sphinx/proj_electrophys.rst

   1 .. -*- mode: rst; fill-column: 78 -*-
   2 .. ex: set sts=4 ts=4 sw=4 et tw=79:
   3
   4 .. _project_electrophysiology:
   5
   6 *****************
   7 Electrophysiology
   8 *****************
   9
  10 The majority of the electrophysiology research community in neuroscience is
  11 `locked-in` the proprietary software solutions which accompanying data
  12 acquisition hardware.  That impairs their ability to adopt novel data analysis
  13 methodologies and experimental setups.  There already exist a variety of
  14 primarily Linux-based FOSS_ solutions in this domain.  But software
  15 development and dissemination is often impaired by the absence of the efforts
  16 centralization and existing problems with the support of the core components
  17 by the used operating systems.  Nevertheless, Debian_ and its derivatives
  18 already dominate as the operating systems of choice by such projects.
  19
  20 We are planing to help addressing existing issues in the core necessary
  21 components provided by Debian_ to help upstream authors with streamlining
  22 their development.  Furthermore we are planing to package some popular
  23 deployment-ready |FOSS| solutions and make them an integral part of Debian_.
  24
  25 Status
  26 ------
  27
  28 We have collected information on interesting and alive projects in this domain
  29 within neuroscience-electrophysiology_ task page.  To gather information on
  30 the needs of the researchers interested in this field we have researched
  31 researchers demands while helding a :ref:`Debian booth at SfN10 conference
  32 <chap_debian_booth_sfn2010>`.  To further elaborate the work plan, we have
  33 initiated discussions with upstream authors (private correspondence and on
  34 neurodebian-devel_, neurodebian-upstream_ mailing lists).
  35
  36 .. todo:: Electrophysiology coverage
  37
  38    * Help to ensure adequate status in Debian of the necessary core components,
  39      e.g. Comedi, RTAI (see DBTS: 606122, 608091, 609633):
  40    * Consider packaging prebuilt kernels with RTAI patches/support to make
  41      available from NeuroDebian repository
  42
  43 .. _606122: http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=606122
  44 .. _608091: http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=608091
  45 .. _609633: http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=609633
  46
  47 ..
  48  .. _: http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=
  49
  50
  51 References
  52 ----------
  53
  54 * RTAI_
  55 * Comedi_
  56 * `Debian-Science Electrophysiology task page <http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/electrophysiology>`_.
  57 * `Debian-Science Data acquisition task page <http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/dataacquisition>`_.
  58 * `Debian-Science Brain-Computer Interface task page <http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/bci>`_.
  59 * NeuralEnsemble_
  60
  61
  62 .. include:: link_names.txt