neurodebian.cfg

   1 [dde]
   2 pkgquery_url = http://dde.debian.net/dde/q/udd
   3
   4 [packages]
   5 # Packages listed in the following taskfiles will be featured on the website
   6 # _if_ they are also present in the repository
   7 select taskfiles =
   8  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/distributedcomputing
   9  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/bci
  10  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/electrophysiology
  11  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/neuroscience-cognitive
  12  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/neuroscience-datasets
  13  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/neuroscience-modeling
  14  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/psychophysics
  15  svn://svn.debian.org/blends/projects/med/trunk/debian-med/tasks/imaging
  16  svn://svn.debian.org/blends/projects/med/trunk/debian-med/tasks/imaging-dev
  17  svn://svn.debian.org/blends/projects/med/trunk/debian-med/tasks/psychology
  18
  19 # Additional selection filter (similar to 'select taskfiles'), only listing
  20 # package names
  21 select names = libnifti2 odin mitools afni-atlases python-pyssdh python-networkx
  22  r-cran-glmnet python-rpy2 python-nibabel-snapshot
  23  python-sklearn python-scikits-learn python-mdp python-mlpy python-openpyxl libgdf-dev matlab-support
  24  svgtune rorden-mri-tutorial caret-data python-joblib python-sphinx fail2ban
  25  python-pandas python-skimage neurodebian numdiff nuitka pytables
  26  guacamole freeipmi remake vowpal-wabbit tigervnc
  27
  28 # Information about prospective packages to be imported from taskfiles
  29 prospective =
  30  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/distributedcomputing
  31  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/bci
  32  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/electrophysiology
  33  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/neuroscience-cognitive
  34  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/neuroscience-datasets
  35  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/neuroscience-modeling
  36  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/psychophysics
  37  svn://svn.debian.org/blends/projects/med/trunk/debian-med/tasks/imaging
  38  svn://svn.debian.org/blends/projects/med/trunk/debian-med/tasks/imaging-dev
  39
  40 [blend package aliases]
  41 # alias a package name from a blend taskfile to an arbitray number of additional
  42 # package names -- if the original name should appear in the package list it has
  43 # to be added as an alias as well
  44 cctools = coop-computing-tools
  45 mni-icbm152-nlin-2009 = mni-icbm152-nlin-2009a mni-icbm152-nlin-2009b mni-icbm152-nlin-2009c
  46 eeglab = matlab-eeglab11 eeglab11-sampledata
  47 fsl = fsl fsl-doc fsl-atlases fsl-possum-data fsl-first-data fsl-feeds fsl-mni152-templates
  48 fslview = fslview fslview-doc
  49 python-mvpa = python-mvpa python-mvpa2
  50 libgiftiio-dev = libgiftiio-dev gifti-bin
  51 openmeeg-tools = openmeeg-tools libopenmeeg-dev python-openmeeg libopenmeeg1
  52 libbiosig-dev = libbiosig-dev python-biosig octave-biosig biosig-tools libbiosig0
  53 libgdf-dev = libgdf-dev libgdf0 libgdf0-dbg libgdf-dev gdf-tools octave-gdf matlab-gdf
  54 spm8 = matlab-spm8 spm8-data spm8-doc
  55 libfreenect-dev = libfreenect0.0 libfreenect-dev libfreenect-demos python-freenect freenect
  56 psychtoolbox-3 = octave-psychtoolbox-3 matlab-psychtoolbox-3 psychtoolbox-3-doc
  57 openmeeg = libopenmeeg-dev libopenmeeg1 openmeeg-tools python-openmeeg
  58 pandas = python-pandas
  59 pysurfer = python-surfer
  60 pyxnat = python-pyxnat
  61 openwalnut = openwalnut-qt4
  62 neurodebian = neurodebian-dev neurodebian-desktop neurodebian-keyring neurodebian-popularity-contest neurodebian-guest-additions
  63 pytables = python-tables
  64 isis = isis-utils libisis-core-dev python-isis libisis-ioplugins-common libisis-ioplugins-dicom libisis-qt4-dev
  65 guacamole = guacamole guacd libguac-dev libguac3 libguac-client-rdp guacamole-tomcat libguac-client-vnc0
  66 neo = python-neo
  67 openvibe = openvibe-bin openvibe-data openvibe-dev openvibe-libs openvibe-plugins
  68 tigervnc = tigervnc-viewer tigervnc-xorg-extension tigervnc-standalone-server tigervnc-scraping-server tigervnc-common
  69
  70 [mirrors]
  71 au = http://mirror.aarnet.edu.au/pub/neurodebian
  72 de-m = http://neurodebian.g-node.org
  73 de-md = http://neurodebian.ovgu.de/debian
  74 de-v = http://nd.zetatech.org
  75 gr = http://neurobot.bio.auth.gr/neurodebian
  76 jp = http://neuroimaging.sakura.ne.jp/neurodebian
  77 ua = http://www.neuro.webdisk.com.ua
  78 us-ca = http://neurodeb.pirsquared.org
  79 us-nh = http://neuro.debian.net/debian
  80 us-tn = http://masi.vuse.vanderbilt.edu/neurodebian
  81
  82 [mirror names]
  83 au = Australia (AARNET)
  84 de-m = Germany (G-Node, LMU Munich)
  85 de-md = Germany (University of Magdeburg)
  86 de-v = Germany (Nikolaus Valentin Haenel, Vogtland)
  87 gr = Greece (Aristotle University of Thessaloniki)
  88 jp = Japan (Kiyotaka Nemoto)
  89 ua = Ukraine (Iaroslav Iurchenko)
  90 us-ca = USA-CA (Paul Ivanov, California)
  91 us-nh = USA-NH (Dartmouth College)
  92 us-tn = USA-TN (Vanderbilt)
  93
  94 [neurodebian]
  95 # Release files of all repositories to be contained in the website
  96 # Package info files for all these releases will be downloaded. A long list
  97 # of releases makes a website update a lot slower
  98 releases =
  99  http://neuro.debian.net/debian/dists/data/Release
 100  http://neuro.debian.net/debian/dists/hardy/Release
 101  http://neuro.debian.net/debian/dists/karmic/Release
 102  http://neuro.debian.net/debian/dists/lucid/Release
 103  http://neuro.debian.net/debian/dists/maverick/Release
 104  http://neuro.debian.net/debian/dists/natty/Release
 105  http://neuro.debian.net/debian/dists/oneiric/Release
 106  http://neuro.debian.net/debian/dists/precise/Release
 107  http://neuro.debian.net/debian/dists/quantal/Release
 108  http://neuro.debian.net/debian/dists/squeeze/Release
 109  http://neuro.debian.net/debian/dists/wheezy/Release
 110  http://neuro.debian.net/debian/dists/sid/Release
 111
 112 [release codenames]
 113 # each item here will result in the respective release being advertised
 114 # on the website, i.e. sources.list being available and config form contains
 115 # a corresponding item -- please prune an entry when a release is no longer
 116 # supported
 117 # the 'data' entry should not be changed, as this exact setting also serves as
 118 # a test condition in the DDE code
 119 data = Datasets (data)
 120 #etch = Debian GNU/Linux 4.0 (etch)
 121 lenny = Debian GNU/Linux 5.0 (lenny)
 122 squeeze = Debian GNU/Linux 6.0 (squeeze)
 123 wheezy = Debian testing (wheezy)
 124 sid = Debian unstable (sid)
 125 # EOL: May 12 2011 (Desktop) April 2013 (Server)
 126 hardy = Ubuntu 08.04 LTS "Hardy Heron" (hardy)
 127 # EOL: Oct 23 2010
 128 #jaunty = Ubuntu 09.04 "Jaunty Jackalope" (jaunty)
 129 # EOL: April 2011
 130 karmic = Ubuntu 09.10 "Karmic Koala" (karmic)
 131 # EOL: April 2013 (Desktop) April 2015 (Server)
 132 lucid = Ubuntu 10.04 LTS "Lucid Lynx" (lucid)
 133 # EOL: April 2012
 134 maverick = Ubuntu 10.10 "Maverick Meerkat" (maverick)
 135 # EOL: October 2012
 136 natty = Ubuntu 11.04 "Natty Narwhal" (natty)
 137 # EOL: April 2013
 138 oneiric = Ubuntu 11.10 "Oneiric Ocelot" (oneiric)
 139 # EOL: April 2017 (LTS)
 140 precise = Ubuntu 12.04 LTS "Precise Pangolin" (precise)
 141 # EOL: April 2014
 142 quantal = Ubuntu 12.10 "Quantal Quetzal" (quantal)
 143
 144 [release backport ids]
 145 # the purpose of these ids is to have version suffixes for backported packages
 146 # that allow proper sorting (upgradability) across distribution releases
 147 # For Debian we'll use ndXX (where XX is the version of the Debian release,
 148 # e.g. 50; analog to backports.org) and for Ubuntu we'll use ndXX.XX.
 149 data = nd
 150 etch = nd40
 151 lenny = nd50
 152 squeeze = nd60
 153 wheezy = nd70
 154 sid = nd
 155 hardy = nd08.04
 156 intrepid = nd08.10
 157 jaunty = nd09.04
 158 karmic = nd09.10
 159 lucid = nd10.04
 160 maverick = nd10.10
 161 natty = nd11.04
 162 oneiric = nd11.10
 163 precise = nd12.04
 164 quantal = nd12.10
 165
 166 [nitrc ids]
 167 afni = 23
 168 ants = 130
 169 camino = 253
 170 caret = 34
 171 cmtk = 212
 172 connectomeviewer = 355
 173 dicomnifti = 218
 174 fsl = 25
 175 fslview = 25
 176 gifti-bin = 75
 177 imagej = 256
 178 itksnap = 110
 179 jist = 228
 180 libminc-dev = 129
 181 libgiftiio-dev = 75
 182 libnifti2 = 26
 183 libnifti-dev = 26
 184 matlab-spm8 = 24
 185 minc-tools = 129
 186 mipav = 70
 187 mitools = 153
 188 mricron = 152
 189 mrtrix = 128
 190 nifti-bin = 26
 191 odin = 153
 192 python-mvpa = 162
 193 python-nipype = 325
 194 python-surfer = 517
 195 python-pyxnat = 453
 196 slicer = 50
 197 spm8 = 24
 198 voxbo = 73
 199 openmeeg = 514
 200 bioimagesuite = 51
 201