]> git.donarmstrong.com Git - neurodebian.git/commitdiff
Merge branch 'master' into newdesign
authorYaroslav Halchenko <debian@onerussian.com>
Wed, 24 Apr 2013 16:08:58 +0000 (12:08 -0400)
committerYaroslav Halchenko <debian@onerussian.com>
Wed, 24 Apr 2013 16:08:58 +0000 (12:08 -0400)
* master: (28 commits)
  Placed links to the fresh VM
  cool up a fresh version of VM
  added tigervnc to the list of listed packages
  unfortunately previous ones were not rotated and sphinx is not smart enough
  more coffee art
  Changelog entry for 0.31
  BF: assure that new loglines are appended to existing entry
  old years look stale -- progress forward
  fixing spotted typo
  Adding the entry for upcoming talk
  Update URL of the Magdeburg mirror
  debian/copyright - adjusted for dep5 v1.0. compliance
  testimonial from Dr. Walter
  Quotes from Alexander and Joseph, Thanks!
  added nitrc id for bioimagesuite
  Testimonial from Francisco Pereira
  forgotten tags for Sebastian testimonial
  testimonial from Sebastian
  testimonial from Mathias Goldau
  minor change from Nina
  ...

Conflicts:
Makefile -- minor
sphinx/conf.py -- minor
sphinx/index.rst -- yet to be replicated in moved-to files
sphinx/vm.rst -- yet to be replicated in moved-to files

1  2 
sphinx/coffeeart.rst
sphinx/testimonials.rst

diff --combined sphinx/coffeeart.rst
index be8f8cfdfe7ffd2fa0686c2d6199c5c811935e8a,06be357c2fea9699fdc92fe451183351a086a25e..68d9091097b7fb63bfca61f7fd6a34dc814ebfed
@@@ -8,6 -8,47 +8,47 @@@
  Coffee Art
  **********
  
+ 2013-03-08 09:37:13
+ -------------------
+ .. figure:: /pics/coffeeart/20130308_093713.jpg
+ 2013-02-22 10:01:26
+ -------------------
+ .. figure:: /pics/coffeeart/20130222_100126.jpg
+ 2013-02-21 12:54:10
+ -------------------
+ .. figure:: /pics/coffeeart/20130221_125410.jpg
+ 2012-12-03 08:35:05
+ -------------------
+ .. figure:: /pics/coffeeart/20121203_083505.jpg
+ 2012-11-08 16:03:36
+ -------------------
+ .. figure:: /pics/coffeeart/20121108_160336.jpg
+ 2012-11-01 08:58:25
+ -------------------
+ .. figure:: /pics/coffeeart/20121101_085825.jpg
+ 2012-03-01 14:00:37
+ -------------------
+ .. figure:: /pics/coffeeart/20120301_140037.jpg
+ 2012-02-06 09:21:40
+ -------------------
+ .. figure:: /pics/coffeeart/20120206_092140.jpg
  2011-12-30 12:28:37
  -------------------
  
  .. figure:: /pics/coffeeart/IMG_6647.JPG
  
  
 +.. raw:: html
 +
 +  <script type="text/javascript">
 +  $(document).ready(function(){
 +    $('.figure img').each(function() {
 +      $(this).wrap('<a class="figurelink" href="' + $(this).attr('src') + '" rel="coffee"></a>');
 +    });
 +    $('a.figurelink').fancybox();
 +  });
 +  </script>
  
diff --combined sphinx/testimonials.rst
index c93ad8c955d130c7a4c2da37d226519bac75141a,9ccd2700b362998b75c666d60c10b76ceb8cf427..b92d0e2af56f192b84fe31d7d013e47b722b9316
@@@ -3,16 -3,6 +3,16 @@@
  Testimonials
  ============
  
 +Here is some feedback we got from the neuroscience community on various
 +occasions. On this page it is grouped by its origin (i.e.  `research
 +institutions`_, `research software projects`_, `individual laboratories and
 +researchers`_). Alternatively, you can read testimonials related to specific
 +topics:
 +
 +* :ref:`testimonials_open_science`
 +* :ref:`testimonials_standardization`
 +* :ref:`testimonials_vm`
 +
  .. None so far replied
  ..
  .. Organizations
  ..    :group: Organizations
  
  
 -By Topic
 ---------
 -
 -* :ref:`testimonials_open_science`
 -* :ref:`testimonials_standardization`
 -* :ref:`testimonials_vm`
 -
 -
  Research Institutions
  ---------------------
  
  ..   not implemented for now
  ..   :sections: group
  
+ .. quote::
+     :author: Christian Haselgrove
+     :affiliation: Vice President for Neuroinformatics at
+                                 Neuromorphometrics, Inc; University of Massachusetts Medical School
+     :date: 2013-02-06
+     :tags: email, derivatives, management
+     Developing informatics infrastructure often involves building
+     complex systems that require interaction between existing
+     components such as software and atlases.  NeuroDebian makes it
+     trivial to manage the components of these systems, freeing me to
+     focus on the novel and important aspects of my work.
  
  Research Software Projects
  --------------------------
@@@ -38,6 -49,7 +51,7 @@@
  .. quotes::
     :group: Research software projects
  
  .. quote::
     :author: Stephan Gerhard, et al.
     :date: 2011-06-06
  
     For proper software packaging and distribution, the NeuroDebian project provides professional expertise and infrastructure.
  
+ .. quote::
+    :author: Chuck Theobald
+    :affiliation: Lewis Center for Neuroimaging, University of Oregon, MRIConvert/mcverter build master and developer
+    :tags: email, impact, software distribution, upstream, dissemination
+    :date: 2013-02-06
+    As a system administrator, I support the efforts of a number of
+    researchers who use fMRI analysis software. I was overjoyed to find
+    the NeuroDebian repository, a one-stop shop for nearly every
+    software package the researchers use. The work of the NeuroDebian
+    Team greatly simplifies the task of providing our researchers the
+    best software available, and I consider the repository a vital part
+    of my professional life.  As a maintainer on the MRIConvert
+    project, I find that NeuroDebian provides a valuable venue for
+    dissemination of our software. It would not be possible to reach
+    the same wide audience without the NeuroDebian repository.
+ .. quote::
+     :author: Dr. Kiyotaka Nemoto
+     :affiliation: University of Tsukuba
+     :tags: email, derivatives, time
+     :date: 2013-02-06
+     Neurodebian is the best solution for researchers in neuroscience.
+     Everybody should have experienced wasting so much time in just setting
+     up software. With Neurodebian repository, you can easily setup many
+     useful software packages and focus on your research. I recommend this
+     repository to everyone who is interested in using Linux in
+     neuroscience.
+ .. quote::
+     :author: Dr. Andrew Janke
+     :affiliation: Center for Advanced Imaging, University of Queensland, Australia
+     :date: 2013-02-06
+     :tags: email, upstream, stability, versioning, provenance, vm,
+                  reproducibility, collaboration
+     We use NeuroDebian on a daily basis as it provides a stable and
+     versioned software base for analysis. This is critical as it allows us
+     to maintain data provenance, something that is often sorely lacking.
+     Our collaborators who don't quite have their heads around Linux yet
+     are pointed to the NeuroDebian Virtual Machine, it allows them to run
+     an identical analysis environment to us regardless of where they are
+     or operating system.
+ .. quote::
+    :author: Nina Preuss
+    :affiliation: PMP, nitrc.org
+    :date: 2013-02-06
+    :tags: disqus, money, quality, contributions, cloud, derivatives
+     NITRC-CE, or the NITRC Computational Environment, on the Amazon
+     Marketplace wouldn't have happened as quickly and thus cost effectively
+     without leveraging NeuroDebian's good works. We appreciate their
+     critical contribution to the neuroimaging compute community.
+ .. quote::
+    :author: Sebastiaan Mathôt
+    :affiliation: Aix-Marseille université, Laboratoire de Psychologie Cognitive
+    :date: 2013-02-06
+    :tags: email, impact
+    For any neuroscientist that relies on open-source software,
+    NeuroDebian is the single most important resource.
+ .. quote::
+    :author: Sebastian Eichelbaum
+    :affiliation: OpenWalnut project, Image and Signal Processing Group, Institute of Computer Science, University of Leipzig, Germany
+    :date: 2013-02-11
+    :tags: email, breadth, dissemination
+    With NeuroDebian we can utilize thousands of tools, providing the foundation for our research. On the other hand, we can provide our tools to a large community easily.
+ .. quote::
+    :author: Francisco Pereira
+    :affiliation: Siemens Corporate Research
+    :date: 2013-02-06
+    :tags: gplus, time
+    Thanks to NeuroDebian I now have to spend my time thinking hard about what to do with the tools, rather than leisurely installing them and tracking dependencies.
+ .. quote::
+    :author: Alexander Wiebel
+    :affiliation: OpenWalnut project, Zuse Institute Berlin (ZIB), Germany
+    :date: 2013-02-19
+    :tags: email, breadth, dissemination
+    It is great to have NeuroDebian as a platform to bring our
+    visualization system OpenWalnut to a broad audience together with the large variety of
+    related data analysis tools available in NeuroDebian.
  
  Individual Laboratories and Researchers
  ---------------------------------------
     VirtualBox, ran AFNI, and generated the files I needed, all within
     about an hour and a half. [...] not bad, considering that I know
     essentially no Linux/Unix. So here's a big "thanks!" :)
+ .. quote::
+   :author: Vincent Kersten
+   :affiliation: University Medical Center Utrecht
+   :tags: email, standardization, money, Debian
+   :date: 2013-02-06
+   Neurodebian provides us with a consitent way of sotware packaging
+   and upgrades, eliminating tedious compiles and home-brew setups,
+   while seamlessly integrating with the Debian distribution. Excellent
+   and very valuable work, saving costs and difficult to spot
+   errors. High five Michael, Yaroslav and team! Keep them packages
+   coming!
+ .. quote::
+    :author: Christian Stephan-Otto
+    :affiliation: Neuroimaging Research Group, Parc Sanitari Sant Joan de Deu, Barcelona, Spain
+    :date: 2013-02-06
+    :tags: email, vm, breadth
+    Since I started using a NeuroDebian virtual machine on win64 months
+    ago I am relying more and more on its diverse tools, from
+    population-specific template creation to pipelining the analysis of
+    fMRI, DTI and morphology studies. There is a great chance I will
+    end up working exclusively with NeuroDebian!
+ .. quote::
+    :author: Mathias Goldau
+    :affiliation: Cortical Networks, Max-Planck-Institute for neurological research, Cologne, Germany
+    :date: 2013-02-07
+    :tags: email, time, breadth
+    Without NeuroDebian we would have wasted precious time for
+    deploying software, and we wouldn't have tested so many software
+    tools.
+ .. quote::
+    :author: Joseph Viviano
+    :affiliation: York University, Toronto Canada
+    :date: 2013-02-19
+    :tags: email, reproducibility, versioning, impact
+    NeuroDebian not only helped our lab focus on research and producing
+    results with FOSS, it has also made it much easier to maintain
+    version control, facilitating data portability and
+    reproducibility. I see this as the most important current project
+    working towards transparent neuroscientific methods with clear and
+    reproducible results.
+ .. quote::
+    :author: Dr. Bertram Walter
+    :affiliation: Bender Institute of Neuroimaging, University of Giessen, Germany
+    :date: 2013-02-22
+    :tags: email, money, maintenance, support, quality
+    Neurodebian provides not only a platform for neuroscience
+    applications that makes maintenance of collections of tools
+    easy. The staff also gives a very quick support in case of - very
+    rare - problems.  Altogether Neurodebian saves a lot of time and
+    money.