tools/nd-vmsetupwizard

   1 #!/bin/bash
   2 #emacs: -*- mode: shell-script; c-basic-offset: 4; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil -*-
   3 #ex: set sts=4 ts=4 sw=4 et:
   4
   5 # play save
   6 set -e
   7 set -u
   8
   9 cfg_dir=/etc/neurodebian/guest/setupwizard_done
  10 success_flag=$cfg_dir/setupwizard_done
  11 nd_icon=/usr/share/pixmaps/neurodebian.svg
  12 icon_opt="--window-icon=$nd_icon"
  13
  14 first_run=0
  15 if [ ! -e $success_flag ]; then
  16         first_run=1
  17 fi
  18
  19 if [ $first_run -eq 1 ]; then
  20 zenity --info $icon_opt --title="NeuroDebian Setup Wizard" \
  21        --text="Welcome to the NeuroDebian virtual machine!
  22
  23 This is the first time you have started this virtual machine. We will now perform a few simple steps to finalize its configuration. This includes upgrading the system to the latest available versions and installing additional software packages upon your request."
  24 fi
  25
  26 if ! zenity --question $icon_opt --title="NeuroDebian Setup Wizard" \
  27 --text="The setup procedure requires network access to download packages from the Debian archive. If you do not have network access right now, you can re-start this wizard at any time from the NeuroDebian menu. If you proceed you may have to enter the superuser password with is by default 'neurodebian'.
  28
  29 Do you want to proceed with updating the system?
  30 "; then
  31         exit 0
  32 fi
  33
  34 # initialize apt
  35 #
  36 # update-manager (from update-manager-gnome) and
  37 # update-software-center (from software-center)
  38 # are present only in wheezy
  39 if which update-manager > /dev/null; then update-manager -c; fi
  40
  41 if which update-software-center > /dev/null; then
  42     sudo update-software-center --debug 2>&1 | \
  43             zenity $icon_opt --title="Updating Software Center Repository"  \
  44                    --progress  --pulsate --auto-close --auto-kill;
  45 else
  46     sudo apt-get update 2>&1 | \
  47             zenity $icon_opt --title="Running apt-get update" \
  48                    --progress  --pulsate --auto-close --auto-kill;
  49 fi
  50
  51 popconf=/etc/popularity-contest.conf
  52 if [ ! -e "$popconf" ] || grep -q -e '^PARTICIPATE.*no' "$popconf" ;
  53 then
  54         zenity --info $icon_opt --title="NeuroDebian Setup Wizard" \
  55                 --text="You will now be given the choice to participate in the package survey. If enabled, a list of installed packages will be anonymously sent to Debian (http://popcon.debian.org). Your participation is important for two reasons:
  56
  57 1) Popular packages receive more attention from developers, bugs are fixed faster and updates are provided quicker.
  58 2) User statistics can help research software developers to acquire funding for continued development."
  59
  60         if [ -e "$popconf" ] ; then
  61         # just reconfigure so user could get a chance to participate
  62                 sudo DEBIAN_FRONTEND=gnome dpkg-reconfigure popularity-contest
  63         else
  64         # install, but do not fail if something goes wrong
  65                 nd-autoinstall popularity-contest /etc/popularity-contest.conf || true
  66         fi
  67 fi
  68
  69 # install custom filter for synaptics
  70 if [ $first_run -eq 1 ]; then
  71         sudo mkdir -p /root/.synaptic
  72         sudo bash -c 'cat << EOT >> /root/.synaptic/filters
  73 filter "NeuroDebian" {
  74   section {
  75     inclusive false;
  76     sections {
  77     };
  78   };
  79   status {
  80     flags 0x1ffff;
  81   };
  82   pattern {
  83     andMode 0;
  84     patterns {
  85       Origin; "neuro.debian.net"; false;
  86       Maintainer; "team@neuro.debian.net"; false;
  87     };
  88   };
  89   priority {
  90   };
  91   reducedview {
  92     enabled false;
  93   };
  94 };
  95 EOT
  96 '
  97         # essential things are done -- let's mark sucess
  98         sudo bash -c "mkdir -p $cfg_dir && touch $success_flag"
  99 fi
 100
 101 if ! grep -q '/etc/fsl/fsl.sh' $HOME/.profile && \
 102    zenity --question $icon_opt --title="FSL/AFNI Environments" \
 103 --text="Packages, such as AFNI and FSL, provide large collections of command line tools which are available from their private directories, and require custom environment variables to be set for proper functioning.  Usually you need to source /etc/fsl/fsl.sh or /etc/afni/afni.sh in your environments.
 104
 105 Do you want to get those files, if available, sourced automatically for your environment?
 106 "; then
 107    for t in fsl afni cmtk freesurfer; do
 108         cf="/etc/$t/$t.sh"
 109         grep -q -e "$cf" $HOME/.profile || \
 110                 echo "[ -e \"$cf\" ] && . $cf" >> $HOME/.profile
 111    done
 112 fi
 113
 114 # create symlink to shared folder into homedir
 115 # note: -e check would exit 1 if link is broken
 116 #       ln -f is used for further robustness
 117 [ ! -L $HOME/host ] && ln -sf /media/sf_host $HOME/host
 118
 119 # Figure out which version of IPython is available
 120 ipython_version=$(apt-cache policy ipython 2>/dev/null | sed -ne '/Version table:/ { n;s,^[ \*]*\(.*\) .*,\1,gp}')
 121 dpkg --compare-versions $ipython_version lt 0.13.1 && ipython=ipython01x || ipython=ipython,ipython-notebook,ipython-qtconsole
 122
 123 # TODO: add PyMVPA:
 124 #   FALSE "PyMVPA" "python-mvpa2,python-mvpa2-doc,python-mvpa2-tutorial-data" \
 125 # needs -doc and -tutorial-data package
 126 packages=$(zenity --height 450 --list $icon_opt --checklist --column="Install" --column="Description" \
 127            --column="Package Name" --print-column=3 --hide-column=3 --hide-header \
 128            --separator=' ' --text="Please select any additional component that shall be installed.
 129
 130 Please note that this selection will not affect packages already installed
 131 on the system. No installed packages will be reinstalled or removed, only
 132 additional components will be installed." \
 133 FALSE "Emacs" "emacs" \
 134 FALSE "Graphics (e.g. GIMP, Inscape)" "gimp,inkscape,svgtune,xzgv,vym" \
 135 FALSE "Octave" "qtoctave" \
 136 FALSE "OpenOffice.org" "openoffice.org" \
 137 FALSE "PyMVPA Tutorial" "$ipython,python-mvpa2,python-mvpa2-doc,python-mvpa2-tutorialdata,spyder" \
 138 FALSE "Python: Electrophysiology & Modeling" "python-brian,python-pynn,python-pyentropy,stimfit" \
 139 FALSE "Python: Neuroimaging" "$ipython,spyder,nipy-suite,python-mvpa2" \
 140 FALSE "Python: Scientific stack" "$ipython,spyder,python-matplotlib,python-pandas,python-sympy,python-statsmodels,python-skimage" \
 141 FALSE "R" "r-recommended" \
 142 FALSE "TeX Live" "texlive" \
 143 FALSE "Adobe Flash browser plugin" "flashplugin-nonfree" \
 144 || true)
 145
 146 if [ -n "$packages" ]; then
 147         for pkgs in $packages; do
 148                 nd-autoinstall -f -p "${pkgs//,/ }" true
 149         done
 150 fi
 151
 152 # some sane ending
 153 zenity --info $icon_opt --text="Wizard has finished."
 154
 155 # and start greeter
 156 x-www-browser http://neuro.debian.net/vm_welcome.html &