]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/blobdiff - Mothur.1
changed random forest output filename
[mothur.git] / Mothur.1
index 42e748ce16af913c6034f07c00dc680af8c0dd7f..e8070f814216fbe17171c9dcd09f9376ad7247ca 100644 (file)
--- a/Mothur.1
+++ b/Mothur.1
@@ -1,79 +1,79 @@
-.\"Modified from man(1) of FreeBSD, the NetBSD mdoc.template, and mdoc.samples.\r
-.\"See Also:\r
-.\"man mdoc.samples for a complete listing of options\r
-.\"man mdoc for the short list of editing options\r
-.\"/usr/share/misc/mdoc.template\r
-.Dd 1/16/09               \" DATE \r
-.Dt Mothur 1      \" Program name and manual section number \r
-.Os Darwin\r
-.Sh NAME                 \" Section Header - required - don't modify \r
-.Nm Mothur,\r
-.\" The following lines are read in generating the apropos(man -k) database. Use only key\r
-.\" words here as the database is built based on the words here and in the .ND line. \r
-.Nm Other_name_for_same_program(),\r
-.Nm Yet another name for the same program.\r
-.\" Use .Nm macro to designate other names for the documented program.\r
-.Nd This line parsed for whatis database.\r
-.Sh SYNOPSIS             \" Section Header - required - don't modify\r
-.Nm\r
-.Op Fl abcd              \" [-abcd]\r
-.Op Fl a Ar path         \" [-a path] \r
-.Op Ar file              \" [file]\r
-.Op Ar                   \" [file ...]\r
-.Ar arg0                 \" Underlined argument - use .Ar anywhere to underline\r
-arg2 ...                 \" Arguments\r
-.Sh DESCRIPTION          \" Section Header - required - don't modify\r
-Use the .Nm macro to refer to your program throughout the man page like such:\r
-.Nm\r
-Underlining is accomplished with the .Ar macro like this:\r
-.Ar underlined text .\r
-.Pp                      \" Inserts a space\r
-A list of items with descriptions:\r
-.Bl -tag -width -indent  \" Begins a tagged list \r
-.It item a               \" Each item preceded by .It macro\r
-Description of item a\r
-.It item b\r
-Description of item b\r
-.El                      \" Ends the list\r
-.Pp\r
-A list of flags and their descriptions:\r
-.Bl -tag -width -indent  \" Differs from above in tag removed \r
-.It Fl a                 \"-a flag as a list item\r
-Description of -a flag\r
-.It Fl b\r
-Description of -b flag\r
-.El                      \" Ends the list\r
-.Pp\r
-.\" .Sh ENVIRONMENT      \" May not be needed\r
-.\" .Bl -tag -width "ENV_VAR_1" -indent \" ENV_VAR_1 is width of the string ENV_VAR_1\r
-.\" .It Ev ENV_VAR_1\r
-.\" Description of ENV_VAR_1\r
-.\" .It Ev ENV_VAR_2\r
-.\" Description of ENV_VAR_2\r
-.\" .El                      \r
-.Sh FILES                \" File used or created by the topic of the man page\r
-.Bl -tag -width "/Users/joeuser/Library/really_long_file_name" -compact\r
-.It Pa /usr/share/file_name\r
-FILE_1 description\r
-.It Pa /Users/joeuser/Library/really_long_file_name\r
-FILE_2 description\r
-.El                      \" Ends the list\r
-.\" .Sh DIAGNOSTICS       \" May not be needed\r
-.\" .Bl -diag\r
-.\" .It Diagnostic Tag\r
-.\" Diagnostic informtion here.\r
-.\" .It Diagnostic Tag\r
-.\" Diagnostic informtion here.\r
-.\" .El\r
-.Sh SEE ALSO \r
-.\" List links in ascending order by section, alphabetically within a section.\r
-.\" Please do not reference files that do not exist without filing a bug report\r
-.Xr a 1 , \r
-.Xr b 1 ,\r
-.Xr c 1 ,\r
-.Xr a 2 ,\r
-.Xr b 2 ,\r
-.Xr a 3 ,\r
-.Xr b 3 \r
-.\" .Sh BUGS              \" Document known, unremedied bugs \r
-.\" .Sh HISTORY           \" Document history if command behaves in a unique manner 
\ No newline at end of file
+.\"Modified from man(1) of FreeBSD, the NetBSD mdoc.template, and mdoc.samples.
+.\"See Also:
+.\"man mdoc.samples for a complete listing of options
+.\"man mdoc for the short list of editing options
+.\"/usr/share/misc/mdoc.template
+.Dd 1/4/11               \" DATE 
+.Dt mothur 1      \" Program name and manual section number 
+.Os Darwin
+.Sh NAME                 \" Section Header - required - don't modify 
+.Nm mothur,
+.\" The following lines are read in generating the apropos(man -k) database. Use only key
+.\" words here as the database is built based on the words here and in the .ND line. 
+.Nm Other_name_for_same_program(),
+.Nm Yet another name for the same program.
+.\" Use .Nm macro to designate other names for the documented program.
+.Nd This line parsed for whatis database.
+.Sh SYNOPSIS             \" Section Header - required - don't modify
+.Nm
+.Op Fl abcd              \" [-abcd]
+.Op Fl a Ar path         \" [-a path] 
+.Op Ar file              \" [file]
+.Op Ar                   \" [file ...]
+.Ar arg0                 \" Underlined argument - use .Ar anywhere to underline
+arg2 ...                 \" Arguments
+.Sh DESCRIPTION          \" Section Header - required - don't modify
+Use the .Nm macro to refer to your program throughout the man page like such:
+.Nm
+Underlining is accomplished with the .Ar macro like this:
+.Ar underlined text .
+.Pp                      \" Inserts a space
+A list of items with descriptions:
+.Bl -tag -width -indent  \" Begins a tagged list 
+.It item a               \" Each item preceded by .It macro
+Description of item a
+.It item b
+Description of item b
+.El                      \" Ends the list
+.Pp
+A list of flags and their descriptions:
+.Bl -tag -width -indent  \" Differs from above in tag removed 
+.It Fl a                 \"-a flag as a list item
+Description of -a flag
+.It Fl b
+Description of -b flag
+.El                      \" Ends the list
+.Pp
+.\" .Sh ENVIRONMENT      \" May not be needed
+.\" .Bl -tag -width "ENV_VAR_1" -indent \" ENV_VAR_1 is width of the string ENV_VAR_1
+.\" .It Ev ENV_VAR_1
+.\" Description of ENV_VAR_1
+.\" .It Ev ENV_VAR_2
+.\" Description of ENV_VAR_2
+.\" .El                      
+.Sh FILES                \" File used or created by the topic of the man page
+.Bl -tag -width "/Users/joeuser/Library/really_long_file_name" -compact
+.It Pa /usr/share/file_name
+FILE_1 description
+.It Pa /Users/joeuser/Library/really_long_file_name
+FILE_2 description
+.El                      \" Ends the list
+.\" .Sh DIAGNOSTICS       \" May not be needed
+.\" .Bl -diag
+.\" .It Diagnostic Tag
+.\" Diagnostic informtion here.
+.\" .It Diagnostic Tag
+.\" Diagnostic informtion here.
+.\" .El
+.Sh SEE ALSO 
+.\" List links in ascending order by section, alphabetically within a section.
+.\" Please do not reference files that do not exist without filing a bug report
+.Xr a 1 , 
+.Xr b 1 ,
+.Xr c 1 ,
+.Xr a 2 ,
+.Xr b 2 ,
+.Xr a 3 ,
+.Xr b 3 
+.\" .Sh BUGS              \" Document known, unremedied bugs 
+.\" .Sh HISTORY           \" Document history if command behaves in a unique manner
\ No newline at end of file