vector<string> ParseFastaQCommand::setParameters(){
try {
CommandParameter pfastq("fastq", "InputTypes", "", "", "none", "none", "none",false,true); parameters.push_back(pfastq);
- CommandParameter pfasta("fasta", "Bool", "", "T", "", "", "",false,false); parameters.push_back(pfasta);
- CommandParameter pqual("qfile", "Bool", "", "T", "", "", "",false,false); parameters.push_back(pqual);
+ CommandParameter pfasta("fasta", "Boolean", "", "T", "", "", "",false,false); parameters.push_back(pfasta);
+ CommandParameter pqual("qfile", "Boolean", "", "T", "", "", "",false,false); parameters.push_back(pqual);
CommandParameter pformat("format", "Multiple", "sanger-illumina-solexa", "sanger", "", "", "",false,false); parameters.push_back(pformat);
CommandParameter pinputdir("inputdir", "String", "", "", "", "", "",false,false); parameters.push_back(pinputdir);
CommandParameter poutputdir("outputdir", "String", "", "", "", "", "",false,false); parameters.push_back(poutputdir);