]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/blobdiff - hclustercommand.h
sffinfo bug with flow grams right index when clipQualRight=0
[mothur.git] / hclustercommand.h
index 6bf559ae6937f130679a5b601e939d7b79193acc..d1074070420fc89347a65b8fa8c0448c953c8881 100644 (file)
@@ -38,8 +38,9 @@ public:
        vector<string> setParameters();
        string getCommandName()                 { return "hcluster";    }
        string getCommandCategory()             { return "Clustering";  }
-       string getOutputFileNameTag(string, string);
+       
        string getHelpString(); 
+    string getOutputPattern(string);   
        string getCitation() { return "Sun Y, Cai Y, Liu L, Yu F, Farrell ML, Mckendree W, Farmerie W (2009). ESPRIT: estimating species richness using large collections of 16S rRNA pyrosequences. Nucleic Acids Res 37: e76. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Hcluster"; }
        string getDescription()         { return "cluster your sequences into OTUs using a distance matrix"; }