sandbox/electrophysiology_post.rst

   1 Dear Electrophysiology Neuroscientists,
   2 =======================================
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   4 As you might know, during November 13-17, the NeuroDebian team ran its
   5 first Debian booth at the annual meeting of the `Society for
   6 Neuroscience`_ (SfN2010_) in San Diego, USA.  Our generic report `is
   7 available from NeuroDebian website <http://neuro.debian.net/booth_sfn2010.html>`_.
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   9 In this post we want to summarize our findings on the status of Free
  10 and Open Source Software (FOSS) in the domain of
  11 neuro-electrophysiology.
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  13 - Majority of electrophysiology researchers are locked into software
  14   platforms provided by the vendors of the used hardware
  15 - There exist a number of FOSS platforms for all (?) stages necessary
  16   for setting up the research workflow but their adoption in hindered
  17   by difficulty to setup and maintain.  That in turn results in the
  18   absence of a set of commonly accepted and used ultimate FOSS
  19   solutions in the field
  20 - Majority of FOSS and some of the commercial data acquisition
  21   solutions use Linux-based systems, relying on an additional stack
  22   for real-time kernel support (e.g. RTAI_) and often the Comedi_
  23   library for interfacing with the (most often proprietary) hardware
  24 - Some commercial companies are interested in sharing their products
  25   as FOSS (e.g. Ripple LLC: Trellis-Neuro) and getting them ready for
  26   inclusion into Debian
  27 - Many labs develop their solutions and are willing to share but
  28 - Nearly all researchers using Linux, already use Debian_ (or
  29   Debian-derived such as Ubuntu_) Linux distribution as the platform
  30   but primarily rely on manual deployment (download, build, install or
  31   compose a custom Live media such as DVD or USB) of the 3rd-party and
  32   their own products
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  34 Existing Electrophysiology FOSS
  35 -------------------------------
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  37 We have initiated a `Debian Science Electrophysiology task page
  38 <http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/electrophysiology>`_
  39 to collect all relevant FOSS for the field and signal their status in
  40 respect to inclusion in Debian distribution or presence of not (yet)
  41 official Debian packages.  The list is constantly growing (and
  42 changing), so if you spot some relevant FOSS absent, please `let us
  43 know <team@neuro.debian.net>`_.
  44
  45 Here is a brief summary listing per application sub-domain:
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  47 XXX may be listing is just not needed and duplicate of what could be
  48 found on the tasks page, although there it is not very
  49 structured... so may be it is better to come up with a verbal
  50 description
  51
  52 Data acquisition
  53 ~~~~~~~~~~~~~~~~
  54
  55 `Debian Science Data Acquisition task page
  56 <http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/dataacquisition>`_
  57 provides similar summary for software such as RTAI_, Xenomai_, Comedi_
  58 which enables data acquisition.
  59
  60 - Nspike -- electrophysiological and behavioral data collection
  61
  62 TODO:
  63 - provide verbal summary on existing solutions
  64 - mention RT-Preempt kernel images being available
  65 - point to 'cooked' solutions on how to build using RTAI-patches
  66 - existing pre-built RTAI kernel packages:
  67
  68   http://www.linuxcnc.org/lucid/
  69   carries for hardy and lucid
  70   pointed there from http://hart.sourceforge.net/
  71
  72 Online Frameworks
  73 ~~~~~~~~~~~~~~~~~
  74
  75 - Relacs -- framework for closed-loop neurophysiological experiments
  76 - RTXI -- real-time data acquisition and control applications in biological research
  77 - Trellis-Neuro -- interface to neurophysiology data acquisition and stimulation instruments
  78
  79 TODO:
  80  - pointers to the SfN posters for RTXI, Mehmet's setups
  81
  82
  83 Offline data analysis
  84 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  85
  86 - Chronus -- Matlab toolbox for analysis of neural signals
  87 - KlustaKwik -- spike sorting tool
  88 - Neurodata -- Octave/Matlab suite to analyze data acquired from electrophysiology experiments
  89 - Openelectrophy -- data analysis framework for intra- and extra-cellular recordings
  90 - Sigviewer -- GUI viewer for biosignals such as EEG, EMG, and ECG
  91 - Spike -- information-theoretic spike train analysis techniques
  92 - Stimfit -- viewing and analyzing of electrophysiological data
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  96 .. _chap_debian_booth_sfn2010: http://neuro.debian.net/booth_sfn2010.html
  97 .. _blends_neuroscience_electrophysiology: http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/electrophysiology
  98
  99 .. _annual meeting: http://www.sfn.org/am2010/
 100 .. _SfN2010: http://www.sfn.org/am2010/
 101 .. _Society for Neuroscience: http://www.sfn.org/
 102 .. _RTAI: https://www.rtai.org
 103 .. _Xenomai: http://www.xenomai.org
 104 .. _Comedi: http://www.comedi.org
 105 .. _Debian: http://www.debian.org
 106 .. _Ubuntu: http://www.ubuntu.com