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[mothur.git] / globaldata.cpp

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index 8b8f9e39b083d9d4329ff500f335d9f4f04cb786..1baf4edf1bf90ef469a9426de2e06f0a3ce137fc 100644 (file)
--- a/globaldata.cpp
+++ b/globaldata.cpp
@@ -86,10 +86,6 @@ void GlobalData::parseGlobalData(string commandString, string optionText){
                                if (key == "ends" )                     { ends = value;                 }
                                if (key == "processors" )       { processors = value;   }
                                if (key == "size" )         { size = value;         }
-                               
-
-                               
-
                                if (key == "template")          { templatefile = value; }
                                if (key == "search")            { search = value;               }
                                if (key == "ksize")                     { ksize = value;                }
@@ -161,7 +157,6 @@ void GlobalData::parseGlobalData(string commandString, string optionText){
                        if (key == "ends" )                     { ends = value;                 }
                        if (key == "processors" )       { processors = value;   }
                        if (key == "size" )         { size = value;         }
-
                        if (key == "template")          { templatefile = value; }
                        if (key == "search")            { search = value;               }
                        if (key == "ksize")                     { ksize = value;                }
@@ -308,12 +303,6 @@ string GlobalData::getScale()                      {       return scale;           }
 string GlobalData::getEnds()                   {   return ends;                }
 string GlobalData::getProcessors()             {       return processors;      }
 string GlobalData::getSize()            {   return size;        }
-
-void GlobalData::setListFile(string file)      {       listfile = file;        inputFileName = file;}
-void GlobalData::setRabundFile(string file)    {       rabundfile = file;      inputFileName = file;}
-void GlobalData::setSabundFile(string file)    {       sabundfile = file;      inputFileName = file;}
-void GlobalData::setPhylipFile(string file)    {       phylipfile = file;    inputFileName = file;}
-void GlobalData::setColumnFile(string file)    {       columnfile = file;    inputFileName = file;}
 string GlobalData::getTemplateFile()   {       return templatefile;}
 string GlobalData::getSearch()                 {       return search;          }
 string GlobalData::getKSize()                  {       return ksize;           }
@@ -323,6 +312,12 @@ string GlobalData::getMismatch()           {       return mismatch;        }
 string GlobalData::getGapopen()                        {       return gapopen;         }
 string GlobalData::getGapextend()              {       return gapextend;       }
 
+
+void GlobalData::setListFile(string file)      {       listfile = file;        inputFileName = file;}
+void GlobalData::setRabundFile(string file)    {       rabundfile = file;      inputFileName = file;}
+void GlobalData::setSabundFile(string file)    {       sabundfile = file;      inputFileName = file;}
+void GlobalData::setPhylipFile(string file)    {       phylipfile = file;    inputFileName = file;}
+void GlobalData::setColumnFile(string file)    {       columnfile = file;    inputFileName = file;}
 void GlobalData::setGroupFile(string file)             {       groupfile = file;       }
 void GlobalData::setSharedFile(string file)            {       sharedfile = file;      inputFileName = file; fileroot = file;}
 void GlobalData::setNameFile(string file)              {       namefile = file;                }