I've changed the listfile, sabundfile, etc. option handles to not need the "file...

[mothur.git] / errorchecking.cpp

diff --git a/errorchecking.cpp b/errorchecking.cpp
index 121a0120a17fb1410901a219a95d0361911d7187..6ec145b7e97341178f3821e0be1dfb6cc7e360c6 100644 (file)
--- a/errorchecking.cpp
+++ b/errorchecking.cpp
@@ -72,16 +72,16 @@ bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
                                //is it a valid parameter
                                if (validParameter->isValidParameter(parameter) != true) { return false; }
                                
-                               if (parameter == "phylipfile" )         { phylipfile = value; }
-                               if (parameter == "columnfile" )         { columnfile = value; }
-                               if (parameter == "listfile" )           { listfile = value; }
-                               if (parameter == "rabundfile" )         { rabundfile = value; }
-                               if (parameter == "sabundfile" )         { sabundfile = value; }
-                               if (parameter == "namefile" )           { namefile = value; }
-                               if (parameter == "orderfile" )          { orderfile = value; }
-                               if (parameter == "fastafile" )          { fastafile = value; }
+                               if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
+                               if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
+                               if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
+                               if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
+                               if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
+                               if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
+                               if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
+                               if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
                                if (parameter == "treefile" )           { treefile = value; }
-                               if (parameter == "groupfile" )          { groupfile = value; }
+                               if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
                                if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
                                if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
                                if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
@@ -141,15 +141,15 @@ bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
                                //is it a valid parameter
                                if (validParameter->isValidParameter(parameter) != true) { return false; }
                                
-                               if (parameter == "phylipfile" )         { phylipfile = value; }
-                               if (parameter == "columnfile" )         { columnfile = value; }                         
-                               if (parameter == "listfile" )           { listfile = value; }
-                               if (parameter == "rabundfile" )         { rabundfile = value; }
-                               if (parameter == "sabundfile" )         { sabundfile = value; }
-                               if (parameter == "namefile" )           { namefile = value; }
-                               if (parameter == "orderfile" )          { orderfile = value; }
-                               if (parameter == "groupfile" )          { groupfile = value; }
-                               if (parameter == "fastafile" )          { fastafile = value; }
+                               if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
+                               if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }                         
+                               if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
+                               if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
+                               if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
+                               if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
+                               if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
+                               if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
+                               if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
                                if (parameter == "treefile" )           { treefile = value; }
                                if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
                                if (parameter == "precision" )          { precision = value; }