added ordergroup parameter to read.otu

[mothur.git] / globaldata.cpp

diff --git a/globaldata.cpp b/globaldata.cpp
index 69dccb5226638a3af2a2bb9936b774f6dc90169e..affa4636ab4716746665b6b7c73ccccf1f7b9354 100644 (file)
--- a/globaldata.cpp
+++ b/globaldata.cpp
@@ -26,6 +26,7 @@ string GlobalData::getSabundFile()            {       return sabundfile;              }
 string GlobalData::getNameFile()               {       return namefile;                }
 string GlobalData::getGroupFile()              {       return groupfile;               }
 string GlobalData::getOrderFile()              {       return orderfile;               }
+string GlobalData::getOrderGroupFile() {       return ordergroup;              }
 string GlobalData::getTreeFile()               {       return treefile;                }
 string GlobalData::getSharedFile()             {       return sharedfile;              }       
 string GlobalData::getFormat()                 {       return format;                  }
@@ -40,6 +41,7 @@ void GlobalData::setGroupFile(string file)            {       groupfile = file;                                                                                       }
 void GlobalData::setSharedFile(string file)            {       sharedfile = file;      inputFileName = file;                                   }
 void GlobalData::setNameFile(string file)              {       namefile = file;                }
 void GlobalData::setOrderFile(string file)             {       orderfile = file;               }
+void GlobalData::setOrderGroupFile(string file)        {       ordergroup = file;              }
 void GlobalData::setFormat(string Format)              {       format = Format;                }
 
 
@@ -77,6 +79,7 @@ void GlobalData::clear() {
        namefile                =       ""; //do we need this?
        groupfile               =       ""; //do we need this?
        orderfile               =       "";
+       ordergroup              =       "";
 //     fastafile               =   ""; //do we need this?
        treefile                =       "";
        sharedfile              =       "";