doi-utils.org

   1 #+TITLE: DOI utilities for making bibtex entries and downloading pdfs
   2
   3 This package provides functionality to download PDFs and bibtex entries from a DOI, as well as to update a bibtex entry from a DOI. It depends slightly on org-ref, to determine where to save pdf files too, and where to insert bibtex entries in the default bibliography.
   4
   5 The principle commands you will use from here are:
   6
   7 - doi-utils-get-bibtex-entry-pdf with the cursor in a bibtex entry.
   8 - doi-utils-insert-bibtex-entry-from-doi to insert a bibtex entry at your cursor, clean it and try to get a pdf.
   9 - doi-utils-add-bibtex-entry-from-doi to add an entry to your default bibliography (cleaned with pdf if possible).
  10 - doi-utils-add-bibtex-entry-from-region to add an entry from a highlighed doi to your default bibliography.
  11 - doi-utils-update-bibtex-entry-from-doi with cursor in an entry to update its fields.
  12
  13 * Header
  14 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
  15 ;;; doi-utils.el --- get bibtex entries and pdfs from a DOI
  16
  17 ;; Copyright(C) 2014 John Kitchin
  18
  19 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
  20 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  21
  22 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  23 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  24 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  25 ;; your option) any later version.
  26
  27 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  28 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  29 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  30 ;; General Public License for more details.
  31
  32 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  33 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  34 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  35 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  36
  37 ;;; Commentary:
  38 ;;
  39 ;; Lisp code to generate and update bibtex entries from a DOI, and to
  40 ;; download pdfs from publisher websites from a DOI.
  41 ;;
  42 ;; Package-Requires: ((org-ref))
  43
  44 (require 'json)
  45 #+END_SRC
  46
  47 * Getting pdf files from a DOI
  48 The idea here is simple. When you visit http://dx.doi.org/doi, you get redirected to the journal site. Once you have the url for the article, you can usually compute the url to the pdf, or find it in the page. Then you simply download it.
  49
  50 There are some subtleties in doing this that are described here. To get the redirect, we have to use url-retrieve, and a callback function. The callback does not return anything, so we communicate through global variables. url-retrieve is asynchronous, so we have to make sure to wait for it to finish.
  51
  52 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
  53 (defvar *doi-utils-waiting* t
  54   "stores waiting state for url retrieval.")
  55
  56 (defvar *doi-utils-redirect* nil
  57   "stores redirect url from a callback function")
  58
  59 (defun doi-utils-redirect-callback (&optional status)
  60   "callback for url-retrieve to set the redirect"
  61   (when (plist-get status :error)
  62     (signal (car (plist-get status :error)) (cdr(plist-get status :error))))
  63   (when (plist-get status :redirect) ;  is nil if there none
  64     (message "redirects = %s" (plist-get status :redirect))
  65     (message "*doi-utils-redirect* set to %s"
  66              (setq *doi-utils-redirect* (plist-get status :redirect))))
  67   ;; we have done our job, so we are not waiting any more.
  68   (setq *doi-utils-waiting* nil))
  69 #+END_SRC
  70
  71 To actually get the redirect we use url-retrieve like this.
  72
  73 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
  74 (defun doi-utils-get-redirect (doi)
  75   "get redirect url from dx.doi.org/doi"
  76   ;; we are going to wait until the url-retrieve is done
  77   (setq *doi-utils-waiting* t)
  78   ;; start with no redirect. it will be set in the callback.
  79   (setq *doi-utils-redirect* nil)
  80   (url-retrieve
  81    (format "http://dx.doi.org/%s" doi)
  82    'doi-utils-redirect-callback)
  83   ; I suspect we need to wait here for the asynchronous process to
  84   ; finish. we loop and sleep until the callback says it is done via
  85   ; `*doi-utils-waiting*'. this works as far as i can tell. Before I
  86   ; had to run this a few times to get it to work, which i suspect
  87   ; just gave the first one enough time to finish.
  88   (while *doi-utils-waiting* (sleep-for 0.1)))
  89 #+END_SRC
  90
  91 Once we have a redirect for a particular doi, we need to compute the url to the pdf. We do this with a series of functions. Each function takes a single argument, the redirect url. If it knows how to compute the pdf url it does, and returns it. We store the functions in a variable:
  92
  93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
  94 (defvar doi-utils-pdf-url-functions nil
  95   "list of functions that return a url to a pdf from a redirect url. Each function takes one argument, the redirect url. The function must return a pdf-url, or nil.")
  96 #+END_SRC
  97
  98 ** APS journals
  99 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
 100 (defun aps-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 101   (when (string-match "^http://journals.aps.org" *doi-utils-redirect*)
 102     (replace-regexp-in-string "/abstract/" "/pdf/" *doi-utils-redirect*)))
 103 #+END_SRC
 104
 105 ** Science
 106 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
 107 (defun science-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 108   (when (string-match "^http://www.sciencemag.org" *doi-utils-redirect*)
 109     (concat *doi-utils-redirect* ".full.pdf")))
 110 #+END_SRC
 111
 112 ** Nature
 113 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
 114 (defun nature-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 115   (when (string-match "^http://www.nature.com" *doi-utils-redirect*)
 116     (let ((result *doi-utils-redirect*))
 117       (setq result (replace-regexp-in-string "/full/" "/pdf/" result))
 118       (replace-regexp-in-string "\.html$" "\.pdf" result))))
 119 #+END_SRC
 120
 121 ** Wiley
 122 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201402680/abstract
 123 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201402680/pdf
 124
 125 It appears that it is not enough to use the pdf url above. That takes you to an html page. The actual link to teh pdf is embedded in that page. This is how ScienceDirect does things too.
 126
 127 This is where the link is hidden:
 128
 129 <iframe id="pdfDocument" src="http://onlinelibrary.wiley.com/store/10.1002/anie.201402680/asset/6397_ftp.pdf?v=1&amp;t=hwut2142&amp;s=d4bb3cd4ad20eb733836717f42346ffb34017831" width="100%" height="675px"></iframe>
 130
 131
 132
 133 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
 134 (defun doi-utils-get-wiley-pdf-url (redirect-url)
 135   "wileyscience direct hides the pdf url in html. we get it out here"
 136   (setq *doi-utils-waiting* t)
 137   (url-retrieve redirect-url
 138                 (lambda (status)
 139                   (beginning-of-buffer)
 140                   (re-search-forward "<iframe id=\"pdfDocument\" src=\"\\([^\"]*\\)\"" nil)
 141                   (setq *doi-utils-pdf-url* (match-string 1)
 142                         ,*doi-utils-waiting* nil)))
 143   (while *doi-utils-waiting* (sleep-for 0.1))
 144   ,*doi-utils-pdf-url*)
 145
 146 (defun wiley-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 147   (when (string-match "^http://onlinelibrary.wiley.com" *doi-utils-redirect*)
 148    (doi-utils-get-wiley-pdf-url (replace-regexp-in-string "/abstract" "/pdf" *doi-utils-redirect*))
 149    ,*doi-utils-pdf-url*))
 150 #+END_SRC
 151
 152 ** Springer
 153 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
 154 (defun springer-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 155   (when (string-match "^http://link.springer.com" *doi-utils-redirect*)
 156     (replace-regexp-in-string "/article/" "/content/pdf/" (concat *doi-utils-redirect* ".pdf"))))
 157 #+END_SRC
 158
 159 ** ACS
 160 here is a typical url http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nl500037x
 161 the pdf is found at http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/nl500037x
 162
 163 we just change /abs/ to /pdf/.
 164
 165 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
 166 (defun acs-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 167   (when (string-match "^http://pubs.acs.org" *doi-utils-redirect*)
 168     (replace-regexp-in-string "/abs/" "/pdf/" *doi-utils-redirect*)))
 169 #+END_SRC
 170
 171 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 172 (acs-pdf-url  "http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nl500037x")
 173 #+END_SRC
 174
 175 #+RESULTS:
 176 : http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/nl500037x
 177
 178 ** IOP
 179 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
 180 (defun iop-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 181   (when (string-match "^http://iopscience.iop.org" *doi-utils-redirect*)
 182     (let ((tail (replace-regexp-in-string "^http://iopscience.iop.org" "" *doi-utils-redirect*)))
 183       (concat "http://iopscience.iop.org" tail "/pdf" (replace-regexp-in-string "/" "_" tail) ".pdf"))))
 184 #+END_SRC
 185
 186 ** JSTOR
 187 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 188 (defun jstor-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 189   (when (string-match "^http://www.jstor.org" *doi-utils-redirect*)
 190     (concat (replace-regexp-in-string "/stable/" "/stable/pdfplus/" *doi-utils-redirect*) ".pdf")))
 191 #+END_SRC
 192
 193 ** AIP
 194 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 195 (defun aip-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 196   (when (string-match "^http://scitation.aip.org" *doi-utils-redirect*)
 197     ;; get stuff after content
 198     (let (p1 p2 s p3)
 199       (setq p2 (replace-regexp-in-string "^http://scitation.aip.org/" "" *doi-utils-redirect*))
 200       (setq s (split-string p2 "/"))
 201       (setq p1 (mapconcat 'identity (-remove-at-indices '(0 6) s) "/"))
 202       (setq p3 (concat "/" (nth 0 s) (nth 1 s) "/" (nth 2 s) "/" (nth 3 s)))
 203       (format "http://scitation.aip.org/deliver/fulltext/%s.pdf?itemId=/%s&mimeType=pdf&containerItemId=%s"
 204               p1 p2 p3))))
 205 #+END_SRC
 206
 207 ** Taylor and Francis
 208 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 209 (defun tandfonline-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 210   (when (string-match "^http://www.tandfonline.com" *doi-utils-redirect*)
 211     (replace-regexp-in-string "/abs/\\|/full/" "/pdf/" *doi-utils-redirect*)))
 212 #+END_SRC
 213 ** ECS
 214 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 215 (defun ecs-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 216   (when (string-match "^http://jes.ecsdl.org" *doi-utils-redirect*)
 217     (replace-regexp-in-string "\.abstract$" ".full.pdf" *doi-utils-redirect*)))
 218 #+END_SRC
 219
 220 http://ecst.ecsdl.org/content/25/2/2769
 221 http://ecst.ecsdl.org/content/25/2/2769.full.pdf
 222
 223 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 224 (defun ecst-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 225   (when (string-match "^http://ecst.ecsdl.org" *doi-utils-redirect*)
 226     (concat *doi-utils-redirect* ".full.pdf")))
 227 #+END_SRC
 228
 229
 230 ** RSC
 231 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 232 (defun rsc-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 233   (when (string-match "^http://pubs.rsc.org" *doi-utils-redirect*)
 234     (let ((url (downcase *doi-utils-redirect*)))
 235       (setq url (replace-regexp-in-string "articlelanding" "articlepdf" url))
 236       url)))
 237 #+END_SRC
 238
 239 ** Elsevier/ScienceDirect
 240 You cannot compute these pdf links; they are embedded in the redirected pages.
 241
 242 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 243 (defvar *doi-utils-pdf-url* nil
 244   "stores url to pdf download from a callback function")
 245
 246 (defun doi-utils-get-science-direct-pdf-url (redirect-url)
 247   "science direct hides the pdf url in html. we get it out here"
 248   (setq *doi-utils-waiting* t)
 249   (url-retrieve redirect-url
 250                 (lambda (status)
 251                   (beginning-of-buffer)
 252                   (re-search-forward "pdfurl=\"\\([^\"]*\\)\"" nil t)
 253                   (setq *doi-utils-pdf-url* (match-string 1)
 254                         ,*doi-utils-waiting* nil)))
 255   (while *doi-utils-waiting* (sleep-for 0.1))
 256   ,*doi-utils-pdf-url*)
 257
 258
 259 (defun science-direct-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 260   (when (string-match "^http://www.sciencedirect.com" *doi-utils-redirect*)
 261     (doi-utils-get-science-direct-pdf-url *doi-utils-redirect*)
 262     ,*doi-utils-pdf-url*))
 263
 264 ;; sometimes I get
 265 ;; http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0927025609004558
 266 ;; which actually redirect to
 267 ;; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0927025609004558
 268 (defun linkinghub-elsevier-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 269   (when (string-match "^http://linkinghub.elsevier.com/retrieve" *doi-utils-redirect*)
 270     (let ((second-redirect (replace-regexp-in-string
 271                             "http://linkinghub.elsevier.com/retrieve"
 272                             "http://www.sciencedirect.com/science/article"
 273                             ,*doi-utils-redirect*)))
 274       (message "getting pdf url from %s" second-redirect)
 275       ;(doi-utils-get-science-direct-pdf-url second-redirect)
 276       ,*doi-utils-pdf-url*)))
 277 #+END_SRC
 278
 279 ** PNAS
 280 http://www.pnas.org/content/early/2014/05/08/1319030111
 281 http://www.pnas.org/content/early/2014/05/08/1319030111.full.pdf
 282
 283 with supporting info
 284 http://www.pnas.org/content/early/2014/05/08/1319030111.full.pdf+html?with-ds=yes
 285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
 286 (defun pnas-pdf-url (*doi-utils-redirect*)
 287   (when (string-match "^http://www.pnas.org" *doi-utils-redirect*)
 288     (concat *doi-utils-redirect* ".full.pdf?with-ds=yes")))
 289 #+END_SRC
 290
 291 ** Add all functions
 292 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 293 (setq doi-utils-pdf-url-functions
 294       (list
 295        'aps-pdf-url
 296        'science-pdf-url
 297        'nature-pdf-url
 298        'wiley-pdf-url
 299        'springer-pdf-url
 300        'acs-pdf-url
 301        'iop-pdf-url
 302        'jstor-pdf-url
 303        'aip-pdf-url
 304        'science-direct-pdf-url
 305        'linkinghub-elsevier-pdf-url
 306        'tandfonline-pdf-url
 307        'ecs-pdf-url
 308        'ecst-pdf-url
 309        'rsc-pdf-url
 310        'pnas-pdf-url))
 311 #+END_SRC
 312
 313 ** Get the pdf url for a doi
 314 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 315 (defun doi-utils-get-pdf-url (doi)
 316   "returns a url to a pdf for the doi if one can be
 317 calculated. Loops through the functions in `doi-utils-pdf-url-functions'
 318 until one is found"
 319   (doi-utils-get-redirect doi)
 320
 321   (unless *doi-utils-redirect*
 322     (error "No redirect found for %s" doi))
 323   (message "applying functions")
 324   (catch 'pdf-url
 325     (dolist (func doi-utils-pdf-url-functions)
 326      (message "calling %s" func)
 327       (let ((this-pdf-url (funcall func *doi-utils-redirect*)))
 328 (message "t: %s" this-pdf-url)
 329         (when this-pdf-url
 330           (message "found pdf url: %s" this-pdf-url)
 331           (throw 'pdf-url this-pdf-url))))))
 332 #+END_SRC
 333
 334 #+RESULTS:
 335 : doi-utils-get-pdf-url
 336
 337
 338 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 339 (doi-utils-get-pdf-url "10.1126/science.1158722")
 340 #+END_SRC
 341
 342 #+RESULTS:
 343 : http://www.sciencemag.org/content/321/5890/792.full.pdf
 344
 345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 346 (doi-utils-get-pdf-url  "10.1021/nl500037x")
 347 #+END_SRC
 348
 349 #+RESULTS:
 350 : http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/nl500037x
 351
 352
 353 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 354 (doi-utils-get-pdf-url  "10.1002/anie.201402680")
 355 #+END_SRC
 356
 357 #+RESULTS:
 358 : http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201402680/pdf
 359
 360 ** Finally, download the pdf
 361 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 362 (defun doi-utils-get-bibtex-entry-pdf ()
 363   "download pdf for entry at point if the pdf does not already
 364 exist locally. The entry must have a doi. The pdf will be saved
 365 to `org-ref-pdf-directory', by the name %s.pdf where %s is the
 366 bibtex label. Files will not be overwritten. The pdf will be
 367 checked to make sure it is a pdf, and not some html failure
 368 page. you must have permission to access the pdf. We open the pdf
 369 at the end."
 370   (interactive)
 371   (save-excursion
 372     (bibtex-beginning-of-entry)
 373     (let (;; get doi, removing http://dx.doi.org/ if it is there.
 374           (doi (replace-regexp-in-string
 375                 "http://dx.doi.org/" ""
 376                 (bibtex-autokey-get-field "doi")))
 377           (key)
 378           (pdf-url)
 379           (pdf-file)
 380           (content))
 381       ;; get the key and build pdf filename.
 382       (re-search-forward bibtex-entry-maybe-empty-head)
 383       (setq key (match-string bibtex-key-in-head))
 384       (setq pdf-file (concat org-ref-pdf-directory key ".pdf"))
 385
 386       ;; now get file if needed.
 387       (when (and doi (not (file-exists-p pdf-file)))
 388         (setq pdf-url (doi-utils-get-pdf-url doi))
 389         (if pdf-url
 390             (progn
 391               (url-copy-file pdf-url pdf-file)
 392               ;; now check if we got a pdf
 393               (with-temp-buffer
 394                 (insert-file-contents pdf-file)
 395                 ;; PDFS start with %PDF-1.x as the first few characters.
 396                 (if (not (string= (buffer-substring 1 6) "%PDF-"))
 397                     (progn
 398                       (message "%s" (buffer-string))
 399                       (delete-file pdf-file))
 400                   (message "%s saved" pdf-file)))
 401
 402               (when (file-exists-p pdf-file)
 403                 (org-open-file pdf-file)))
 404           (message "No pdf-url found for %s at %s" doi *doi-utils-redirect* ))
 405           pdf-file))))
 406 #+END_SRC
 407
 408 * Getting bibtex entries from a DOI
 409
 410 I [[http://homepages.see.leeds.ac.uk/~eeaol/notes/2013/02/doi-metadata/][found]] you can download metadata about a DOI from http://dx.doi.org. You just have to construct the right http request to get it. Here is a function that gets the metadata as a plist in emacs.
 411
 412 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 413 (defun doi-utils-get-json-metadata (doi)
 414   "Try to get json metadata for DOI. Open the DOI in a browser if we do not get it."
 415   (let ((url-request-method "GET")
 416         (url-mime-accept-string "application/citeproc+json")
 417         (json-object-type 'plist)
 418         (json-data))
 419     (with-current-buffer
 420         (url-retrieve-synchronously
 421          (concat "http://dx.doi.org/" doi))
 422       (setq json-data (buffer-substring url-http-end-of-headers (point-max)))
 423       (if (string-match "Resource not found" json-data)
 424           (progn
 425             (browse-url (concat "http://dx.doi.org/" doi))
 426             (error "Resource not found. Opening website."))
 427         (json-read-from-string json-data)))))
 428 #+END_SRC
 429
 430 #+RESULTS:
 431 : doi-utils-get-json-metadata
 432
 433 For example:
 434 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 435 (doi-utils-get-json-metadata "10.1103/PhysRevLett.99.016105")
 436 #+END_SRC
 437
 438 #+RESULTS:
 439 | :volume | 99 | :indexed | (:timestamp 1399964115538.0 :date-parts [[2014 5 13]]) | :publisher | American Physical Society (APS) | :source | CrossRef | :URL | http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.99.016105 | :ISSN | [0031-9007 1079-7114] | :DOI | 10.1103/physrevlett.99.016105 | :type | journal-article | :title | Scaling Properties of Adsorption Energies for Hydrogen-Containing Molecules on Transition-Metal Surfaces | :issue | 1 | :deposited | (:timestamp 1313712000000.0 :date-parts [[2011 8 19]]) | :reference-count | 26 | :container-title | Phys. Rev. Lett. | :author | [(:given F. :family Abild-Pedersen) (:given J. :family Greeley) (:given F. :family Studt) (:given J. :family Rossmeisl) (:given T. :family Munter) (:given P. :family Moses) (:given E. :family Skúlason) (:given T. :family Bligaard) (:given J. :family Nørskov)] | :prefix | http://id.crossref.org/prefix/10.1103 | :score | 1.0 | :issued | (:date-parts [[2007 7]]) | :subject | [Physics and Astronomy(all)] | :subtitle | [] |
 440
 441 We can use that data to construct a bibtex entry. We do that by defining a template, and filling it in. I wrote this template expansion code which makes it easy to substitute values like %{} in emacs lisp.
 442
 443 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 444 (defun doi-utils-expand-template (s)
 445   "expand a template containing %{} with the eval of its contents"
 446   (replace-regexp-in-string "%{\\([^}]+\\)}"
 447                             (lambda (arg)
 448                               (let ((sexp (substring arg 2 -1)))
 449                                 (format "%s" (eval (read sexp))))) s))
 450 #+END_SRC
 451
 452 Now we define a function that fills in that template from the metadata.
 453
 454 As different bibtex types share common keys, it is advantageous to separate data extraction from json, and the formatting of the bibtex entry.
 455
 456 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :notangle doi-utils.el
 457 (defmacro defpar (name &optional value)
 458   `(progn (defvar ,name)
 459           (setf ,name ,value)))
 460
 461 (defpar doi-utils-json-metadata-extract
 462     '((type       (plist-get results :type))
 463       (author     (mapconcat (lambda (x) (concat (plist-get x :given) " " (plist-get x :family)))
 464                    (plist-get results :author) " and "))
 465       (title      (plist-get results :title))
 466       (journal    (plist-get results :container-title))
 467       (volume     (plist-get results :volume))
 468       (issue      (plist-get results :issue))
 469       (number     (plist-get results :issue))
 470       (year       (elt (elt (plist-get (plist-get results :issued) :date-parts) 0) 0))
 471       (month      (elt (elt (plist-get (plist-get results :issued) :date-parts) 0) 1))
 472       (pages      (plist-get results :page))
 473       (doi        (plist-get results :DOI))
 474       (url        (plist-get results :URL))
 475       (booktitle  (plist-get results :container-title))))
 476 #+END_SRC
 477
 478 Next, we need to define the different bibtex types. Each type has a bibtex type (for output) and the type as provided in the doi record. Finally, we have to declare the fields we want to output.
 479
 480 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :notangle doi-utils.el
 481 (defvar doi-utils-bibtex-type-generators nil)
 482
 483 (defun concat-prepare (lst &optional acc)
 484   "Given a list `lst' of strings and other expressions, which are
 485 intented to passed to `concat', concat any subsequent strings,
 486 minimising the number of arguments being passed to `concat'
 487 without changing the results."
 488   (cond ((null lst) (nreverse acc))
 489         ((and (stringp (car lst))
 490               (stringp (car acc)))
 491          (concat-prepare (cdr lst) (cons (concat (car acc) (car lst))
 492                                          (cdr acc))))
 493         (t (concat-prepare (cdr lst) (cons (car lst) acc)))))
 494
 495
 496 (defmacro doi-utils-def-bibtex-type (name matching-types &rest fields)
 497   "Define a BibTeX type identified by (symbol) `name' with
 498 `fields' (given as symbols), matching to retrieval expressions in
 499 `doi-utils-json-metadata-extract'. This type will only be used
 500 when the `:type' parameter in the JSON metadata is contained in
 501 `matching-types' - a list of strings."
 502   `(push (lambda (type results)
 503            (when (or ,@(mapcar (lambda (match-type) `(string= type ,match-type)) matching-types))
 504              (let ,(mapcar (lambda (field) (or (assoc field doi-utils-json-metadata-extract)
 505                                           (error "unknown bibtex field type %s" field)))
 506                            fields)
 507                (concat
 508                 ,@(concat-prepare
 509                    (-flatten
 510                     (list (concat "@" (symbol-name name) "{,\n")
 511                           ;; there seems to be some bug with mapcan,
 512                           ;; so we fall back to flatten
 513                           (mapcar (lambda (field)
 514                                     `(,(concat "  " (symbol-name field) " = {")
 515                                        ,field
 516                                        "},\n"))
 517                                   fields)
 518                           "}\n")))))))
 519          doi-utils-bibtex-type-generators))
 520
 521 (doi-utils-def-bibtex-type article ("journal-article" "article-journal")
 522                            author title journal year volume number pages doi url)
 523
 524 (doi-utils-def-bibtex-type inproceedings ("proceedings-article")
 525                            author title booktitle year month pages doi url)
 526 #+END_SRC
 527
 528 With the code generating the bibtex entry in place, we can glue it to the json retrieval code.
 529 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :notangle doi-utils.el
 530 (defun doi-utils-doi-to-bibtex-string (doi)
 531   "return a bibtex entry as a string for the doi. Only articles are currently supported"
 532   (let* ((results (doi-utils-get-json-metadata doi))
 533          (type (plist-get results :type)))
 534     (format "%s" results) ; json-data
 535     (some (lambda (g) (funcall g type results)) doi-utils-bibtex-type-generators)
 536     (message-box "%s not supported yet." type)))
 537 #+END_SRC
 538
 539
 540 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 541 (defun doi-utils-doi-to-bibtex-string (doi)
 542   "return a bibtex entry as a string for the doi. Only articles are currently supported"
 543   (let (type
 544         results
 545         author
 546         title
 547         booktitle
 548         journal
 549         year
 550         volume
 551         number
 552         pages
 553         month
 554         url
 555         json-data)
 556     (setq results (doi-utils-get-json-metadata doi)
 557           json-data (format "%s" results)
 558           type (plist-get results :type)
 559           author (mapconcat (lambda (x) (concat (plist-get x :given) " " (plist-get x :family)))
 560                             (plist-get results :author) " and ")
 561           title (plist-get results :title)
 562           journal (plist-get results :container-title)
 563           volume (plist-get results :volume)
 564           issue (plist-get results :issue)
 565           year (elt (elt (plist-get (plist-get results :issued) :date-parts) 0) 0)
 566           pages (plist-get results :page)
 567           doi (plist-get results :DOI)
 568           url (plist-get results :URL))
 569     (cond
 570      ((or (string= type "journal-article") (string= type "article-journal"))
 571       (doi-utils-expand-template "@article{,
 572   author =       {%{author}},
 573   title =        {%{title}},
 574   journal =      {%{journal}},
 575   year =         {%{year}},
 576   volume =       {%{volume}},
 577   number =       {%{issue}},
 578   pages =        {%{pages}},
 579   doi =          {%{doi}},
 580   url =          {%{url}},
 581 }"))
 582
 583      ((string= type "proceedings-article")
 584       (setq booktitle (plist-get results :container-title))
 585       (doi-utils-expand-template "@inproceedings{,
 586   author =       {%{author}},
 587   title =        {%{title}},
 588   booktitle =    {%{booktitle}},
 589   year =         {%{year}},
 590   month =        {%{month}},
 591   pages =        {%{pages}},
 592   doi =          {%{doi}},
 593   url =          {%{url}},
 594 }"))
 595
 596     (t (message-box "%s not supported yet." type)))))
 597 #+END_SRC
 598
 599 #+RESULTS:
 600 : doi-utils-doi-to-bibtex-string
 601
 602 To see that in action:
 603 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 604 (doi-utils-doi-to-bibtex-string "10.1103/PhysRevLett.99.016105")
 605 #+END_SRC
 606
 607 #+RESULTS:
 608 #+begin_example
 609 @article{,
 610   author =       {F. Abild-Pedersen and J. Greeley and F. Studt and J. Rossmeisl and T. Munter and P. Moses and E. Skúlason and T. Bligaard and J. Nørskov},
 611   title =        {Scaling Properties of Adsorption Energies for Hydrogen-Containing Molecules on Transition-Metal Surfaces},
 612   journal =      {Phys. Rev. Lett.},
 613   year =         {2007},
 614   volume =       {99},
 615   number =       {1},
 616   pages =        {nil},
 617   doi =          {10.1103/physrevlett.99.016105},
 618   url =          {http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.99.016105},
 619 }
 620 #+end_example
 621
 622 That is just the string for the entry. To be useful, we need a function that inserts the string into a buffer. This function will insert the string at the cursor, clean the entry, try to get the pdf, and create a notes entry for you.
 623
 624 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
 625 (defun doi-utils-insert-bibtex-entry-from-doi (doi)
 626   "insert bibtex entry from a doi. Also cleans entry using
 627 org-ref, and tries to download the corresponding pdf."
 628   (interactive "sDOI :")
 629   (insert (doi-utils-doi-to-bibtex-string doi))
 630   (backward-char)
 631   (if (bibtex-key-in-head nil)
 632        (org-ref-clean-bibtex-entry t)
 633      (org-ref-clean-bibtex-entry))
 634    ;; try to get pdf
 635    (doi-utils-get-bibtex-entry-pdf)
 636    (save-selected-window
 637      (org-ref-open-bibtex-notes)))
 638 #+END_SRC
 639
 640 It may be you are in some other place when you want to add a bibtex entry. This next function will open the first entry in org-ref-default-bibliography go to the end, and add the entry. You can sort it later.
 641
 642 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 643 (defun doi-utils-add-bibtex-entry-from-doi (doi bibfile)
 644   "Add entry to end of a file in in the current directory ending
 645 with .bib or in `org-ref-default-bibliography'. If you have an
 646 active region that starts like a DOI, that will be the initial
 647 prompt. If no region is selected and the first entry of the
 648 kill-ring starts like a DOI, then that is the intial
 649 prompt. Otherwise, you have to type or pste in a DOI."
 650   (interactive
 651    (list (read-input "DOI: "
 652                      ;; now set initial input
 653                      (cond
 654                       ;; If region is active and it starts like a doi we want it.
 655                       ((and  (region-active-p)
 656                              (s-match "^10" (buffer-substring
 657                                               (region-beginning)
 658                                               (region-end))))
 659                        (buffer-substring (region-beginning) (region-end)))
 660                       ;; if the first entry in the kill-ring looks
 661                       ;; like a DOI, let's use it.
 662                       ((if (s-match "^10" (car kill-ring))
 663                            (car kill-ring)))
 664                       ;; otherwise, we have no initial input. You
 665                       ;; will have to type it in.
 666                       (t
 667                        nil)))
 668          ;;  now get the bibfile to add it to
 669          (ido-completing-read
 670           "Bibfile: "
 671           (append (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))
 672                   org-ref-default-bibliography))))
 673   ;; Wrap in save-window-excursion to restore your window arrangement after this
 674   ;; is done.
 675   (save-window-excursion
 676     (find-file bibfile)
 677     ;; Check if the doi already exists
 678     (goto-char (point-min))
 679     (if (search-forward doi nil t)
 680         (message "%s is already in this file" doi)
 681       (end-of-buffer)
 682       (insert "\n\n")
 683       (doi-utils-insert-bibtex-entry-from-doi doi)
 684       (save-buffer))))
 685 #+END_SRC
 686
 687
 688 * Updating bibtex entries
 689 I wrote this code because it is pretty common for me to copy bibtex entries from ASAP articles that are incomplete, e.g. no page numbers because it is not in print yet. I wanted a convenient way to update an entry from its DOI. Basically, we get the metadata, and update the fields in the entry.
 690
 691 There is not bibtex set field function, so I wrote this one.
 692
 693 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 694 (defun bibtex-set-field (field value &optional nodelim)
 695   "set field to value in bibtex file. create field if it does not exist"
 696   (interactive "sfield: \nsvalue: ")
 697   (bibtex-beginning-of-entry)
 698   (let ((found))
 699     (if (setq found (bibtex-search-forward-field field t))
 700         ;; we found a field
 701         (progn
 702           (goto-char (car (cdr found)))
 703           (when value
 704             (bibtex-kill-field)
 705             (bibtex-make-field field nil nil nodelim)
 706             (backward-char)
 707             (insert value)))
 708       ;; make a new field
 709       (message "new field being made")
 710       (bibtex-beginning-of-entry)
 711       (forward-line) (beginning-of-line)
 712       (bibtex-next-field nil)
 713       (forward-char)
 714       (bibtex-make-field field nil nil nodelim)
 715       (backward-char)
 716       (insert value))))
 717 #+END_SRC
 718
 719 The updating function looks like this. We get all the keys from the json plist metadata, and update the fields if they exist.
 720
 721 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 722 (defun plist-get-keys (plist)
 723    "return keys in a plist"
 724   (loop
 725    for key in results by #'cddr collect key))
 726
 727 (defun doi-utils-update-bibtex-entry-from-doi (doi)
 728   "update fields in a bibtex entry from the doi. Every field will be updated, so previous changes will be lost."
 729   (interactive (list
 730                 (or (replace-regexp-in-string "http://dx.doi.org/" "" (bibtex-autokey-get-field "doi"))
 731                     (read-string "DOI: "))))
 732   (let* ((results (doi-utils-get-json-metadata doi))
 733          (type (plist-get results :type))
 734          (author (mapconcat
 735                   (lambda (x) (concat (plist-get x :given)
 736                                     " " (plist-get x :family)))
 737                   (plist-get results :author) " and "))
 738          (title (plist-get results :title))
 739          (journal (plist-get results :container-title))
 740          (year (format "%s"
 741                        (elt
 742                         (elt
 743                          (plist-get
 744                           (plist-get results :issued) :date-parts) 0) 0)))
 745         (volume (plist-get results :volume))
 746         (number (or (plist-get results :issue) ""))
 747         (pages (or (plist-get results :page) ""))
 748         (url (or (plist-get results :URL) ""))
 749         (doi (plist-get results :DOI)))
 750
 751     ;; map the json fields to bibtex fields. The code each field is mapped to is evaluated.
 752     (setq mapping '((:author . (bibtex-set-field "author" author))
 753                     (:title . (bibtex-set-field "title" title))
 754                     (:container-title . (bibtex-set-field "journal" journal))
 755                     (:issued . (bibtex-set-field "year" year))
 756                     (:volume . (bibtex-set-field "volume" volume))
 757                     (:issue . (bibtex-set-field "number" number))
 758                     (:page . (bibtex-set-field "pages" pages))
 759                     (:DOI . (bibtex-set-field "doi" doi))
 760                     (:URL . (bibtex-set-field "url" url))))
 761
 762     ;; now we have code to run for each entry. we map over them and evaluate the code
 763     (mapcar
 764      (lambda (key)
 765        (eval (cdr (assoc key mapping))))
 766      (plist-get-keys results)))
 767
 768   ; reclean entry, but keep key if it exists.
 769   (if (bibtex-key-in-head)
 770       (org-ref-clean-bibtex-entry t)
 771     (org-ref-clean-bibtex-entry)))
 772 #+END_SRC
 773 * DOI functions for WOS
 774 I came across this API http://wokinfo.com/media/pdf/OpenURL-guide.pdf to make links to the things I am interested in here. Based on that document, here are three links based on a doi:10.1021/jp047349j that take you to different Web Of Science (WOS) pages.
 775
 776
 777 1. go to article in WOS: http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info:doi/10.1021/jp047349j
 778 2. citing articles: http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info%3Adoi%2F10.1021/jp047349j&svc_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Asch_svc&svc.citing=yes
 779 3. related articles: http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info%3Adoi%2F10.1021/jp047349j&svc_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Asch_svc&svc.related=yes
 780
 781 These are pretty easy to construct, so we can write functions that will create them and open the url in our browser. There are some other options that could be considered, but since we usually have a doi, it seems like the best way to go for creating the links. Here are the functions.
 782
 783 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle doi-utils.el
 784 (defun doi-utils-wos (doi)
 785   "Open Web of Science entry for DOI"
 786   (interactive "sDOI: ")
 787   (browse-url
 788    (format
 789     "http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info:doi/%s" doi)))
 790
 791 (defun doi-utils-wos-citing (doi)
 792   "Open Web of Science citing articles entry. May be empty if none are found"
 793   (interactive "sDOI: ")
 794   (browse-url
 795    (concat
 796     "http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info%3Adoi%2F"
 797     doi
 798     "&svc_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Asch_svc&svc.citing=yes")))
 799
 800 (defun doi-utils-wos-related (doi)
 801   "Open Web of Science related articles page."
 802   (interactive "sDOI: ")
 803   (browse-url
 804    (concat "http://ws.isiknowledge.com/cps/openurl/service?url_ver=Z39.88-2004&rft_id=info%3Adoi%2F"
 805            doi
 806            "&svc_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Asch_svc&svc.related=yes")))
 807
 808 #+END_SRC
 809
 810 * A new doi link for org-mode
 811 The idea is to add a menu to the doi link, so rather than just clicking to open the article, you can do other things.
 812 1. open doi
 813 2. open in wos
 814 3. open citing articles
 815 4. open related articles
 816 5. open bibtex entry
 817 6. get bibtex entry
 818
 819 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el :results silent
 820 (defun doi-utils-open (doi)
 821  (interactive "sDOI: ")
 822  (browse-url (concat "http://dx.doi.org/" doi)))
 823
 824
 825 (defun doi-utils-open-bibtex (doi)
 826   "Search through `reftex-default-bibliography' for DOI."
 827   (interactive "sDOI: ")
 828   (catch 'file
 829     (dolist (f reftex-default-bibliography)
 830       (find-file f)
 831       (when (search-forward doi (point-max) t)
 832         (bibtex-beginning-of-entry)
 833         (throw 'file t)))))
 834
 835
 836 (defun doi-utils-crossref (doi)
 837   "Search DOI in CrossRef."
 838   (interactive "sDOI: ")
 839   (browse-url
 840    (format
 841     "http://search.crossref.org/?q=%s" doi)))
 842
 843
 844 (defun doi-utils-google-scholar (doi)
 845   "Google scholar the word at point or selection."
 846   (interactive "sDOI: ")
 847   (browse-url
 848    (format
 849     "http://scholar.google.com/scholar?q=%s" doi)))
 850
 851
 852 (defun doi-utils-pubmed (doi)
 853   "Pubmed the word at point or selection."
 854   (interactive "sDOI: ")
 855   (browse-url
 856    (format
 857     "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=%s"
 858     (url-hexify-string doi))))
 859
 860
 861 (defvar doi-link-menu-funcs '()
 862  "Functions to run in doi menu. Each entry is a list of (key menu-name function).
 863 The function must take one argument, the doi.")
 864
 865 (setq doi-link-menu-funcs
 866       '(("o" "pen" doi-utils-open)
 867         ("w" "os" doi-utils-wos)
 868         ("c" "iting articles" doi-utils-wos-citing)
 869         ("r" "elated articles" doi-utils-wos-related)
 870         ("s" "Google Scholar" doi-utils-google-scholar)
 871         ("f" "CrossRef" doi-utils-crossref)
 872         ("p" "ubmed" doi-utils-pubmed)
 873         ("b" "open in bibtex" doi-utils-open-bibtex)
 874         ("g" "et bibtex entry" doi-utils-add-bibtex-entry-from-doi)))
 875
 876
 877 (defun doi-link-menu (link-string)
 878    "Generate the link menu message, get choice and execute it.
 879 Options are stored in `doi-link-menu-funcs'."
 880    (interactive)
 881    (message
 882    (concat
 883     (mapconcat
 884      (lambda (tup)
 885        (concat "[" (elt tup 0) "]"
 886                (elt tup 1) " "))
 887      doi-link-menu-funcs "") ": "))
 888    (let* ((input (read-char-exclusive))
 889           (choice (assoc
 890                    (char-to-string input) doi-link-menu-funcs)))
 891      (when choice
 892        (funcall
 893         (elt
 894          choice
 895          2)
 896         link-string))))
 897
 898 (org-add-link-type
 899  "doi"
 900  'doi-link-menu)
 901 #+END_SRC
 902
 903 doi:10.1021/jp047349j
 904
 905
 906 * Getting a doi for a bibtex entry missing one
 907 Some bibtex entries do not have a DOI, maybe because they were entered by hand, or copied from a source that did not have it available. Here we develop some functions to help you find the DOI using Crossref.
 908
 909 Here is our example bibtex entry.
 910 #+BEGIN_SRC bibtex
 911 @article{deml-2014-oxide,
 912   author =       {Ann M. Deml and Vladan Stevanovi{\'c} and
 913                   Christopher L. Muhich and Charles B. Musgrave and
 914                   Ryan O'Hayre},
 915   title =        {Oxide Enthalpy of Formation and Band Gap Energy As
 916                   Accurate Descriptors of Oxygen Vacancy Formation
 917                   Energetics},
 918   journal =      {Energy Environ. Sci.},
 919   volume =       7,
 920   number =       6,
 921   pages =        1996,
 922   year =         2014,
 923   doi =          {10.1039/c3ee43874k,
 924   url =          {http://dx.doi.org/10.1039/c3ee43874k}},
 925
 926 }
 927
 928
 929 #+END_SRC
 930
 931 The idea is to query Crossref in a way that is likely to give us a hit relevant to the entry.
 932
 933 According to http://search.crossref.org/help/api we can send a query with a free form citation that may give us something back. We do this to get a list of candidates, and run a helm command to get the doi.
 934
 935
 936 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 937 (defun doi-utils-crossref-citation-query ()
 938   "Query Crossref with the title of the bibtex entry at point to
 939 get a list of possible matches. This opens a helm buffer to
 940 select an entry. The default action inserts a doi and url field
 941 in the bibtex entry at point. The second action opens the doi
 942 url. If there is already a doi field, the function raises an
 943 error."
 944   (interactive)
 945   (bibtex-beginning-of-entry)
 946   (let* ((entry (bibtex-parse-entry))
 947          (json-string)
 948          (json-data)
 949          (doi))
 950     (unless (string= ""(reftex-get-bib-field "doi" entry))
 951       (error "Entry already has a doi field"))
 952
 953     (with-current-buffer
 954         (url-retrieve-synchronously
 955          (concat
 956           "http://search.crossref.org/dois?q="
 957           (url-hexify-string (org-ref-bib-citation))))
 958       (setq json-string (buffer-substring url-http-end-of-headers (point-max)))
 959       (setq json-data (json-read-from-string json-string)))
 960
 961     (let* ((name (format "Crossref hits for %s" (org-ref-bib-citation)))
 962            (helm-candidates (mapcar (lambda (x)
 963                                       (cons
 964                                        (concat
 965                                         (cdr (assoc 'fullCitation x))
 966                                         " "
 967                                         (cdr (assoc 'doi x)))
 968                                        (cdr (assoc 'doi x))))
 969                                       json-data))
 970            (source `((name . ,name)
 971                      (candidates . ,helm-candidates)
 972                      ;; just return the candidate
 973                      (action . (("Insert doi and url field" . (lambda (doi)
 974                                                                 (bibtex-make-field "doi")
 975                                                                 (backward-char)
 976                                                                 ;; crossref returns doi url, but I prefer only a doi for the doi field
 977                                                                 (insert (replace-regexp-in-string "^http://dx.doi.org/" "" doi))
 978                                                                 (when (string= ""(reftex-get-bib-field "url" entry))
 979                                                                   (bibtex-make-field "url")
 980                                                                   (backward-char)
 981                                                                   (insert doi))))
 982                                 ("Open url" . (lambda (doi)
 983                                                 (browse-url doi))))))))
 984       (helm :sources '(source)))))
 985 #+END_SRC
 986
 987 #+RESULTS:
 988 : doi-utils-crossref-citation-query
 989
 990
 991
 992 * Adding a bibtex entry from a crossref query
 993 The idea here is to perform a query on Crossref, get a helm buffer of candidates, and select the entry(ies) you want to add to your bibtex file. You can select a region, e.g. a free form citation, or set of words, or you can type the query in by hand.
 994
 995 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 996 (defun doi-utils-add-entry-from-crossref-query (query bibtex-file)
 997   (interactive (list
 998                 (read-input
 999                  "Query: "
1000                  ;; now set initial input
1001                  (cond
1002                   ;; If region is active assume we want it
1003                   ((region-active-p)
1004                    (replace-regexp-in-string
1005                     "\n" " "
1006                     (buffer-substring (region-beginning) (region-end))))
1007                   ;; type or paste it in
1008                   (t
1009                    nil)))
1010                 (ido-completing-read
1011                  "Bibfile: "
1012                  (append (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))
1013                          org-ref-default-bibliography))))
1014   (let* ((json-string)
1015          (json-data)
1016          (doi))
1017
1018     (with-current-buffer
1019         (url-retrieve-synchronously
1020          (concat
1021           "http://search.crossref.org/dois?q="
1022           (url-hexify-string query)))
1023       (setq json-string (buffer-substring url-http-end-of-headers (point-max)))
1024       (setq json-data (json-read-from-string json-string)))
1025
1026     (let* ((name (format "Crossref hits for %s"
1027                          ;; remove carriage returns. they cause problems in helm.
1028                          (replace-regexp-in-string "\n" " " query)))
1029            (helm-candidates (mapcar (lambda (x)
1030                                       (cons
1031                                        (concat
1032                                         (cdr (assoc 'fullCitation x))
1033                                         " "
1034                                         (cdr (assoc 'doi x)))
1035                                        (cdr (assoc 'doi x))))
1036                                       json-data))
1037            (source `((name . ,name)
1038                      (candidates . ,helm-candidates)
1039                      ;; just return the candidate
1040                      (action . (("Insert bibtex entry" . (lambda (doi)
1041                                                            (doi-utils-add-bibtex-entry-from-doi
1042                                                             (replace-regexp-in-string "^http://dx.doi.org/" "" doi) ,bibtex-file)))
1043                                 ("Open url" . (lambda (doi)
1044                                                 (browse-url doi))))))))
1045       (helm :sources '(source)))))
1046 #+END_SRC
1047
1048 ** json
1049
1050 #+name: json
1051 #+BEGIN_EXAMPLE
1052 [
1053   {
1054     "doi": "http://dx.doi.org/10.1039/c3ee43874k",
1055     "score": 4.7002907,
1056     "normalizedScore": 100,
1057     "title": "Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics",
1058     "fullCitation": "Ann M. Deml, Vladan Stevanović, Christopher L. Muhich, Charles B. Musgrave, Ryan O'Hayre, 2014, 'Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics', <i>Energy &amp; Environmental Science</i>, vol. 7, no. 6, p. 1996",
1059     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3ee43874k&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxide+enthalpy+of+formation+and+band+gap+energy+as+accurate+descriptors+of+oxygen+vacancy+formation+energetics&amp;rft.jtitle=Energy+%26+Environmental+Science&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=7&amp;rft.issue=6&amp;rft.spage=1996&amp;rft.aufirst=Ann+M.&amp;rft.aulast=Deml&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Ann+M.+Deml&amp;rft.au=+Vladan+Stevanovi%C4%87&amp;rft.au=+Christopher+L.+Muhich&amp;rft.au=+Charles+B.+Musgrave&amp;rft.au=+Ryan+O%27Hayre",
1060     "year": "2014"
1061   },
1062   {
1063     "doi": "http://dx.doi.org/10.1103/physrevb.86.085123",
1064     "score": 1.129964,
1065     "normalizedScore": 24,
1066     "title": "Composition-dependent oxygen vacancy formation in multicomponent wide-band-gap oxides",
1067     "fullCitation": "Altynbek Murat, Julia E. Medvedeva, 2012, 'Composition-dependent oxygen vacancy formation in multicomponent wide-band-gap oxides', <i>Physical Review B</i>, vol. 86, no. 8",
1068     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1103%2Fphysrevb.86.085123&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Composition-dependent+oxygen+vacancy+formation+in+multicomponent+wide-band-gap+oxides&amp;rft.jtitle=Physical+Review+B&amp;rft.date=2012&amp;rft.volume=86&amp;rft.issue=8&amp;rft.aufirst=Altynbek&amp;rft.aulast=Murat&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Altynbek+Murat&amp;rft.au=+Julia+E.+Medvedeva",
1069     "year": "2012"
1070   },
1071   {
1072     "doi": "http://dx.doi.org/10.1021/cm5033755",
1073     "score": 0.94063884,
1074     "normalizedScore": 20,
1075     "title": " Tunable Oxygen Vacancy Formation Energetics in the Complex Perovskite Oxide Sr  x  La  1– x  Mn  y  Al  1– y  O 3 ",
1076     "fullCitation": "Ann M. Deml, Vladan Stevanović, Aaron M. Holder, Michael Sanders, Ryan O’Hayre, Charles B. Musgrave, 2014, ' Tunable Oxygen Vacancy Formation Energetics in the Complex Perovskite Oxide Sr  x  La  1– x  Mn  y  Al  1– y  O 3 ', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 26, no. 22, pp. 6595-6602",
1077     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1021%2Fcm5033755&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=+Tunable+Oxygen+Vacancy+Formation+Energetics+in+the+Complex+Perovskite+Oxide+Sr++x++La++1%E2%80%93+x++Mn++y++Al++1%E2%80%93+y++O+3+&amp;rft.jtitle=Chemistry+of+Materials&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=26&amp;rft.issue=22&amp;rft.spage=6595&amp;rft.epage=6602&amp;rft.aufirst=Ann+M.&amp;rft.aulast=Deml&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Ann+M.+Deml&amp;rft.au=+Vladan+Stevanovi%C4%87&amp;rft.au=+Aaron+M.+Holder&amp;rft.au=+Michael+Sanders&amp;rft.au=+Ryan+O%E2%80%99Hayre&amp;rft.au=+Charles+B.+Musgrave",
1078     "year": "2014"
1079   },
1080   {
1081     "doi": "http://dx.doi.org/10.1103/physrevb.37.5905",
1082     "score": 0.8346345,
1083     "normalizedScore": 17,
1084     "title": "Oxygen-vacancy-formation enthalpy in YBa_{2}(Cu_{0.985}Fe_{0.015})_{3}O_{7-δ} oxide superconductor",
1085     "fullCitation": "Chuck Blue, Khaled Elgaid, Ivan Zitkovsky, P. Boolchand, Darl McDaniel, W. Joiner, Jean Oostens, Warren Huff, 1988, 'Oxygen-vacancy-formation enthalpy in YBa_{2}(Cu_{0.985}Fe_{0.015})_{3}O_{7-δ} oxide superconductor', <i>Physical Review B</i>, vol. 37, no. 10, pp. 5905-5908",
1086     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1103%2Fphysrevb.37.5905&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxygen-vacancy-formation+enthalpy+in+YBa_%7B2%7D%28Cu_%7B0.985%7DFe_%7B0.015%7D%29_%7B3%7DO_%7B7-%CE%B4%7D+oxide+superconductor&amp;rft.jtitle=Physical+Review+B&amp;rft.date=1988&amp;rft.volume=37&amp;rft.issue=10&amp;rft.spage=5905&amp;rft.epage=5908&amp;rft.aufirst=Chuck&amp;rft.aulast=Blue&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Chuck+Blue&amp;rft.au=+Khaled+Elgaid&amp;rft.au=+Ivan+Zitkovsky&amp;rft.au=+P.+Boolchand&amp;rft.au=+Darl+McDaniel&amp;rft.au=+W.+Joiner&amp;rft.au=+Jean+Oostens&amp;rft.au=+Warren+Huff",
1087     "year": "1988"
1088   },
1089   {
1090     "doi": "http://dx.doi.org/10.1063/1.1732384",
1091     "score": 0.7613335,
1092     "normalizedScore": 16,
1093     "title": "Enthalpy of Formation of Oxygen Vacancies in Barium Oxide",
1094     "fullCitation": "H. Holloway, 1962, 'Enthalpy of Formation of Oxygen Vacancies in Barium Oxide', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 36, no. 11, p. 2820",
1095     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.1732384&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Enthalpy+of+Formation+of+Oxygen+Vacancies+in+Barium+Oxide&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=1962&amp;rft.volume=36&amp;rft.issue=11&amp;rft.spage=2820&amp;rft.aufirst=H.&amp;rft.aulast=Holloway&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=H.+Holloway",
1096     "year": "1962"
1097   },
1098   {
1099     "doi": "http://dx.doi.org/10.1002/crat.2170221219",
1100     "score": 0.73206276,
1101     "normalizedScore": 15,
1102     "title": "Vacancy formation enthalpy in AgZn alloys",
1103     "fullCitation": "St. Chabik, 1987, 'Vacancy formation enthalpy in AgZn alloys', <i>Crystal Research and Technology</i>, vol. 22, no. 12, pp. 1523-1527",
1104     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1002%2Fcrat.2170221219&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Vacancy+formation+enthalpy+in+AgZn+alloys&amp;rft.jtitle=Crystal+Research+and+Technology&amp;rft.date=1987&amp;rft.volume=22&amp;rft.issue=12&amp;rft.spage=1523&amp;rft.epage=1527&amp;rft.aufirst=St.&amp;rft.aulast=Chabik&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=St.+Chabik",
1105     "year": "1987"
1106   },
1107   {
1108     "doi": "http://dx.doi.org/10.1007/s10562-013-0985-7",
1109     "score": 0.692246,
1110     "normalizedScore": 14,
1111     "title": "Methane Oxidation by Lanthanum Oxide Doped with Cu, Zn, Mg, Fe, Nb, Ti, Zr, or Ta: The Connection Between the Activation Energy and the Energy of Oxygen-Vacancy Formation",
1112     "fullCitation": "Alan R. Derk, Bo Li, Sudhanshu Sharma, George M. Moore, Eric W. McFarland, Horia Metiu, 2013, 'Methane Oxidation by Lanthanum Oxide Doped with Cu, Zn, Mg, Fe, Nb, Ti, Zr, or Ta: The Connection Between the Activation Energy and the Energy of Oxygen-Vacancy Formation', <i>Catalysis Letters</i>, vol. 143, no. 5, pp. 406-410",
1113     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1007%2Fs10562-013-0985-7&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Methane+Oxidation+by+Lanthanum+Oxide+Doped+with+Cu%2C+Zn%2C+Mg%2C+Fe%2C+Nb%2C+Ti%2C+Zr%2C+or+Ta%3A+The+Connection+Between+the+Activation+Energy+and+the+Energy+of+Oxygen-Vacancy+Formation&amp;rft.jtitle=Catalysis+Letters&amp;rft.date=2013&amp;rft.volume=143&amp;rft.issue=5&amp;rft.spage=406&amp;rft.epage=410&amp;rft.aufirst=Alan+R.&amp;rft.aulast=Derk&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Alan+R.+Derk&amp;rft.au=+Bo+Li&amp;rft.au=+Sudhanshu+Sharma&amp;rft.au=+George+M.+Moore&amp;rft.au=+Eric+W.+McFarland&amp;rft.au=+Horia+Metiu",
1114     "year": "2013"
1115   },
1116   {
1117     "doi": "http://dx.doi.org/10.1039/c3cp55214d",
1118     "score": 0.6675249,
1119     "normalizedScore": 14,
1120     "title": "Oxygen vacancy formation and annihilation in lanthanum cerium oxide as a metal reactive oxide on 4H-silicon carbide",
1121     "fullCitation": "Way Foong Lim, Kuan Yew Cheong, 2014, 'Oxygen vacancy formation and annihilation in lanthanum cerium oxide as a metal reactive oxide on 4H-silicon carbide', <i>Physical Chemistry Chemical Physics</i>, vol. 16, no. 15, p. 7015",
1122     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3cp55214d&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxygen+vacancy+formation+and+annihilation+in+lanthanum+cerium+oxide+as+a+metal+reactive+oxide+on+4H-silicon+carbide&amp;rft.jtitle=Physical+Chemistry+Chemical+Physics&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=16&amp;rft.issue=15&amp;rft.spage=7015&amp;rft.aufirst=Way+Foong&amp;rft.aulast=Lim&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Way+Foong+Lim&amp;rft.au=+Kuan+Yew+Cheong",
1123     "year": "2014"
1124   },
1125   {
1126     "doi": "http://dx.doi.org/10.1021/cm052543j",
1127     "score": 0.6519111,
1128     "normalizedScore": 13,
1129     "title": "Energetics of Bulk and Nano-Akaganeite, β-FeOOH:  Enthalpy of Formation, Surface Enthalpy, and Enthalpy of Water Adsorption",
1130     "fullCitation": "Lena Mazeina, Suraj Deore, Alexandra Navrotsky, 2006, 'Energetics of Bulk and Nano-Akaganeite, β-FeOOH:  Enthalpy of Formation, Surface Enthalpy, and Enthalpy of Water Adsorption', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 18, no. 7, pp. 1830-1838",
1131     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1021%2Fcm052543j&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Energetics+of+Bulk+and+Nano-Akaganeite%2C+%CE%B2-FeOOH%3A%C2%A0+Enthalpy+of+Formation%2C+Surface+Enthalpy%2C+and+Enthalpy+of+Water+Adsorption&amp;rft.jtitle=Chemistry+of+Materials&amp;rft.date=2006&amp;rft.volume=18&amp;rft.issue=7&amp;rft.spage=1830&amp;rft.epage=1838&amp;rft.aufirst=Lena&amp;rft.aulast=Mazeina&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Lena+Mazeina&amp;rft.au=+Suraj+Deore&amp;rft.au=+Alexandra+Navrotsky",
1132     "year": "2006"
1133   },
1134   {
1135     "doi": "http://dx.doi.org/10.1063/1.1677897",
1136     "score": 0.6344446,
1137     "normalizedScore": 13,
1138     "title": "Thermochemical and Theoretical Investigations of the Sodium-Oxygen System. I. The Standard Enthalpy of Formation of Sodium Oxide (Na2O)",
1139     "fullCitation": "P. A. G. O'Hare, 1972, 'Thermochemical and Theoretical Investigations of the Sodium-Oxygen System. I. The Standard Enthalpy of Formation of Sodium Oxide (Na2O)', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 56, no. 9, p. 4513",
1140     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.1677897&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Thermochemical+and+Theoretical+Investigations+of+the+Sodium-Oxygen+System.+I.+The+Standard+Enthalpy+of+Formation+of+Sodium+Oxide+%28Na2O%29&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=1972&amp;rft.volume=56&amp;rft.issue=9&amp;rft.spage=4513&amp;rft.aufirst=P.+A.+G.&amp;rft.aulast=O%27Hare&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=P.+A.+G.+O%27Hare",
1141     "year": "1972"
1142   },
1143   {
1144     "doi": "http://dx.doi.org/10.1063/1.1679492",
1145     "score": 0.6344446,
1146     "normalizedScore": 13,
1147     "title": "Erratum: Thermochemical and theoretical investigations of the sodium-oxygen system. I. The standard enthalpy of formation of sodium oxide (Na2O)",
1148     "fullCitation": "P. A. G. O'Hare, 1973, 'Erratum: Thermochemical and theoretical investigations of the sodium-oxygen system. I. The standard enthalpy of formation of sodium oxide (Na2O)', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 58, no. 5, p. 2196",
1149     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.1679492&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Erratum%3A+Thermochemical+and+theoretical+investigations+of+the+sodium-oxygen+system.+I.+The+standard+enthalpy+of+formation+of+sodium+oxide+%28Na2O%29&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=1973&amp;rft.volume=58&amp;rft.issue=5&amp;rft.spage=2196&amp;rft.aufirst=P.+A.+G.&amp;rft.aulast=O%27Hare&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=P.+A.+G.+O%27Hare",
1150     "year": "1973"
1151   },
1152   {
1153     "doi": "http://dx.doi.org/10.1002/pssb.19680250249",
1154     "score": 0.62748235,
1155     "normalizedScore": 13,
1156     "title": "On enthalpy calculation of vacancy formation in inorganic substances",
1157     "fullCitation": "B. N. Oshcherin, 1968, 'On enthalpy calculation of vacancy formation in inorganic substances', <i>Physica Status Solidi (b)</i>, vol. 25, no. 2, pp. K123-K125",
1158     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1002%2Fpssb.19680250249&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=On+enthalpy+calculation+of+vacancy+formation+in+inorganic+substances&amp;rft.jtitle=Physica+Status+Solidi+%28b%29&amp;rft.date=1968&amp;rft.volume=25&amp;rft.issue=2&amp;rft.spage=K123&amp;rft.epage=K125&amp;rft.aufirst=B.+N.&amp;rft.aulast=Oshcherin&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=B.+N.+Oshcherin",
1159     "year": "1968"
1160   },
1161   {
1162     "doi": "http://dx.doi.org/10.1002/pssb.2221040224",
1163     "score": 0.62748235,
1164     "normalizedScore": 13,
1165     "title": "Vacancy Formation Enthalpy in Cadmium by Positron Lifetime Measurements",
1166     "fullCitation": "P. Mascher, L. Breitenhuber, W. Puff, 1981, 'Vacancy Formation Enthalpy in Cadmium by Positron Lifetime Measurements', <i>physica status solidi (b)</i>, vol. 104, no. 2, pp. 601-605",
1167     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1002%2Fpssb.2221040224&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Vacancy+Formation+Enthalpy+in+Cadmium+by+Positron+Lifetime+Measurements&amp;rft.jtitle=physica+status+solidi+%28b%29&amp;rft.date=1981&amp;rft.volume=104&amp;rft.issue=2&amp;rft.spage=601&amp;rft.epage=605&amp;rft.aufirst=P.&amp;rft.aulast=Mascher&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=P.+Mascher&amp;rft.au=+L.+Breitenhuber&amp;rft.au=+W.+Puff",
1168     "year": "1981"
1169   },
1170   {
1171     "doi": "http://dx.doi.org/10.1016/0375-9601(79)90707-2",
1172     "score": 0.62748235,
1173     "normalizedScore": 13,
1174     "title": "Vacancy formation enthalpy in γ cerium from positron annihilation",
1175     "fullCitation": "M. Boidron, R. Paulin, 1979, 'Vacancy formation enthalpy in γ cerium from positron annihilation', <i>Physics Letters A</i>, vol. 73, no. 3, pp. 200-202",
1176     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1016%2F0375-9601%2879%2990707-2&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Vacancy+formation+enthalpy+in+%CE%B3+cerium+from+positron+annihilation&amp;rft.jtitle=Physics+Letters+A&amp;rft.date=1979&amp;rft.volume=73&amp;rft.issue=3&amp;rft.spage=200&amp;rft.epage=202&amp;rft.aufirst=M.&amp;rft.aulast=Boidron&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=M.+Boidron&amp;rft.au=+R.+Paulin",
1177     "year": "1979"
1178   },
1179   {
1180     "doi": "http://dx.doi.org/10.1016/0036-9748(83)90449-0",
1181     "score": 0.62748235,
1182     "normalizedScore": 13,
1183     "title": "Estimation of the vacancy formation enthalpy of metals",
1184     "fullCitation": "Alcides R. Patete, Joachim P. Neumann, 1983, 'Estimation of the vacancy formation enthalpy of metals', <i>Scripta Metallurgica</i>, vol. 17, no. 8, pp. 1047-1048",
1185     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1016%2F0036-9748%2883%2990449-0&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Estimation+of+the+vacancy+formation+enthalpy+of+metals&amp;rft.jtitle=Scripta+Metallurgica&amp;rft.date=1983&amp;rft.volume=17&amp;rft.issue=8&amp;rft.spage=1047&amp;rft.epage=1048&amp;rft.aufirst=Alcides+R.&amp;rft.aulast=Patete&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Alcides+R.+Patete&amp;rft.au=+Joachim+P.+Neumann",
1186     "year": "1983"
1187   },
1188   {
1189     "doi": "http://dx.doi.org/10.1039/c3ja50034a",
1190     "score": 0.62469214,
1191     "normalizedScore": 13,
1192     "title": "Formation of an oxygen vacancy-dinitrogen complex in nitrogen-doped hafnium oxide",
1193     "fullCitation": "Mino Yang, Jee-Hwan Bae, Cheol-Woong Yang, Anass Benayad, Hionsuck Baik, 2013, 'Formation of an oxygen vacancy-dinitrogen complex in nitrogen-doped hafnium oxide', <i>Journal of Analytical Atomic Spectrometry</i>, vol. 28, no. 4, p. 482",
1194     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3ja50034a&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Formation+of+an+oxygen+vacancy-dinitrogen+complex+in+nitrogen-doped+hafnium+oxide&amp;rft.jtitle=Journal+of+Analytical+Atomic+Spectrometry&amp;rft.date=2013&amp;rft.volume=28&amp;rft.issue=4&amp;rft.spage=482&amp;rft.aufirst=Mino&amp;rft.aulast=Yang&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Mino+Yang&amp;rft.au=+Jee-Hwan+Bae&amp;rft.au=+Cheol-Woong+Yang&amp;rft.au=+Anass+Benayad&amp;rft.au=+Hionsuck+Baik",
1195     "year": "2013"
1196   },
1197   {
1198     "doi": "http://dx.doi.org/10.1016/0021-9517(81)90023-3",
1199     "score": 0.62469214,
1200     "normalizedScore": 13,
1201     "title": "SCF-SW-X$alpha; calculations of the removal of oxygen from oxide surfaces by vacancy formation and crystallographic shear mechanisms",
1202     "fullCitation": "E BROCAWIK, 1981, 'SCF-SW-X$alpha; calculations of the removal of oxygen from oxide surfaces by vacancy formation and crystallographic shear mechanisms', <i>Journal of Catalysis</i>, vol. 72, no. 2, pp. 379-382",
1203     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1016%2F0021-9517%2881%2990023-3&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=SCF-SW-X%24alpha%3B+calculations+of+the+removal+of+oxygen+from+oxide+surfaces+by+vacancy+formation+and+crystallographic+shear+mechanisms&amp;rft.jtitle=Journal+of+Catalysis&amp;rft.date=1981&amp;rft.volume=72&amp;rft.issue=2&amp;rft.spage=379&amp;rft.epage=382&amp;rft.aufirst=E&amp;rft.aulast=BROCAWIK&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=E+BROCAWIK",
1204     "year": "1981"
1205   },
1206   {
1207     "doi": "http://dx.doi.org/10.1063/1.2335842",
1208     "score": 0.62469214,
1209     "normalizedScore": 13,
1210     "title": "Bulk and surface oxygen vacancy formation and diffusion in single crystals, ultrathin films, and metal grown oxide structures",
1211     "fullCitation": "J. Carrasco, N. Lopez, F. Illas, H.-J. Freund, 2006, 'Bulk and surface oxygen vacancy formation and diffusion in single crystals, ultrathin films, and metal grown oxide structures', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 125, no. 7, p. 074711",
1212     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.2335842&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Bulk+and+surface+oxygen+vacancy+formation+and+diffusion+in+single+crystals%2C+ultrathin+films%2C+and+metal+grown+oxide+structures&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=2006&amp;rft.volume=125&amp;rft.issue=7&amp;rft.spage=074711&amp;rft.aufirst=J.&amp;rft.aulast=Carrasco&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=J.+Carrasco&amp;rft.au=+N.+Lopez&amp;rft.au=+F.+Illas&amp;rft.au=+H.-J.+Freund",
1213     "year": "2006"
1214   },
1215   {
1216     "doi": "http://dx.doi.org/10.1016/j.ijhydene.2011.12.079",
1217     "score": 0.6176822,
1218     "normalizedScore": 13,
1219     "title": "Oxygen vacancy formation on the Ni/Ce0.75Zr0.25O2(111) surface. A DFT+U study",
1220     "fullCitation": "Delfina García Pintos, Alfredo Juan, Beatriz Irigoyen, 2012, 'Oxygen vacancy formation on the Ni/Ce0.75Zr0.25O2(111) surface. A DFT+U study', <i>International Journal of Hydrogen Energy</i>, vol. 37, no. 19, pp. 14937-14944",
1221     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1016%2Fj.ijhydene.2011.12.079&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxygen+vacancy+formation+on+the+Ni%2FCe0.75Zr0.25O2%28111%29+surface.+A+DFT%2BU+study&amp;rft.jtitle=International+Journal+of+Hydrogen+Energy&amp;rft.date=2012&amp;rft.volume=37&amp;rft.issue=19&amp;rft.spage=14937&amp;rft.epage=14944&amp;rft.aufirst=Delfina&amp;rft.aulast=Garc%C3%ADa+Pintos&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Delfina+Garc%C3%ADa+Pintos&amp;rft.au=+Alfredo+Juan&amp;rft.au=+Beatriz+Irigoyen",
1222     "year": "2012"
1223   },
1224   {
1225     "doi": "http://dx.doi.org/10.1103/physrevb.90.144105",
1226     "score": 0.6172708,
1227     "normalizedScore": 13,
1228     "title": "Vacancy formation enthalpy of filled <span class=\"aps-inline-formula\"><math xmlns=\"http://www.w3.org/1998/Math/MathML\"><mi>d</mi></math></span>-band noble metals by hybrid functionals",
1229     "fullCitation": "Weiwei Xing, Peitao Liu, Xiyue Cheng, Haiyang Niu, Hui Ma, Dianzhong Li, Yiyi Li, Xing-Qiu Chen, 2014, 'Vacancy formation enthalpy of filled &lt;span class=&quot;aps-inline-formula&quot;&gt;&lt;math xmlns=&quot;http://www.w3.org/1998/Math/MathML&quot;&gt;&lt;mi&gt;d&lt;/mi&gt;&lt;/math&gt;&lt;/span&gt;-band noble metals by hybrid functionals', <i>Physical Review B</i>, vol. 90, no. 14",
1230     "coins": "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1103%2Fphysrevb.90.144105&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Vacancy+formation+enthalpy+of+filled+%3Cspan+class%3D%22aps-inline-formula%22%3E%3Cmath+xmlns%3D%22http%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1998%2FMath%2FMathML%22%3E%3Cmi%3Ed%3C%2Fmi%3E%3C%2Fmath%3E%3C%2Fspan%3E-band+noble+metals+by+hybrid+functionals&amp;rft.jtitle=Physical+Review+B&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=90&amp;rft.issue=14&amp;rft.aufirst=Weiwei&amp;rft.aulast=Xing&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Weiwei+Xing&amp;rft.au=+Peitao+Liu&amp;rft.au=+Xiyue+Cheng&amp;rft.au=+Haiyang+Niu&amp;rft.au=+Hui+Ma&amp;rft.au=+Dianzhong+Li&amp;rft.au=+Yiyi+Li&amp;rft.au=+Xing-Qiu+Chen",
1231     "year": "2014"
1232   }
1233 ]
1234 #+END_EXAMPLE
1235
1236
1237 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :var data=json  :results value raw :tangle no
1238 (let ((json-object-type 'plist)
1239       (json (json-read-from-string data)))
1240 (aref json 0))
1241 #+END_SRC
1242
1243 #+RESULTS:
1244 ((year . 2014) (coins . ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3ee43874k&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxide+enthalpy+of+formation+and+band+gap+energy+as+accurate+descriptors+of+oxygen+vacancy+formation+energetics&amp;rft.jtitle=Energy+%26+Environmental+Science&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=7&amp;rft.issue=6&amp;rft.spage=1996&amp;rft.aufirst=Ann+M.&amp;rft.aulast=Deml&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Ann+M.+Deml&amp;rft.au=+Vladan+Stevanovi%C4%87&amp;rft.au=+Christopher+L.+Muhich&amp;rft.au=+Charles+B.+Musgrave&amp;rft.au=+Ryan+O%27Hayre) (fullCitation . Ann M. Deml, Vladan Stevanovi\304\207, Christopher L. Muhich, Charles B. Musgrave, Ryan O'Hayre, 2014, 'Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics', <i>Energy &amp; Environmental Science</i>, vol. 7, no. 6, p. 1996) (title . Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics) (normalizedScore . 100) (score . 4.7002907) (doi . http://dx.doi.org/10.1039/c3ee43874k))
1245
1246
1247
1248 Here is a list of helm candidates
1249 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :var data=json :results code :tangle no
1250 (let (;(json-object-type 'plist)
1251       (json (json-read-from-string data)))
1252   (mapcar (lambda (x) (cons (assoc 'fullCitation x) x)) json))
1253 #+END_SRC
1254
1255 #+RESULTS:
1256 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
1257
1258 (((fullCitation . "Ann M. Deml, Vladan Stevanovi\304\207, Christopher L. Muhich, Charles B. Musgrave, Ryan O'Hayre, 2014, 'Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics', <i>Energy &amp; Environmental Science</i>, vol. 7, no. 6, p. 1996")
1259   (year . "2014")
1260   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3ee43874k&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxide+enthalpy+of+formation+and+band+gap+energy+as+accurate+descriptors+of+oxygen+vacancy+formation+energetics&amp;rft.jtitle=Energy+%26+Environmental+Science&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=7&amp;rft.issue=6&amp;rft.spage=1996&amp;rft.aufirst=Ann+M.&amp;rft.aulast=Deml&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Ann+M.+Deml&amp;rft.au=+Vladan+Stevanovi%C4%87&amp;rft.au=+Christopher+L.+Muhich&amp;rft.au=+Charles+B.+Musgrave&amp;rft.au=+Ryan+O%27Hayre")
1261   (fullCitation . "Ann M. Deml, Vladan Stevanovi\304\207, Christopher L. Muhich, Charles B. Musgrave, Ryan O'Hayre, 2014, 'Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics', <i>Energy &amp; Environmental Science</i>, vol. 7, no. 6, p. 1996")
1262   (title . "Oxide enthalpy of formation and band gap energy as accurate descriptors of oxygen vacancy formation energetics")
1263   (normalizedScore . 100)
1264   (score . 4.7002907)
1265   (doi . "http://dx.doi.org/10.1039/c3ee43874k"))
1266  ((fullCitation . "Altynbek Murat, Julia E. Medvedeva, 2012, 'Composition-dependent oxygen vacancy formation in multicomponent wide-band-gap oxides', <i>Physical Review B</i>, vol. 86, no. 8")
1267   (year . "2012")
1268   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1103%2Fphysrevb.86.085123&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Composition-dependent+oxygen+vacancy+formation+in+multicomponent+wide-band-gap+oxides&amp;rft.jtitle=Physical+Review+B&amp;rft.date=2012&amp;rft.volume=86&amp;rft.issue=8&amp;rft.aufirst=Altynbek&amp;rft.aulast=Murat&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Altynbek+Murat&amp;rft.au=+Julia+E.+Medvedeva")
1269   (fullCitation . "Altynbek Murat, Julia E. Medvedeva, 2012, 'Composition-dependent oxygen vacancy formation in multicomponent wide-band-gap oxides', <i>Physical Review B</i>, vol. 86, no. 8")
1270   (title . "Composition-dependent oxygen vacancy formation in multicomponent wide-band-gap oxides")
1271   (normalizedScore . 24)
1272   (score . 1.129964)
1273   (doi . "http://dx.doi.org/10.1103/physrevb.86.085123"))
1274  ((fullCitation . "Ann M. Deml, Vladan Stevanovi\304\207, Aaron M. Holder, Michael Sanders, Ryan O\342\200\231Hayre, Charles B. Musgrave, 2014, ' Tunable Oxygen Vacancy Formation Energetics in the Complex Perovskite Oxide Sr  x  La  1\342\200\223 x  Mn  y  Al  1\342\200\223 y  O 3 ', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 26, no. 22, pp. 6595-6602")
1275   (year . "2014")
1276   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1021%2Fcm5033755&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=+Tunable+Oxygen+Vacancy+Formation+Energetics+in+the+Complex+Perovskite+Oxide+Sr++x++La++1%E2%80%93+x++Mn++y++Al++1%E2%80%93+y++O+3+&amp;rft.jtitle=Chemistry+of+Materials&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=26&amp;rft.issue=22&amp;rft.spage=6595&amp;rft.epage=6602&amp;rft.aufirst=Ann+M.&amp;rft.aulast=Deml&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Ann+M.+Deml&amp;rft.au=+Vladan+Stevanovi%C4%87&amp;rft.au=+Aaron+M.+Holder&amp;rft.au=+Michael+Sanders&amp;rft.au=+Ryan+O%E2%80%99Hayre&amp;rft.au=+Charles+B.+Musgrave")
1277   (fullCitation . "Ann M. Deml, Vladan Stevanovi\304\207, Aaron M. Holder, Michael Sanders, Ryan O\342\200\231Hayre, Charles B. Musgrave, 2014, ' Tunable Oxygen Vacancy Formation Energetics in the Complex Perovskite Oxide Sr  x  La  1\342\200\223 x  Mn  y  Al  1\342\200\223 y  O 3 ', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 26, no. 22, pp. 6595-6602")
1278   (title . " Tunable Oxygen Vacancy Formation Energetics in the Complex Perovskite Oxide Sr  x  La  1\342\200\223 x  Mn  y  Al  1\342\200\223 y  O 3 ")
1279   (normalizedScore . 20)
1280   (score . 0.94063884)
1281   (doi . "http://dx.doi.org/10.1021/cm5033755"))
1282  ((fullCitation . "Chuck Blue, Khaled Elgaid, Ivan Zitkovsky, P. Boolchand, Darl McDaniel, W. Joiner, Jean Oostens, Warren Huff, 1988, 'Oxygen-vacancy-formation enthalpy in YBa_{2}(Cu_{0.985}Fe_{0.015})_{3}O_{7-\316\264} oxide superconductor', <i>Physical Review B</i>, vol. 37, no. 10, pp. 5905-5908")
1283   (year . "1988")
1284   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1103%2Fphysrevb.37.5905&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxygen-vacancy-formation+enthalpy+in+YBa_%7B2%7D%28Cu_%7B0.985%7DFe_%7B0.015%7D%29_%7B3%7DO_%7B7-%CE%B4%7D+oxide+superconductor&amp;rft.jtitle=Physical+Review+B&amp;rft.date=1988&amp;rft.volume=37&amp;rft.issue=10&amp;rft.spage=5905&amp;rft.epage=5908&amp;rft.aufirst=Chuck&amp;rft.aulast=Blue&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Chuck+Blue&amp;rft.au=+Khaled+Elgaid&amp;rft.au=+Ivan+Zitkovsky&amp;rft.au=+P.+Boolchand&amp;rft.au=+Darl+McDaniel&amp;rft.au=+W.+Joiner&amp;rft.au=+Jean+Oostens&amp;rft.au=+Warren+Huff")
1285   (fullCitation . "Chuck Blue, Khaled Elgaid, Ivan Zitkovsky, P. Boolchand, Darl McDaniel, W. Joiner, Jean Oostens, Warren Huff, 1988, 'Oxygen-vacancy-formation enthalpy in YBa_{2}(Cu_{0.985}Fe_{0.015})_{3}O_{7-\316\264} oxide superconductor', <i>Physical Review B</i>, vol. 37, no. 10, pp. 5905-5908")
1286   (title . "Oxygen-vacancy-formation enthalpy in YBa_{2}(Cu_{0.985}Fe_{0.015})_{3}O_{7-\316\264} oxide superconductor")
1287   (normalizedScore . 17)
1288   (score . 0.8346345)
1289   (doi . "http://dx.doi.org/10.1103/physrevb.37.5905"))
1290  ((fullCitation . "H. Holloway, 1962, 'Enthalpy of Formation of Oxygen Vacancies in Barium Oxide', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 36, no. 11, p. 2820")
1291   (year . "1962")
1292   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.1732384&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Enthalpy+of+Formation+of+Oxygen+Vacancies+in+Barium+Oxide&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=1962&amp;rft.volume=36&amp;rft.issue=11&amp;rft.spage=2820&amp;rft.aufirst=H.&amp;rft.aulast=Holloway&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=H.+Holloway")
1293   (fullCitation . "H. Holloway, 1962, 'Enthalpy of Formation of Oxygen Vacancies in Barium Oxide', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 36, no. 11, p. 2820")
1294   (title . "Enthalpy of Formation of Oxygen Vacancies in Barium Oxide")
1295   (normalizedScore . 16)
1296   (score . 0.7613335)
1297   (doi . "http://dx.doi.org/10.1063/1.1732384"))
1298  ((fullCitation . "St. Chabik, 1987, 'Vacancy formation enthalpy in AgZn alloys', <i>Crystal Research and Technology</i>, vol. 22, no. 12, pp. 1523-1527")
1299   (year . "1987")
1300   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1002%2Fcrat.2170221219&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Vacancy+formation+enthalpy+in+AgZn+alloys&amp;rft.jtitle=Crystal+Research+and+Technology&amp;rft.date=1987&amp;rft.volume=22&amp;rft.issue=12&amp;rft.spage=1523&amp;rft.epage=1527&amp;rft.aufirst=St.&amp;rft.aulast=Chabik&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=St.+Chabik")
1301   (fullCitation . "St. Chabik, 1987, 'Vacancy formation enthalpy in AgZn alloys', <i>Crystal Research and Technology</i>, vol. 22, no. 12, pp. 1523-1527")
1302   (title . "Vacancy formation enthalpy in AgZn alloys")
1303   (normalizedScore . 15)
1304   (score . 0.73206276)
1305   (doi . "http://dx.doi.org/10.1002/crat.2170221219"))
1306  ((fullCitation . "Alan R. Derk, Bo Li, Sudhanshu Sharma, George M. Moore, Eric W. McFarland, Horia Metiu, 2013, 'Methane Oxidation by Lanthanum Oxide Doped with Cu, Zn, Mg, Fe, Nb, Ti, Zr, or Ta: The Connection Between the Activation Energy and the Energy of Oxygen-Vacancy Formation', <i>Catalysis Letters</i>, vol. 143, no. 5, pp. 406-410")
1307   (year . "2013")
1308   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1007%2Fs10562-013-0985-7&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Methane+Oxidation+by+Lanthanum+Oxide+Doped+with+Cu%2C+Zn%2C+Mg%2C+Fe%2C+Nb%2C+Ti%2C+Zr%2C+or+Ta%3A+The+Connection+Between+the+Activation+Energy+and+the+Energy+of+Oxygen-Vacancy+Formation&amp;rft.jtitle=Catalysis+Letters&amp;rft.date=2013&amp;rft.volume=143&amp;rft.issue=5&amp;rft.spage=406&amp;rft.epage=410&amp;rft.aufirst=Alan+R.&amp;rft.aulast=Derk&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Alan+R.+Derk&amp;rft.au=+Bo+Li&amp;rft.au=+Sudhanshu+Sharma&amp;rft.au=+George+M.+Moore&amp;rft.au=+Eric+W.+McFarland&amp;rft.au=+Horia+Metiu")
1309   (fullCitation . "Alan R. Derk, Bo Li, Sudhanshu Sharma, George M. Moore, Eric W. McFarland, Horia Metiu, 2013, 'Methane Oxidation by Lanthanum Oxide Doped with Cu, Zn, Mg, Fe, Nb, Ti, Zr, or Ta: The Connection Between the Activation Energy and the Energy of Oxygen-Vacancy Formation', <i>Catalysis Letters</i>, vol. 143, no. 5, pp. 406-410")
1310   (title . "Methane Oxidation by Lanthanum Oxide Doped with Cu, Zn, Mg, Fe, Nb, Ti, Zr, or Ta: The Connection Between the Activation Energy and the Energy of Oxygen-Vacancy Formation")
1311   (normalizedScore . 14)
1312   (score . 0.692246)
1313   (doi . "http://dx.doi.org/10.1007/s10562-013-0985-7"))
1314  ((fullCitation . "Way Foong Lim, Kuan Yew Cheong, 2014, 'Oxygen vacancy formation and annihilation in lanthanum cerium oxide as a metal reactive oxide on 4H-silicon carbide', <i>Physical Chemistry Chemical Physics</i>, vol. 16, no. 15, p. 7015")
1315   (year . "2014")
1316   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1039%2Fc3cp55214d&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Oxygen+vacancy+formation+and+annihilation+in+lanthanum+cerium+oxide+as+a+metal+reactive+oxide+on+4H-silicon+carbide&amp;rft.jtitle=Physical+Chemistry+Chemical+Physics&amp;rft.date=2014&amp;rft.volume=16&amp;rft.issue=15&amp;rft.spage=7015&amp;rft.aufirst=Way+Foong&amp;rft.aulast=Lim&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Way+Foong+Lim&amp;rft.au=+Kuan+Yew+Cheong")
1317   (fullCitation . "Way Foong Lim, Kuan Yew Cheong, 2014, 'Oxygen vacancy formation and annihilation in lanthanum cerium oxide as a metal reactive oxide on 4H-silicon carbide', <i>Physical Chemistry Chemical Physics</i>, vol. 16, no. 15, p. 7015")
1318   (title . "Oxygen vacancy formation and annihilation in lanthanum cerium oxide as a metal reactive oxide on 4H-silicon carbide")
1319   (normalizedScore . 14)
1320   (score . 0.6675249)
1321   (doi . "http://dx.doi.org/10.1039/c3cp55214d"))
1322  ((fullCitation . "Lena Mazeina, Suraj Deore, Alexandra Navrotsky, 2006, 'Energetics of Bulk and Nano-Akaganeite, \316\262-FeOOH:\302\240 Enthalpy of Formation, Surface Enthalpy, and Enthalpy of Water Adsorption', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 18, no. 7, pp. 1830-1838")
1323   (year . "2006")
1324   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1021%2Fcm052543j&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Energetics+of+Bulk+and+Nano-Akaganeite%2C+%CE%B2-FeOOH%3A%C2%A0+Enthalpy+of+Formation%2C+Surface+Enthalpy%2C+and+Enthalpy+of+Water+Adsorption&amp;rft.jtitle=Chemistry+of+Materials&amp;rft.date=2006&amp;rft.volume=18&amp;rft.issue=7&amp;rft.spage=1830&amp;rft.epage=1838&amp;rft.aufirst=Lena&amp;rft.aulast=Mazeina&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=Lena+Mazeina&amp;rft.au=+Suraj+Deore&amp;rft.au=+Alexandra+Navrotsky")
1325   (fullCitation . "Lena Mazeina, Suraj Deore, Alexandra Navrotsky, 2006, 'Energetics of Bulk and Nano-Akaganeite, \316\262-FeOOH:\302\240 Enthalpy of Formation, Surface Enthalpy, and Enthalpy of Water Adsorption', <i>Chemistry of Materials</i>, vol. 18, no. 7, pp. 1830-1838")
1326   (title . "Energetics of Bulk and Nano-Akaganeite, \316\262-FeOOH:\302\240 Enthalpy of Formation, Surface Enthalpy, and Enthalpy of Water Adsorption")
1327   (normalizedScore . 13)
1328   (score . 0.6519111)
1329   (doi . "http://dx.doi.org/10.1021/cm052543j"))
1330  ((fullCitation . "P. A. G. O'Hare, 1972, 'Thermochemical and Theoretical Investigations of the Sodium-Oxygen System. I. The Standard Enthalpy of Formation of Sodium Oxide (Na2O)', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 56, no. 9, p. 4513")
1331   (year . "1972")
1332   (coins . "ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_id=info%3Adoi%2Fhttp%3A%2F%2Fdx.doi.org%2F10.1063%2F1.1677897&amp;rfr_id=info%3Asid%2Fcrossref.org%3Asearch&amp;rft.atitle=Thermochemical+and+Theoretical+Investigations+of+the+Sodium-Oxygen+System.+I.+The+Standard+Enthalpy+of+Formation+of+Sodium+Oxide+%28Na2O%29&amp;rft.jtitle=The+Journal+of+Chemical+Physics&amp;rft.date=1972&amp;rft.volume=56&amp;rft.issue=9&amp;rft.spage=4513&amp;rft.aufirst=P.+A.+G.&amp;rft.aulast=O%27Hare&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.au=P.+A.+G.+O%27Hare")
1333   (fullCitation . "P. A. G. O'Hare, 1972, 'Thermochemical and Theoretical Investigations of the Sodium-Oxygen System. I. The Standard Enthalpy of Formation of Sodium Oxide (Na2O)', <i>The Journal of Chemical Physics</i>, vol. 56, no. 9, p. 4513")
1334   (title . "Thermochemical and Theoretical Investigations of the Sodium-Oxygen System. I. The Standard Enthalpy of Formation of Sodium Oxide (Na2O)")
1335   (normalizedScore . 13)
1336   (score . 0.6344446)
1337   (doi . "http://dx.doi.org/10.1063/1.1677897"))
1338  ...)
1339 #+END_SRC
1340
1341
1342 * ISBN utility
1343 These are not really doi utilities, but for now I am putting them here.
1344
1345 I found this on the web. It can be handy, but the bibtex entry has a lot of stuff in it.
1346
1347 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
1348 (defun isbn-to-bibtex-lead (isbn)
1349  "Search lead.to for ISBN bibtex entry. You have to copy the entry if it is on the page to your bibtex file."
1350  (interactive "sISBN: ")
1351 (browse-url
1352 (format "http://lead.to/amazon/en/?key=%s+&si=all&op=bt&bn=&so=sa&ht=us" isbn)))
1353 #+END_SRC
1354
1355 Here we get isbn metadata and build a bibtex entry.
1356 http://xisbn.worldcat.org/xisbnadmin/doc/api.htm#getmetadata
1357
1358
1359 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
1360 (defun isbn-to-bibtex (isbn bibfile)
1361   "Get bibtex entry for ISBN and insert it into BIBFILE unless an
1362 entry with the generated key already exists in the file."
1363   (interactive
1364    (list
1365     (read-input
1366      "ISBN: "
1367      ;; now set initial input
1368      (cond
1369       ;; If region is active and it starts with a number, we use it
1370       ((and  (region-active-p)
1371              (s-match "^[0-9]" (buffer-substring (region-beginning) (region-end))))
1372        (buffer-substring (region-beginning) (region-end)))
1373       ;; if first entry in kill ring starts with a number assume it is an isbn
1374       ;; and use it as the guess
1375       ((if (s-match "^[0-9]" (car kill-ring))
1376            (car kill-ring)))
1377       ;; type or paste it in
1378       (t
1379        nil)))
1380     (ido-completing-read
1381      "Bibfile: "
1382      (append (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))
1383              org-ref-default-bibliography))))
1384
1385   (let* ((results (with-current-buffer
1386                       (url-retrieve-synchronously
1387                        (format
1388                         "http://xisbn.worldcat.org/webservices/xid/isbn/%s?method=getMetadata&format=json&fl=*"
1389                         isbn))
1390                     (json-read-from-string
1391                      (buffer-substring url-http-end-of-headers (point-max)))))
1392          (status (cdr (nth 1 results)))
1393          (metadata (aref (cdar results) 0))
1394          (new-entry)
1395          (new-key))
1396
1397     ;; check if we got something
1398     (unless (string= "ok" status)
1399       (error "Status is %s" status))
1400
1401     ;; construct an alphabetically sorted bibtex entry. I assume ISBN numbers go
1402     ;; with book entries.
1403     (setq new-entry
1404           (concat "\n@book{,\n"
1405                   (mapconcat
1406                    'identity
1407                    (loop for field in (-sort 'string-lessp (mapcar 'car metadata))
1408                          collect
1409                          (format "  %s={%s}," field (cdr (assoc field metadata))))
1410                    "\n")
1411                   "\n}\n"))
1412
1413     ;; build entry in temp buffer to get the key so we can check for duplicates
1414     (setq new-entry (with-temp-buffer
1415                       (insert new-entry)
1416                       (org-ref-clean-bibtex-entry)
1417                       (setq new-key (bibtex-key-in-head))
1418                       (buffer-string)))
1419     (find-file bibfile)
1420     (goto-char (point-min))
1421     (when (search-forward new-key nil t)
1422       (beep)
1423       (setq new-key (read-input
1424                      (format  "%s already exists. Enter new key (C-g to cancel): " new-key)
1425                      new-key)))
1426     (goto-char (point-max))
1427     (insert new-entry)
1428     ;; set key. It is simplest to just replace it, even if it is the same.
1429     (bibtex-beginning-of-entry)
1430     (re-search-forward bibtex-entry-maybe-empty-head)
1431     (if (match-beginning bibtex-key-in-head)
1432         (delete-region (match-beginning bibtex-key-in-head)
1433                        (match-end bibtex-key-in-head)))
1434     (insert new-key)
1435     (bibtex-fill-entry)
1436     (save-buffer)))
1437 #+END_SRC
1438
1439
1440
1441 * end of file
1442 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
1443 (provide 'doi-utils)
1444 #+END_SRC
1445 * load
1446 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
1447 (org-babel-load-file "doi-utils.org")
1448 #+END_SRC
1449
1450 #+RESULTS:
1451 : Loaded doi-utils.el