a few minor things - pds

fixed some bugs and added scriptengine

fixing minor bugs

removed validcommands and put its checking in commandfactory.

merged pat's trim seqs edits with sarah's major overhaul of global data; also added merge.files

broke up globaldata and moved error checking and help into commands

got rid of extra temp files in dist.seqs

added help for heatmap.sim

added heatmap.sim command and changed heatmap to heatmap.bin

fixed how seq.dists divides the matrix for multiple processors

added some features to trim.seqs

dist.seqs can now use n processors, and only outputs the phylip formatted distance matrix if the user sets phylip=t

modified trim.seqs command

added trim.seqs command

added reverse.seqs command

line and label no longer persist between commands.  Added phylip formated output to dist.seqs command.

remove some files

removed readseqs, readfasta, readnexus, readclustal, readseqsphylip and updated sequencedb to be a container that can read from a file.

modified filter.seqs to not store all seqs in memory but to read off disc

*** empty log message ***

fixed some bugs

pat's edits of screen.seqs and summary.seqs

fixed a bug in calculating the # of ambig bases

added screen.seqs command - pds

added get.rabund and get.sabund command and fixed bug introduced by line by line optimization

addition of summary.seq command [pds]

allow user to input quit instead of quit()

added smart distance feature and optimized all commands using line by line processing

fixed bug for windows users with read.dist

*** empty log message ***

fixed multiple bugs for 1.4 release
modified tree.shared to allow using a distance file

This contains Pat's bug fixes and updates.  It represents mothur v.1.3.0

changed defaults for filter.seqs()

changed defaults in allign.seqs command

fixed bugs

modified bin.seqs and get.oturep commands to include use of a groupfile if provided and removed get.repseqs command.

added ability to put # in front of any line in the batch file you don't want to use

fixed Thomas' calculators

fixed blast code path problem

added dist.shared command

added get.repseqs command, started matrix output command

added shen calculator

added shen calculator

added help for alignment code and thomas' calcs to project

added boneh, efron, and solow calculators

added alignment code

fixed if defined in dist.seqs command

fixed memory leak in collect.shared()

speed up rarefaction.shared

fixed bug in heatmap

fixed memory leak in rarefact

fixed bug in venn command

changed name of distance command to dist.seqs

changed all shared commands so that they read the shared file generated by the read.otu instead of the list and group combo.

fixed bug with getting sharedrabunds for venn, heatmap and tree.shared commands, speeding them up a bit.

added distance command and filterseqs

altered venn command to make use of sharedchao for any number of groups, fixed windows users bug with deconvolute command.  Began adding distance command.

filterseqscommand added

fixed concensus command and modified tree class so you can print labels on trees

*** empty log message ***

fixed xp user bug with rarefact commands and cluster error checking

added concensus command and updated calcs

added concensus command and updated calcs

added concensus command

This is mothur v 1.2.0 - the April ~24, 2009 release

more calculator edits and added coverage and whittaker

modified some calculators and other stuff - pds

changed heatmap and venn command to use vector of sharedrabunds instead of order.  Added functions to readotu, inputdata, sharedordervector, sharedlistvector to support that change, as well as modified sharedutilities setGroups.

broke apart read matrix file

fixed bug with get.oturep and fixed problem with errorcheckor that did not allow the user to read a phylip and then a column.

fixed bug with parsimony(groups=all) and unifrac.unweighted(groups=all)

fixed bug in venn command which caused error when user used more than one distance level.

pds fixes of heatmap and some other minor stuff

added bootstrap.shared command and fixed some bugs with heatmap

removed "shared" from some of the calculator names and classes

*** empty log message ***

added log10 and log2 scalers for heatmap

started shared utilities, updates to venn and heatmap added tree.groups command

fixed bug in read.tree updates help and validparameters strings, added ability for user to leave names out of the groupfile or add extra names with read.tree.

added get.oturep command

fixed memory leak in parsimony calculator and added progress bars to parsimony and unifrac.weighted commands.  also added bin.seqs command.

venn command with up to 4 groups using sharedsobs, sharedchao and sharedace estimators for shared as well as sobs, chao, ace and jackknife for singles.

venn command with up to 4 groups

started venn command

Fixed validParameter() method so line parameter can use dashes without breaking the covertTest() method.

made sorting optional but sort by default, in case the user wants to see the heatmap representation of their inputfile.

added sort to heatmap to put shared otus at the top and updated some error checking

fixed reference issue

added heatmap command

added heatmap command

added the Calculators Thomas made in the fall. Added parameter and command error checking.

added the Calculators Thomas made in the fall. Added parameter and command error checking.

heatmap

started heatmap command

added sharedbraycurtis, sharedmorisirahorn, sharedkulczynski, sharedkulczynskicody and sharedlennon calculators.

added sharedochiai and sharedanderberg calculators

fixed libshuff signif. values

put back no command and worked on libshuff

removed no command because it is never called now that we error check for the command name.

documentation