public:
HCluster(RAbundVector*, ListVector*);
~HCluster(){};
- bool update(int, int, float);
- //string getTag();
+ void update(int, int, float);
+ void setMapWanted(bool m);
+ map<string, int> getSeqtoBin() { return seq2Bin; }
protected:
void clusterBins();
int makeActive();
void printInfo();
void updateArrayandLinkTable();
+ void updateMap();
RAbundVector* rabund;
ListVector* list;
map<int, int>::iterator it2;
int numSeqs;
-
int smallRow;
int smallCol;
float smallDist;
+ map<string, int> seq2Bin;
+ bool mapWanted;
};