changed how we break up the files on parallelized commands to avoid scanning file.

[mothur.git] / globaldata.cpp

diff --git a/globaldata.cpp b/globaldata.cpp
index affa4636ab4716746665b6b7c73ccccf1f7b9354..74daaa2cc87cea237619fec03afdf28a8095f65f 100644 (file)
--- a/globaldata.cpp
+++ b/globaldata.cpp
@@ -29,6 +29,7 @@ string GlobalData::getOrderFile()             {       return orderfile;               }
 string GlobalData::getOrderGroupFile() {       return ordergroup;              }
 string GlobalData::getTreeFile()               {       return treefile;                }
 string GlobalData::getSharedFile()             {       return sharedfile;              }       
+string GlobalData::getRelAbundFile()   {       return relAbundfile;    }       
 string GlobalData::getFormat()                 {       return format;                  }
 
 void GlobalData::setListFile(string file)              {       listfile = file;        inputFileName = file;                                   }
@@ -39,6 +40,7 @@ void GlobalData::setPhylipFile(string file)           {       phylipfile = file;    inputFileNa
 void GlobalData::setColumnFile(string file)            {       columnfile = file;    inputFileName = file;                                     }
 void GlobalData::setGroupFile(string file)             {       groupfile = file;                                                                                       }
 void GlobalData::setSharedFile(string file)            {       sharedfile = file;      inputFileName = file;                                   }
+void GlobalData::setRelAbundFile(string file)  {       relAbundfile = file;    inputFileName = file;                           }
 void GlobalData::setNameFile(string file)              {       namefile = file;                }
 void GlobalData::setOrderFile(string file)             {       orderfile = file;               }
 void GlobalData::setOrderGroupFile(string file)        {       ordergroup = file;              }
@@ -83,6 +85,7 @@ void GlobalData::clear() {
 //     fastafile               =   ""; //do we need this?
        treefile                =       "";
        sharedfile              =       "";
+       relAbundfile    =       "";
        format = "";
 }