sphinx/proj_freesurfer.rst

   1 .. -*- mode: rst; fill-column: 78 -*-
   2 .. ex: set sts=4 ts=4 sw=4 et tw=79:
   3
   4 .. _project_freesurfer:
   5
   6 ********************
   7 Packaging FreeSurfer
   8 ********************
   9
  10 :ref:`FreeSurfer <pkg_freesurfer>` is a set of tools for analysis and
  11 visualization of structural and functional brain imaging data. It contains a
  12 fully automatic structural stream for processing cross sectional and
  13 longitudinal data.  Packaging of FreeSurfer for Debian is a part of our
  14 general efforts to provide comprehensive neuro-imaging research support.
  15
  16 Status
  17 ------
  18
  19 The majority of FreeSurfer 5.1.0 has been released under seems to be
  20 |DFSG|-compliant |FOSS| license terms on 24 May 2011.  We have started working
  21 on packaging.  Following has been done
  22
  23 * modularization of the FreeSurfer distribution into code and data components
  24
  25 * FreeSurfer 5.1.0 |FOSS| code made available from our `FreeSurfer GitHub
  26   <https://github.com/neurodebian/freesurfer>`_ repository
  27
  28 * :file:`debian/patches` contains a series of patches primarily to
  29
  30   - rely on system-provided libraries where applicable
  31   - in general replace static inclusion with dynamic linking thus
  32     greatly decreasing size of distributed binaries and making deployment more modular
  33
  34 .. todo:: FreeSurfer packaging
  35
  36    * Collect and provide all required libraries to link against
  37    * Decide on further separation in to binary packages
  38    * Decide on how to ship "freesurfer-cuda" (depends on non-free materials,
  39      so cannot be build by the source in Debian `main` component)
  40    * Investigate possibility to deprecate/replace functionality dependent on
  41      antique libraries which might have been or soon will be removed from
  42      Debian (e.g. xview)
  43
  44
  45 References
  46 ----------
  47
  48 * `Debian ITP bug report <http://bugs.debian.org/628183>`_ with additional
  49   information on the packaging progress.
  50 * `FreeSurfer GitHub`_ with the full source code and the Debian packaging
  51 * http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/NextGenCode
  52
  53 .. include:: link_names.txt