sphinx/link_names.txt

   1 .. This (-*- rst -*-) format file contains commonly used link targets
   2    and name substitutions.  It may be included in many files,
   3    therefore it should only contain link targets and name
   4    substitutions.  Try grepping for "^\.\. _" to find plausible
   5    candidates for this list.
   6
   7 .. NOTE: reST targets are
   8    __not_case_sensitive__, so only one target definition is needed for
   9    nipy, NIPY, Nipy, etc...
  10
  11 .. _nipy: http://neuroimaging.scipy.org
  12 .. _nipype: http://nipy.sourceforge.net/nipype
  13 .. _`Brain Imaging Center`: http://bic.berkeley.edu/
  14 .. _dipy: http://nipy.sourceforge.net/dipy
  15 .. _`dipy github`: http://github.com/Garyfallidis/dipy
  16 .. _nibabel: http://nipy.sourceforge.net/nibabel
  17 .. _dipy: http://nipy.sourceforge.net/dipy
  18
  19 .. _Neuron: http://www.neuron.yale.edu/neuron
  20 .. _XPPAUT: http://www.math.pitt.edu/~bard/xpp/xpp.html
  21 .. _Genesis: http://www.genesis-sim.org
  22
  23 .. Documentation tools
  24 .. _graphviz: http://www.graphviz.org/
  25 .. _Sphinx: http://sphinx.pocoo.org/
  26 .. _`Sphinx reST`: http://sphinx.pocoo.org/rest.html
  27 .. _reST: http://docutils.sourceforge.net/rst.html
  28 .. _docutils: http://docutils.sourceforge.net
  29
  30 .. Licenses
  31 .. _GPL: http://www.gnu.org/licenses/gpl.html
  32 .. _BSD: http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  33 .. _LGPL: http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  34
  35 .. Source control
  36 .. _git: http://git-scm.com/
  37 .. _github: http://github.com
  38 .. _github help: http://help.github.com
  39 .. _msysgit: http://code.google.com/p/msysgit/downloads/list
  40 .. _git-osx-installer: http://code.google.com/p/git-osx-installer/downloads/list
  41 .. _bazaar: http://bazaar-vcs.org/
  42
  43 .. Other working process
  44 .. _pynifti: http://niftilib.sourceforge.net/pynifti/
  45 .. _nifticlibs: http://nifti.nimh.nih.gov
  46 .. _nifti: http://nifti.nimh.nih.gov
  47 .. _`nipy launchpad`: https://launchpad.net/nipy
  48 .. _launchpad: https://launchpad.net/
  49 .. _`nipy trunk`: https://code.launchpad.net/~nipy-developers/nipy/trunk
  50 .. _`nipy mailing list`: http://projects.scipy.org/mailman/listinfo/nipy-devel
  51 .. _`nipy bugs`: https://bugs.launchpad.net/nipy
  52 .. _pep8: http://www.python.org/dev/peps/pep-0008/
  53 .. _`numpy coding style`: http://scipy.org/scipy/numpy/wiki/CodingStyleGuidelines
  54
  55 .. Code support stuff
  56 .. _pychecker: http://pychecker.sourceforge.net/
  57 .. _pylint: http://www.logilab.org/project/pylint
  58 .. _pyflakes: http://divmod.org/trac/wiki/DivmodPyflakes
  59 .. _virtualenv: http://pypi.python.org/pypi/virtualenv
  60 .. _flymake: http://flymake.sourceforge.net/
  61 .. _rope: http://rope.sourceforge.net/
  62 .. _pymacs: http://pymacs.progiciels-bpi.ca/pymacs.html
  63 .. _ropemacs: http://rope.sourceforge.net/ropemacs.html
  64 .. _ECB: http://ecb.sourceforge.net/
  65 .. _emacs_python_mode: http://www.emacswiki.org/cgi-bin/wiki/PythonMode
  66 .. _doctest-mode: http://www.cis.upenn.edu/~edloper/projects/doctestmode/
  67 .. _nose: http://somethingaboutorange.com/mrl/projects/nose
  68 .. _`python coverage tester`: http://nedbatchelder.com/code/modules/coverage.html
  69 .. _screen: http://www.gnu.org/software/screen/
  70 .. _ccache: http://ccache.samba.org/
  71
  72 .. Other python projects
  73 .. _numpy: http://www.scipy.org/NumPy
  74 .. _scipy: http://www.scipy.org
  75 .. _ipython: http://ipython.scipy.org
  76 .. _`ipython manual`: http://ipython.scipy.org/doc/manual/html
  77 .. _matplotlib: http://matplotlib.sourceforge.net
  78 .. _pythonxy: http://www.pythonxy.com
  79 .. _ETS: http://code.enthought.com/projects/tool-suite.php
  80 .. _`Enthought Tool Suite`: http://code.enthought.com/projects/tool-suite.php
  81 .. _python: http://www.python.org
  82 .. _mayavi: http://mayavi.sourceforge.net/
  83 .. _sympy: http://code.google.com/p/sympy/
  84
  85 .. Python imaging projects
  86 .. _PyMVPA: http://www.pymvpa.org
  87 .. _BrainVISA: http://brainvisa.info
  88 .. _anatomist: http://brainvisa.info
  89 .. _pydicom: http://code.google.com/p/pydicom/
  90
  91 .. Not so python imaging projects
  92 .. _Caret: http://brainvis.wustl.edu/wiki/index.php/Caret:About
  93 .. _matlab: http://www.mathworks.com
  94 .. _spm: http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm
  95 .. _spm8: http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/spm8
  96 .. _eeglab: http://sccn.ucsd.edu/eeglab
  97 .. _AFNI: http://afni.nimh.nih.gov/afni
  98 .. _FSL: http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl
  99 .. _LIPSIA: http://www.cbs.mpg.de/institute/software/lipsia
 100 .. _FreeSurfer: http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu
 101 .. _voxbo: http://www.voxbo.org
 102 .. _mricron: http://www.cabiatl.com/mricro/mricron
 103 .. _slicer: http://www.slicer.org/
 104 .. _XNAT: http://xnat.org
 105
 106 .. File formats
 107 .. _DICOM: http://medical.nema.org/
 108 .. _`wikipedia DICOM`: http://en.wikipedia.org/wiki/Digital_Imaging_and_Communications_in_Medicine
 109 .. _GDCM: http://sourceforge.net/apps/mediawiki/gdcm
 110 .. _`DICOM specs`: ftp://medical.nema.org/medical/dicom/2009/
 111 .. _`DICOM object definitions`: ftp://medical.nema.org/medical/dicom/2009/09_03pu3.pdf
 112 .. _dcm2nii: http://www.cabiatl.com/mricro/mricron/dcm2nii.html
 113 .. _`mricron install`: http://www.cabiatl.com/mricro/mricron/install.html
 114 .. _dicom2nrrd: http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Modules:DicomToNRRD-3.4
 115 .. _Nrrd: http://teem.sourceforge.net/nrrd/format.html
 116
 117 .. General software
 118 .. _gcc: http://gcc.gnu.org
 119 .. _xcode: http://developer.apple.com/TOOLS/xcode
 120 .. _mingw: http://www.mingw.org
 121 .. _cygwin: http://cygwin.com
 122 .. _macports: http://www.macports.org/
 123 .. _VTK: http://www.vtk.org/
 124 .. _ITK: http://www.itk.org/
 125 .. _swig: http://www.swig.org
 126 .. _NeuroDebian: http://neuro.debian.net
 127 .. _Debian: http://www.debian.org
 128 .. _Ubuntu: http://www.ubuntu.com
 129 .. _Xubuntu: http://www.xubuntu.org
 130 .. _exppsy: http://alioth.debian.org/projects/pkg-exppsy
 131 .. _`Debian Med`: http://debian-med.alioth.debian.org
 132 .. _`Debian Science`: http://wiki.debian.org/DebianScience
 133 .. _Comedi: http://www.comedi.org
 134 .. _RTAI: https://www.rtai.org
 135 .. |RTAI| replace:: :abbr:`RTAI (Real Time Application Interface)`
 136 .. _Lin4Neuro: http://www.nemotos.net/lin4neuro
 137 .. _fail2ban: http://www.fail2ban.org
 138
 139 .. Debian releases
 140 .. _Debian 6.0 (squeeze): http://www.debian.org/releases/squeeze
 141 .. _Debian 7.0 (wheezy): http://www.debian.org/releases/wheezy
 142 .. _Debian 8.0 (jessie): http://www.debian.org/releases/jessie
 143
 144 .. Desktop environments
 145 .. _GNOME: http://www.gnome.org/
 146 .. _GNOME3: http://www.gnome.org/gnome-3/
 147 .. _XFCE: http://www.xfce.org/
 148 .. _XFCE4: http://www.xfce.org/
 149
 150 .. Functional imaging labs
 151 .. _`functional imaging laboratory`: http://www.fil.ion.ucl.ac.uk
 152 .. _FMRIB: http://www.fmrib.ox.ac.uk
 153
 154 .. Other organizations
 155 .. _enthought: <http://www.enthought.com>
 156 .. _kitware: http://www.kitware.com
 157 .. _nitrc: http://www.nitrc.org
 158
 159 .. General information links
 160 .. _`wikipedia FMRI`: http://en.wikipedia.org/wiki/Functional_magnetic_resonance_imaging
 161 .. _`wikipedia PET`: http://en.wikipedia.org/wiki/Positron_emission_tomography
 162
 163 .. Mathematical methods
 164 .. _`wikipedia ICA`: http://en.wikipedia.org/wiki/Independent_component_analysis
 165 .. _`wikipedia PCA`: http://en.wikipedia.org/wiki/Principal_component_analysis
 166
 167 .. Mathematical ideas
 168 .. _`wikipedia spherical coordinate system`: http://en.wikipedia.org/wiki/Spherical_coordinate_system
 169 .. _`mathworld spherical coordinate system`: http://mathworld.wolfram.com/SphericalCoordinates.html
 170 .. _`wikipedia affine`: http://en.wikipedia.org/wiki/Affine_transformation
 171 .. _`wikipedia linear transform`: http://en.wikipedia.org/wiki/Linear_transformation
 172 .. _`wikipedia rotation matrix`: http://en.wikipedia.org/wiki/Rotation_matrix
 173 .. _`wikipedia homogenous coordinates`: http://en.wikipedia.org/wiki/Homogeneous_coordinates
 174 .. _`wikipedia axis angle`: http://en.wikipedia.org/wiki/Axis_angle
 175 .. _`wikipedia Euler angles`: http://en.wikipedia.org/wiki/Euler_angles
 176 .. _`Mathworld Euler angles`: http://mathworld.wolfram.com/EulerAngles.html
 177 .. _`wikipedia quaternion`: http://en.wikipedia.org/wiki/Quaternion
 178 .. _`wikipedia shear matrix`: http://en.wikipedia.org/wiki/Shear_matrix
 179 .. _`wikipedia reflection`: http://en.wikipedia.org/wiki/Reflection_(mathematics)
 180 .. _`wikipedia direction cosine`: http://en.wikipedia.org/wiki/Direction_cosine
 181
 182 .. Some common terms as links outside and abbreviations
 183 .. _FOSS: http://en.wikipedia.org/wiki/Free_and_Open_Source_Software
 184 .. |FOSS| replace:: :abbr:`FOSS (Free and Open Source Software)`
 185 .. _DFSG: http://www.debian.org/social_contract#guidelines
 186 .. |DFSG| replace:: :abbr:`DFSG (Debian Free Software Guidelines)`
 187
 188 .. Homepages
 189 .. _yoh: http://www.onerussian.com
 190 .. _mih: http://mih.voxindeserto.de
 191
 192 .. Debian specifics
 193 .. _ITP: http://www.debian.org/devel/wnpp
 194 .. _ITPs: http://www.debian.org/devel/wnpp
 195 .. |ITP| replace:: :abbr:`ITP (Intent to Package)`
 196 .. |RFP| replace:: :abbr:`RFP (Request for packaging)`
 197 .. |DBTS| replace:: :abbr:`DBTS (Debian Bug Tracking System)`
 198 .. _debian-installer: http://www.debian.org/devel/debian-installer/
 199 .. mailing lists
 200 .. _neurodebian-users: http://lists.alioth.debian.org/mailman/listinfo/neurodebian-users
 201 .. _neurodebian-devel: http://lists.alioth.debian.org/mailman/listinfo/neurodebian-devel
 202 .. _neurodebian-upstream: http://lists.alioth.debian.org/mailman/listinfo/neurodebian-upstream
 203
 204 .. task pages
 205 .. _neuroscience-electrophysiology: http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/neuroscience-electrophysiology
 206 .. _task_bci: http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/bci
 207 .. _task_dataacquisition: http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/dataacquisition
 208 .. _task_psychophysics: http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/psychophysics>
 209
 210 .. more to sort out
 211 .. _NeuralEnsemble: http://www.neuralensemble.org
 212 .. _`repository mirror`: http://neuro.debian.net/mirrors-status.html