some bug fixes

pat's slight modifications to trim.seqs

1.12.0

fixes while testing 1.12.0

added tempdefault to set.dir and fixed bug with padding type in sffinfo.

added ordergroup parameter to read.otu

pat's updates on 7/19/10

added compile time default path

added fasta, qfile, trim, accnos and sfftxt parameter to sffinfo command.  added lci hci outputs for thetayc

sffinfo command is working

sffinfo command is working

working on sffinfo

working on sffinfo command.

working on sffinfo command.

working on sffinfo command.

pat's changes to trim.seqs

started work on sffinfo command.  fixed bug across all paralellized commands if the file position was too big to fit in an int.

modified makefile and sensspeccommand files

sens.spec changes

fixed trim.seqs bug

rechecking in

trim.seqs couts

modified trim.seqs to split by primer name if primer name is given, and warn if duplicate barcodes are used. made get.sharedseqs compatible with other fasta formatted software, started adding memory checks to error reporter in mothurout.cpp

added groups option to get.oturep command

created blank accnos in chimera commands if no seqs are deemed chimeric. modified get.seqs and remove.seqs to handle blank files

fixed bug with cluster class. when we added the change for average neighbor to update the cutoff, we did not also pass the cutoff to single linkage. so because of inheritance cluster its instead of the update in singlelinkage.

fixed cluster.split with average method

finished get.relabund command

finished get.relabund command

added mpi code to cluster.split command

added mpi code to cluster.split command

added degap.seqs command

modified chimera commands to process multiple fasta files and added checks to pintail to look for consfile and quantile files to save time.

removed blast files generated by chimera.slayer, altered makefile to allow for 64bit builds

fixed problem with trim.seqs writing over files if barcodes belonged to the same group

fixed problem with chimera.slayer realigner

changes for 1.11

changes while testing 1.11

made a small mod to the alignment parameters in trim.seqs

fixes while testing

changed how we count sequences in a fastafile to allow for '>' in sequence names

changed how we count sequences in a fastafile to allow for '>' in sequence names

final commit before testing 1.11

modified chop.seqs

fixed read.tree so that it can read trees generated by fasttree

added fasta method to cluster.split

fixed bug in cluster.split

fixed pintail bug

pat's mod to trim.seqs

fixed bug in cluster.split with classify method

committing so I can work on the other machine

fixed bug in nast:removeextragaps

added weightedlinkage.cpp

changes to blastdb to make filenames given to blast unique, changes to split.abund, fixed bugs in chimera.slayer realigner, optimized splitmatrix and modified cluster.split command.

changes to blastdb to make filenames given to blast unique, changes to split.abund, fixed bugs in chimera.slayer realigner, optimized splitmatrix and modified cluster.split command.

sped up splitting of distance file by 2.5 times by buffering the read and writes.

fixed cluster.split command

added sort parameter to get.otulist

added taxonomy file to list of files list.seqs, get.seqs and remove.seqs can process

added classify.otu command

added classify.otu command

changed the daughterLevels in classifiers summary file to reflect the classifications only the classifications in the query file.

latest version

finished cluster.split adding classify method.

changed hard parameter in cluster commands

fixed project

changes to chop.seqs

fixed bugs with trim.seqs and bdiffs

 cluster.split command

fixed phylip convert for cluster.split command

added cluster.split command

added split.abund comand

change to phylo.diversity to make output = total branch length seen so far for each group instead of total branch length seen so far for each group / total branch length for that group

1.10.0

modified freq parameter be a percentage of numSeqs, added catchall command - not working right yet.

added clearcut command

added chop.seqs command

fixed problem with class.fy.seqs where group totals did not add up.  added constructors to sequence class to allow for just setting the unaligned field to save space.

added make.group command

worked on trim.seqs

worked on trim.seqs

pds - modified strip barcode funcrtion in trimseqscommand

changed confidence scores calculation in bayesian

modified trim.seqs to account for primers of different lengths

added diffs to trim.seqs

working on trim.seqs

changed groupfile in classify.seqs to reflect multiple fasta files

filled out reference taxonomy with "unclassified" so that if a cutoff is used the summary file still adds up

enabled ~

fixed bug that caused bayesian cutoff not to work if iters > 100. fixed bug in trim.seqs caused by sequence length for qfile coming from fasta file.

added phylo.diversity command. added hard parameter to cluster, hcluster and read.dist.  modified remove.seqs so it can do multiple files at once.

made get.oturep more memory efficient by breaking the work into 2 pieces.

paralellized trim.seqs

paralellized summary.seqs and added mpi code to it.

paralellized screen.seqs and added mpi code to it.  fixed bug with all mpi commands that was caused by the startindex line coming after the numSeqsPerProcess line, only occurred in files where the number of seqs could not be divide evenly between processes.

added set.logfile command

added name parameter to phylotype command

reworked the classifiers summary file added groupfile option to classify.seqs, added mpi code to classifiers modification

made classifier faster

a few modifications for 1.9