel-load-file "doi-utils.org")
1424 #+END_SRC
1425
1426 #+RESULTS:
1427 : Loaded doi-utils.el