sphinx/proj_afni.rst

   1 .. -*- mode: rst; fill-column: 78 -*-
   2 .. ex: set sts=4 ts=4 sw=4 et tw=79:
   3
   4 .. _project_afni:
   5
   6 **************
   7 Packaging AFNI
   8 **************
   9
  10 :ref:`AFNI <pkg_afni>` is an environment for processing and displaying
  11 functional MRI data.  It provides a complete analysis toolchain, including 3D
  12 cortical surface models, and mapping of volumetric data (SUMA).
  13
  14 Packaging AFNI for Debian is part of our general efforts to provide
  15 comprehensive neuro-imaging research support.
  16
  17 Status
  18 ------
  19
  20 A fully functional package is available from the NeuroDebian repository.
  21 Current work focuses on continuously tracking upstream development and making
  22 the package fit for Debian proper.
  23
  24 To ease development a `Git repository`_ has been created that contains the
  25 history of AFNI development since 1998. Because upstream doesn't expose a
  26 version control system the repository is populated with daily snapshots of the
  27 sources.
  28
  29 A new CMake-based build-system has been developed for AFNI.
  30
  31 .. _Git repository: http://git.debian.org/?p=pkg-exppsy/afni.git
  32
  33 .. todo:: AFNI packaging
  34
  35    * Refurbish the afni-data package to meet Debian standards.
  36    * Push remaining patches upstream. A first wave has been submitted, but not
  37      yet adopted. It remains uncertain if the CMake buildsystem gets accepted.
  38    * Perform a final license check. Lots of 3rd-party code has already been
  39      removed from the package to allow for legal redistribution (e.g. edges3D
  40      library).
  41    * Develop a test suite for AFNI. We received a suitable dataset to implement
  42      a test running a full retinotopic mapping analysis.
  43
  44 References
  45 ----------
  46
  47 * `Debian ITP bug report <http://bugs.debian.org/409849>`_ with information on
  48   the packaging progress.
  49 * `Git repository`_ with the full source code and the Debian packaging.
  50 * `List of patches <http://git.debian.org/?p=pkg-exppsy/afni.git;a=tree;f=debian/patches;hb=HEAD>`_
  51   applied to the Debian package (i.e. the difference to the upstream AFNI
  52   source code).